MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	GTCACG	2	12	733	744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803548
2	NC_001869	GAATTA	2	12	8352	8363	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10803557
3	NC_001869	ATTACC	2	12	9471	9482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803558
4	NC_001869	GAAGTC	2	12	15040	15051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803559
5	NC_001869	CGACGT	2	12	18828	18839	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803567
6	NC_001869	GAGATC	2	12	24705	24716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803574
7	NC_001869	CGACTA	2	12	25764	25775	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10803576
8	NC_001869	ATCCCC	2	12	27919	27930	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	10803577
9	NC_001869	AGTCGT	2	12	29016	29027	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803577
10	NC_001869	ACCATC	2	12	30062	30073	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	10803578
11	NC_001869	TTCGAC	2	12	31150	31161	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10803579
12	NC_001869	ATTTCA	2	12	33642	33653	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10803580
13	NC_001869	ACGGCT	2	12	37297	37308	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803583
14	NC_001869	AAATCC	2	12	38148	38159	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	10803584
15	NC_001869	TCGGCC	2	12	44831	44842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10803588
16	NC_001869	GTCGAA	2	12	46245	46256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803590
17	NC_001869	TCCACT	2	12	47095	47106	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10803591
18	NC_001869	TTCGGG	2	12	47629	47640	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	10803592
19	NC_001869	CAGCCA	2	12	47988	47999	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10803592
20	NC_001869	CGCGGG	2	12	52075	52086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803597
21	NC_001869	TGCGCC	2	12	52417	52428	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10803598
22	NC_001869	CGGGTT	2	12	52857	52868	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	10803599
23	NC_001869	TCGGCG	2	12	53354	53365	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10803599
24	NC_001869	GCCATC	2	12	53416	53427	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10803599
25	NC_001869	CGTCGC	2	12	53628	53639	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10803599
26	NC_001869	TCGACG	2	12	54703	54714	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803601
27	NC_001869	TCGCGT	2	12	56480	56491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803603
28	NC_001869	GTTGAC	2	12	58911	58922	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803606
29	NC_001869	GAAGTC	2	12	59349	59360	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803606
30	NC_001869	GCGTCG	2	12	60877	60888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10803607
31	NC_001869	GAACTC	2	12	63843	63854	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10803610
32	NC_001869	GACGTC	2	12	65625	65636	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803612
33	NC_001869	GTCGAT	2	12	83723	83734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803627
34	NC_001869	CGTAGT	2	12	90571	90582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803634
35	NC_001869	TCGCAT	2	12	92728	92739	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10803637
36	NC_001869	CCGTGA	2	12	92776	92787	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803637
37	NC_001869	TCGAAG	2	12	103711	103722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803643
38	NC_001869	GGACGA	2	12	104603	104614	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	10803643
39	NC_001869	AAGAGA	2	12	107214	107225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803644
40	NC_001869	CGAGAA	2	12	110634	110645	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	10803646
41	NC_001869	GCGTGA	2	12	111876	111887	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10803646
42	NC_001869	CATTCC	2	12	113638	113649	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10803648
43	NC_001869	CCAGAC	2	12	125456	125467	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10803657
44	NC_001869	GTTCAG	2	12	128556	128567	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803660
45	NC_001869	GTAGCG	2	12	132376	132387	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10803666
46	NC_001869	CGCAGA	2	12	136876	136887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803668
47	NC_001869	AGTACG	2	12	144078	144089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10803675
48	NC_001869	CGACGC	2	12	144773	144784	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10803675
49	NC_001869	GACGTC	2	12	157753	157764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803691
50	NC_001869	GAGTTC	2	12	159535	159546	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	10803693
51	NC_001869	CGACGC	2	12	162501	162512	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10803696
52	NC_001869	GTAGCG	2	12	163520	163531	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10803697
53	NC_001869	TCGACT	2	12	164027	164038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10803697
54	NC_001869	GTCAAC	2	12	164467	164478	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10803697
55	NC_001869	TCGCGC	2	12	166387	166398	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10803699
56	NC_001869	ACGCGA	2	12	166898	166909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803700
57	NC_001869	CGATGG	2	12	169961	169972	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10803704
58	NC_001869	AACCCG	2	12	170521	170532	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10803704
59	NC_001869	GCGCAG	2	12	170962	170973	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10803705
60	NC_001869	CGCCCG	2	12	171301	171312	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803705
61	NC_001869	GGCGTG	2	12	172814	172825	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10803707
62	NC_001869	TGGCTG	2	12	175390	175401	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	10803710
63	NC_001869	CCCGAA	2	12	175749	175760	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10803710
64	NC_001869	TGCCGA	2	12	175960	175971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803710
65	NC_001869	AGTGGA	2	12	176283	176294	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	10803712
66	NC_001869	CTTCGA	2	12	177132	177143	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10803713
67	NC_001869	GGCCGA	2	12	178547	178558	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10803715
68	NC_001869	CCGACG	2	12	180678	180689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10803717
69	NC_001869	AGCCGT	2	12	186081	186092	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803720
70	NC_001869	TGAAAT	2	12	189736	189747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10803723

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.