MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	GTTAC	2	10	59	68	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_001869	GTGGG	2	10	1008	1017	0 %	20 %	80 %	0 %	10803549
3	NC_001869	CCGTC	2	10	2408	2417	0 %	20 %	20 %	60 %	10803551
4	NC_001869	TATAA	2	10	5338	5347	60 %	40 %	0 %	0 %	10803555
5	NC_001869	ATTGT	2	10	8392	8401	20 %	60 %	20 %	0 %	10803557
6	NC_001869	AGTAA	2	10	8723	8732	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_001869	CGCTG	2	10	9064	9073	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_001869	AAATG	2	10	9076	9085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_001869	CGTAT	2	10	10748	10757	20 %	40 %	20 %	20 %	10803558
10	NC_001869	TCTCG	2	10	10878	10887	0 %	40 %	20 %	40 %	10803558
11	NC_001869	CGCTT	2	10	13613	13622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_001869	AGTTG	2	10	15222	15231	20 %	40 %	40 %	0 %	10803559
13	NC_001869	TCGCC	2	10	16364	16373	0 %	20 %	20 %	60 %	10803561
14	NC_001869	GAATC	2	10	18915	18924	40 %	20 %	20 %	20 %	10803567
15	NC_001869	GCGTT	2	10	20524	20533	0 %	40 %	40 %	20 %	10803570
16	NC_001869	TCGAG	2	10	24161	24170	20 %	20 %	40 %	20 %	10803574
17	NC_001869	GAACG	2	10	25245	25254	40 %	0 %	40 %	20 %	10803575
18	NC_001869	GACGG	2	10	25302	25311	20 %	0 %	60 %	20 %	10803575
19	NC_001869	GAACG	2	10	25533	25542	40 %	0 %	40 %	20 %	10803576
20	NC_001869	CTCCC	2	10	25666	25675	0 %	20 %	0 %	80 %	10803576
21	NC_001869	CGATC	2	10	25941	25950	20 %	20 %	20 %	40 %	10803576
22	NC_001869	AATCG	2	10	25963	25972	40 %	20 %	20 %	20 %	10803576
23	NC_001869	TGCCC	2	10	26865	26874	0 %	20 %	20 %	60 %	10803577
24	NC_001869	CCCGG	2	10	27112	27121	0 %	0 %	40 %	60 %	10803577
25	NC_001869	ATCGG	2	10	27632	27641	20 %	20 %	40 %	20 %	10803577
26	NC_001869	TGCGC	2	10	28776	28785	0 %	20 %	40 %	40 %	10803577
27	NC_001869	CAACT	2	10	30973	30982	40 %	20 %	0 %	40 %	10803579
28	NC_001869	TCGAG	2	10	32976	32985	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_001869	AACAG	2	10	33379	33388	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_001869	GTCCG	2	10	34335	34344	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_001869	CGACG	2	10	34875	34884	20 %	0 %	40 %	40 %	10803581
32	NC_001869	CTGAA	2	10	36240	36249	40 %	20 %	20 %	20 %	10803582
33	NC_001869	TCGTC	2	10	37742	37751	0 %	40 %	20 %	40 %	10803583
34	NC_001869	ACGTC	2	10	46033	46042	20 %	20 %	20 %	40 %	10803590
35	NC_001869	CGCTA	2	10	47144	47153	20 %	20 %	20 %	40 %	10803591
36	NC_001869	GTTCG	2	10	49250	49259	0 %	40 %	40 %	20 %	10803595
37	NC_001869	GAACG	2	10	50990	50999	40 %	0 %	40 %	20 %	10803596
38	NC_001869	AAACC	2	10	57551	57560	60 %	0 %	0 %	40 %	10803605
39	NC_001869	TCGTC	2	10	65245	65254	0 %	40 %	20 %	40 %	10803611
40	NC_001869	CGCGA	2	10	67733	67742	20 %	0 %	40 %	40 %	10803614
41	NC_001869	CGTCA	2	10	68413	68422	20 %	20 %	20 %	40 %	10803616
42	NC_001869	CTGTG	2	10	68491	68500	0 %	40 %	40 %	20 %	10803616
43	NC_001869	GAACT	2	10	70880	70889	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_001869	GTTCG	2	10	72567	72576	0 %	40 %	40 %	20 %	10803619
45	NC_001869	CTCCG	2	10	72957	72966	0 %	20 %	20 %	60 %	10803619
46	NC_001869	GAAGA	2	10	74706	74715	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_001869	AGTTC	2	10	74975	74984	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_001869	GGACG	2	10	77440	77449	20 %	0 %	60 %	20 %	10803623
49	NC_001869	AAGCG	2	10	82419	82428	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_001869	TCCCA	2	10	83672	83681	20 %	20 %	0 %	60 %	10803627
51	NC_001869	CCCGA	2	10	84131	84140	20 %	0 %	20 %	60 %	10803627
52	NC_001869	ATCGT	2	10	85665	85674	20 %	40 %	20 %	20 %	10803629
53	NC_001869	CCGTC	2	10	87386	87395	0 %	20 %	20 %	60 %	10803631
54	NC_001869	TGCAT	2	10	89953	89962	20 %	40 %	20 %	20 %	10803633
55	NC_001869	TCAGG	2	10	92275	92284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_001869	CAGTC	2	10	94219	94228	20 %	20 %	20 %	40 %	10803639
57	NC_001869	CCACT	2	10	94884	94893	20 %	20 %	0 %	60 %	10803639
58	NC_001869	TGACG	2	10	95659	95668	20 %	20 %	40 %	20 %	10803640
59	NC_001869	GTGAG	2	10	97007	97016	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_001869	ACACC	2	10	97992	98001	40 %	0 %	0 %	60 %	10803642
61	NC_001869	TCCGC	2	10	98324	98333	0 %	20 %	20 %	60 %	10803642
62	NC_001869	CGGAG	2	10	100557	100566	20 %	0 %	60 %	20 %	10803642
63	NC_001869	ATCGA	2	10	102373	102382	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_001869	TCGAG	2	10	106503	106512	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_001869	AACAG	2	10	106906	106915	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_001869	CAGAA	2	10	107560	107569	60 %	0 %	20 %	20 %	10803644
67	NC_001869	CAATA	2	10	107999	108008	60 %	20 %	0 %	20 %	10803644
68	NC_001869	GGGCG	2	10	109093	109102	0 %	0 %	80 %	20 %	10803645
69	NC_001869	TGGAG	2	10	112028	112037	20 %	20 %	60 %	0 %	10803647
70	NC_001869	CGACG	2	10	114016	114025	20 %	0 %	40 %	40 %	10803648
71	NC_001869	GGGGT	2	10	114892	114901	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_001869	GTACC	2	10	117322	117331	20 %	20 %	20 %	40 %	10803652
73	NC_001869	CGGCA	2	10	123542	123551	20 %	0 %	40 %	40 %	10803654
74	NC_001869	CGACG	2	10	124121	124130	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_001869	CGCTG	2	10	124734	124743	0 %	20 %	40 %	40 %	10803656
76	NC_001869	ACTGA	2	10	126008	126017	40 %	20 %	20 %	20 %	10803657
77	NC_001869	ACGAA	2	10	128037	128046	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_001869	CAAAT	2	10	129744	129753	60 %	20 %	0 %	20 %	10803662
79	NC_001869	GCGAC	2	10	131928	131937	20 %	0 %	40 %	40 %	10803665
80	NC_001869	GTCCG	2	10	136354	136363	0 %	20 %	40 %	40 %	10803668
81	NC_001869	CGGTG	2	10	138273	138282	0 %	20 %	60 %	20 %	10803670
82	NC_001869	CGTCG	2	10	138781	138790	0 %	20 %	40 %	40 %	10803670
83	NC_001869	TGAGT	2	10	140039	140048	20 %	40 %	40 %	0 %	10803671
84	NC_001869	AGAAC	2	10	141369	141378	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_001869	CGAGC	2	10	142032	142041	20 %	0 %	40 %	40 %	10803674
86	NC_001869	GGCTG	2	10	142145	142154	0 %	20 %	60 %	20 %	10803674
87	NC_001869	CGGCG	2	10	142831	142840	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
88	NC_001869	TCGAT	2	10	142970	142979	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_001869	CGAGC	2	10	144701	144710	20 %	0 %	40 %	40 %	10803675
90	NC_001869	CGCCC	2	10	144832	144841	0 %	0 %	20 %	80 %	10803675
91	NC_001869	GGGCC	2	10	148026	148035	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_001869	CTCCG	2	10	148059	148068	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_001869	TCGCT	2	10	148072	148081	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_001869	CTCTC	2	10	149762	149771	0 %	40 %	0 %	60 %	10803683
95	NC_001869	GAAGA	2	10	150306	150315	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_001869	AGTTC	2	10	150575	150584	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_001869	TCGAG	2	10	151809	151818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_001869	AACAG	2	10	152212	152221	60 %	0 %	20 %	20 %	10803684
99	NC_001869	GAACT	2	10	153729	153738	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_001869	GCACA	2	10	154888	154897	40 %	0 %	20 %	40 %	10803687
101	NC_001869	CGTGA	2	10	154965	154974	20 %	20 %	40 %	20 %	10803687
102	NC_001869	TCGCG	2	10	155647	155656	0 %	20 %	40 %	40 %	10803688
103	NC_001869	CGGCG	2	10	155869	155878	0 %	0 %	60 %	40 %	10803689
104	NC_001869	GACGA	2	10	158135	158144	40 %	0 %	40 %	20 %	10803692
105	NC_001869	TTGGT	2	10	165827	165836	0 %	60 %	40 %	0 %	10803698
106	NC_001869	TAGCG	2	10	176236	176245	20 %	20 %	40 %	20 %	10803712
107	NC_001869	GACGT	2	10	177347	177356	20 %	20 %	40 %	20 %	10803713
108	NC_001869	TTCAG	2	10	187140	187149	20 %	40 %	20 %	20 %	10803721
109	NC_001869	CGTCG	2	10	188505	188514	0 %	20 %	40 %	40 %	10803722
110	NC_001869	TCTGT	2	10	190000	190009	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_001869	CGGCG	2	10	190266	190275	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
112	NC_001869	CTCGA	2	10	190404	190413	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.