MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	GCTG	2	8	558	565	0 %	25 %	50 %	25 %	10803548
2	NC_001869	GGTG	2	8	1158	1165	0 %	25 %	75 %	0 %	10803549
3	NC_001869	GTCT	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	10803550
4	NC_001869	CGGG	2	8	1910	1917	0 %	0 %	75 %	25 %	10803551
5	NC_001869	CCAC	2	8	2216	2223	25 %	0 %	0 %	75 %	10803551
6	NC_001869	CGCT	2	8	2715	2722	0 %	25 %	25 %	50 %	10803551
7	NC_001869	TCGC	2	8	2948	2955	0 %	25 %	25 %	50 %	10803551
8	NC_001869	TGAA	2	8	5687	5694	50 %	25 %	25 %	0 %	10803556
9	NC_001869	CTTG	2	8	5911	5918	0 %	50 %	25 %	25 %	10803556
10	NC_001869	CATT	2	8	6887	6894	25 %	50 %	0 %	25 %	10803556
11	NC_001869	TTGA	2	8	7606	7613	25 %	50 %	25 %	0 %	10803556
12	NC_001869	GACA	2	8	8566	8573	50 %	0 %	25 %	25 %	10803557
13	NC_001869	TGCA	2	8	9399	9406	25 %	25 %	25 %	25 %	10803558
14	NC_001869	CACG	3	12	9593	9604	25 %	0 %	25 %	50 %	10803558
15	NC_001869	GCAG	2	8	10307	10314	25 %	0 %	50 %	25 %	10803558
16	NC_001869	ATCC	2	8	10455	10462	25 %	25 %	0 %	50 %	10803558
17	NC_001869	CAAG	2	8	10509	10516	50 %	0 %	25 %	25 %	10803558
18	NC_001869	GAGG	2	8	10544	10551	25 %	0 %	75 %	0 %	10803558
19	NC_001869	ATTC	2	8	11280	11287	25 %	50 %	0 %	25 %	10803558
20	NC_001869	CGAC	2	8	12215	12222	25 %	0 %	25 %	50 %	10803558
21	NC_001869	GACT	2	8	15491	15498	25 %	25 %	25 %	25 %	10803559
22	NC_001869	CGCT	2	8	15545	15552	0 %	25 %	25 %	50 %	10803559
23	NC_001869	GGAT	2	8	16177	16184	25 %	25 %	50 %	0 %	10803560
24	NC_001869	CACG	2	8	16207	16214	25 %	0 %	25 %	50 %	10803560
25	NC_001869	TTCT	2	8	16855	16862	0 %	75 %	0 %	25 %	10803563
26	NC_001869	TCCG	2	8	16961	16968	0 %	25 %	25 %	50 %	10803563
27	NC_001869	GATT	2	8	17124	17131	25 %	50 %	25 %	0 %	10803563
28	NC_001869	TCGC	2	8	17270	17277	0 %	25 %	25 %	50 %	10803563
29	NC_001869	CCGT	2	8	17490	17497	0 %	25 %	25 %	50 %	10803563
30	NC_001869	CGAA	2	8	18078	18085	50 %	0 %	25 %	25 %	10803565
31	NC_001869	CCGG	2	8	18750	18757	0 %	0 %	50 %	50 %	10803567
32	NC_001869	CTCG	2	8	18768	18775	0 %	25 %	25 %	50 %	10803567
33	NC_001869	TGCT	2	8	19278	19285	0 %	50 %	25 %	25 %	10803568
34	NC_001869	GTCG	2	8	19959	19966	0 %	25 %	50 %	25 %	10803569
35	NC_001869	CTTG	2	8	20843	20850	0 %	50 %	25 %	25 %	10803571
36	NC_001869	GCCC	2	8	21020	21027	0 %	0 %	25 %	75 %	10803571
37	NC_001869	ACAA	2	8	23126	23133	75 %	0 %	0 %	25 %	10803573
38	NC_001869	CGTT	2	8	23528	23535	0 %	50 %	25 %	25 %	10803573
39	NC_001869	GCCG	2	8	23700	23707	0 %	0 %	50 %	50 %	10803573
40	NC_001869	ACGA	2	8	23952	23959	50 %	0 %	25 %	25 %	10803573
41	NC_001869	GTTC	2	8	24116	24123	0 %	50 %	25 %	25 %	10803574
42	NC_001869	CGAT	2	8	25034	25041	25 %	25 %	25 %	25 %	10803575
43	NC_001869	ATTC	2	8	25114	25121	25 %	50 %	0 %	25 %	10803575
44	NC_001869	ATGG	2	8	25737	25744	25 %	25 %	50 %	0 %	10803576
45	NC_001869	CGAA	2	8	26154	26161	50 %	0 %	25 %	25 %	10803576
46	NC_001869	CCCA	2	8	26754	26761	25 %	0 %	0 %	75 %	10803577
47	NC_001869	TGCT	2	8	28429	28436	0 %	50 %	25 %	25 %	10803577
48	NC_001869	GATT	2	8	29323	29330	25 %	50 %	25 %	0 %	10803577
49	NC_001869	GTCG	2	8	30199	30206	0 %	25 %	50 %	25 %	10803578
50	NC_001869	AGCG	2	8	30652	30659	25 %	0 %	50 %	25 %	10803579
51	NC_001869	CTCC	2	8	33502	33509	0 %	25 %	0 %	75 %	10803580
52	NC_001869	CTGC	2	8	33604	33611	0 %	25 %	25 %	50 %	10803580
53	NC_001869	AGCA	2	8	34906	34913	50 %	0 %	25 %	25 %	10803581
54	NC_001869	CGCC	2	8	35046	35053	0 %	0 %	25 %	75 %	10803581
55	NC_001869	TGGA	2	8	35101	35108	25 %	25 %	50 %	0 %	10803581
56	NC_001869	CGTG	2	8	35274	35281	0 %	25 %	50 %	25 %	10803581
57	NC_001869	AGGG	2	8	36762	36769	25 %	0 %	75 %	0 %	10803582
58	NC_001869	TCGA	2	8	37087	37094	25 %	25 %	25 %	25 %	10803583
59	NC_001869	TGCC	2	8	37240	37247	0 %	25 %	25 %	50 %	10803583
60	NC_001869	CGAA	2	8	37643	37650	50 %	0 %	25 %	25 %	10803583
61	NC_001869	CACG	2	8	37707	37714	25 %	0 %	25 %	50 %	10803583
62	NC_001869	CGAC	2	8	37877	37884	25 %	0 %	25 %	50 %	10803584
63	NC_001869	TGCT	2	8	39927	39934	0 %	50 %	25 %	25 %	10803585
64	NC_001869	ACGT	2	8	42677	42684	25 %	25 %	25 %	25 %	10803586
65	NC_001869	CGGC	2	8	43033	43040	0 %	0 %	50 %	50 %	10803586
66	NC_001869	ACCC	2	8	43263	43270	25 %	0 %	0 %	75 %	10803586
67	NC_001869	CGAG	2	8	43500	43507	25 %	0 %	50 %	25 %	10803586
68	NC_001869	ACTG	2	8	43585	43592	25 %	25 %	25 %	25 %	10803586
69	NC_001869	TGAC	2	8	43699	43706	25 %	25 %	25 %	25 %	10803586
70	NC_001869	CGGA	2	8	43839	43846	25 %	0 %	50 %	25 %	10803587
71	NC_001869	GCCG	2	8	44133	44140	0 %	0 %	50 %	50 %	10803587
72	NC_001869	GACG	2	8	45355	45362	25 %	0 %	50 %	25 %	10803588
73	NC_001869	AGTC	2	8	45500	45507	25 %	25 %	25 %	25 %	10803589
74	NC_001869	TGCG	2	8	46360	46367	0 %	25 %	50 %	25 %	10803590
75	NC_001869	ACCG	2	8	46371	46378	25 %	0 %	25 %	50 %	10803590
76	NC_001869	CGCC	2	8	46691	46698	0 %	0 %	25 %	75 %	10803590
77	NC_001869	CGGC	2	8	46944	46951	0 %	0 %	50 %	50 %	10803590
78	NC_001869	GCCA	2	8	47046	47053	25 %	0 %	25 %	50 %	10803590
79	NC_001869	CGGG	2	8	48804	48811	0 %	0 %	75 %	25 %	10803594
80	NC_001869	CGAG	2	8	49377	49384	25 %	0 %	50 %	25 %	10803595
81	NC_001869	CCGT	2	8	49391	49398	0 %	25 %	25 %	50 %	10803595
82	NC_001869	CGAG	2	8	49724	49731	25 %	0 %	50 %	25 %	10803595
83	NC_001869	ACTG	2	8	50197	50204	25 %	25 %	25 %	25 %	10803596
84	NC_001869	GACG	2	8	50341	50348	25 %	0 %	50 %	25 %	10803596
85	NC_001869	ACGC	2	8	50561	50568	25 %	0 %	25 %	50 %	10803596
86	NC_001869	TCGT	2	8	51341	51348	0 %	50 %	25 %	25 %	10803597
87	NC_001869	GGCC	2	8	51877	51884	0 %	0 %	50 %	50 %	10803597
88	NC_001869	TGGA	2	8	52373	52380	25 %	25 %	50 %	0 %	10803597
89	NC_001869	CAGA	2	8	54564	54571	50 %	0 %	25 %	25 %	10803601
90	NC_001869	TGCG	2	8	55399	55406	0 %	25 %	50 %	25 %	10803602
91	NC_001869	GCCG	2	8	56298	56305	0 %	0 %	50 %	50 %	10803603
92	NC_001869	CGCC	2	8	56658	56665	0 %	0 %	25 %	75 %	10803603
93	NC_001869	CGTC	2	8	56676	56683	0 %	25 %	25 %	50 %	10803603
94	NC_001869	CAGC	2	8	57387	57394	25 %	0 %	25 %	50 %	10803605
95	NC_001869	CGCT	2	8	57473	57480	0 %	25 %	25 %	50 %	10803605
96	NC_001869	GTTT	2	8	57534	57541	0 %	75 %	25 %	0 %	10803605
97	NC_001869	GGGT	2	8	58817	58824	0 %	25 %	75 %	0 %	10803606
98	NC_001869	GCAA	2	8	59296	59303	50 %	0 %	25 %	25 %	10803606
99	NC_001869	CGCT	2	8	59854	59861	0 %	25 %	25 %	50 %	10803606
100	NC_001869	CTGC	2	8	60899	60906	0 %	25 %	25 %	50 %	10803607
101	NC_001869	TCAC	2	8	62697	62704	25 %	25 %	0 %	50 %	10803609
102	NC_001869	ACCC	2	8	62787	62794	25 %	0 %	0 %	75 %	10803609
103	NC_001869	GAGT	2	8	62839	62846	25 %	25 %	50 %	0 %	10803609
104	NC_001869	ACGA	2	8	63349	63356	50 %	0 %	25 %	25 %	10803610
105	NC_001869	GCAG	2	8	64199	64206	25 %	0 %	50 %	25 %	10803610
106	NC_001869	ACAA	2	8	64440	64447	75 %	0 %	0 %	25 %	10803610
107	NC_001869	GTTC	2	8	64523	64530	0 %	50 %	25 %	25 %	10803610
108	NC_001869	CTCG	2	8	65901	65908	0 %	25 %	25 %	50 %	10803612
109	NC_001869	GTGG	2	8	66081	66088	0 %	25 %	75 %	0 %	10803612
110	NC_001869	CTAT	2	8	66217	66224	25 %	50 %	0 %	25 %	10803612
111	NC_001869	AGGC	2	8	66698	66705	25 %	0 %	50 %	25 %	10803613
112	NC_001869	GCTC	2	8	67396	67403	0 %	25 %	25 %	50 %	10803614
113	NC_001869	GCGG	2	8	68003	68010	0 %	0 %	75 %	25 %	10803614
114	NC_001869	GGCA	2	8	68184	68191	25 %	0 %	50 %	25 %	10803615
115	NC_001869	GACA	2	8	68220	68227	50 %	0 %	25 %	25 %	10803615
116	NC_001869	CGGA	2	8	68472	68479	25 %	0 %	50 %	25 %	10803616
117	NC_001869	CGAC	2	8	69252	69259	25 %	0 %	25 %	50 %	10803617
118	NC_001869	CTCG	2	8	69906	69913	0 %	25 %	25 %	50 %	10803617
119	NC_001869	CACG	2	8	72591	72598	25 %	0 %	25 %	50 %	10803619
120	NC_001869	GGCC	2	8	72635	72642	0 %	0 %	50 %	50 %	10803619
121	NC_001869	AGCG	2	8	72797	72804	25 %	0 %	50 %	25 %	10803619
122	NC_001869	CCGT	2	8	72943	72950	0 %	25 %	25 %	50 %	10803619
123	NC_001869	CCAT	2	8	73308	73315	25 %	25 %	0 %	50 %	10803620
124	NC_001869	ATCG	2	8	73324	73331	25 %	25 %	25 %	25 %	10803620
125	NC_001869	AGCG	2	8	73432	73439	25 %	0 %	50 %	25 %	10803620
126	NC_001869	CATA	2	8	74335	74342	50 %	25 %	0 %	25 %	10803620
127	NC_001869	GATA	2	8	75196	75203	50 %	25 %	25 %	0 %	10803621
128	NC_001869	ACGA	2	8	75507	75514	50 %	0 %	25 %	25 %	10803621
129	NC_001869	CGAG	2	8	76192	76199	25 %	0 %	50 %	25 %	10803622
130	NC_001869	AGCG	2	8	76665	76672	25 %	0 %	50 %	25 %	10803622
131	NC_001869	TCGC	2	8	77073	77080	0 %	25 %	25 %	50 %	10803623
132	NC_001869	CGGT	2	8	77386	77393	0 %	25 %	50 %	25 %	10803623
133	NC_001869	GTAC	2	8	77401	77408	25 %	25 %	25 %	25 %	10803623
134	NC_001869	CGGC	2	8	77514	77521	0 %	0 %	50 %	50 %	10803623
135	NC_001869	TGGA	2	8	77591	77598	25 %	25 %	50 %	0 %	10803623
136	NC_001869	TCGA	2	8	77937	77944	25 %	25 %	25 %	25 %	10803623
137	NC_001869	GGAT	2	8	78144	78151	25 %	25 %	50 %	0 %	10803623
138	NC_001869	TCGC	2	8	79021	79028	0 %	25 %	25 %	50 %	10803624
139	NC_001869	TACC	2	8	81695	81702	25 %	25 %	0 %	50 %	10803626
140	NC_001869	CGAG	2	8	84067	84074	25 %	0 %	50 %	25 %	10803627
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142	NC_001869	ACGG	2	8	85195	85202	25 %	0 %	50 %	25 %	10803628
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.