MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 393

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	CG	3	6	602	607	0 %	0 %	50 %	50 %	10803548
2	NC_001869	TC	3	6	1278	1283	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_001869	GT	3	6	1680	1685	0 %	50 %	50 %	0 %	10803550
4	NC_001869	AT	3	6	1760	1765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_001869	GA	3	6	1898	1903	50 %	0 %	50 %	0 %	10803551
6	NC_001869	CG	3	6	3405	3410	0 %	0 %	50 %	50 %	10803552
7	NC_001869	GC	3	6	3533	3538	0 %	0 %	50 %	50 %	10803552
8	NC_001869	CG	3	6	3732	3737	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_001869	AG	3	6	4718	4723	50 %	0 %	50 %	0 %	10803554
10	NC_001869	AT	3	6	4761	4766	50 %	50 %	0 %	0 %	10803554
11	NC_001869	AG	3	6	5075	5080	50 %	0 %	50 %	0 %	10803555
12	NC_001869	AC	3	6	5324	5329	50 %	0 %	0 %	50 %	10803555
13	NC_001869	CT	3	6	5373	5378	0 %	50 %	0 %	50 %	10803555
14	NC_001869	TG	3	6	5723	5728	0 %	50 %	50 %	0 %	10803556
15	NC_001869	CT	3	6	7848	7853	0 %	50 %	0 %	50 %	10803556
16	NC_001869	TC	3	6	8174	8179	0 %	50 %	0 %	50 %	10803557
17	NC_001869	AC	3	6	9121	9126	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_001869	CT	3	6	9456	9461	0 %	50 %	0 %	50 %	10803558
19	NC_001869	CG	3	6	10529	10534	0 %	0 %	50 %	50 %	10803558
20	NC_001869	AG	3	6	13105	13110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_001869	TG	3	6	13395	13400	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_001869	CG	3	6	13571	13576	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_001869	AC	3	6	14010	14015	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_001869	CA	4	8	14075	14082	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_001869	TC	3	6	14501	14506	0 %	50 %	0 %	50 %	10803559
26	NC_001869	TC	3	6	14673	14678	0 %	50 %	0 %	50 %	10803559
27	NC_001869	CA	3	6	15797	15802	50 %	0 %	0 %	50 %	10803560
28	NC_001869	GT	3	6	16679	16684	0 %	50 %	50 %	0 %	10803562
29	NC_001869	GC	3	6	19839	19844	0 %	0 %	50 %	50 %	10803569
30	NC_001869	TC	3	6	20106	20111	0 %	50 %	0 %	50 %	10803570
31	NC_001869	GA	3	6	21356	21361	50 %	0 %	50 %	0 %	10803571
32	NC_001869	TC	3	6	22288	22293	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_001869	GT	3	6	22566	22571	0 %	50 %	50 %	0 %	10803572
34	NC_001869	AC	3	6	22791	22796	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_001869	CA	3	6	22993	22998	50 %	0 %	0 %	50 %	10803573
36	NC_001869	AT	3	6	23249	23254	50 %	50 %	0 %	0 %	10803573
37	NC_001869	TC	3	6	23645	23650	0 %	50 %	0 %	50 %	10803573
38	NC_001869	CG	4	8	24260	24267	0 %	0 %	50 %	50 %	10803574
39	NC_001869	CT	3	6	25123	25128	0 %	50 %	0 %	50 %	10803575
40	NC_001869	CG	3	6	25141	25146	0 %	0 %	50 %	50 %	10803575
41	NC_001869	CG	3	6	26717	26722	0 %	0 %	50 %	50 %	10803577
42	NC_001869	GC	3	6	28278	28283	0 %	0 %	50 %	50 %	10803577
43	NC_001869	AT	3	6	28621	28626	50 %	50 %	0 %	0 %	10803577
44	NC_001869	TC	3	6	30115	30120	0 %	50 %	0 %	50 %	10803578
45	NC_001869	GC	3	6	30514	30519	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_001869	GA	3	6	31526	31531	50 %	0 %	50 %	0 %	10803579
47	NC_001869	GT	3	6	32088	32093	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_001869	TC	3	6	32174	32179	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_001869	CG	3	6	32527	32532	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_001869	AT	3	6	34014	34019	50 %	50 %	0 %	0 %	10803580
51	NC_001869	CA	3	6	34724	34729	50 %	0 %	0 %	50 %	10803581
52	NC_001869	AC	3	6	35024	35029	50 %	0 %	0 %	50 %	10803581
53	NC_001869	CG	3	6	35190	35195	0 %	0 %	50 %	50 %	10803581
54	NC_001869	TG	3	6	35228	35233	0 %	50 %	50 %	0 %	10803581
55	NC_001869	TG	3	6	35592	35597	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_001869	GT	3	6	35802	35807	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_001869	GC	3	6	35875	35880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_001869	AC	3	6	35937	35942	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_001869	CT	3	6	35974	35979	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_001869	CT	3	6	36026	36031	0 %	50 %	0 %	50 %	10803582
61	NC_001869	GA	3	6	36081	36086	50 %	0 %	50 %	0 %	10803582
62	NC_001869	GC	3	6	36705	36710	0 %	0 %	50 %	50 %	10803582
63	NC_001869	GC	3	6	36734	36739	0 %	0 %	50 %	50 %	10803582
64	NC_001869	GA	3	6	37103	37108	50 %	0 %	50 %	0 %	10803583
65	NC_001869	AG	3	6	37358	37363	50 %	0 %	50 %	0 %	10803583
66	NC_001869	CG	3	6	37517	37522	0 %	0 %	50 %	50 %	10803583
67	NC_001869	TG	3	6	38535	38540	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_001869	AT	3	6	38574	38579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_001869	AT	3	6	38611	38616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_001869	GA	3	6	38883	38888	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_001869	CA	3	6	39713	39718	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_001869	GA	3	6	39730	39735	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_001869	GA	3	6	40937	40942	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_001869	TG	3	6	41092	41097	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_001869	TC	3	6	41098	41103	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_001869	AT	3	6	41577	41582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_001869	CT	3	6	42308	42313	0 %	50 %	0 %	50 %	10803586
78	NC_001869	TC	4	8	42374	42381	0 %	50 %	0 %	50 %	10803586
79	NC_001869	AG	3	6	43375	43380	50 %	0 %	50 %	0 %	10803586
80	NC_001869	CG	3	6	43948	43953	0 %	0 %	50 %	50 %	10803587
81	NC_001869	CT	3	6	44397	44402	0 %	50 %	0 %	50 %	10803587
82	NC_001869	GC	3	6	44467	44472	0 %	0 %	50 %	50 %	10803587
83	NC_001869	GA	3	6	44552	44557	50 %	0 %	50 %	0 %	10803587
84	NC_001869	CG	4	8	45318	45325	0 %	0 %	50 %	50 %	10803588
85	NC_001869	GT	3	6	45369	45374	0 %	50 %	50 %	0 %	10803588
86	NC_001869	GC	3	6	46227	46232	0 %	0 %	50 %	50 %	10803590
87	NC_001869	AC	3	6	46613	46618	50 %	0 %	0 %	50 %	10803590
88	NC_001869	GC	3	6	46723	46728	0 %	0 %	50 %	50 %	10803590
89	NC_001869	GC	3	6	46737	46742	0 %	0 %	50 %	50 %	10803590
90	NC_001869	GC	3	6	46804	46809	0 %	0 %	50 %	50 %	10803590
91	NC_001869	CT	3	6	47057	47062	0 %	50 %	0 %	50 %	10803590
92	NC_001869	CG	3	6	47430	47435	0 %	0 %	50 %	50 %	10803591
93	NC_001869	CG	3	6	47779	47784	0 %	0 %	50 %	50 %	10803592
94	NC_001869	TC	3	6	49574	49579	0 %	50 %	0 %	50 %	10803595
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98	NC_001869	GC	3	6	53006	53011	0 %	0 %	50 %	50 %	10803599
99	NC_001869	GC	3	6	53534	53539	0 %	0 %	50 %	50 %	10803599
100	NC_001869	GC	4	8	53543	53550	0 %	0 %	50 %	50 %	10803599
101	NC_001869	TG	3	6	54447	54452	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_001869	GC	4	8	55204	55211	0 %	0 %	50 %	50 %	10803602
103	NC_001869	GC	3	6	56581	56586	0 %	0 %	50 %	50 %	10803603
104	NC_001869	CG	3	6	56785	56790	0 %	0 %	50 %	50 %	10803603
105	NC_001869	GC	3	6	56828	56833	0 %	0 %	50 %	50 %	10803603
106	NC_001869	GC	4	8	56987	56994	0 %	0 %	50 %	50 %	10803603
107	NC_001869	TA	3	6	57635	57640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_001869	TC	3	6	58053	58058	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_001869	TC	3	6	60018	60023	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_001869	CT	4	8	60203	60210	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_001869	CG	3	6	60290	60295	0 %	0 %	50 %	50 %	10803607
112	NC_001869	AC	3	6	60544	60549	50 %	0 %	0 %	50 %	10803607
113	NC_001869	AG	3	6	61155	61160	50 %	0 %	50 %	0 %	10803607
114	NC_001869	GT	3	6	61537	61542	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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116	NC_001869	TC	4	8	62132	62139	0 %	50 %	0 %	50 %	10803608
117	NC_001869	AC	3	6	62218	62223	50 %	0 %	0 %	50 %	10803608
118	NC_001869	AG	3	6	62847	62852	50 %	0 %	50 %	0 %	10803609
119	NC_001869	TC	3	6	63284	63289	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_001869	GC	3	6	63884	63889	0 %	0 %	50 %	50 %	10803610
121	NC_001869	GC	4	8	63891	63898	0 %	0 %	50 %	50 %	10803610
122	NC_001869	GA	3	6	63928	63933	50 %	0 %	50 %	0 %	10803610
123	NC_001869	GA	4	8	64040	64047	50 %	0 %	50 %	0 %	10803610
124	NC_001869	GA	3	6	64287	64292	50 %	0 %	50 %	0 %	10803610
125	NC_001869	AG	3	6	64317	64322	50 %	0 %	50 %	0 %	10803610
126	NC_001869	TC	3	6	64432	64437	0 %	50 %	0 %	50 %	10803610
127	NC_001869	TC	3	6	64700	64705	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_001869	AT	3	6	64787	64792	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_001869	CG	3	6	65224	65229	0 %	0 %	50 %	50 %	10803611
130	NC_001869	CG	3	6	66097	66102	0 %	0 %	50 %	50 %	10803612
131	NC_001869	GT	3	6	66981	66986	0 %	50 %	50 %	0 %	10803613
132	NC_001869	TG	3	6	68139	68144	0 %	50 %	50 %	0 %	10803614
133	NC_001869	GA	3	6	68568	68573	50 %	0 %	50 %	0 %	10803616
134	NC_001869	AG	3	6	68728	68733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_001869	AG	3	6	69634	69639	50 %	0 %	50 %	0 %	10803617
136	NC_001869	AG	3	6	70085	70090	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_001869	TG	3	6	70222	70227	0 %	50 %	50 %	0 %	10803618
138	NC_001869	AG	3	6	71739	71744	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_001869	GA	3	6	72730	72735	50 %	0 %	50 %	0 %	10803619
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147	NC_001869	GT	3	6	76628	76633	0 %	50 %	50 %	0 %	10803622
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.