MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid small ECE

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001733	TTA	2	6	445	450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
2	NC_001733	TCA	2	6	547	552	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
3	NC_001733	TCA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
4	NC_001733	AAT	2	6	623	628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
5	NC_001733	ATT	2	6	733	738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
6	NC_001733	ATA	2	6	744	749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
7	NC_001733	TAT	2	6	755	760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
8	NC_001733	TGA	2	6	849	854	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954533
9	NC_001733	TCA	2	6	877	882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
10	NC_001733	TTA	2	6	971	976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
11	NC_001733	ATG	2	6	1034	1039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954533
12	NC_001733	AAT	2	6	1042	1047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954533
13	NC_001733	TCT	2	6	1096	1101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954533
14	NC_001733	TCA	2	6	1117	1122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
15	NC_001733	ATT	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954533
16	NC_001733	ATC	2	6	1143	1148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
17	NC_001733	TAC	2	6	1164	1169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954533
18	NC_001733	TAA	2	6	1328	1333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
19	NC_001733	ATG	2	6	1384	1389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954534
20	NC_001733	TAT	2	6	1470	1475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
21	NC_001733	TAT	2	6	1557	1562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
22	NC_001733	TTC	2	6	1602	1607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
23	NC_001733	ATC	2	6	1626	1631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
24	NC_001733	TAA	2	6	1695	1700	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
25	NC_001733	TAA	2	6	1853	1858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
26	NC_001733	GTT	2	6	1866	1871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954534
27	NC_001733	ATA	2	6	1953	1958	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
28	NC_001733	TCT	2	6	2218	2223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
29	NC_001733	TAT	3	9	2247	2255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
30	NC_001733	AAT	2	6	2413	2418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
31	NC_001733	TAC	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
32	NC_001733	AAT	2	6	2529	2534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
33	NC_001733	TAA	2	6	2555	2560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
34	NC_001733	ATT	2	6	2646	2651	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
35	NC_001733	TAA	2	6	2733	2738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
36	NC_001733	GAT	2	6	2795	2800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954534
37	NC_001733	TCA	2	6	2974	2979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
38	NC_001733	ATC	2	6	3120	3125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
39	NC_001733	ATA	2	6	3201	3206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
40	NC_001733	TCA	2	6	3301	3306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
41	NC_001733	TAA	2	6	3407	3412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
42	NC_001733	ACA	2	6	3430	3435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954534
43	NC_001733	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
44	NC_001733	CTT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
45	NC_001733	TAA	2	6	3632	3637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
46	NC_001733	AAT	2	6	3645	3650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
47	NC_001733	ATT	2	6	3690	3695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
48	NC_001733	AAT	2	6	3703	3708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
49	NC_001733	CCA	2	6	3709	3714	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954534
50	NC_001733	TCT	2	6	3772	3777	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
51	NC_001733	AAT	2	6	3799	3804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
52	NC_001733	CAT	2	6	3818	3823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
53	NC_001733	AAT	2	6	3824	3829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
54	NC_001733	TTA	2	6	3830	3835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954534
55	NC_001733	TTC	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
56	NC_001733	ACT	2	6	4035	4040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
57	NC_001733	TCT	2	6	4123	4128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
58	NC_001733	AAT	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
59	NC_001733	ATC	2	6	4320	4325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
60	NC_001733	TAA	2	6	4332	4337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
61	NC_001733	ATC	2	6	4629	4634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954534
62	NC_001733	ATA	2	6	4714	4719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
63	NC_001733	CAA	2	6	4724	4729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954534
64	NC_001733	TAA	2	6	4733	4738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954534
65	NC_001733	CTT	2	6	4760	4765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954534
66	NC_001733	ACC	2	6	4810	4815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954534
67	NC_001733	AAC	2	6	4926	4931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954535
68	NC_001733	GAT	2	6	4959	4964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954535
69	NC_001733	ATT	2	6	5058	5063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954535
70	NC_001733	AAT	2	6	5476	5481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954536
71	NC_001733	CAA	2	6	5504	5509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954536
72	NC_001733	CAT	2	6	5521	5526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954536
73	NC_001733	AGA	2	6	5537	5542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10954536
74	NC_001733	ATT	2	6	5552	5557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954536
75	NC_001733	ATT	2	6	5574	5579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954536
76	NC_001733	ATT	2	6	5654	5659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954536
77	NC_001733	TAA	2	6	5668	5673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954536
78	NC_001733	ATT	2	6	5675	5680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954536
79	NC_001733	TAA	2	6	5842	5847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954536
80	NC_001733	ATA	2	6	5862	5867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954536
81	NC_001733	AAT	2	6	6508	6513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954537
82	NC_001733	GTT	2	6	6533	6538	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954537
83	NC_001733	CAA	2	6	6590	6595	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954537
84	NC_001733	TAC	2	6	6656	6661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954537
85	NC_001733	TAT	3	9	6696	6704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954537
86	NC_001733	ACA	2	6	6705	6710	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954537
87	NC_001733	TTA	2	6	6811	6816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954537
88	NC_001733	CTC	2	6	7009	7014	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954538
89	NC_001733	CAA	2	6	7029	7034	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954538
90	NC_001733	ATC	2	6	7072	7077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954538
91	NC_001733	ATA	2	6	7097	7102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954538
92	NC_001733	CAA	2	6	7134	7139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954538
93	NC_001733	ATA	2	6	7185	7190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954538
94	NC_001733	CTT	3	9	7216	7224	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954538
95	NC_001733	CCT	2	6	7281	7286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954538
96	NC_001733	TAT	2	6	7291	7296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954538
97	NC_001733	ATC	2	6	7414	7419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954538
98	NC_001733	ATA	2	6	7461	7466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954539
99	NC_001733	TTG	2	6	7591	7596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954539
100	NC_001733	ATA	2	6	7677	7682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954539
101	NC_001733	GTT	2	6	7783	7788	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954539
102	NC_001733	CTT	2	6	7830	7835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954539
103	NC_001733	ATA	2	6	7893	7898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954539
104	NC_001733	CAT	2	6	7907	7912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954539
105	NC_001733	CAA	2	6	8159	8164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954539
106	NC_001733	AAC	2	6	8170	8175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954539
107	NC_001733	AGT	2	6	8465	8470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954539
108	NC_001733	TGT	2	6	8579	8584	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954539
109	NC_001733	TAA	2	6	8655	8660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954539
110	NC_001733	ATA	2	6	8676	8681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954539
111	NC_001733	TAG	2	6	8704	8709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954539
112	NC_001733	ACC	2	6	8728	8733	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954539
113	NC_001733	TCT	2	6	8946	8951	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
114	NC_001733	TGT	2	6	8967	8972	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954540
115	NC_001733	TCT	2	6	8985	8990	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
116	NC_001733	AAT	2	6	9159	9164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954540
117	NC_001733	TCT	2	6	9342	9347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
118	NC_001733	TTC	2	6	9456	9461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
119	NC_001733	TCT	2	6	9555	9560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
120	NC_001733	TGT	2	6	9582	9587	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954540
121	NC_001733	CTT	2	6	9622	9627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
122	NC_001733	TAA	2	6	9785	9790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954540
123	NC_001733	CAT	2	6	9824	9829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954540
124	NC_001733	ATT	2	6	9867	9872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954540
125	NC_001733	AGT	2	6	9962	9967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954540
126	NC_001733	GAT	2	6	10092	10097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954540
127	NC_001733	TTA	2	6	10114	10119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954540
128	NC_001733	CTT	2	6	10144	10149	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
129	NC_001733	CAT	2	6	10243	10248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954540
130	NC_001733	GTT	2	6	10352	10357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954540
131	NC_001733	TAT	2	6	10655	10660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954540
132	NC_001733	CTT	2	6	10740	10745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954540
133	NC_001733	ATA	2	6	10802	10807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954540
134	NC_001733	ATC	2	6	10818	10823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954540
135	NC_001733	ATC	2	6	11273	11278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954540
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138	NC_001733	TAT	2	6	11359	11364	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954540
139	NC_001733	TTG	2	6	11399	11404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954540
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143	NC_001733	CAA	2	6	11488	11493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954540
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.