MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid large ECE

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001732	TATAA	2	10	1766	1775	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001732	TTTTA	2	10	2822	2831	20 %	80 %	0 %	0 %	10954496
3	NC_001732	TAATT	2	10	3752	3761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_001732	ACCTT	2	10	6950	6959	20 %	40 %	0 %	40 %	10954499
5	NC_001732	AATAA	2	10	7736	7745	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_001732	CATTG	2	10	8029	8038	20 %	40 %	20 %	20 %	10954500
7	NC_001732	ATGGT	2	10	8358	8367	20 %	40 %	40 %	0 %	10954501
8	NC_001732	CAAAA	2	10	9355	9364	80 %	0 %	0 %	20 %	10954503
9	NC_001732	TGATA	2	10	10235	10244	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_001732	TTTTG	2	10	10589	10598	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_001732	GATTG	2	10	10888	10897	20 %	40 %	40 %	0 %	10954504
12	NC_001732	AAAAG	2	10	11969	11978	80 %	0 %	20 %	0 %	10954504
13	NC_001732	AAAAC	2	10	12473	12482	80 %	0 %	0 %	20 %	10954504
14	NC_001732	TCAAA	2	10	12583	12592	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_001732	CTCCC	2	10	14026	14035	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_001732	TTAAC	2	10	15036	15045	40 %	40 %	0 %	20 %	10954505
17	NC_001732	TTTAT	2	10	15517	15526	20 %	80 %	0 %	0 %	10954506
18	NC_001732	TAAAT	2	10	15872	15881	60 %	40 %	0 %	0 %	10954506
19	NC_001732	TTTGG	2	10	16511	16520	0 %	60 %	40 %	0 %	10954506
20	NC_001732	AAAAT	2	10	16973	16982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_001732	TATAA	2	10	17286	17295	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_001732	ATATT	2	10	17410	17419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_001732	TTTGT	3	15	17749	17763	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_001732	AAATA	2	10	18215	18224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_001732	AAAAC	2	10	18237	18246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_001732	AAAAG	2	10	18717	18726	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_001732	GTTTA	2	10	19354	19363	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_001732	ATTGA	2	10	19835	19844	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_001732	TACAA	2	10	20218	20227	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_001732	CAATA	2	10	20244	20253	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_001732	CAATA	2	10	21254	21263	60 %	20 %	0 %	20 %	10954507
32	NC_001732	ATTAT	2	10	22268	22277	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_001732	ATTTA	2	10	22921	22930	40 %	60 %	0 %	0 %	10954509
34	NC_001732	TAATT	2	10	23737	23746	40 %	60 %	0 %	0 %	10954510
35	NC_001732	AAATC	2	10	24713	24722	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_001732	CAACA	2	10	25805	25814	60 %	0 %	0 %	40 %	10954512
37	NC_001732	CAATT	2	10	26237	26246	40 %	40 %	0 %	20 %	10954512
38	NC_001732	ACATA	2	10	27386	27395	60 %	20 %	0 %	20 %	10954512
39	NC_001732	ATTTT	2	10	27582	27591	20 %	80 %	0 %	0 %	10954512
40	NC_001732	TAATG	2	10	28013	28022	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_001732	ATTAT	2	10	28505	28514	40 %	60 %	0 %	0 %	10954513
42	NC_001732	ATTGC	2	10	29177	29186	20 %	40 %	20 %	20 %	10954515
43	NC_001732	ATTTC	2	10	29294	29303	20 %	60 %	0 %	20 %	10954515
44	NC_001732	AAGTT	2	10	29926	29935	40 %	40 %	20 %	0 %	10954515
45	NC_001732	AACCT	2	10	30716	30725	40 %	20 %	0 %	40 %	10954516
46	NC_001732	AAAAG	2	10	31173	31182	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_001732	TTTTC	2	10	31689	31698	0 %	80 %	0 %	20 %	10954517
48	NC_001732	TACAA	2	10	33015	33024	60 %	20 %	0 %	20 %	10954517
49	NC_001732	CATAA	2	10	33582	33591	60 %	20 %	0 %	20 %	10954517
50	NC_001732	AGGAG	2	10	34230	34239	40 %	0 %	60 %	0 %	10954517
51	NC_001732	GTATA	2	10	34284	34293	40 %	40 %	20 %	0 %	10954517
52	NC_001732	CAATA	2	10	35466	35475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_001732	AAAAG	2	10	35874	35883	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_001732	CATCA	2	10	36727	36736	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_001732	TTTGG	2	10	37113	37122	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_001732	CATAA	2	10	37497	37506	60 %	20 %	0 %	20 %	10954518
57	NC_001732	CTCCC	2	10	38167	38176	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_001732	TTGTT	2	10	38317	38326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_001732	TATTG	2	10	38403	38412	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_001732	TTAGT	2	10	39982	39991	20 %	60 %	20 %	0 %	10954519
61	NC_001732	AAATT	2	10	42148	42157	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_001732	TTGTT	2	10	42456	42465	0 %	80 %	20 %	0 %	10954521
63	NC_001732	AAAAC	2	10	45197	45206	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_001732	ATAAA	2	10	45256	45265	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_001732	GGGGA	2	10	45325	45334	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_001732	TTTAA	2	10	45545	45554	40 %	60 %	0 %	0 %	10954523
67	NC_001732	AATAT	2	10	47744	47753	60 %	40 %	0 %	0 %	10954525
68	NC_001732	TTTAA	2	10	47771	47780	40 %	60 %	0 %	0 %	10954525
69	NC_001732	TAAAG	2	10	49007	49016	60 %	20 %	20 %	0 %	10954526
70	NC_001732	TTGTA	2	10	51340	51349	20 %	60 %	20 %	0 %	10954527
71	NC_001732	TAATT	2	10	51500	51509	40 %	60 %	0 %	0 %	10954527
72	NC_001732	TTTTC	2	10	52191	52200	0 %	80 %	0 %	20 %	10954527
73	NC_001732	TCCCC	2	10	53751	53760	0 %	20 %	0 %	80 %	10954528
74	NC_001732	CTTCT	2	10	54312	54321	0 %	60 %	0 %	40 %	10954529
75	NC_001732	GGAAT	2	10	55996	56005	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_001732	GAATT	2	10	57925	57934	40 %	40 %	20 %	0 %	10954531
77	NC_001732	TTTTC	2	10	58097	58106	0 %	80 %	0 %	20 %	10954531

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.