MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid large ECE

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001732	TAAT	2	8	139	146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_001732	ACAA	2	8	500	507	75 %	0 %	0 %	25 %	10954493
3	NC_001732	ATAA	2	8	932	939	75 %	25 %	0 %	0 %	10954493
4	NC_001732	CTTG	2	8	1088	1095	0 %	50 %	25 %	25 %	10954494
5	NC_001732	TTCT	2	8	1531	1538	0 %	75 %	0 %	25 %	10954495
6	NC_001732	CAAC	2	8	1592	1599	50 %	0 %	0 %	50 %	10954495
7	NC_001732	TTAT	2	8	2007	2014	25 %	75 %	0 %	0 %	10954496
8	NC_001732	TTAA	2	8	2228	2235	50 %	50 %	0 %	0 %	10954496
9	NC_001732	GTTG	2	8	2458	2465	0 %	50 %	50 %	0 %	10954496
10	NC_001732	TTGA	2	8	2726	2733	25 %	50 %	25 %	0 %	10954496
11	NC_001732	GAAA	2	8	3372	3379	75 %	0 %	25 %	0 %	10954489
12	NC_001732	TCCA	2	8	3833	3840	25 %	25 %	0 %	50 %	10954497
13	NC_001732	CTTC	2	8	3969	3976	0 %	50 %	0 %	50 %	10954497
14	NC_001732	AAAT	2	8	4248	4255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_001732	ATTT	2	8	4277	4284	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_001732	ACTA	2	8	4439	4446	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_001732	TCCC	2	8	4574	4581	0 %	25 %	0 %	75 %	10954498
18	NC_001732	CCCT	2	8	4965	4972	0 %	25 %	0 %	75 %	10954498
19	NC_001732	CTTC	2	8	6124	6131	0 %	50 %	0 %	50 %	10954499
20	NC_001732	ATTT	2	8	6351	6358	25 %	75 %	0 %	0 %	10954499
21	NC_001732	TATT	2	8	6446	6453	25 %	75 %	0 %	0 %	10954499
22	NC_001732	GTAT	2	8	7419	7426	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_001732	ATGA	2	8	7776	7783	50 %	25 %	25 %	0 %	10954500
24	NC_001732	GAAT	2	8	8097	8104	50 %	25 %	25 %	0 %	10954500
25	NC_001732	ATTT	2	8	8138	8145	25 %	75 %	0 %	0 %	10954501
26	NC_001732	AAGT	2	8	8414	8421	50 %	25 %	25 %	0 %	10954501
27	NC_001732	TTAT	2	8	9404	9411	25 %	75 %	0 %	0 %	10954503
28	NC_001732	ATAA	2	8	9819	9826	75 %	25 %	0 %	0 %	10954503
29	NC_001732	TAAA	2	8	10125	10132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_001732	GTAT	2	8	10646	10653	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_001732	TTCT	2	8	11066	11073	0 %	75 %	0 %	25 %	10954504
32	NC_001732	GAGT	2	8	11247	11254	25 %	25 %	50 %	0 %	10954504
33	NC_001732	AAAG	2	8	12537	12544	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_001732	GTTG	2	8	12967	12974	0 %	50 %	50 %	0 %	18656943
35	NC_001732	ATTA	2	8	13403	13410	50 %	50 %	0 %	0 %	18656943
36	NC_001732	CTTT	2	8	13672	13679	0 %	75 %	0 %	25 %	18656943
37	NC_001732	ATTT	2	8	14395	14402	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_001732	GAAA	2	8	14575	14582	75 %	0 %	25 %	0 %	10954505
39	NC_001732	CATA	2	8	14595	14602	50 %	25 %	0 %	25 %	10954505
40	NC_001732	ATTT	2	8	14730	14737	25 %	75 %	0 %	0 %	10954505
41	NC_001732	GTTT	2	8	14910	14917	0 %	75 %	25 %	0 %	10954505
42	NC_001732	GAAG	2	8	14948	14955	50 %	0 %	50 %	0 %	10954505
43	NC_001732	TTAA	2	8	15317	15324	50 %	50 %	0 %	0 %	10954505
44	NC_001732	ATAC	2	8	15599	15606	50 %	25 %	0 %	25 %	10954506
45	NC_001732	ATTT	2	8	15862	15869	25 %	75 %	0 %	0 %	10954506
46	NC_001732	GTTT	2	8	16042	16049	0 %	75 %	25 %	0 %	10954506
47	NC_001732	CAAA	2	8	16154	16161	75 %	0 %	0 %	25 %	10954506
48	NC_001732	CTAA	2	8	16173	16180	50 %	25 %	0 %	25 %	10954506
49	NC_001732	TTAA	2	8	16449	16456	50 %	50 %	0 %	0 %	10954506
50	NC_001732	TCAA	2	8	16717	16724	50 %	25 %	0 %	25 %	10954490
51	NC_001732	TTTA	2	8	16750	16757	25 %	75 %	0 %	0 %	10954490
52	NC_001732	CCTC	2	8	16823	16830	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
53	NC_001732	CATA	2	8	16943	16950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_001732	GATT	2	8	17129	17136	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_001732	GGTA	2	8	17636	17643	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_001732	ACGA	2	8	18363	18370	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_001732	AACA	2	8	18549	18556	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_001732	ATTA	2	8	18798	18805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_001732	CATA	2	8	19267	19274	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_001732	GATT	2	8	19453	19460	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_001732	TAAA	2	8	19906	19913	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_001732	ATTA	2	8	20329	20336	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_001732	ACTA	2	8	20382	20389	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_001732	TAAC	2	8	21060	21067	50 %	25 %	0 %	25 %	10954507
65	NC_001732	GATA	2	8	21172	21179	50 %	25 %	25 %	0 %	10954507
66	NC_001732	GATA	2	8	22402	22409	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_001732	TTAA	2	8	23467	23474	50 %	50 %	0 %	0 %	10954510
68	NC_001732	CTAT	2	8	23647	23654	25 %	50 %	0 %	25 %	10954510
69	NC_001732	ATTT	2	8	24017	24024	25 %	75 %	0 %	0 %	10954510
70	NC_001732	TCTA	2	8	24177	24184	25 %	50 %	0 %	25 %	10954510
71	NC_001732	TCCT	2	8	24877	24884	0 %	50 %	0 %	50 %	10954511
72	NC_001732	AATT	2	8	25119	25126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_001732	TATC	2	8	26341	26348	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
74	NC_001732	TCTT	2	8	26438	26445	0 %	75 %	0 %	25 %	10954512
75	NC_001732	TAAA	2	8	26578	26585	75 %	25 %	0 %	0 %	10954512
76	NC_001732	TTTG	2	8	26639	26646	0 %	75 %	25 %	0 %	10954512
77	NC_001732	CATT	2	8	26670	26677	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
78	NC_001732	ATCT	2	8	26708	26715	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
79	NC_001732	TTTC	2	8	26722	26729	0 %	75 %	0 %	25 %	10954512
80	NC_001732	TTAG	2	8	26736	26743	25 %	50 %	25 %	0 %	10954512
81	NC_001732	GATA	2	8	26966	26973	50 %	25 %	25 %	0 %	10954512
82	NC_001732	AATT	2	8	27449	27456	50 %	50 %	0 %	0 %	10954512
83	NC_001732	TATC	2	8	27547	27554	25 %	50 %	0 %	25 %	10954512
84	NC_001732	TATT	2	8	27626	27633	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_001732	GTTA	2	8	28371	28378	25 %	50 %	25 %	0 %	10954513
86	NC_001732	ATAA	2	8	29167	29174	75 %	25 %	0 %	0 %	10954514
87	NC_001732	TAAT	2	8	29530	29537	50 %	50 %	0 %	0 %	10954515
88	NC_001732	ATAA	2	8	29656	29663	75 %	25 %	0 %	0 %	10954515
89	NC_001732	TTCT	2	8	30168	30175	0 %	75 %	0 %	25 %	10954515
90	NC_001732	TTAA	2	8	30221	30228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_001732	ATAA	2	8	30556	30563	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_001732	GTTT	2	8	30836	30843	0 %	75 %	25 %	0 %	10954516
93	NC_001732	AACA	2	8	31150	31157	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_001732	CAAC	2	8	31276	31283	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_001732	ATTC	2	8	31364	31371	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_001732	TTTG	2	8	31394	31401	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_001732	TTCA	2	8	32497	32504	25 %	50 %	0 %	25 %	10954517
98	NC_001732	CTTT	2	8	32597	32604	0 %	75 %	0 %	25 %	10954517
99	NC_001732	CTTT	2	8	32930	32937	0 %	75 %	0 %	25 %	10954517
100	NC_001732	ATCC	2	8	33263	33270	25 %	25 %	0 %	50 %	10954517
101	NC_001732	ATTA	2	8	33400	33407	50 %	50 %	0 %	0 %	10954517
102	NC_001732	TCAT	2	8	33953	33960	25 %	50 %	0 %	25 %	10954517
103	NC_001732	TTTA	2	8	34312	34319	25 %	75 %	0 %	0 %	10954517
104	NC_001732	TTTG	2	8	34816	34823	0 %	75 %	25 %	0 %	10954517
105	NC_001732	ATTT	2	8	35260	35267	25 %	75 %	0 %	0 %	10954517
106	NC_001732	TCAC	2	8	35353	35360	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_001732	TAGT	2	8	35653	35660	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_001732	TTAG	2	8	36957	36964	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_001732	TTAT	2	8	36987	36994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_001732	ATTT	2	8	37207	37214	25 %	75 %	0 %	0 %	10954518
111	NC_001732	AATA	2	8	37556	37563	75 %	25 %	0 %	0 %	10954518
112	NC_001732	CCCT	2	8	38151	38158	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
113	NC_001732	TGTT	2	8	38291	38298	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_001732	TTAT	2	8	38496	38503	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_001732	GTTT	2	8	38705	38712	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_001732	TAAA	2	8	39424	39431	75 %	25 %	0 %	0 %	10954519
117	NC_001732	TTTA	2	8	39515	39522	25 %	75 %	0 %	0 %	10954519
118	NC_001732	TTAA	2	8	40789	40796	50 %	50 %	0 %	0 %	10954520
119	NC_001732	GGAT	2	8	41167	41174	25 %	25 %	50 %	0 %	10954520
120	NC_001732	TTTC	2	8	41263	41270	0 %	75 %	0 %	25 %	10954520
121	NC_001732	TTAT	2	8	41410	41417	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_001732	TTTC	2	8	41452	41459	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_001732	TGTA	2	8	41744	41751	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_001732	TATT	3	12	41861	41872	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_001732	ACCA	2	8	42192	42199	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_001732	TTAT	2	8	42478	42485	25 %	75 %	0 %	0 %	10954521
127	NC_001732	TACA	2	8	43071	43078	50 %	25 %	0 %	25 %	10954521
128	NC_001732	CTAT	2	8	43125	43132	25 %	50 %	0 %	25 %	10954522
129	NC_001732	TTTC	2	8	44536	44543	0 %	75 %	0 %	25 %	10954522
130	NC_001732	CCTC	2	8	44695	44702	0 %	25 %	0 %	75 %	10954522
131	NC_001732	CAAA	2	8	45189	45196	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_001732	ACAA	2	8	45222	45229	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_001732	GAGG	2	8	45343	45350	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
134	NC_001732	AGAA	2	8	45361	45368	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_001732	TATG	2	8	45652	45659	25 %	50 %	25 %	0 %	10954523
136	NC_001732	ATAA	2	8	45694	45701	75 %	25 %	0 %	0 %	10954523
137	NC_001732	AACA	2	8	46778	46785	75 %	0 %	0 %	25 %	10954524
138	NC_001732	ATTT	2	8	47084	47091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_001732	AATT	2	8	47647	47654	50 %	50 %	0 %	0 %	10954525
140	NC_001732	TAAT	2	8	47831	47838	50 %	50 %	0 %	0 %	10954525
141	NC_001732	TAAA	2	8	48288	48295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_001732	CCTT	2	8	48969	48976	0 %	50 %	0 %	50 %	10954526
143	NC_001732	ATTA	2	8	49271	49278	50 %	50 %	0 %	0 %	10954526
144	NC_001732	AAAT	2	8	49483	49490	75 %	25 %	0 %	0 %	10954527
145	NC_001732	TTAT	2	8	49502	49509	25 %	75 %	0 %	0 %	10954527
146	NC_001732	CTTC	2	8	49530	49537	0 %	50 %	0 %	50 %	10954527
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148	NC_001732	TAAT	2	8	50345	50352	50 %	50 %	0 %	0 %	10954527
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.