MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Ralstonia solanacearum M4S plasmid pJTPS1

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001399	GCA	2	6	391	396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954630
2	NC_001399	TCA	2	6	447	452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954630
3	NC_001399	CCA	2	6	453	458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954630
4	NC_001399	GCC	2	6	467	472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954630
5	NC_001399	ACG	2	6	485	490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954630
6	NC_001399	ACG	2	6	561	566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954631
7	NC_001399	CCG	2	6	610	615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954631
8	NC_001399	CGT	2	6	631	636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954631
9	NC_001399	GTA	2	6	697	702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954631
10	NC_001399	CCA	2	6	744	749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954631
11	NC_001399	CAG	2	6	759	764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954631
12	NC_001399	GAT	2	6	813	818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954632
13	NC_001399	CAG	2	6	935	940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954632
14	NC_001399	CTT	2	6	1043	1048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954632
15	NC_001399	GAC	2	6	1088	1093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954633
16	NC_001399	GAT	2	6	1169	1174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954633
17	NC_001399	GCT	2	6	1279	1284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954633
18	NC_001399	CTC	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954634
19	NC_001399	GGC	2	6	1751	1756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954634
20	NC_001399	CGT	2	6	1809	1814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
21	NC_001399	TGC	2	6	1829	1834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
22	NC_001399	CGC	2	6	1841	1846	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
23	NC_001399	GTA	2	6	1899	1904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954634
24	NC_001399	CCA	2	6	2051	2056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954634
25	NC_001399	GCC	2	6	2064	2069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
26	NC_001399	CGC	3	9	2078	2086	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
27	NC_001399	TGA	2	6	2120	2125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954634
28	NC_001399	CAG	2	6	2130	2135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954634
29	NC_001399	CGG	2	6	2155	2160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954634
30	NC_001399	GCT	2	6	2225	2230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
31	NC_001399	TGC	2	6	2246	2251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
32	NC_001399	GCC	2	6	2351	2356	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
33	NC_001399	GCC	2	6	2383	2388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
34	NC_001399	TCA	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954634
35	NC_001399	CTG	2	6	2679	2684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
36	NC_001399	TCG	2	6	2867	2872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954636
37	NC_001399	GTT	2	6	2892	2897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954636
38	NC_001399	AGC	2	6	2901	2906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954636
39	NC_001399	GCT	2	6	3038	3043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954637
40	NC_001399	GCC	2	6	3300	3305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954637
41	NC_001399	GCT	2	6	3403	3408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954637
42	NC_001399	CGA	2	6	3438	3443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954639
43	NC_001399	CAG	2	6	3476	3481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954639
44	NC_001399	TCC	2	6	3537	3542	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954639
45	NC_001399	GCC	2	6	3591	3596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954639
46	NC_001399	CCA	2	6	3613	3618	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954639
47	NC_001399	GCC	2	6	3693	3698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954640
48	NC_001399	CAA	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954640
49	NC_001399	CAG	2	6	3793	3798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
50	NC_001399	GCC	2	6	3821	3826	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954640
51	NC_001399	CCA	2	6	3840	3845	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954640
52	NC_001399	GCA	2	6	3897	3902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
53	NC_001399	CTT	2	6	3907	3912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954640
54	NC_001399	TTC	2	6	3937	3942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954640
55	NC_001399	GCT	2	6	3954	3959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954640
56	NC_001399	ACC	2	6	4016	4021	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954640
57	NC_001399	GCG	2	6	4156	4161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954640
58	NC_001399	GAC	2	6	4215	4220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
59	NC_001399	TGA	2	6	4300	4305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954640
60	NC_001399	CGG	2	6	4500	4505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
61	NC_001399	CCG	2	6	4597	4602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
62	NC_001399	CAG	2	6	4673	4678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954642
63	NC_001399	CGC	2	6	4686	4691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
64	NC_001399	CGG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
65	NC_001399	CGT	2	6	4809	4814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954642
66	NC_001399	CGC	2	6	4854	4859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
67	NC_001399	GGC	2	6	4894	4899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
68	NC_001399	GGA	2	6	4929	4934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10954642
69	NC_001399	CTT	3	9	4971	4979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954642
70	NC_001399	GTA	2	6	5028	5033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954642
71	NC_001399	TGC	2	6	5071	5076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954642
72	NC_001399	CCA	2	6	5078	5083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954642
73	NC_001399	CGC	2	6	5166	5171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
74	NC_001399	CGG	2	6	5250	5255	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
75	NC_001399	GCA	2	6	5270	5275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954642
76	NC_001399	CCG	2	6	5324	5329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
77	NC_001399	TCA	2	6	5405	5410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954642
78	NC_001399	CCA	2	6	5437	5442	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954642
79	NC_001399	GCC	2	6	5534	5539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954643
80	NC_001399	GAT	2	6	5543	5548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954643
81	NC_001399	GCA	2	6	5589	5594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954643
82	NC_001399	ACT	2	6	5615	5620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954643
83	NC_001399	CCG	2	6	5647	5652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954643
84	NC_001399	CAT	2	6	5749	5754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954644
85	NC_001399	GAT	2	6	5814	5819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954644
86	NC_001399	CTG	2	6	5964	5969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
87	NC_001399	GTC	2	6	6045	6050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
88	NC_001399	CCT	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954644
89	NC_001399	GTC	2	6	6130	6135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
90	NC_001399	GTG	2	6	6244	6249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10954644

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.