MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Deinococcus radiodurans R1 chromosome 2

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001264	CTCGA	2	10	1304	1313	20 %	20 %	20 %	40 %	15807673
2	NC_001264	GCGTA	2	10	1407	1416	20 %	20 %	40 %	20 %	15807673
3	NC_001264	TGCCC	2	10	1521	1530	0 %	20 %	20 %	60 %	15807674
4	NC_001264	GACCG	2	10	2877	2886	20 %	0 %	40 %	40 %	15807675
5	NC_001264	GCGCG	2	10	3795	3804	0 %	0 %	60 %	40 %	15807675
6	NC_001264	ATGCG	2	10	6184	6193	20 %	20 %	40 %	20 %	15807678
7	NC_001264	GCCCT	2	10	6807	6816	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_001264	GCCGC	2	10	7320	7329	0 %	0 %	40 %	60 %	15807679
9	NC_001264	CGAAA	2	10	11932	11941	60 %	0 %	20 %	20 %	15807683
10	NC_001264	CGTCA	2	10	13205	13214	20 %	20 %	20 %	40 %	161579495
11	NC_001264	TCGCC	2	10	13928	13937	0 %	20 %	20 %	60 %	15807685
12	NC_001264	CGGCC	2	10	14319	14328	0 %	0 %	40 %	60 %	15807685
13	NC_001264	GCGCA	2	10	14926	14935	20 %	0 %	40 %	40 %	15807685
14	NC_001264	GGGCT	2	10	15327	15336	0 %	20 %	60 %	20 %	15807686
15	NC_001264	GGCCG	2	10	17027	17036	0 %	0 %	60 %	40 %	15807688
16	NC_001264	GTTCG	2	10	20179	20188	0 %	40 %	40 %	20 %	15807690
17	NC_001264	GCGCC	2	10	21221	21230	0 %	0 %	40 %	60 %	15807691
18	NC_001264	CCGCC	2	10	21320	21329	0 %	0 %	20 %	80 %	15807691
19	NC_001264	CGCAG	2	10	25318	25327	20 %	0 %	40 %	40 %	15807694
20	NC_001264	AGCGA	2	10	26273	26282	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_001264	GCGCG	2	10	26421	26430	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_001264	CCGGC	2	10	26814	26823	0 %	0 %	40 %	60 %	15808029
23	NC_001264	TTGGC	2	10	27968	27977	0 %	40 %	40 %	20 %	15807696
24	NC_001264	CGTGA	2	10	28079	28088	20 %	20 %	40 %	20 %	15807696
25	NC_001264	CTTCC	2	10	31762	31771	0 %	40 %	0 %	60 %	15807700
26	NC_001264	GGCGA	2	10	32941	32950	20 %	0 %	60 %	20 %	15807700
27	NC_001264	CGCGG	2	10	35072	35081	0 %	0 %	60 %	40 %	15807702
28	NC_001264	GGGCC	2	10	36454	36463	0 %	0 %	60 %	40 %	15807703
29	NC_001264	GACCG	2	10	36770	36779	20 %	0 %	40 %	40 %	15807703
30	NC_001264	TTGAT	2	10	38437	38446	20 %	60 %	20 %	0 %	15807704
31	NC_001264	TGGGG	2	10	39155	39164	0 %	20 %	80 %	0 %	15807705
32	NC_001264	TCTAT	2	10	39493	39502	20 %	60 %	0 %	20 %	15807705
33	NC_001264	TTTAT	2	10	39629	39638	20 %	80 %	0 %	0 %	15807705
34	NC_001264	ATACA	2	10	41371	41380	60 %	20 %	0 %	20 %	15807706
35	NC_001264	ATATG	2	10	43451	43460	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_001264	AGAAT	2	10	43881	43890	60 %	20 %	20 %	0 %	15807709
37	NC_001264	AGGAC	2	10	44087	44096	40 %	0 %	40 %	20 %	15807709
38	NC_001264	TACTC	2	10	44643	44652	20 %	40 %	0 %	40 %	15807710
39	NC_001264	CATCA	2	10	46048	46057	40 %	20 %	0 %	40 %	15807711
40	NC_001264	CGGGC	2	10	47206	47215	0 %	0 %	60 %	40 %	15807712
41	NC_001264	GTGGC	2	10	48026	48035	0 %	20 %	60 %	20 %	15807713
42	NC_001264	CGCGC	2	10	48585	48594	0 %	0 %	40 %	60 %	15807714
43	NC_001264	CTGGT	2	10	50277	50286	0 %	40 %	40 %	20 %	15807716
44	NC_001264	GCAGC	2	10	52732	52741	20 %	0 %	40 %	40 %	15807718
45	NC_001264	GCCCC	2	10	54815	54824	0 %	0 %	20 %	80 %	15807720
46	NC_001264	CGCTG	2	10	54907	54916	0 %	20 %	40 %	40 %	15807720
47	NC_001264	CGGCG	2	10	57822	57831	0 %	0 %	60 %	40 %	15807721
48	NC_001264	CGGCC	2	10	59039	59048	0 %	0 %	40 %	60 %	15807722
49	NC_001264	GGACT	2	10	59766	59775	20 %	20 %	40 %	20 %	15807723
50	NC_001264	TGCGC	2	10	60303	60312	0 %	20 %	40 %	40 %	15807723
51	NC_001264	AGGGC	2	10	61096	61105	20 %	0 %	60 %	20 %	15807724
52	NC_001264	GAAGT	2	10	61539	61548	40 %	20 %	40 %	0 %	15807725
53	NC_001264	GCAGG	2	10	63968	63977	20 %	0 %	60 %	20 %	15807727
54	NC_001264	TTCGT	2	10	65355	65364	0 %	60 %	20 %	20 %	15807728
55	NC_001264	GACCA	2	10	65736	65745	40 %	0 %	20 %	40 %	15807729
56	NC_001264	CGGCG	2	10	66020	66029	0 %	0 %	60 %	40 %	15807729
57	NC_001264	ACGGC	2	10	66349	66358	20 %	0 %	40 %	40 %	15807729
58	NC_001264	CCGAC	2	10	66475	66484	20 %	0 %	20 %	60 %	15807729
59	NC_001264	GGGCG	2	10	67040	67049	0 %	0 %	80 %	20 %	15807729
60	NC_001264	GGGTG	2	10	68324	68333	0 %	20 %	80 %	0 %	15807731
61	NC_001264	GCGGG	2	10	68342	68351	0 %	0 %	80 %	20 %	15807731
62	NC_001264	GCCGG	2	10	69352	69361	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
63	NC_001264	AGGCG	2	10	69752	69761	20 %	0 %	60 %	20 %	15807732
64	NC_001264	GCCGC	2	10	69866	69875	0 %	0 %	40 %	60 %	15807732
65	NC_001264	GTGCC	2	10	70036	70045	0 %	20 %	40 %	40 %	15807732
66	NC_001264	GTGCC	2	10	70108	70117	0 %	20 %	40 %	40 %	15807732
67	NC_001264	CGCCC	2	10	72898	72907	0 %	0 %	20 %	80 %	15807735
68	NC_001264	GCGCG	2	10	73245	73254	0 %	0 %	60 %	40 %	15807735
69	NC_001264	CGGCT	2	10	74324	74333	0 %	20 %	40 %	40 %	15807737
70	NC_001264	GCGCC	2	10	74434	74443	0 %	0 %	40 %	60 %	15807737
71	NC_001264	GGGCA	2	10	75236	75245	20 %	0 %	60 %	20 %	15807737
72	NC_001264	GTCCG	2	10	76407	76416	0 %	20 %	40 %	40 %	15807739
73	NC_001264	GCGCG	2	10	78954	78963	0 %	0 %	60 %	40 %	15807741
74	NC_001264	CCGGG	2	10	80350	80359	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_001264	CTGGG	2	10	80739	80748	0 %	20 %	60 %	20 %	15807743
76	NC_001264	CTGAC	2	10	83409	83418	20 %	20 %	20 %	40 %	15807744
77	NC_001264	CGTGG	2	10	83432	83441	0 %	20 %	60 %	20 %	15807744
78	NC_001264	CCCCG	2	10	87114	87123	0 %	0 %	20 %	80 %	15807754
79	NC_001264	CGGGG	2	10	87400	87409	0 %	0 %	80 %	20 %	15807754
80	NC_001264	AGCGC	2	10	90248	90257	20 %	0 %	40 %	40 %	15807761
81	NC_001264	GTGGC	2	10	90584	90593	0 %	20 %	60 %	20 %	15807762
82	NC_001264	CTGAC	2	10	90720	90729	20 %	20 %	20 %	40 %	15807762
83	NC_001264	GGACG	2	10	91264	91273	20 %	0 %	60 %	20 %	15807762
84	NC_001264	GCCCT	2	10	91383	91392	0 %	20 %	20 %	60 %	15807762
85	NC_001264	CAGAC	2	10	94589	94598	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_001264	ACGCC	2	10	95659	95668	20 %	0 %	20 %	60 %	15807767
87	NC_001264	CACCG	2	10	97412	97421	20 %	0 %	20 %	60 %	15807771
88	NC_001264	AAAAG	2	10	98618	98627	80 %	0 %	20 %	0 %	15807773
89	NC_001264	GGCCG	2	10	101225	101234	0 %	0 %	60 %	40 %	15807776
90	NC_001264	GCAGA	2	10	102909	102918	40 %	0 %	40 %	20 %	15807776
91	NC_001264	GGCAG	2	10	103237	103246	20 %	0 %	60 %	20 %	15807777
92	NC_001264	GGGCG	2	10	104491	104500	0 %	0 %	80 %	20 %	15807777
93	NC_001264	CGGCC	2	10	105902	105911	0 %	0 %	40 %	60 %	15807778
94	NC_001264	CCCGA	2	10	106377	106386	20 %	0 %	20 %	60 %	15807778
95	NC_001264	ACTGG	2	10	107169	107178	20 %	20 %	40 %	20 %	15807779
96	NC_001264	ACCTG	2	10	108949	108958	20 %	20 %	20 %	40 %	15807780
97	NC_001264	CCGGC	2	10	112162	112171	0 %	0 %	40 %	60 %	15807785
98	NC_001264	CCCCA	2	10	113262	113271	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
99	NC_001264	CGCGC	2	10	113453	113462	0 %	0 %	40 %	60 %	15807787
100	NC_001264	CGGCG	2	10	113664	113673	0 %	0 %	60 %	40 %	15807787
101	NC_001264	TGGCC	2	10	115105	115114	0 %	20 %	40 %	40 %	15807788
102	NC_001264	GCGCG	2	10	117806	117815	0 %	0 %	60 %	40 %	15807790
103	NC_001264	CGGCG	2	10	119521	119530	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_001264	GCACG	2	10	120496	120505	20 %	0 %	40 %	40 %	15807793
105	NC_001264	AGCGC	2	10	121890	121899	20 %	0 %	40 %	40 %	15807794
106	NC_001264	GCACG	2	10	122761	122770	20 %	0 %	40 %	40 %	15807795
107	NC_001264	GCGAG	2	10	124265	124274	20 %	0 %	60 %	20 %	15807796
108	NC_001264	GCCGC	2	10	125660	125669	0 %	0 %	40 %	60 %	15807796
109	NC_001264	GCGAG	2	10	125966	125975	20 %	0 %	60 %	20 %	15807796
110	NC_001264	GCGCG	2	10	129602	129611	0 %	0 %	60 %	40 %	15807800
111	NC_001264	GGCAG	2	10	129823	129832	20 %	0 %	60 %	20 %	15807800
112	NC_001264	CGCCT	2	10	130884	130893	0 %	20 %	20 %	60 %	15807800
113	NC_001264	GCCGG	2	10	131998	132007	0 %	0 %	60 %	40 %	15807801
114	NC_001264	CCGCC	2	10	132756	132765	0 %	0 %	20 %	80 %	15807802
115	NC_001264	GCGCT	2	10	133782	133791	0 %	20 %	40 %	40 %	15807803
116	NC_001264	GAGCG	2	10	134781	134790	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_001264	CGGCG	2	10	136408	136417	0 %	0 %	60 %	40 %	15807805
118	NC_001264	CGCGG	2	10	137191	137200	0 %	0 %	60 %	40 %	15807805
119	NC_001264	GGGCA	2	10	139691	139700	20 %	0 %	60 %	20 %	15807808
120	NC_001264	GCGCC	2	10	139921	139930	0 %	0 %	40 %	60 %	15807809
121	NC_001264	TGGTC	2	10	140049	140058	0 %	40 %	40 %	20 %	15807809
122	NC_001264	GCGCC	2	10	140268	140277	0 %	0 %	40 %	60 %	15807809
123	NC_001264	CCTTA	2	10	142233	142242	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_001264	AGGTG	2	10	142769	142778	20 %	20 %	60 %	0 %	15807812
125	NC_001264	CCATG	2	10	144297	144306	20 %	20 %	20 %	40 %	15807814
126	NC_001264	GACCT	2	10	145417	145426	20 %	20 %	20 %	40 %	15807814
127	NC_001264	GCGCC	2	10	146239	146248	0 %	0 %	40 %	60 %	15807815
128	NC_001264	GCCCG	2	10	146491	146500	0 %	0 %	40 %	60 %	15807815
129	NC_001264	GCCGC	2	10	147054	147063	0 %	0 %	40 %	60 %	15807816
130	NC_001264	GCGCC	2	10	148712	148721	0 %	0 %	40 %	60 %	15807817
131	NC_001264	GCGAG	2	10	149123	149132	20 %	0 %	60 %	20 %	15807817
132	NC_001264	GCCGG	2	10	149463	149472	0 %	0 %	60 %	40 %	15807817
133	NC_001264	GCCGC	2	10	150108	150117	0 %	0 %	40 %	60 %	15807818
134	NC_001264	TCAGC	2	10	150758	150767	20 %	20 %	20 %	40 %	15807819
135	NC_001264	CCGAG	2	10	150881	150890	20 %	0 %	40 %	40 %	15807819
136	NC_001264	CCGGG	2	10	151634	151643	0 %	0 %	60 %	40 %	15807819
137	NC_001264	CTGGT	2	10	152673	152682	0 %	40 %	40 %	20 %	15807820
138	NC_001264	GCGCC	2	10	152998	153007	0 %	0 %	40 %	60 %	15807820
139	NC_001264	CGCAG	2	10	155673	155682	20 %	0 %	40 %	40 %	15807823
140	NC_001264	GCCGC	2	10	156844	156853	0 %	0 %	40 %	60 %	15807824
141	NC_001264	GTGCC	2	10	157667	157676	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_001264	AGCCA	2	10	158979	158988	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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144	NC_001264	CGTGA	2	10	159832	159841	20 %	20 %	40 %	20 %	15807827
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148	NC_001264	CCGAC	2	10	162682	162691	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
149	NC_001264	GGCCG	2	10	162763	162772	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
150	NC_001264	TCGGC	2	10	163595	163604	0 %	20 %	40 %	40 %	15807832
151	NC_001264	GGCAG	2	10	164611	164620	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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245	NC_001264	GCGCC	2	10	259741	259750	0 %	0 %	40 %	60 %	15807911
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250	NC_001264	ATGAG	2	10	261140	261149	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
251	NC_001264	CCCCT	2	10	262726	262735	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
252	NC_001264	CCCGG	2	10	263694	263703	0 %	0 %	40 %	60 %	15807914
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256	NC_001264	TGACC	2	10	266672	266681	20 %	20 %	20 %	40 %	15808035
257	NC_001264	GTCGG	2	10	267688	267697	0 %	20 %	60 %	20 %	15807918
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262	NC_001264	TGGCG	2	10	273602	273611	0 %	20 %	60 %	20 %	15807922
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264	NC_001264	CCTCC	2	10	275883	275892	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.