MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 425

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	15603882
2	NC_000963	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15603883
3	NC_000963	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603884
4	NC_000963	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15603884
5	NC_000963	CTAATA	2	12	4442	4453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15603887
6	NC_000963	CGATAT	2	12	5337	5348	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15603887
7	NC_000963	AAAATA	2	12	5540	5551	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15603887
8	NC_000963	ATATCT	2	12	8590	8601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15603890
9	NC_000963	TTTTAT	2	12	10700	10711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15603892
10	NC_000963	AGAAAA	2	12	10931	10942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15603892
11	NC_000963	ATTAAA	2	12	11948	11959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603893
12	NC_000963	CTAATT	2	12	13540	13551	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15603895
13	NC_000963	CTATAT	2	12	14155	14166	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15603895
14	NC_000963	GAAGAT	2	12	16347	16358	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15603897
15	NC_000963	AATATA	2	12	17070	17081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603897
16	NC_000963	ATTTAA	2	12	18313	18324	50 %	50 %	0 %	0 %	15603898
17	NC_000963	AATTAT	2	12	18536	18547	50 %	50 %	0 %	0 %	15603898
18	NC_000963	TTTTGA	2	12	21348	21359	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603899
19	NC_000963	TTTGTA	2	12	21487	21498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603899
20	NC_000963	TATCAA	2	12	22140	22151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15603900
21	NC_000963	TTAGAA	2	12	23340	23351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15603903
22	NC_000963	AAAAAT	2	12	24246	24257	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15603904
23	NC_000963	CATATA	2	12	25742	25753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15603906
24	NC_000963	ATTTTT	2	12	35028	35039	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15603913
25	NC_000963	GTGAGC	2	12	40031	40042	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15603915
26	NC_000963	ATTCTT	2	12	40170	40181	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15603915
27	NC_000963	ATTTAT	2	12	42108	42119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603916
28	NC_000963	TGCAGC	2	12	53480	53491	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	15603926
29	NC_000963	ATAGTG	2	12	54713	54724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603927
30	NC_000963	AAAAAG	2	12	55541	55552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15603927
31	NC_000963	CACTTG	2	12	56791	56802	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15603929
32	NC_000963	GAAAAA	2	12	56955	56966	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15603929
33	NC_000963	TAAAAT	2	12	60882	60893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603933
34	NC_000963	GAGTAG	2	12	62030	62041	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15603933
35	NC_000963	ACTACA	2	12	65209	65220	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15603937
36	NC_000963	AGTAAA	2	12	69365	69376	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15603941
37	NC_000963	AATATT	2	12	73427	73438	50 %	50 %	0 %	0 %	15603944
38	NC_000963	TTGATT	2	12	74355	74366	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603944
39	NC_000963	TCTTGC	2	12	74725	74736	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	15603944
40	NC_000963	GAAGCA	2	12	75331	75342	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15603945
41	NC_000963	TCAAGC	2	12	75477	75488	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15603945
42	NC_000963	CTATTA	2	12	77182	77193	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15603946
43	NC_000963	TAAAGG	2	12	77369	77380	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15603946
44	NC_000963	TTTTTA	2	12	80275	80286	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15603948
45	NC_000963	ACCTAT	2	12	85150	85161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603954
46	NC_000963	TATTTA	2	12	88153	88164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603957
47	NC_000963	AAATTA	2	12	98424	98435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603965
48	NC_000963	TAGCGG	2	12	100118	100129	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15603967
49	NC_000963	TCTTTT	2	12	100476	100487	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15603967
50	NC_000963	GGTATT	2	12	101217	101228	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15603968
51	NC_000963	TTTAGT	2	12	102063	102074	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603969
52	NC_000963	TGATTT	2	12	104871	104882	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603971
53	NC_000963	TAAAAT	2	12	108627	108638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603975
54	NC_000963	AACTCT	2	12	109433	109444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603976
55	NC_000963	GGTGTT	2	12	111325	111336	0 %	50 %	50 %	0 %	15603977
56	NC_000963	TTGCTA	2	12	116988	116999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15603981
57	NC_000963	AGATAG	2	12	117154	117165	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15603981
58	NC_000963	CATCTA	2	12	120112	120123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603982
59	NC_000963	TAATGC	2	12	122120	122131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15603983
60	NC_000963	GTATCT	2	12	122481	122492	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15603983
61	NC_000963	TAAAAG	2	12	130056	130067	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15603985
62	NC_000963	GTATAG	2	12	130377	130388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603985
63	NC_000963	GATTTT	2	12	136011	136022	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15603991
64	NC_000963	GCTATG	2	12	136401	136412	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15603991
65	NC_000963	TTATAT	2	12	137430	137441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603992
66	NC_000963	CTTTTG	2	12	138558	138569	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15603993
67	NC_000963	AAAGAA	2	12	145551	145562	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15603999
68	NC_000963	GGTGAT	2	12	146666	146677	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15604000
69	NC_000963	TTAGAG	2	12	150744	150755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604005
70	NC_000963	AACTAC	2	12	154157	154168	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15604009
71	NC_000963	ATAAAA	2	12	155665	155676	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15604009
72	NC_000963	TTTTTA	2	12	156668	156679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15604010
73	NC_000963	AGTTTC	2	12	157272	157283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604011
74	NC_000963	GCAGAA	2	12	159734	159745	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15604015
75	NC_000963	TTAAAA	2	12	161686	161697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604016
76	NC_000963	CTATTG	2	12	163534	163545	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604016
77	NC_000963	AGTTTA	2	12	166687	166698	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15604017
78	NC_000963	ATCTCC	2	12	176309	176320	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15604022
79	NC_000963	ATCTTG	2	12	186182	186193	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604032
80	NC_000963	AACATT	2	12	186284	186295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15604032
81	NC_000963	TGATGG	2	12	190136	190147	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15604035
82	NC_000963	TATATT	2	12	190925	190936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604035
83	NC_000963	ATATTT	2	12	191535	191546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604035
84	NC_000963	TCACAA	2	12	193212	193223	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15604037
85	NC_000963	TCCTTT	2	12	195447	195458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604039
86	NC_000963	TTTCTT	2	12	197303	197314	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15604042
87	NC_000963	TGAAGA	2	12	197381	197392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15604042
88	NC_000963	AAATTA	2	12	198442	198453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604044
89	NC_000963	CACTAC	2	12	205629	205640	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	15604049
90	NC_000963	AAATTC	2	12	208815	208826	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15604050
91	NC_000963	AAAGCA	2	12	211106	211117	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15604051
92	NC_000963	ATTATA	2	12	211829	211840	50 %	50 %	0 %	0 %	15604052
93	NC_000963	GTATCT	2	12	213722	213733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604054
94	NC_000963	TTCTAC	2	12	216199	216210	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15604055
95	NC_000963	TTCTTT	2	12	220416	220427	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15604057
96	NC_000963	CTTCTC	2	12	221848	221859	0 %	50 %	0 %	50 %	15604058
97	NC_000963	AAAGCA	2	12	227426	227437	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15604062
98	NC_000963	TTATTT	2	12	230738	230749	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15604065
99	NC_000963	TTAAAT	2	12	236448	236459	50 %	50 %	0 %	0 %	543938675
100	NC_000963	ATTGCA	2	12	249183	249194	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15604078
101	NC_000963	TTAAAG	2	12	252164	252175	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15604079
102	NC_000963	CGTAAC	2	12	252264	252275	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15604079
103	NC_000963	TGTATC	2	12	261383	261394	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604083
104	NC_000963	TTTATT	2	12	261614	261625	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15604083
105	NC_000963	TAAAAA	2	12	261811	261822	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15604083
106	NC_000963	GAAAAT	2	12	262966	262977	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15604084
107	NC_000963	ATCATT	2	12	263375	263386	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15604084
108	NC_000963	CCTGAA	2	12	265989	266000	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15604085
109	NC_000963	TTTTGC	2	12	271224	271235	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15604089
110	NC_000963	GGGATA	2	12	275623	275634	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15604092
111	NC_000963	GGCAAT	2	12	276631	276642	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15604092
112	NC_000963	TTGTTC	2	12	278978	278989	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15604093
113	NC_000963	ACATTA	2	12	279295	279306	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15604093
114	NC_000963	TTGTAA	2	12	279467	279478	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15604094
115	NC_000963	TCACTA	2	12	280768	280779	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604095
116	NC_000963	AATGAA	2	12	282912	282923	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15604097
117	NC_000963	CTTTAG	2	12	283729	283740	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604097
118	NC_000963	AATAAA	2	12	284064	284075	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15604097
119	NC_000963	GAAGTA	2	12	285254	285265	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15604098
120	NC_000963	ATTGCT	2	12	285776	285787	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604098
121	NC_000963	TTTTAC	2	12	286927	286938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15604099
122	NC_000963	CAAGAT	2	12	288435	288446	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15604100
123	NC_000963	TTAATA	2	12	288490	288501	50 %	50 %	0 %	0 %	15604100
124	NC_000963	GAACAA	2	12	290057	290068	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	15604101
125	NC_000963	TAACTC	2	12	295534	295545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604107
126	NC_000963	ATATCT	2	12	295572	295583	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15604107
127	NC_000963	TATAAA	2	12	300304	300315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604113
128	NC_000963	TAGTAA	2	12	300963	300974	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15604113
129	NC_000963	TTAATA	2	12	304388	304399	50 %	50 %	0 %	0 %	15604117
130	NC_000963	TTATGA	2	12	306782	306793	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15604119
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132	NC_000963	AATTTA	2	12	312950	312961	50 %	50 %	0 %	0 %	15604125
133	NC_000963	TTAATT	2	12	313213	313224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604125
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136	NC_000963	ATTCCT	2	12	317741	317752	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15604128
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152	NC_000963	ATGTCT	2	12	369264	369275	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15604169
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235	NC_000963	TCTAGC	2	12	563420	563431	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15604317
236	NC_000963	AAGTAA	2	12	568478	568489	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15604322
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239	NC_000963	TAAATT	2	12	581926	581937	50 %	50 %	0 %	0 %	15604331
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.