MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 1195

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	TTAAT	2	10	1880	1889	40 %	60 %	0 %	0 %	15603884
2	NC_000963	TTTTA	2	10	2441	2450	20 %	80 %	0 %	0 %	15603885
3	NC_000963	ATTTA	2	10	2794	2803	40 %	60 %	0 %	0 %	15603885
4	NC_000963	GCAAA	2	10	3251	3260	60 %	0 %	20 %	20 %	15603886
5	NC_000963	TAAAT	2	10	4734	4743	60 %	40 %	0 %	0 %	15603887
6	NC_000963	GTAGT	2	10	5045	5054	20 %	40 %	40 %	0 %	15603887
7	NC_000963	AATGC	2	10	5706	5715	40 %	20 %	20 %	20 %	15603887
8	NC_000963	AATAC	2	10	6935	6944	60 %	20 %	0 %	20 %	15603888
9	NC_000963	AAACC	2	10	8104	8113	60 %	0 %	0 %	40 %	15603890
10	NC_000963	TGACT	2	10	8807	8816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_000963	GATAC	2	10	8991	9000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000963	ATTTA	2	10	9350	9359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000963	TTAAT	2	10	10607	10616	40 %	60 %	0 %	0 %	15603891
14	NC_000963	ACAAT	2	10	11056	11065	60 %	20 %	0 %	20 %	15603892
15	NC_000963	TAAAC	2	10	14640	14649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000963	TCAAT	2	10	15891	15900	40 %	40 %	0 %	20 %	15603896
17	NC_000963	AATCA	2	10	16114	16123	60 %	20 %	0 %	20 %	15603897
18	NC_000963	TTACT	2	10	17213	17222	20 %	60 %	0 %	20 %	15603897
19	NC_000963	AGATA	2	10	18448	18457	60 %	20 %	20 %	0 %	15603898
20	NC_000963	TCAAA	2	10	18478	18487	60 %	20 %	0 %	20 %	15603898
21	NC_000963	ATTTA	2	10	19316	19325	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000963	AGTTT	2	10	19514	19523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000963	TATAA	2	10	19747	19756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000963	AATCT	2	10	20557	20566	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_000963	TAAAA	2	10	20918	20927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000963	TTTGT	2	10	21430	21439	0 %	80 %	20 %	0 %	15603899
27	NC_000963	TAAAT	2	10	21621	21630	60 %	40 %	0 %	0 %	15603899
28	NC_000963	TTTGT	2	10	21938	21947	0 %	80 %	20 %	0 %	15603900
29	NC_000963	AATAA	2	10	22871	22880	80 %	20 %	0 %	0 %	15603902
30	NC_000963	CTATA	2	10	23530	23539	40 %	40 %	0 %	20 %	15603904
31	NC_000963	TAATA	2	10	23753	23762	60 %	40 %	0 %	0 %	15603904
32	NC_000963	CCATA	2	10	27815	27824	40 %	20 %	0 %	40 %	15603908
33	NC_000963	TTGAG	2	10	28478	28487	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000963	ATTTT	2	10	29199	29208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000963	TATTT	2	10	29775	29784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000963	GTTTC	2	10	30293	30302	0 %	60 %	20 %	20 %	15603909
37	NC_000963	ATATT	2	10	31061	31070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000963	ATTAA	2	10	31693	31702	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000963	CTTAA	2	10	32047	32056	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000963	ATTTA	2	10	32184	32193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000963	AAATT	2	10	32767	32776	60 %	40 %	0 %	0 %	15603910
42	NC_000963	TTTTA	2	10	33597	33606	20 %	80 %	0 %	0 %	15603911
43	NC_000963	TTGAT	2	10	39548	39557	20 %	60 %	20 %	0 %	15603915
44	NC_000963	AATTG	2	10	39582	39591	40 %	40 %	20 %	0 %	15603915
45	NC_000963	ATATG	2	10	39741	39750	40 %	40 %	20 %	0 %	15603915
46	NC_000963	ATTAT	2	10	40648	40657	40 %	60 %	0 %	0 %	15603915
47	NC_000963	GTATT	2	10	41419	41428	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000963	ATAAC	2	10	43773	43782	60 %	20 %	0 %	20 %	15603917
49	NC_000963	TAACA	2	10	44002	44011	60 %	20 %	0 %	20 %	15603917
50	NC_000963	TTTAA	2	10	44138	44147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000963	AATTG	2	10	46050	46059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000963	AATAT	2	10	46181	46190	60 %	40 %	0 %	0 %	15603921
53	NC_000963	TACCT	2	10	47322	47331	20 %	40 %	0 %	40 %	15603921
54	NC_000963	TGGTA	2	10	48842	48851	20 %	40 %	40 %	0 %	15603922
55	NC_000963	AAATT	2	10	50893	50902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000963	AACTA	2	10	51742	51751	60 %	20 %	0 %	20 %	15603924
57	NC_000963	ACTTT	2	10	53180	53189	20 %	60 %	0 %	20 %	15603926
58	NC_000963	TTAAA	2	10	54097	54106	60 %	40 %	0 %	0 %	15603926
59	NC_000963	AATAT	2	10	54149	54158	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000963	CAAGT	2	10	54479	54488	40 %	20 %	20 %	20 %	15603927
61	NC_000963	CTATG	2	10	55326	55335	20 %	40 %	20 %	20 %	15603927
62	NC_000963	GCTAA	2	10	56337	56346	40 %	20 %	20 %	20 %	15603928
63	NC_000963	TTTAC	2	10	58687	58696	20 %	60 %	0 %	20 %	15603931
64	NC_000963	AGCAT	2	10	58712	58721	40 %	20 %	20 %	20 %	15603931
65	NC_000963	GGGTT	2	10	60273	60282	0 %	40 %	60 %	0 %	15603932
66	NC_000963	TTTAT	2	10	60649	60658	20 %	80 %	0 %	0 %	15603932
67	NC_000963	GTTTT	2	10	61840	61849	0 %	80 %	20 %	0 %	15603933
68	NC_000963	ACAAT	2	10	62320	62329	60 %	20 %	0 %	20 %	15603934
69	NC_000963	TTTTC	2	10	62708	62717	0 %	80 %	0 %	20 %	15603934
70	NC_000963	CAATG	2	10	65600	65609	40 %	20 %	20 %	20 %	15603937
71	NC_000963	ATAAA	2	10	66015	66024	80 %	20 %	0 %	0 %	15603938
72	NC_000963	TAAAT	2	10	66421	66430	60 %	40 %	0 %	0 %	15603938
73	NC_000963	ATTAA	2	10	66769	66778	60 %	40 %	0 %	0 %	15603938
74	NC_000963	ATATT	2	10	69953	69962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000963	TAACA	2	10	70254	70263	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_000963	AATGA	2	10	70296	70305	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000963	ACAAA	2	10	71898	71907	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000963	TTAAT	2	10	74809	74818	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000963	TGAAA	2	10	77663	77672	60 %	20 %	20 %	0 %	15603946
80	NC_000963	TTGAT	2	10	78990	78999	20 %	60 %	20 %	0 %	15603947
81	NC_000963	ATATA	2	10	79625	79634	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000963	TTGTA	2	10	79746	79755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000963	AAAAT	2	10	80513	80522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000963	ATTTA	2	10	80836	80845	40 %	60 %	0 %	0 %	15603949
85	NC_000963	TTAGT	2	10	85832	85841	20 %	60 %	20 %	0 %	15603955
86	NC_000963	TTAAT	2	10	88043	88052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000963	TTATT	2	10	89064	89073	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000963	TTAAC	2	10	89088	89097	40 %	40 %	0 %	20 %	15603959
89	NC_000963	ATATT	2	10	89331	89340	40 %	60 %	0 %	0 %	15603959
90	NC_000963	TCTTT	2	10	90171	90180	0 %	80 %	0 %	20 %	15603960
91	NC_000963	TTTAA	2	10	90582	90591	40 %	60 %	0 %	0 %	15603961
92	NC_000963	TCCTT	2	10	91056	91065	0 %	60 %	0 %	40 %	15603961
93	NC_000963	ATTGT	2	10	91134	91143	20 %	60 %	20 %	0 %	15603961
94	NC_000963	TACTT	2	10	93553	93562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_000963	TTATG	2	10	94485	94494	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000963	TTATG	2	10	96416	96425	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000963	AGTTA	2	10	96457	96466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000963	TCTAT	2	10	98529	98538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_000963	ATAAA	2	10	101050	101059	80 %	20 %	0 %	0 %	15603967
100	NC_000963	TATAA	2	10	101084	101093	60 %	40 %	0 %	0 %	15603967
101	NC_000963	TAAAA	2	10	103301	103310	80 %	20 %	0 %	0 %	15603970
102	NC_000963	AAAAC	2	10	103997	104006	80 %	0 %	0 %	20 %	15603970
103	NC_000963	TTTAA	2	10	104073	104082	40 %	60 %	0 %	0 %	15603970
104	NC_000963	TGAAA	2	10	105523	105532	60 %	20 %	20 %	0 %	15603972
105	NC_000963	CTTGT	2	10	108291	108300	0 %	60 %	20 %	20 %	15603974
106	NC_000963	ATGAT	2	10	109208	109217	40 %	40 %	20 %	0 %	15603975
107	NC_000963	TTAAT	2	10	109884	109893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000963	ATTTT	2	10	109938	109947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000963	TTATT	2	10	110107	110116	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000963	AGTAG	2	10	111879	111888	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000963	CACTA	2	10	112140	112149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_000963	AATAC	2	10	112284	112293	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_000963	AAATC	2	10	112418	112427	60 %	20 %	0 %	20 %	15603979
114	NC_000963	TTATA	2	10	113724	113733	40 %	60 %	0 %	0 %	543938667
115	NC_000963	GTAAT	2	10	113862	113871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000963	TGCTT	2	10	114229	114238	0 %	60 %	20 %	20 %	15603980
117	NC_000963	TTTTA	2	10	115346	115355	20 %	80 %	0 %	0 %	15603980
118	NC_000963	GCTTT	2	10	116922	116931	0 %	60 %	20 %	20 %	15603981
119	NC_000963	TATGT	2	10	117575	117584	20 %	60 %	20 %	0 %	15603981
120	NC_000963	TCTAC	2	10	117920	117929	20 %	40 %	0 %	40 %	15603981
121	NC_000963	AGAAA	2	10	119446	119455	80 %	0 %	20 %	0 %	15603981
122	NC_000963	GTTTT	2	10	120131	120140	0 %	80 %	20 %	0 %	15603982
123	NC_000963	TGCAG	2	10	120464	120473	20 %	20 %	40 %	20 %	15603982
124	NC_000963	GGTAT	2	10	121161	121170	20 %	40 %	40 %	0 %	15603982
125	NC_000963	ATCTA	2	10	122339	122348	40 %	40 %	0 %	20 %	15603983
126	NC_000963	GTTTG	2	10	122770	122779	0 %	60 %	40 %	0 %	15603983
127	NC_000963	ACAAG	2	10	124725	124734	60 %	0 %	20 %	20 %	15603983
128	NC_000963	AGTTT	2	10	125036	125045	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
129	NC_000963	TTAGT	2	10	125559	125568	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
130	NC_000963	GTTAT	2	10	126960	126969	20 %	60 %	20 %	0 %	15603984
131	NC_000963	ATGGT	2	10	128101	128110	20 %	40 %	40 %	0 %	15603985
132	NC_000963	TATTT	2	10	129035	129044	20 %	80 %	0 %	0 %	15603985
133	NC_000963	CAAAG	2	10	129427	129436	60 %	0 %	20 %	20 %	15603985
134	NC_000963	GAACA	2	10	129837	129846	60 %	0 %	20 %	20 %	15603985
135	NC_000963	TGATA	2	10	130813	130822	40 %	40 %	20 %	0 %	15603985
136	NC_000963	TGTAT	2	10	135480	135489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000963	TTTAA	2	10	136545	136554	40 %	60 %	0 %	0 %	15603991
138	NC_000963	GGTTT	2	10	137663	137672	0 %	60 %	40 %	0 %	15603992
139	NC_000963	TATGT	2	10	141770	141779	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000963	ATTAA	2	10	142021	142030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000963	TATCA	2	10	143540	143549	40 %	40 %	0 %	20 %	15603997
142	NC_000963	TAGCT	2	10	143627	143636	20 %	40 %	20 %	20 %	15603997
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264	NC_000963	AGTAA	2	10	265353	265362	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
265	NC_000963	ATAAA	2	10	266611	266620	80 %	20 %	0 %	0 %	15604085
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273	NC_000963	AAATA	2	10	272688	272697	80 %	20 %	0 %	0 %	15604090
274	NC_000963	ATCAT	2	10	273152	273161	40 %	40 %	0 %	20 %	15604091
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