MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 405

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	TGACT	2	10	8807	8816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_000963	GATAC	2	10	8991	9000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000963	ATTTA	2	10	9350	9359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000963	TAAAC	2	10	14640	14649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_000963	ATTTA	2	10	19316	19325	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000963	AGTTT	2	10	19514	19523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000963	TATAA	2	10	19747	19756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000963	AATCT	2	10	20557	20566	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_000963	TAAAA	2	10	20918	20927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000963	TTGAG	2	10	28478	28487	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000963	ATTTT	2	10	29199	29208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000963	TATTT	2	10	29775	29784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000963	ATATT	2	10	31061	31070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000963	ATTAA	2	10	31693	31702	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000963	CTTAA	2	10	32047	32056	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000963	ATTTA	2	10	32184	32193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000963	GTATT	2	10	41419	41428	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000963	TTTAA	2	10	44138	44147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000963	AATTG	2	10	46050	46059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000963	AAATT	2	10	50893	50902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000963	AATAT	2	10	54149	54158	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000963	ATATT	2	10	69953	69962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000963	TAACA	2	10	70254	70263	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_000963	AATGA	2	10	70296	70305	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000963	ACAAA	2	10	71898	71907	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_000963	TTAAT	2	10	74809	74818	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000963	ATATA	2	10	79625	79634	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000963	TTGTA	2	10	79746	79755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000963	AAAAT	2	10	80513	80522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000963	TTAAT	2	10	88043	88052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000963	TTATT	2	10	89064	89073	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000963	TACTT	2	10	93553	93562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000963	TTATG	2	10	94485	94494	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000963	TTATG	2	10	96416	96425	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000963	AGTTA	2	10	96457	96466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000963	TCTAT	2	10	98529	98538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_000963	TTAAT	2	10	109884	109893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000963	ATTTT	2	10	109938	109947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000963	TTATT	2	10	110107	110116	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000963	AGTAG	2	10	111879	111888	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000963	CACTA	2	10	112140	112149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_000963	AATAC	2	10	112284	112293	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_000963	GTAAT	2	10	113862	113871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000963	TGTAT	2	10	135480	135489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000963	TATGT	2	10	141770	141779	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000963	ATTAA	2	10	142021	142030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000963	TAAGC	2	10	148481	148490	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_000963	TAAAT	2	10	148502	148511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000963	TGAAA	2	10	149855	149864	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000963	TTAAG	2	10	150391	150400	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000963	ATTAA	2	10	159931	159940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000963	ATATT	2	10	160470	160479	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000963	TTCAT	2	10	172435	172444	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_000963	AAGAT	2	10	175009	175018	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000963	TATTT	2	10	184014	184023	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000963	ATGTA	2	10	189379	189388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000963	TAATA	2	10	201937	201946	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000963	AATTT	2	10	203387	203396	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000963	AACTT	2	10	205488	205497	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_000963	ATTAA	2	10	207729	207738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000963	AAATC	2	10	209606	209615	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_000963	ATATT	2	10	209802	209811	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000963	TAAAA	2	10	209967	209976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000963	ATTTT	2	10	210199	210208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000963	ATGTG	2	10	226635	226644	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000963	ATAAA	2	10	229927	229936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000963	TATCA	2	10	231304	231313	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_000963	ATATG	2	10	233781	233790	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000963	TAAAA	2	10	234441	234450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000963	AATTA	2	10	237439	237448	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000963	ATATA	2	10	237505	237514	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000963	ATTAT	2	10	237527	237536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000963	ACTAA	2	10	237586	237595	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_000963	ATTGC	2	10	238027	238036	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_000963	TATAA	2	10	238202	238211	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000963	AATGT	2	10	238573	238582	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000963	TAGTA	2	10	239025	239034	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000963	AACAA	2	10	244454	244463	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_000963	CTAAA	2	10	250037	250046	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_000963	TTTAA	2	10	250055	250064	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000963	AAATT	2	10	250535	250544	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000963	ATTTA	2	10	250651	250660	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000963	ATTTT	2	10	255215	255224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000963	ATCCC	2	10	260906	260915	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_000963	TGCAA	2	10	260991	261000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_000963	TTTGT	2	10	262308	262317	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000963	ATATA	2	10	264753	264762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000963	ACCAT	2	10	265307	265316	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_000963	AGTAA	2	10	265353	265362	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000963	AAATA	2	10	267038	267047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000963	CATTT	2	10	271469	271478	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000963	TAAAG	2	10	273807	273816	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000963	GTAAT	2	10	274144	274153	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000963	TGATA	2	10	274236	274245	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000963	ATTTC	2	10	274658	274667	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_000963	TAATA	2	10	277298	277307	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000963	AAAAG	2	10	278936	278945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000963	ATTAA	2	10	280713	280722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000963	TAGTT	2	10	284542	284551	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000963	TAGAA	2	10	289728	289737	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000963	TAATT	2	10	294815	294824	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000963	ATAAG	2	10	303488	303497	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000963	TGCAA	2	10	308035	308044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_000963	TATAA	2	10	310457	310466	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000963	AAATA	2	10	310498	310507	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000963	TTATG	2	10	312280	312289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000963	ATATA	2	10	316185	316194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000963	AATAA	2	10	317700	317709	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000963	ATTTA	2	10	321940	321949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000963	TATAA	2	10	325510	325519	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000963	TAATA	2	10	325704	325713	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000963	CAATA	2	10	332776	332785	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_000963	AAATA	2	10	332934	332943	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000963	TATAA	2	10	332999	333008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000963	TAAAC	2	10	339005	339014	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_000963	AAATT	2	10	339285	339294	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000963	CATAA	2	10	341475	341484	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_000963	AAATA	2	10	342101	342110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000963	TTATT	2	10	346053	346062	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000963	TTAAT	2	10	353311	353320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000963	CTATT	2	10	361893	361902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_000963	AATAT	2	10	368227	368236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000963	ATATC	2	10	369676	369685	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_000963	AATAA	2	10	369993	370002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000963	TAATT	2	10	375591	375600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000963	CATTA	2	10	380062	380071	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_000963	ACATA	2	10	380181	380190	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_000963	TAATG	2	10	382255	382264	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000963	ATTTT	2	10	382335	382344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000963	AATAA	2	10	382755	382764	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000963	TACAA	2	10	396249	396258	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_000963	TACAC	2	10	397524	397533	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_000963	TAGAT	2	10	397822	397831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000963	TTGTA	2	10	399952	399961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000963	CATTA	2	10	402355	402364	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_000963	GATAT	2	10	402508	402517	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000963	TGATA	2	10	403997	404006	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000963	TTATT	2	10	407991	408000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000963	TATTG	2	10	408061	408070	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000963	AATAA	2	10	408162	408171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000963	TATGG	2	10	422266	422275	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000963	TCTAT	2	10	432235	432244	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_000963	ATGAT	2	10	432349	432358	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000963	AAAAG	2	10	440593	440602	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000963	TTAAT	2	10	441655	441664	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000963	ATATT	2	10	443030	443039	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000963	GACAA	2	10	446300	446309	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_000963	TGCTT	2	10	446950	446959	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_000963	GTACT	2	10	449934	449943	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.