MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 18052

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
2	NC_000963	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603882
3	NC_000963	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
4	NC_000963	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
5	NC_000963	ATG	3	9	392	400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603882
6	NC_000963	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603882
7	NC_000963	TAG	3	9	572	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603882
8	NC_000963	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
9	NC_000963	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603882
10	NC_000963	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603882
11	NC_000963	ATT	2	6	834	839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000963	GTT	2	6	884	889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000963	ACA	2	6	927	932	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
14	NC_000963	ACA	2	6	963	968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
15	NC_000963	GTG	2	6	1064	1069	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15603883
16	NC_000963	ATA	2	6	1095	1100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603883
17	NC_000963	TGA	2	6	1154	1159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603883
18	NC_000963	TGT	2	6	1210	1215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15603883
19	NC_000963	CAA	2	6	1254	1259	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
20	NC_000963	TAA	2	6	1283	1288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603883
21	NC_000963	TGC	2	6	1590	1595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603884
22	NC_000963	ATA	3	9	1667	1675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
23	NC_000963	GTA	2	6	1733	1738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
24	NC_000963	TGA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
25	NC_000963	GCA	2	6	1846	1851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603884
26	NC_000963	GAA	2	6	1890	1895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603884
27	NC_000963	AAT	2	6	1920	1925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
28	NC_000963	TCA	2	6	1932	1937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603884
29	NC_000963	AGA	2	6	1938	1943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603884
30	NC_000963	TTA	2	6	1975	1980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603884
31	NC_000963	GAT	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
32	NC_000963	ACA	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603884
33	NC_000963	TAA	2	6	2046	2051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
34	NC_000963	ATA	2	6	2193	2198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
35	NC_000963	TTA	2	6	2223	2228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603885
36	NC_000963	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
37	NC_000963	ATA	2	6	2478	2483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
38	NC_000963	ATG	2	6	2739	2744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603885
39	NC_000963	TAA	2	6	2746	2751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
40	NC_000963	TTA	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603885
41	NC_000963	CTC	2	6	2970	2975	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15603886
42	NC_000963	ATT	2	6	2981	2986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
43	NC_000963	ATT	2	6	2994	2999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
44	NC_000963	AAG	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603886
45	NC_000963	ATT	2	6	3107	3112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
46	NC_000963	GAA	2	6	3281	3286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603886
47	NC_000963	AGC	2	6	3310	3315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603886
48	NC_000963	TGC	2	6	3322	3327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603886
49	NC_000963	TTA	2	6	3343	3348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
50	NC_000963	TCA	2	6	3359	3364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603886
51	NC_000963	CAA	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603886
52	NC_000963	GAT	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603886
53	NC_000963	ATT	2	6	3537	3542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
54	NC_000963	AGC	2	6	3723	3728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603886
55	NC_000963	TAT	2	6	3735	3740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000963	GCA	2	6	3763	3768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603887
57	NC_000963	AGA	2	6	3861	3866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
58	NC_000963	CTT	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603887
59	NC_000963	TAT	2	6	4012	4017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
60	NC_000963	TTA	2	6	4018	4023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
61	NC_000963	AAC	2	6	4195	4200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603887
62	NC_000963	AAT	3	9	4231	4239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
63	NC_000963	TGA	2	6	4403	4408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
64	NC_000963	TGA	2	6	4454	4459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
65	NC_000963	ATA	2	6	4477	4482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
66	NC_000963	GGT	2	6	4486	4491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15603887
67	NC_000963	CTT	2	6	4496	4501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603887
68	NC_000963	AGA	3	9	4584	4592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
69	NC_000963	GAA	2	6	4606	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
70	NC_000963	AAG	2	6	4637	4642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
71	NC_000963	GAA	2	6	4654	4659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
72	NC_000963	TAA	2	6	4674	4679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
73	NC_000963	GGA	2	6	4684	4689	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15603887
74	NC_000963	TAT	2	6	4699	4704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
75	NC_000963	TAC	2	6	4857	4862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603887
76	NC_000963	AGT	2	6	4924	4929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
77	NC_000963	ATA	2	6	4982	4987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
78	NC_000963	AAG	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
79	NC_000963	TTA	2	6	5090	5095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
80	NC_000963	ATT	2	6	5162	5167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
81	NC_000963	TAA	2	6	5184	5189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
82	NC_000963	TGC	2	6	5241	5246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603887
83	NC_000963	ATT	2	6	5285	5290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
84	NC_000963	CTA	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603887
85	NC_000963	AGT	2	6	5430	5435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
86	NC_000963	ATT	3	9	5488	5496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
87	NC_000963	TAA	2	6	5612	5617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
88	NC_000963	TAA	2	6	5684	5689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
89	NC_000963	ATG	2	6	5716	5721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
90	NC_000963	AAT	2	6	5808	5813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
91	NC_000963	TAG	2	6	5884	5889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000963	ATT	2	6	5895	5900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000963	TCT	2	6	5901	5906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_000963	GTT	2	6	5908	5913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000963	TAA	2	6	5926	5931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000963	CAT	2	6	6022	6027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_000963	TAA	2	6	6037	6042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000963	ATA	2	6	6120	6125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000963	ATT	2	6	6174	6179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000963	CTA	3	9	6252	6260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603888
101	NC_000963	AAT	2	6	6278	6283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603888
102	NC_000963	ATT	2	6	6299	6304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603888
103	NC_000963	CAA	2	6	6337	6342	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603888
104	NC_000963	TCT	2	6	6366	6371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603888
105	NC_000963	TAC	2	6	6460	6465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603888
106	NC_000963	ATC	2	6	6516	6521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603888
107	NC_000963	CCA	2	6	6564	6569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15603888
108	NC_000963	ATT	2	6	6570	6575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603888
109	NC_000963	TTA	2	6	6684	6689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603888
110	NC_000963	TAT	2	6	6757	6762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603888
111	NC_000963	ATT	2	6	6771	6776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603888
112	NC_000963	TAC	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603888
113	NC_000963	GTA	2	6	6996	7001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603888
114	NC_000963	CTT	2	6	7216	7221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603889
115	NC_000963	TAG	2	6	7228	7233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603889
116	NC_000963	AGC	2	6	7259	7264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603889
117	NC_000963	TAT	2	6	7367	7372	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603889
118	NC_000963	CTA	2	6	7405	7410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603889
119	NC_000963	TTA	2	6	7503	7508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000963	ATT	2	6	7554	7559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000963	ACA	2	6	7637	7642	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_000963	ACT	2	6	7658	7663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603890
123	NC_000963	ATA	2	6	7705	7710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603890
124	NC_000963	CCT	2	6	7789	7794	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15603890
125	NC_000963	TCC	2	6	7851	7856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15603890
126	NC_000963	ATA	2	6	7912	7917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603890
127	NC_000963	TCT	2	6	7978	7983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603890
128	NC_000963	ATA	2	6	7984	7989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603890
129	NC_000963	TAG	2	6	8015	8020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603890
130	NC_000963	ATT	2	6	8040	8045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603890
131	NC_000963	ATG	2	6	8079	8084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603890
132	NC_000963	CTA	2	6	8135	8140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603890
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134	NC_000963	TCG	2	6	8152	8157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603890
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