MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium tuberculosis H37Rv complete genome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000962	ACCGCG	2	12	31089	31100	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_000962	CGTCGG	2	12	66736	66747	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_000962	CAACGG	2	12	76221	76232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_000962	TCACCT	2	12	80396	80407	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_000962	GCGGTG	2	12	104744	104755	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_000962	CTCGGT	2	12	149374	149385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_000962	GCCGCG	2	12	180932	180943	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_000962	CCCCGA	2	12	293630	293641	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_000962	AGATTC	2	12	330363	330374	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_000962	GGTCGC	2	12	342061	342072	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_000962	ATAGTC	2	12	542972	542983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_000962	ACCAGT	2	12	590999	591010	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_000962	CGCCGT	2	12	719925	719936	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_000962	CGCGGG	2	12	829822	829833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_000962	CCGGCG	2	12	863159	863170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_000962	ACCGGG	2	12	869880	869891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_000962	GCGGCC	2	12	908128	908139	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_000962	ACAGCA	2	12	909501	909512	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_000962	CTGGGT	2	12	924340	924351	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_000962	CAGTCG	2	12	932078	932089	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_000962	TCGGGT	2	12	965579	965590	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_000962	CAACGG	2	12	1029358	1029369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_000962	GATCGA	2	12	1029409	1029420	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_000962	GACTGC	2	12	1033813	1033824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_000962	CGCCGG	2	12	1052677	1052688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_000962	GGCGCA	2	12	1094463	1094474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_000962	CAATGC	2	12	1123650	1123661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_000962	TTGGTG	2	12	1151786	1151797	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000962	TTCCGT	2	12	1162479	1162490	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_000962	TAGCCA	2	12	1196249	1196260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_000962	AGTTAC	2	12	1221944	1221955	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_000962	AGGACG	2	12	1282936	1282947	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_000962	AGGCCA	2	12	1341295	1341306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_000962	TCGACA	2	12	1368744	1368755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_000962	CCGAGT	2	12	1419822	1419833	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_000962	CACGCG	2	12	1525005	1525016	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_000962	ATATTC	2	12	1561390	1561401	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_000962	GCCCCT	2	12	1634645	1634656	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_000962	GCCCCT	2	12	1638247	1638258	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_000962	CGAGTG	2	12	1790107	1790118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_000962	GGCGCC	2	12	1836332	1836343	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_000962	CCGCGG	2	12	1900047	1900058	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_000962	TAGCGG	2	12	1927152	1927163	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_000962	ACCGCA	2	12	1929089	1929100	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_000962	GGTGAT	2	12	2041743	2041754	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000962	TTCGGC	2	12	2055652	2055663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_000962	AGAGGG	2	12	2075833	2075844	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000962	ACCGTG	2	12	2142285	2142296	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_000962	GCTGGG	2	12	2144916	2144927	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_000962	CGCGAG	2	12	2176529	2176540	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_000962	CGGTTG	2	12	2230944	2230955	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_000962	GCCGCA	2	12	2233849	2233860	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_000962	CGGCTC	2	12	2263162	2263173	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_000962	TGCACT	2	12	2338584	2338595	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_000962	ATAGAA	2	12	2367003	2367014	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000962	CTCAAC	2	12	2409580	2409591	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_000962	CCGCTG	2	12	2431541	2431552	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_000962	CACCGC	2	12	2439998	2440009	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_000962	GCGTCG	2	12	2492370	2492381	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_000962	GCAACC	2	12	2632202	2632213	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_000962	CACGTG	2	12	2715361	2715372	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_000962	GAGGTC	2	12	2718973	2718984	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_000962	CCGGCA	2	12	2733024	2733035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_000962	CGCCAC	2	12	2792571	2792582	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_000962	TCAAAC	2	12	2794324	2794335	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_000962	GCACCC	2	12	2822394	2822405	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_000962	CGACGG	2	12	2870675	2870686	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_000962	GCCCGA	2	12	2877770	2877781	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_000962	GTATTG	2	12	2916207	2916218	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000962	CCGTTG	2	12	2926143	2926154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_000962	GGCGCC	2	12	2945831	2945842	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_000962	CGGAAG	2	12	2953300	2953311	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_000962	GTTCGG	2	12	2960053	2960064	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_000962	CATATT	2	12	3015079	3015090	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_000962	CCGGCA	2	12	3079156	3079167	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_000962	CGTTGC	2	12	3100170	3100181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_000962	CATCAC	2	12	3184782	3184793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_000962	TCGCCG	2	12	3291432	3291443	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_000962	TCGCCG	2	12	3291489	3291500	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_000962	CGCCAC	2	12	3307510	3307521	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_000962	GGCCGG	2	12	3313209	3313220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_000962	CACCGA	2	12	3379568	3379579	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_000962	GAATGG	2	12	3380087	3380098	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000962	CGTAGG	2	12	3381157	3381168	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_000962	CGATGC	2	12	3415095	3415106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_000962	TGTACA	2	12	3430354	3430365	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_000962	ACCAAC	2	12	3435703	3435714	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_000962	CCGTTG	2	12	3457401	3457412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_000962	GCTCCT	2	12	3487778	3487789	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_000962	TCCGCT	2	12	3547011	3547022	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_000962	GCCTCC	2	12	3640244	3640255	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_000962	TGTCGA	2	12	3700490	3700501	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_000962	CGCAGC	2	12	3755392	3755403	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_000962	GCGCAG	2	12	3778417	3778428	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_000962	TGTACA	2	12	3799113	3799124	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_000962	CACGTT	2	12	3874782	3874793	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_000962	TCCTCT	2	12	3880081	3880092	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_000962	TCGGAG	2	12	3905718	3905729	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_000962	CCGCTC	2	12	3909747	3909758	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_000962	CGTTGG	2	12	3922387	3922398	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_000962	CGGCCG	2	12	3926527	3926538	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_000962	CGGCGA	2	12	4008647	4008658	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_000962	CGAACA	2	12	4016431	4016442	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_000962	GGCGAG	2	12	4110787	4110798	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_000962	GCGCCG	2	12	4151076	4151087	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_000962	TGGCGG	2	12	4199128	4199139	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_000962	CTCATC	2	12	4266669	4266680	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_000962	GGGTTG	2	12	4323934	4323945	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.