MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Deinococcus radiodurans R1 plasmid MP1

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000958	AGGACA	2	12	4394	4405	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	10957490
2	NC_000958	CAGGCA	2	12	5467	5478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957491
3	NC_000958	GTGTTC	2	12	7029	7040	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10957474
4	NC_000958	TCACTG	2	12	8150	8161	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10957436
5	NC_000958	ACCTGC	2	12	10820	10831	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957438
6	NC_000958	GCGGGT	2	12	12699	12710	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10957440
7	NC_000958	TGGCGG	2	12	16644	16655	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10957443
8	NC_000958	GTGGCA	2	12	17183	17194	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957443
9	NC_000958	GCTGGA	2	12	18457	18468	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957475
10	NC_000958	ACCCTG	2	12	18728	18739	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957475
11	NC_000958	CGAACA	2	12	22113	22124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	10957465
12	NC_000958	GCGGAG	2	12	26491	26502	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	10957446
13	NC_000958	GGCTCG	3	18	26813	26830	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957447
14	NC_000958	TGGGCA	2	12	26876	26887	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957447
15	NC_000958	CAGGCA	2	12	27740	27751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10957448
16	NC_000958	GACGTG	2	12	28914	28925	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957449
17	NC_000958	TGACGC	2	12	31985	31996	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10957466
18	NC_000958	GTAGGC	2	12	33600	33611	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957526
19	NC_000958	TTCCTG	2	12	35333	35344	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	10957452
20	NC_000958	TCGATA	2	12	36792	36803	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	10957453
21	NC_000958	CGTCAA	2	12	39834	39845	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10957495
22	NC_000958	CGGCAC	2	12	40314	40325	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957495
23	NC_000958	CCAACC	2	12	40508	40519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10957495
24	NC_000958	GCGTGC	2	12	42624	42635	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957497
25	NC_000958	TGCGGG	2	12	43440	43451	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10957497
26	NC_000958	GTGGCG	2	12	43910	43921	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10957497
27	NC_000958	GTGCGG	2	12	45378	45389	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	10957498
28	NC_000958	AGGCCG	2	12	46456	46467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10957498
29	NC_000958	GGGCGC	2	12	47569	47580	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957498
30	NC_000958	GCTGGC	2	12	51377	51388	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957456
31	NC_000958	GAGCTG	2	12	51804	51815	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957456
32	NC_000958	GCCTTC	2	12	59556	59567	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	10957501
33	NC_000958	AGCCCG	2	12	63178	63189	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957502
34	NC_000958	GTGTTC	2	12	65825	65836	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10957469
35	NC_000958	GCCGGC	2	12	69741	69752	0 %	0 %	50 %	50 %	10957504
36	NC_000958	TGTCGG	2	12	70934	70945	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	10957506
37	NC_000958	AGGTGC	2	12	71003	71014	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957506
38	NC_000958	GCGTGC	2	12	71108	71119	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957506
39	NC_000958	TGCCAC	2	12	74110	74121	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957508
40	NC_000958	AACGGT	2	12	76013	76024	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10957508
41	NC_000958	CCGCTG	2	12	76077	76088	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10957508
42	NC_000958	GGCGTC	2	12	76275	76286	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957508
43	NC_000958	CTCAGC	2	12	78915	78926	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957459
44	NC_000958	CGCCAG	2	12	79976	79987	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957459
45	NC_000958	CCACTC	2	12	81148	81159	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	10957459
46	NC_000958	TGACGG	2	12	81199	81210	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957459
47	NC_000958	CGGTGA	2	12	81397	81408	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957459
48	NC_000958	CAGGTG	2	12	81415	81426	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957459
49	NC_000958	GGCCAG	2	12	88169	88180	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10957514
50	NC_000958	TCAGCA	2	12	89822	89833	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10957462
51	NC_000958	CGCGCT	2	12	95169	95180	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10957464
52	NC_000958	GCCGGG	2	12	97501	97512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10957399
53	NC_000958	GCTGAC	2	12	99681	99692	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10957401
54	NC_000958	GACGTG	2	12	102783	102794	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	10957402
55	NC_000958	CACCAT	2	12	102815	102826	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	10957402
56	NC_000958	AGCAGG	2	12	103387	103398	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	10957402
57	NC_000958	ACCAAC	2	12	104850	104861	50 %	0 %	0 %	50 %	10957403
58	NC_000958	ACGCCA	2	12	105121	105132	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10957403
59	NC_000958	GTGCCG	2	12	106792	106803	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957404
60	NC_000958	CAGCCG	2	12	108023	108034	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957405
61	NC_000958	GGCGCC	2	12	112315	112326	0 %	0 %	50 %	50 %	10957408
62	NC_000958	AACACC	2	12	112402	112413	50 %	0 %	0 %	50 %	10957408
63	NC_000958	ACCGGC	2	12	113164	113175	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957409
64	NC_000958	CCCGCC	2	12	118560	118571	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	10957484
65	NC_000958	CACCGG	2	12	119217	119228	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957515
66	NC_000958	CGAACA	2	12	122293	122304	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	10957470
67	NC_000958	CATGCC	2	12	125859	125870	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957516
68	NC_000958	CGCCAG	2	12	128666	128677	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957414
69	NC_000958	GGGCAG	2	12	129587	129598	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	10957415
70	NC_000958	CTTCAA	2	12	129832	129843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10957415
71	NC_000958	CCCTTT	2	12	130406	130417	0 %	50 %	0 %	50 %	10957416
72	NC_000958	TGACGA	2	12	136559	136570	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	10957486
73	NC_000958	GTGTTC	2	12	138160	138171	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10957472
74	NC_000958	GCCCGC	2	12	143934	143945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10957421
75	NC_000958	CACCGA	2	12	144500	144511	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10957422
76	NC_000958	CGACCA	2	12	146504	146515	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	10957424
77	NC_000958	CGAGGG	2	12	147089	147100	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	10957424
78	NC_000958	CGCCAG	2	12	150726	150737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957427
79	NC_000958	GCGACC	2	12	155265	155276	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957430
80	NC_000958	GCGTCG	2	12	155352	155363	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957430
81	NC_000958	GTGTTC	2	12	156491	156502	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10957473
82	NC_000958	CCCTGA	2	12	158563	158574	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10957431
83	NC_000958	TTCGTG	2	12	159071	159082	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	10957431
84	NC_000958	ACGGCG	2	12	161319	161330	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10957431
85	NC_000958	GAGGGC	2	12	162991	163002	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	10957432
86	NC_000958	CCTGCC	2	12	165087	165098	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	10957432
87	NC_000958	GGCCTG	2	12	165150	165161	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	10957433
88	NC_000958	CCCGCG	2	12	166018	166029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10957433
89	NC_000958	GCGGAA	2	12	170549	170560	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	10957478
90	NC_000958	AGCATC	2	12	171675	171686	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10957435
91	NC_000958	CCGGCA	2	12	173002	173013	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10957435
92	NC_000958	CAACGT	2	12	175204	175215	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	10957488

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.