MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Deinococcus radiodurans R1 plasmid MP1

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000958	CGAGC	2	10	792	801	20 %	0 %	40 %	40 %	10957476
2	NC_000958	ATCTG	2	10	2437	2446	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000958	CTCTC	2	10	3118	3127	0 %	40 %	0 %	60 %	10957490
4	NC_000958	AAGTT	2	10	4627	4636	40 %	40 %	20 %	0 %	10957491
5	NC_000958	ACGCG	2	10	8865	8874	20 %	0 %	40 %	40 %	10957436
6	NC_000958	TCCCG	2	10	10115	10124	0 %	20 %	20 %	60 %	10957438
7	NC_000958	GGCGC	2	10	11204	11213	0 %	0 %	60 %	40 %	10957439
8	NC_000958	CGCGC	2	10	12103	12112	0 %	0 %	40 %	60 %	10957440
9	NC_000958	GCCCT	2	10	13085	13094	0 %	20 %	20 %	60 %	10957441
10	NC_000958	TCCGG	2	10	14271	14280	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_000958	AACGG	2	10	14387	14396	40 %	0 %	40 %	20 %	10957524
12	NC_000958	CAGCC	2	10	14527	14536	20 %	0 %	20 %	60 %	10957524
13	NC_000958	GCGCC	2	10	17670	17679	0 %	0 %	40 %	60 %	10957444
14	NC_000958	GGTCA	2	10	19958	19967	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000958	GCCGT	2	10	21796	21805	0 %	20 %	40 %	40 %	10957465
16	NC_000958	CGGCG	2	10	23597	23606	0 %	0 %	60 %	40 %	10957492
17	NC_000958	TACCC	2	10	24851	24860	20 %	20 %	0 %	60 %	10957493
18	NC_000958	AGTTG	2	10	25144	25153	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000958	CGCTT	2	10	25395	25404	0 %	40 %	20 %	40 %	10957445
20	NC_000958	AGAGC	2	10	25563	25572	40 %	0 %	40 %	20 %	10957445
21	NC_000958	GCCCG	2	10	27262	27271	0 %	0 %	40 %	60 %	10957448
22	NC_000958	GGAGC	2	10	29524	29533	20 %	0 %	60 %	20 %	10957449
23	NC_000958	CCTGA	2	10	29971	29980	20 %	20 %	20 %	40 %	10957450
24	NC_000958	AGCGC	2	10	30281	30290	20 %	0 %	40 %	40 %	10957450
25	NC_000958	TGCTG	2	10	31074	31083	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_000958	CTGAG	2	10	31258	31267	20 %	20 %	40 %	20 %	10957466
27	NC_000958	CCTGA	2	10	33491	33500	20 %	20 %	20 %	40 %	10957526
28	NC_000958	CGCTG	2	10	34336	34345	0 %	20 %	40 %	40 %	10957452
29	NC_000958	CGGCG	2	10	34984	34993	0 %	0 %	60 %	40 %	10957452
30	NC_000958	CCGCT	2	10	37484	37493	0 %	20 %	20 %	60 %	10957494
31	NC_000958	CCCCA	2	10	39244	39253	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_000958	TGCCG	2	10	39771	39780	0 %	20 %	40 %	40 %	10957495
33	NC_000958	GACCA	2	10	40168	40177	40 %	0 %	20 %	40 %	10957495
34	NC_000958	ACGGC	2	10	40832	40841	20 %	0 %	40 %	40 %	10957495
35	NC_000958	TGAGC	2	10	42080	42089	20 %	20 %	40 %	20 %	10957496
36	NC_000958	CGGCG	2	10	42466	42475	0 %	0 %	60 %	40 %	10957497
37	NC_000958	AGCGC	2	10	43376	43385	20 %	0 %	40 %	40 %	10957497
38	NC_000958	CGGCG	2	10	43846	43855	0 %	0 %	60 %	40 %	10957497
39	NC_000958	TCCCC	2	10	44821	44830	0 %	20 %	0 %	80 %	10957513
40	NC_000958	GACCC	2	10	44831	44840	20 %	0 %	20 %	60 %	10957513
41	NC_000958	CGGCG	2	10	46385	46394	0 %	0 %	60 %	40 %	10957498
42	NC_000958	CCTGG	2	10	47195	47204	0 %	20 %	40 %	40 %	10957498
43	NC_000958	CTCAC	2	10	48143	48152	20 %	20 %	0 %	60 %	10957454
44	NC_000958	CCACC	2	10	49170	49179	20 %	0 %	0 %	80 %	10957454
45	NC_000958	GTCAG	2	10	52956	52965	20 %	20 %	40 %	20 %	10957527
46	NC_000958	ACGCC	2	10	54020	54029	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_000958	CGCTC	2	10	55210	55219	0 %	20 %	20 %	60 %	10957519
48	NC_000958	GCGCC	2	10	55504	55513	0 %	0 %	40 %	60 %	10957499
49	NC_000958	TGAGG	2	10	55975	55984	20 %	20 %	60 %	0 %	10957467
50	NC_000958	CGCGC	2	10	56858	56867	0 %	0 %	40 %	60 %	10957500
51	NC_000958	CCCCA	2	10	59416	59425	20 %	0 %	0 %	80 %	10957501
52	NC_000958	GGCCC	2	10	60925	60934	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_000958	CCCCA	2	10	60994	61003	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
54	NC_000958	GCCGT	2	10	61172	61181	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_000958	CGCAG	2	10	61429	61438	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_000958	GCTGA	2	10	63400	63409	20 %	20 %	40 %	20 %	10957502
57	NC_000958	GTTTT	2	10	63454	63463	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000958	CGTGA	2	10	64557	64566	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_000958	GGTCA	2	10	67107	67116	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_000958	AGGCC	2	10	71526	71535	20 %	0 %	40 %	40 %	10957506
61	NC_000958	CGCGG	2	10	71787	71796	0 %	0 %	60 %	40 %	10957506
62	NC_000958	GGGAT	2	10	73469	73478	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000958	GCGCC	2	10	75175	75184	0 %	0 %	40 %	60 %	10957508
64	NC_000958	CGGCG	2	10	77577	77586	0 %	0 %	60 %	40 %	10957509
65	NC_000958	CAGAG	2	10	77612	77621	40 %	0 %	40 %	20 %	10957509
66	NC_000958	GGGAG	2	10	77904	77913	20 %	0 %	80 %	0 %	10957509
67	NC_000958	CGACC	2	10	81071	81080	20 %	0 %	20 %	60 %	10957459
68	NC_000958	CTGGC	2	10	85118	85127	0 %	20 %	40 %	40 %	10957510
69	NC_000958	CTGGG	2	10	85943	85952	0 %	20 %	60 %	20 %	10957460
70	NC_000958	GGCGC	2	10	88222	88231	0 %	0 %	60 %	40 %	10957514
71	NC_000958	GCTGA	2	10	88787	88796	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_000958	CGGCG	2	10	90497	90506	0 %	0 %	60 %	40 %	10957462
73	NC_000958	GCGCG	2	10	90926	90935	0 %	0 %	60 %	40 %	10957462
74	NC_000958	GCCGC	2	10	91576	91585	0 %	0 %	40 %	60 %	10957463
75	NC_000958	CGCGC	2	10	91611	91620	0 %	0 %	40 %	60 %	10957463
76	NC_000958	GCGCC	2	10	93324	93333	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_000958	GCGCC	2	10	93771	93780	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_000958	CGTGC	2	10	94386	94395	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_000958	TCGCC	2	10	96628	96637	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_000958	GCGCG	2	10	96954	96963	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_000958	CGCCC	2	10	97769	97778	0 %	0 %	20 %	80 %	10957399
82	NC_000958	GGGGA	2	10	98584	98593	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000958	GGGGC	2	10	98597	98606	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
84	NC_000958	GGCGC	2	10	105144	105153	0 %	0 %	60 %	40 %	10957403
85	NC_000958	GGCCT	2	10	106486	106495	0 %	20 %	40 %	40 %	10957404
86	NC_000958	GCCCG	2	10	107854	107863	0 %	0 %	40 %	60 %	10957405
87	NC_000958	GCCGC	2	10	110859	110868	0 %	0 %	40 %	60 %	10957406
88	NC_000958	GCCGC	2	10	114401	114410	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_000958	CTGGC	2	10	114427	114436	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_000958	CCCCA	2	10	114534	114543	20 %	0 %	0 %	80 %	10957481
91	NC_000958	AGCCC	2	10	117849	117858	20 %	0 %	20 %	60 %	10957484
92	NC_000958	GACCC	2	10	119648	119657	20 %	0 %	20 %	60 %	10957515
93	NC_000958	GTAGA	2	10	120375	120384	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000958	GGTCA	2	10	123893	123902	20 %	20 %	40 %	20 %	10957410
95	NC_000958	GCCCC	2	10	124730	124739	0 %	0 %	20 %	80 %	10957411
96	NC_000958	CGGCG	2	10	127906	127915	0 %	0 %	60 %	40 %	10957414
97	NC_000958	CCTCG	2	10	128129	128138	0 %	20 %	20 %	60 %	10957414
98	NC_000958	CGGCG	2	10	128186	128195	0 %	0 %	60 %	40 %	10957414
99	NC_000958	GTTCG	2	10	129022	129031	0 %	40 %	40 %	20 %	10957415
100	NC_000958	AGGTG	2	10	129262	129271	20 %	20 %	60 %	0 %	10957415
101	NC_000958	GCCCC	2	10	129868	129877	0 %	0 %	20 %	80 %	10957415
102	NC_000958	GGCGA	2	10	132283	132292	20 %	0 %	60 %	20 %	10957416
103	NC_000958	AAGAG	2	10	132825	132834	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000958	GCAGC	2	10	133209	133218	20 %	0 %	40 %	40 %	10957522
105	NC_000958	CGTGA	2	10	134070	134079	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_000958	GGTCA	2	10	135793	135802	20 %	20 %	40 %	20 %	15795188
107	NC_000958	CGAGG	2	10	139138	139147	20 %	0 %	60 %	20 %	10957418
108	NC_000958	AAGCA	2	10	139607	139616	60 %	0 %	20 %	20 %	10957418
109	NC_000958	AAAGG	2	10	140897	140906	60 %	0 %	40 %	0 %	10957419
110	NC_000958	GCGCC	2	10	143354	143363	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
111	NC_000958	GCGCC	2	10	143687	143696	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
112	NC_000958	GCCCG	2	10	143796	143805	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
113	NC_000958	GGCGA	2	10	143965	143974	20 %	0 %	60 %	20 %	10957421
114	NC_000958	CGCCC	2	10	144947	144956	0 %	0 %	20 %	80 %	10957422
115	NC_000958	GCCCC	2	10	145033	145042	0 %	0 %	20 %	80 %	10957422
116	NC_000958	GGGTC	2	10	145223	145232	0 %	20 %	60 %	20 %	10957422
117	NC_000958	CGGCG	2	10	145862	145871	0 %	0 %	60 %	40 %	10957423
118	NC_000958	TCAGG	2	10	146750	146759	20 %	20 %	40 %	20 %	10957424
119	NC_000958	CGGCG	2	10	147996	148005	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_000958	AATCA	2	10	149200	149209	60 %	20 %	0 %	20 %	10957426
121	NC_000958	GGCGC	2	10	149886	149895	0 %	0 %	60 %	40 %	10957427
122	NC_000958	TGCGC	2	10	150317	150326	0 %	20 %	40 %	40 %	10957427
123	NC_000958	GCCGT	2	10	150658	150667	0 %	20 %	40 %	40 %	10957427
124	NC_000958	TGCCG	2	10	151381	151390	0 %	20 %	40 %	40 %	10957529
125	NC_000958	GAGCA	2	10	151485	151494	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_000958	TGGCC	2	10	151811	151820	0 %	20 %	40 %	40 %	10957428
127	NC_000958	AGCCC	2	10	152092	152101	20 %	0 %	20 %	60 %	10957428
128	NC_000958	GAGCG	2	10	152608	152617	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_000958	TGACC	2	10	153203	153212	20 %	20 %	20 %	40 %	10957429
130	NC_000958	ACCGC	2	10	154369	154378	20 %	0 %	20 %	60 %	10957430
131	NC_000958	ACGGC	2	10	156811	156820	20 %	0 %	40 %	40 %	10957473
132	NC_000958	CGGCT	2	10	157455	157464	0 %	20 %	40 %	40 %	10957431
133	NC_000958	GGCGA	2	10	158195	158204	20 %	0 %	60 %	20 %	10957431
134	NC_000958	GCCGG	2	10	159848	159857	0 %	0 %	60 %	40 %	10957431
135	NC_000958	CAGCT	2	10	160724	160733	20 %	20 %	20 %	40 %	10957431
136	NC_000958	CGGCG	2	10	160853	160862	0 %	0 %	60 %	40 %	10957431
137	NC_000958	GCTTC	2	10	161241	161250	0 %	40 %	20 %	40 %	10957431
138	NC_000958	GCCCG	2	10	162632	162641	0 %	0 %	40 %	60 %	10957432
139	NC_000958	CGGCG	2	10	165392	165401	0 %	0 %	60 %	40 %	10957433
140	NC_000958	TTTCG	2	10	167600	167609	0 %	60 %	20 %	20 %	10957434
141	NC_000958	AAGGC	2	10	169553	169562	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_000958	GCCTT	2	10	169776	169785	0 %	40 %	20 %	40 %	10957487
143	NC_000958	GCGGT	2	10	170112	170121	0 %	20 %	60 %	20 %	10957487
144	NC_000958	GCGGT	2	10	173256	173265	0 %	20 %	60 %	20 %	10957435
145	NC_000958	TGAGC	2	10	174631	174640	20 %	20 %	40 %	20 %	10957488

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.