MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Deinococcus radiodurans R1 plasmid MP1

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000958	CGAGC	2	10	792	801	20 %	0 %	40 %	40 %	10957476
2	NC_000958	CTCTC	2	10	3118	3127	0 %	40 %	0 %	60 %	10957490
3	NC_000958	AAGTT	2	10	4627	4636	40 %	40 %	20 %	0 %	10957491
4	NC_000958	ACGCG	2	10	8865	8874	20 %	0 %	40 %	40 %	10957436
5	NC_000958	TCCCG	2	10	10115	10124	0 %	20 %	20 %	60 %	10957438
6	NC_000958	GGCGC	2	10	11204	11213	0 %	0 %	60 %	40 %	10957439
7	NC_000958	CGCGC	2	10	12103	12112	0 %	0 %	40 %	60 %	10957440
8	NC_000958	GCCCT	2	10	13085	13094	0 %	20 %	20 %	60 %	10957441
9	NC_000958	AACGG	2	10	14387	14396	40 %	0 %	40 %	20 %	10957524
10	NC_000958	CAGCC	2	10	14527	14536	20 %	0 %	20 %	60 %	10957524
11	NC_000958	GCGCC	2	10	17670	17679	0 %	0 %	40 %	60 %	10957444
12	NC_000958	GCCGT	2	10	21796	21805	0 %	20 %	40 %	40 %	10957465
13	NC_000958	CGGCG	2	10	23597	23606	0 %	0 %	60 %	40 %	10957492
14	NC_000958	TACCC	2	10	24851	24860	20 %	20 %	0 %	60 %	10957493
15	NC_000958	CGCTT	2	10	25395	25404	0 %	40 %	20 %	40 %	10957445
16	NC_000958	AGAGC	2	10	25563	25572	40 %	0 %	40 %	20 %	10957445
17	NC_000958	GCCCG	2	10	27262	27271	0 %	0 %	40 %	60 %	10957448
18	NC_000958	GGAGC	2	10	29524	29533	20 %	0 %	60 %	20 %	10957449
19	NC_000958	CCTGA	2	10	29971	29980	20 %	20 %	20 %	40 %	10957450
20	NC_000958	AGCGC	2	10	30281	30290	20 %	0 %	40 %	40 %	10957450
21	NC_000958	CTGAG	2	10	31258	31267	20 %	20 %	40 %	20 %	10957466
22	NC_000958	CCTGA	2	10	33491	33500	20 %	20 %	20 %	40 %	10957526
23	NC_000958	CGCTG	2	10	34336	34345	0 %	20 %	40 %	40 %	10957452
24	NC_000958	CGGCG	2	10	34984	34993	0 %	0 %	60 %	40 %	10957452
25	NC_000958	CCGCT	2	10	37484	37493	0 %	20 %	20 %	60 %	10957494
26	NC_000958	TGCCG	2	10	39771	39780	0 %	20 %	40 %	40 %	10957495
27	NC_000958	GACCA	2	10	40168	40177	40 %	0 %	20 %	40 %	10957495
28	NC_000958	ACGGC	2	10	40832	40841	20 %	0 %	40 %	40 %	10957495
29	NC_000958	TGAGC	2	10	42080	42089	20 %	20 %	40 %	20 %	10957496
30	NC_000958	CGGCG	2	10	42466	42475	0 %	0 %	60 %	40 %	10957497
31	NC_000958	AGCGC	2	10	43376	43385	20 %	0 %	40 %	40 %	10957497
32	NC_000958	CGGCG	2	10	43846	43855	0 %	0 %	60 %	40 %	10957497
33	NC_000958	TCCCC	2	10	44821	44830	0 %	20 %	0 %	80 %	10957513
34	NC_000958	GACCC	2	10	44831	44840	20 %	0 %	20 %	60 %	10957513
35	NC_000958	CGGCG	2	10	46385	46394	0 %	0 %	60 %	40 %	10957498
36	NC_000958	CCTGG	2	10	47195	47204	0 %	20 %	40 %	40 %	10957498
37	NC_000958	CTCAC	2	10	48143	48152	20 %	20 %	0 %	60 %	10957454
38	NC_000958	CCACC	2	10	49170	49179	20 %	0 %	0 %	80 %	10957454
39	NC_000958	GTCAG	2	10	52956	52965	20 %	20 %	40 %	20 %	10957527
40	NC_000958	CGCTC	2	10	55210	55219	0 %	20 %	20 %	60 %	10957519
41	NC_000958	GCGCC	2	10	55504	55513	0 %	0 %	40 %	60 %	10957499
42	NC_000958	TGAGG	2	10	55975	55984	20 %	20 %	60 %	0 %	10957467
43	NC_000958	CGCGC	2	10	56858	56867	0 %	0 %	40 %	60 %	10957500
44	NC_000958	CCCCA	2	10	59416	59425	20 %	0 %	0 %	80 %	10957501
45	NC_000958	GCTGA	2	10	63400	63409	20 %	20 %	40 %	20 %	10957502
46	NC_000958	AGGCC	2	10	71526	71535	20 %	0 %	40 %	40 %	10957506
47	NC_000958	CGCGG	2	10	71787	71796	0 %	0 %	60 %	40 %	10957506
48	NC_000958	GCGCC	2	10	75175	75184	0 %	0 %	40 %	60 %	10957508
49	NC_000958	CGGCG	2	10	77577	77586	0 %	0 %	60 %	40 %	10957509
50	NC_000958	CAGAG	2	10	77612	77621	40 %	0 %	40 %	20 %	10957509
51	NC_000958	GGGAG	2	10	77904	77913	20 %	0 %	80 %	0 %	10957509
52	NC_000958	CGACC	2	10	81071	81080	20 %	0 %	20 %	60 %	10957459
53	NC_000958	CTGGC	2	10	85118	85127	0 %	20 %	40 %	40 %	10957510
54	NC_000958	CTGGG	2	10	85943	85952	0 %	20 %	60 %	20 %	10957460
55	NC_000958	GGCGC	2	10	88222	88231	0 %	0 %	60 %	40 %	10957514
56	NC_000958	CGGCG	2	10	90497	90506	0 %	0 %	60 %	40 %	10957462
57	NC_000958	GCGCG	2	10	90926	90935	0 %	0 %	60 %	40 %	10957462
58	NC_000958	GCCGC	2	10	91576	91585	0 %	0 %	40 %	60 %	10957463
59	NC_000958	CGCGC	2	10	91611	91620	0 %	0 %	40 %	60 %	10957463
60	NC_000958	CGCCC	2	10	97769	97778	0 %	0 %	20 %	80 %	10957399
61	NC_000958	GGCGC	2	10	105144	105153	0 %	0 %	60 %	40 %	10957403
62	NC_000958	GGCCT	2	10	106486	106495	0 %	20 %	40 %	40 %	10957404
63	NC_000958	GCCCG	2	10	107854	107863	0 %	0 %	40 %	60 %	10957405
64	NC_000958	GCCGC	2	10	110859	110868	0 %	0 %	40 %	60 %	10957406
65	NC_000958	CCCCA	2	10	114534	114543	20 %	0 %	0 %	80 %	10957481
66	NC_000958	AGCCC	2	10	117849	117858	20 %	0 %	20 %	60 %	10957484
67	NC_000958	GACCC	2	10	119648	119657	20 %	0 %	20 %	60 %	10957515
68	NC_000958	GGTCA	2	10	123893	123902	20 %	20 %	40 %	20 %	10957410
69	NC_000958	GCCCC	2	10	124730	124739	0 %	0 %	20 %	80 %	10957411
70	NC_000958	CGGCG	2	10	127906	127915	0 %	0 %	60 %	40 %	10957414
71	NC_000958	CCTCG	2	10	128129	128138	0 %	20 %	20 %	60 %	10957414
72	NC_000958	CGGCG	2	10	128186	128195	0 %	0 %	60 %	40 %	10957414
73	NC_000958	GTTCG	2	10	129022	129031	0 %	40 %	40 %	20 %	10957415
74	NC_000958	AGGTG	2	10	129262	129271	20 %	20 %	60 %	0 %	10957415
75	NC_000958	GCCCC	2	10	129868	129877	0 %	0 %	20 %	80 %	10957415
76	NC_000958	GGCGA	2	10	132283	132292	20 %	0 %	60 %	20 %	10957416
77	NC_000958	GCAGC	2	10	133209	133218	20 %	0 %	40 %	40 %	10957522
78	NC_000958	GGTCA	2	10	135793	135802	20 %	20 %	40 %	20 %	15795188
79	NC_000958	CGAGG	2	10	139138	139147	20 %	0 %	60 %	20 %	10957418
80	NC_000958	AAGCA	2	10	139607	139616	60 %	0 %	20 %	20 %	10957418
81	NC_000958	AAAGG	2	10	140897	140906	60 %	0 %	40 %	0 %	10957419
82	NC_000958	GCGCC	2	10	143354	143363	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
83	NC_000958	GCGCC	2	10	143687	143696	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
84	NC_000958	GCCCG	2	10	143796	143805	0 %	0 %	40 %	60 %	10957421
85	NC_000958	GGCGA	2	10	143965	143974	20 %	0 %	60 %	20 %	10957421
86	NC_000958	CGCCC	2	10	144947	144956	0 %	0 %	20 %	80 %	10957422
87	NC_000958	GCCCC	2	10	145033	145042	0 %	0 %	20 %	80 %	10957422
88	NC_000958	GGGTC	2	10	145223	145232	0 %	20 %	60 %	20 %	10957422
89	NC_000958	CGGCG	2	10	145862	145871	0 %	0 %	60 %	40 %	10957423
90	NC_000958	TCAGG	2	10	146750	146759	20 %	20 %	40 %	20 %	10957424
91	NC_000958	AATCA	2	10	149200	149209	60 %	20 %	0 %	20 %	10957426
92	NC_000958	GGCGC	2	10	149886	149895	0 %	0 %	60 %	40 %	10957427
93	NC_000958	TGCGC	2	10	150317	150326	0 %	20 %	40 %	40 %	10957427
94	NC_000958	GCCGT	2	10	150658	150667	0 %	20 %	40 %	40 %	10957427
95	NC_000958	TGCCG	2	10	151381	151390	0 %	20 %	40 %	40 %	10957529
96	NC_000958	TGGCC	2	10	151811	151820	0 %	20 %	40 %	40 %	10957428
97	NC_000958	AGCCC	2	10	152092	152101	20 %	0 %	20 %	60 %	10957428
98	NC_000958	TGACC	2	10	153203	153212	20 %	20 %	20 %	40 %	10957429
99	NC_000958	ACCGC	2	10	154369	154378	20 %	0 %	20 %	60 %	10957430
100	NC_000958	ACGGC	2	10	156811	156820	20 %	0 %	40 %	40 %	10957473
101	NC_000958	CGGCT	2	10	157455	157464	0 %	20 %	40 %	40 %	10957431
102	NC_000958	GGCGA	2	10	158195	158204	20 %	0 %	60 %	20 %	10957431
103	NC_000958	GCCGG	2	10	159848	159857	0 %	0 %	60 %	40 %	10957431
104	NC_000958	CAGCT	2	10	160724	160733	20 %	20 %	20 %	40 %	10957431
105	NC_000958	CGGCG	2	10	160853	160862	0 %	0 %	60 %	40 %	10957431
106	NC_000958	GCTTC	2	10	161241	161250	0 %	40 %	20 %	40 %	10957431
107	NC_000958	GCCCG	2	10	162632	162641	0 %	0 %	40 %	60 %	10957432
108	NC_000958	CGGCG	2	10	165392	165401	0 %	0 %	60 %	40 %	10957433
109	NC_000958	TTTCG	2	10	167600	167609	0 %	60 %	20 %	20 %	10957434
110	NC_000958	GCCTT	2	10	169776	169785	0 %	40 %	20 %	40 %	10957487
111	NC_000958	GCGGT	2	10	170112	170121	0 %	20 %	60 %	20 %	10957487
112	NC_000958	GCGGT	2	10	173256	173265	0 %	20 %	60 %	20 %	10957435
113	NC_000958	TGAGC	2	10	174631	174640	20 %	20 %	40 %	20 %	10957488

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.