MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae CWL029 chromosome

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000922	AATAA	2	10	10705	10714	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000922	GAGAG	2	10	15583	15592	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000922	TCTCG	2	10	22801	22810	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_000922	GCTAT	2	10	27136	27145	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_000922	TATTT	2	10	27262	27271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000922	TCTAG	2	10	27429	27438	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_000922	AATAT	2	10	27514	27523	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000922	CCACT	2	10	27595	27604	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_000922	GCTAA	2	10	58191	58200	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000922	GAGTA	2	10	72857	72866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000922	ATCTA	2	10	77955	77964	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000922	AGAAA	2	10	94130	94139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000922	TCTTT	2	10	94154	94163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_000922	CATAG	2	10	104551	104560	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000922	TTGTT	2	10	138408	138417	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000922	TCTTT	2	10	153736	153745	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_000922	GGGGA	2	10	158637	158646	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000922	TATTT	2	10	163901	163910	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000922	TCTTT	2	10	167406	167415	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_000922	TTTTC	2	10	177584	177593	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_000922	AAAAT	2	10	199721	199730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000922	TAGAT	2	10	200813	200822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000922	AAAGA	2	10	205995	206004	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000922	TAGAA	2	10	209920	209929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000922	ATGAT	2	10	211076	211085	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000922	TTCTT	2	10	222641	222650	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_000922	ATTAA	2	10	229891	229900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000922	TTTTC	2	10	233190	233199	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_000922	TTTAA	2	10	240808	240817	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000922	ATTAG	2	10	245134	245143	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000922	AATCT	2	10	245501	245510	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_000922	CATGC	2	10	250751	250760	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_000922	AGTGA	2	10	252299	252308	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000922	AAGCA	2	10	252700	252709	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_000922	ATTTT	2	10	252808	252817	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000922	TTTGA	2	10	257689	257698	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000922	ACAAA	2	10	259071	259080	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_000922	TAAAA	2	10	259098	259107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000922	ATTTT	2	10	261594	261603	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000922	ATTAG	2	10	261611	261620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000922	CTAAG	2	10	269128	269137	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_000922	TAAAA	2	10	271304	271313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000922	CTTTT	2	10	280669	280678	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_000922	AATTC	2	10	287745	287754	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_000922	CAATC	2	10	287827	287836	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_000922	TTGGC	2	10	292632	292641	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_000922	AAAAT	2	10	294093	294102	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000922	CAAAA	2	10	298902	298911	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_000922	AAATG	2	10	300111	300120	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000922	ACTTA	2	10	314963	314972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_000922	AAAGA	2	10	325753	325762	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000922	AAAAT	2	10	336796	336805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000922	AATTA	2	10	375022	375031	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000922	CAAAA	2	10	384734	384743	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_000922	CAATG	2	10	400803	400812	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_000922	CATCT	2	10	401837	401846	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_000922	AAAGA	2	10	406702	406711	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000922	TTAAA	2	10	407930	407939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000922	ATTTT	2	10	409837	409846	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000922	CAAAT	2	10	411765	411774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000922	CTTCT	2	10	411835	411844	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_000922	TTAAA	2	10	411848	411857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000922	AAATT	2	10	411920	411929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000922	TAATA	2	10	414312	414321	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000922	TTTTA	2	10	432459	432468	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000922	TAAAA	2	10	432476	432485	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000922	GAATT	2	10	445197	445206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000922	CTAAA	2	10	445708	445717	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_000922	CATAA	2	10	464771	464780	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_000922	ATGGG	2	10	469561	469570	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000922	TAATT	2	10	494736	494745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000922	CAGAG	2	10	506470	506479	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_000922	ATTTT	2	10	511207	511216	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000922	CTCTC	2	10	519422	519431	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_000922	ATCCT	2	10	524037	524046	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_000922	TACTT	2	10	533235	533244	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_000922	GTCTT	2	10	533606	533615	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000922	AATTT	2	10	547943	547952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000922	TAAAA	2	10	549645	549654	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000922	AAAAT	2	10	549739	549748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000922	TTAAA	2	10	565884	565893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000922	CACAA	2	10	571114	571123	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_000922	GTTAA	2	10	580481	580490	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000922	CTAAA	2	10	580550	580559	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_000922	CTATC	2	10	594420	594429	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_000922	AACAA	2	10	599729	599738	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_000922	AGCCT	2	10	603852	603861	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_000922	TAGAG	2	10	614718	614727	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000922	AAGCA	2	10	614748	614757	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_000922	TAAAA	2	10	617790	617799	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000922	ACTAA	2	10	637777	637786	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000922	GATTG	2	10	641063	641072	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000922	AATCA	2	10	643679	643688	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_000922	TTAAT	2	10	645721	645730	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000922	TCCCC	2	10	646414	646423	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
96	NC_000922	AGACA	2	10	646695	646704	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_000922	TTTTC	2	10	646736	646745	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_000922	AACAA	2	10	655706	655715	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_000922	AGAAT	2	10	655980	655989	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000922	TTTAA	2	10	668256	668265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000922	TCGTC	2	10	692443	692452	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_000922	TAATT	2	10	698912	698921	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000922	CAACA	2	10	698947	698956	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_000922	ATAAC	2	10	708675	708684	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_000922	TTTTA	2	10	713476	713485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000922	AAAAG	2	10	730403	730412	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000922	AATTA	2	10	761364	761373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000922	CTATT	2	10	761425	761434	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_000922	ACAAA	2	10	767051	767060	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_000922	TCAAA	2	10	768441	768450	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_000922	TCACA	2	10	781494	781503	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_000922	TTTTC	2	10	784738	784747	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_000922	AAAAT	2	10	813547	813556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000922	TAAAA	2	10	823829	823838	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000922	TAAAG	2	10	848463	848472	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000922	ATGTT	2	10	848560	848569	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000922	AGACA	2	10	851346	851355	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_000922	TTAAT	2	10	867793	867802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000922	TAAAA	2	10	872439	872448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000922	AATTT	2	10	899206	899215	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000922	TCTTT	2	10	906543	906552	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_000922	CTGCT	2	10	906595	906604	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_000922	TAAAA	2	10	918913	918922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000922	AATTT	2	10	921971	921980	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000922	CTCTA	2	10	938123	938132	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_000922	AGAAA	2	10	938163	938172	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000922	TCTAT	2	10	956738	956747	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_000922	AAAGA	2	10	961608	961617	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000922	ATTAT	2	10	961756	961765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000922	TGAAA	2	10	978843	978852	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000922	AAATT	2	10	993343	993352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000922	AGGGA	2	10	994071	994080	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_000922	GGAAA	2	10	1001154	1001163	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000922	TATGT	2	10	1002234	1002243	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000922	CTGAA	2	10	1002529	1002538	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_000922	AGTTA	2	10	1002973	1002982	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000922	TAAAA	2	10	1005643	1005652	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000922	AAATT	2	10	1040348	1040357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000922	TTATA	2	10	1061104	1061113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000922	TCTTT	2	10	1062438	1062447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_000922	ATGTT	2	10	1063346	1063355	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000922	GAATA	2	10	1067488	1067497	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000922	GCGTA	2	10	1070326	1070335	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_000922	TTAAA	2	10	1070442	1070451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000922	TTTAT	2	10	1075905	1075914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000922	ATATA	2	10	1077930	1077939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000922	AATTA	2	10	1083037	1083046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000922	AATAA	2	10	1083313	1083322	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_000922	CTCAT	2	10	1083399	1083408	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
150	NC_000922	TAATT	2	10	1096534	1096543	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000922	TAAAA	2	10	1118883	1118892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_000922	CTTTT	2	10	1139753	1139762	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_000922	TAGAA	2	10	1150740	1150749	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_000922	TAAAA	2	10	1156528	1156537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_000922	GTTTT	2	10	1156573	1156582	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_000922	GGAGC	2	10	1177266	1177275	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
157	NC_000922	TTGTT	2	10	1180964	1180973	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_000922	AGAGA	2	10	1184036	1184045	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_000922	GAAAG	2	10	1201594	1201603	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
160	NC_000922	TTTAA	2	10	1225727	1225736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.