MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori J99 chromosome

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000921	CAAAA	2	10	5286	5295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_000921	CAAAA	2	10	5348	5357	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000921	AAATT	2	10	7456	7465	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000921	GCTTT	2	10	13732	13741	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_000921	CTTTA	2	10	25619	25628	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_000921	GTTTG	2	10	25884	25893	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000921	GTTTG	2	10	25990	25999	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000921	AGCCT	2	10	26301	26310	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_000921	AACGA	2	10	58739	58748	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000921	TTAAA	2	10	58751	58760	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000921	ACAAA	2	10	58779	58788	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000921	ATATA	2	10	59097	59106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000921	CAAAA	2	10	72821	72830	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_000921	TTACA	2	10	77697	77706	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000921	TAAAA	2	10	79373	79382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000921	ATAAG	2	10	91224	91233	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000921	ATTAT	2	10	91281	91290	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000921	TTCCA	2	10	91367	91376	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_000921	GATTT	2	10	115957	115966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000921	GCAAC	2	10	132265	132274	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_000921	ATTTT	2	10	132626	132635	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000921	ATAAA	2	10	139261	139270	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000921	CAAAT	2	10	156376	156385	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_000921	TTGAA	2	10	163697	163706	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000921	TAAAA	2	10	168070	168079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000921	CAAAA	2	10	168100	168109	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_000921	ATATT	2	10	174984	174993	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000921	TTTCC	2	10	175035	175044	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_000921	TTTAA	2	10	183839	183848	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000921	TTCAA	2	10	196973	196982	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_000921	ATTTA	2	10	208530	208539	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000921	AAACA	2	10	208552	208561	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000921	ATTTT	2	10	218879	218888	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000921	CTTAA	2	10	233981	233990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_000921	TTTTA	2	10	235303	235312	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000921	TTTTA	2	10	241717	241726	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000921	CTAAC	2	10	241758	241767	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_000921	GTGGG	2	10	319346	319355	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000921	CTTTA	2	10	330740	330749	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000921	TTTAT	2	10	336448	336457	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000921	GGGGT	2	10	338339	338348	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000921	AGTTC	2	10	338562	338571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_000921	CAAAG	2	10	338684	338693	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_000921	CAAAC	2	10	344782	344791	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_000921	TAAAA	2	10	351003	351012	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000921	TAAAA	2	10	362817	362826	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000921	TAAAA	2	10	371798	371807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000921	TAGTG	2	10	409896	409905	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000921	TAAAG	2	10	422811	422820	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000921	ATAAA	2	10	434790	434799	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000921	AAAAT	2	10	434824	434833	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000921	TCTCT	2	10	446252	446261	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_000921	TCTTT	2	10	446957	446966	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_000921	AATAA	2	10	447807	447816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000921	AAAGC	2	10	448065	448074	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_000921	TAACA	2	10	455693	455702	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_000921	TAAAA	2	10	457176	457185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000921	TTTGA	2	10	457276	457285	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000921	TAAAA	2	10	481922	481931	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000921	TAACT	2	10	485058	485067	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000921	AGGCT	2	10	494410	494419	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_000921	TTTAT	2	10	500901	500910	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000921	TTTTA	2	10	500920	500929	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000921	AAACT	2	10	510292	510301	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000921	CTGAT	2	10	514035	514044	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_000921	GCATT	2	10	543318	543327	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_000921	AAATT	2	10	547263	547272	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000921	TTTAA	2	10	548704	548713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000921	ATTTT	2	10	550230	550239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000921	TTGTA	2	10	554453	554462	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000921	TATAA	2	10	563342	563351	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000921	AAAAG	2	10	563462	563471	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000921	ACTCT	2	10	578950	578959	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_000921	CTTAT	2	10	586787	586796	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_000921	TAAGG	2	10	590627	590636	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000921	CGCTT	2	10	590739	590748	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_000921	ATTTT	2	10	597845	597854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000921	AAAAC	2	10	617679	617688	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_000921	TTTAA	2	10	621851	621860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000921	TTTAA	2	10	632390	632399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000921	TTTGC	2	10	635964	635973	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_000921	TTTAA	2	10	645634	645643	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000921	ATTTT	2	10	684813	684822	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000921	TTGTA	2	10	684829	684838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000921	TGTTT	2	10	692813	692822	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000921	CTTAT	2	10	694256	694265	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_000921	GTTTT	2	10	713167	713176	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000921	CTTTT	2	10	719041	719050	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_000921	GGAAT	2	10	722532	722541	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000921	ATTTA	2	10	736051	736060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000921	ACCAC	2	10	736538	736547	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_000921	ACTAT	2	10	740195	740204	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_000921	GGTTT	2	10	797478	797487	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000921	TTTTA	2	10	802044	802053	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000921	TTTGT	2	10	807922	807931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000921	TTCTT	2	10	816407	816416	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_000921	CAAAA	2	10	844346	844355	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_000921	TATTT	2	10	852765	852774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000921	CCTAT	2	10	852910	852919	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_000921	TAAAA	2	10	852966	852975	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000921	TTAAA	2	10	853084	853093	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000921	GATTA	2	10	870518	870527	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000921	TTTAA	2	10	883943	883952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000921	ATTTT	2	10	888581	888590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000921	TTGCC	2	10	892573	892582	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_000921	ATTTA	2	10	892813	892822	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000921	TATAA	2	10	896792	896801	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000921	ATTAA	2	10	911687	911696	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000921	TTTGT	2	10	912376	912385	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000921	TGGAT	3	15	915038	915052	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000921	TAAAA	2	10	921972	921981	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000921	ATGAT	2	10	930394	930403	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_000921	TTTGT	2	10	935039	935048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000921	AATAA	2	10	954419	954428	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000921	TCAAG	2	10	954456	954465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_000921	GATTT	2	10	974774	974783	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000921	AAACA	2	10	977718	977727	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_000921	TTACT	2	10	989084	989093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_000921	TTAAT	2	10	1036252	1036261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000921	GTTAT	2	10	1038007	1038016	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000921	TGCTA	2	10	1045621	1045630	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_000921	ATAAG	2	10	1047962	1047971	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000921	TCAAA	2	10	1048156	1048165	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_000921	TTCAA	2	10	1058555	1058564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_000921	TCACT	2	10	1060263	1060272	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_000921	TACTT	2	10	1060561	1060570	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_000921	TTAAT	2	10	1064997	1065006	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000921	AAAAT	2	10	1085190	1085199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000921	TAAAA	2	10	1117844	1117853	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000921	AACTT	2	10	1119037	1119046	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_000921	TGAAA	2	10	1132297	1132306	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000921	ATTTA	2	10	1132365	1132374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_000921	GATTA	2	10	1132642	1132651	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000921	AAAAC	2	10	1168360	1168369	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_000921	GATTT	2	10	1186919	1186928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000921	ATTGC	2	10	1187433	1187442	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_000921	CACGA	2	10	1188484	1188493	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_000921	TTACC	2	10	1189282	1189291	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_000921	GTTCT	2	10	1191159	1191168	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_000921	TAAAA	2	10	1191802	1191811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000921	TAAAA	2	10	1191813	1191822	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000921	TTAAA	2	10	1198368	1198377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000921	AAAAG	2	10	1199960	1199969	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000921	TAAAA	2	10	1209206	1209215	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000921	GAAGC	2	10	1213102	1213111	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_000921	ATTAA	2	10	1215153	1215162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000921	TTTTA	2	10	1220567	1220576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000921	AAAAC	2	10	1221365	1221374	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_000921	TTAAT	2	10	1224113	1224122	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000921	TATTT	2	10	1224149	1224158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000921	CAATC	2	10	1238973	1238982	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_000921	ACCAT	2	10	1255481	1255490	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
153	NC_000921	AATCC	2	10	1255998	1256007	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
154	NC_000921	CTAGA	2	10	1256548	1256557	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_000921	TAAAT	2	10	1260739	1260748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_000921	AAATT	2	10	1264563	1264572	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_000921	AGTCT	2	10	1265074	1265083	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_000921	TCATT	2	10	1280884	1280893	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
160	NC_000921	TTTTA	2	10	1296184	1296193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_000921	TAAGC	2	10	1330800	1330809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_000921	ATTCA	2	10	1341308	1341317	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_000921	AAACA	2	10	1341884	1341893	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_000921	GAAAG	2	10	1342367	1342376	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
165	NC_000921	CCTTT	2	10	1351242	1351251	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
166	NC_000921	TATAT	2	10	1357982	1357991	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_000921	TTATT	2	10	1358590	1358599	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_000921	AATAA	2	10	1358984	1358993	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_000921	TTTAT	2	10	1404394	1404403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_000921	AATTG	3	15	1411170	1411184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_000921	CTAAA	2	10	1414508	1414517	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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174	NC_000921	AATTT	2	10	1414800	1414809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_000921	TCACT	2	10	1430101	1430110	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
178	NC_000921	TACTT	2	10	1430399	1430408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_000921	GAATG	2	10	1449302	1449311	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
180	NC_000921	ATTTT	2	10	1449603	1449612	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_000921	CACGA	2	10	1463502	1463511	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_000921	TTACC	2	10	1464300	1464309	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
183	NC_000921	TCTAA	2	10	1479136	1479145	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_000921	TATAT	2	10	1492397	1492406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_000921	ATAAA	2	10	1516167	1516176	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_000921	TTATT	2	10	1521210	1521219	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_000921	TTAAT	2	10	1523490	1523499	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_000921	TAATA	2	10	1531920	1531929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_000921	TATTT	2	10	1534640	1534649	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_000921	TTTTA	2	10	1552223	1552232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_000921	ATAAA	2	10	1554171	1554180	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_000921	GCTTG	2	10	1556047	1556056	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
193	NC_000921	TATAA	2	10	1567264	1567273	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_000921	GTTTG	2	10	1574118	1574127	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
195	NC_000921	CTAAA	2	10	1575143	1575152	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_000921	AATCA	2	10	1587204	1587213	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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198	NC_000921	CTTTT	2	10	1622000	1622009	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_000921	AATTC	2	10	1633418	1633427	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
200	NC_000921	TTTTG	2	10	1635578	1635587	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
201	NC_000921	ATAAA	2	10	1635673	1635682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_000921	TTATT	2	10	1637427	1637436	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
203	NC_000921	ATCTC	2	10	1637454	1637463	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
204	NC_000921	ATATT	2	10	1641497	1641506	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
205	NC_000921	TTAAA	2	10	1642153	1642162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.