MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols chromosome

Total Repeats: 31

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000919	ATTGAA	2	12	8547	8558	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000919	TTTCCG	2	12	34163	34174	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_000919	GCACGA	2	12	59440	59451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_000919	CGCTTG	2	12	92919	92930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_000919	TCTCAA	2	12	125117	125128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_000919	GGCTGG	4	24	149324	149347	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_000919	CTGCGG	4	24	150537	150560	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_000919	CGGCTC	2	12	151042	151053	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_000919	GTGCGA	2	12	233516	233527	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_000919	TCCTTC	2	12	234897	234908	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_000919	GTTTGT	2	12	257945	257956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000919	GTGCGA	2	12	281957	281968	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_000919	TCCTTC	2	12	283338	283349	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_000919	TGATGT	2	12	303792	303803	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000919	CCGGAG	2	12	331829	331840	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_000919	CAGCTG	2	12	332053	332064	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_000919	GCTGTG	2	12	339874	339885	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_000919	AATATA	2	12	353959	353970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000919	TTTCCG	2	12	371222	371233	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_000919	GTGACG	2	12	517448	517459	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_000919	CGTGCG	2	12	523785	523796	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_000919	TAACCC	2	12	560689	560700	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_000919	ATACTG	2	12	560783	560794	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_000919	TTCTCC	2	12	697561	697572	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_000919	CAGAGA	2	12	851986	851997	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_000919	AAAGAC	2	12	880820	880831	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_000919	GGCGCA	2	12	906063	906074	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_000919	AAGCTC	2	12	946405	946416	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_000919	GAGCAG	2	12	993856	993867	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_000919	TATGAG	2	12	1079437	1079448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000919	CGCCTT	2	12	1114981	1114992	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.