MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H chromosome

Total Repeats: 1152

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000916	AAGAT	2	10	1378	1387	60 %	20 %	20 %	0 %	15678033
2	NC_000916	CAGCA	2	10	1983	1992	40 %	0 %	20 %	40 %	15678033
3	NC_000916	AGATG	2	10	2061	2070	40 %	20 %	40 %	0 %	15678034
4	NC_000916	CTGTC	2	10	2123	2132	0 %	40 %	20 %	40 %	15678034
5	NC_000916	AGAGG	2	10	3115	3124	40 %	0 %	60 %	0 %	15678036
6	NC_000916	AAAAT	2	10	3171	3180	80 %	20 %	0 %	0 %	15678036
7	NC_000916	AAGGT	2	10	7268	7277	40 %	20 %	40 %	0 %	15678045
8	NC_000916	CAGGA	2	10	7727	7736	40 %	0 %	40 %	20 %	15678046
9	NC_000916	AAGGG	2	10	9729	9738	40 %	0 %	60 %	0 %	15678050
10	NC_000916	TCCAG	2	10	10149	10158	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_000916	AAAAT	2	10	14820	14829	80 %	20 %	0 %	0 %	15678059
12	NC_000916	TAGCC	2	10	17480	17489	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_000916	CAGGA	2	10	18347	18356	40 %	0 %	40 %	20 %	15678065
14	NC_000916	GGGAA	2	10	19478	19487	40 %	0 %	60 %	0 %	15678067
15	NC_000916	TGGAC	2	10	20912	20921	20 %	20 %	40 %	20 %	15678069
16	NC_000916	TTTTA	2	10	21077	21086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000916	TACCC	2	10	22089	22098	20 %	20 %	0 %	60 %	15678072
18	NC_000916	TTCTC	2	10	28967	28976	0 %	60 %	0 %	40 %	15678079
19	NC_000916	CAGCA	2	10	31375	31384	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_000916	CCGGC	2	10	31892	31901	0 %	0 %	40 %	60 %	15678081
21	NC_000916	AGAGG	2	10	31977	31986	40 %	0 %	60 %	0 %	15678081
22	NC_000916	CCATT	2	10	34057	34066	20 %	40 %	0 %	40 %	15678083
23	NC_000916	TTGAT	2	10	34407	34416	20 %	60 %	20 %	0 %	15678084
24	NC_000916	CTGTA	2	10	34707	34716	20 %	40 %	20 %	20 %	15678084
25	NC_000916	TTCCC	2	10	35700	35709	0 %	40 %	0 %	60 %	15678085
26	NC_000916	AGAAA	2	10	36308	36317	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000916	ATCTT	2	10	36907	36916	20 %	60 %	0 %	20 %	15678088
28	NC_000916	ACCCC	2	10	38370	38379	20 %	0 %	0 %	80 %	15678090
29	NC_000916	ATGAT	2	10	40044	40053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000916	AAATC	2	10	40825	40834	60 %	20 %	0 %	20 %	15678094
31	NC_000916	GTTTT	2	10	41586	41595	0 %	80 %	20 %	0 %	15679902
32	NC_000916	TGCTG	2	10	43200	43209	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000916	TATGC	2	10	45273	45282	20 %	40 %	20 %	20 %	15678101
34	NC_000916	AACAT	2	10	45742	45751	60 %	20 %	0 %	20 %	15678103
35	NC_000916	TATGC	2	10	47240	47249	20 %	40 %	20 %	20 %	15678103
36	NC_000916	AAAAT	2	10	48386	48395	80 %	20 %	0 %	0 %	15678104
37	NC_000916	AAATC	2	10	49046	49055	60 %	20 %	0 %	20 %	15678105
38	NC_000916	CTTTT	2	10	49397	49406	0 %	80 %	0 %	20 %	15678106
39	NC_000916	TAAAA	2	10	49620	49629	80 %	20 %	0 %	0 %	15678106
40	NC_000916	AAAAT	2	10	50362	50371	80 %	20 %	0 %	0 %	15678108
41	NC_000916	GTTTT	2	10	51495	51504	0 %	80 %	20 %	0 %	15678111
42	NC_000916	TTCTT	2	10	52855	52864	0 %	80 %	0 %	20 %	15678112
43	NC_000916	AACCA	2	10	53439	53448	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_000916	TATGC	2	10	55741	55750	20 %	40 %	20 %	20 %	15678115
45	NC_000916	TTCAT	2	10	59879	59888	20 %	60 %	0 %	20 %	15678124
46	NC_000916	AGGGC	2	10	61955	61964	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_000916	CAAAG	2	10	65643	65652	60 %	0 %	20 %	20 %	15678132
48	NC_000916	TCCAT	2	10	66557	66566	20 %	40 %	0 %	40 %	15678133
49	NC_000916	ACTAT	2	10	69666	69675	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_000916	ATTTA	2	10	70467	70476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000916	GGCAG	2	10	72293	72302	20 %	0 %	60 %	20 %	15678142
52	NC_000916	TGGAG	2	10	74377	74386	20 %	20 %	60 %	0 %	15678144
53	NC_000916	TTTTA	2	10	75944	75953	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000916	CCTTG	2	10	76212	76221	0 %	40 %	20 %	40 %	15678147
55	NC_000916	TATCT	2	10	77443	77452	20 %	60 %	0 %	20 %	15678148
56	NC_000916	CCCAT	2	10	79413	79422	20 %	20 %	0 %	60 %	15678151
57	NC_000916	AGGGG	2	10	82793	82802	20 %	0 %	80 %	0 %	15678155
58	NC_000916	GGACA	2	10	87997	88006	40 %	0 %	40 %	20 %	15678163
59	NC_000916	ATGAC	2	10	88212	88221	40 %	20 %	20 %	20 %	15678163
60	NC_000916	GTCTG	2	10	88781	88790	0 %	40 %	40 %	20 %	15678164
61	NC_000916	GACTT	2	10	89239	89248	20 %	40 %	20 %	20 %	15678165
62	NC_000916	CAGGA	2	10	90783	90792	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_000916	TGCAG	2	10	91817	91826	20 %	20 %	40 %	20 %	15678168
64	NC_000916	GTGCT	2	10	92495	92504	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000916	TATCA	2	10	92522	92531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_000916	ATTTT	2	10	95652	95661	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000916	TTAAA	2	10	95685	95694	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000916	AGCCA	2	10	95838	95847	40 %	0 %	20 %	40 %	15678173
69	NC_000916	TGGCA	2	10	97308	97317	20 %	20 %	40 %	20 %	15678175
70	NC_000916	CTCAT	2	10	98022	98031	20 %	40 %	0 %	40 %	15678176
71	NC_000916	TGGCC	2	10	98578	98587	0 %	20 %	40 %	40 %	15678176
72	NC_000916	CATGA	2	10	102688	102697	40 %	20 %	20 %	20 %	15678181
73	NC_000916	AAGGG	2	10	105418	105427	40 %	0 %	60 %	0 %	15678187
74	NC_000916	TCAGA	2	10	106731	106740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_000916	GAGCT	2	10	110009	110018	20 %	20 %	40 %	20 %	15678192
76	NC_000916	CCTCA	2	10	110701	110710	20 %	20 %	0 %	60 %	15678192
77	NC_000916	TGGAC	2	10	116189	116198	20 %	20 %	40 %	20 %	15678199
78	NC_000916	GAGGG	2	10	116308	116317	20 %	0 %	80 %	0 %	15678200
79	NC_000916	CTTCT	2	10	116758	116767	0 %	60 %	0 %	40 %	15678200
80	NC_000916	TCTGT	2	10	116900	116909	0 %	60 %	20 %	20 %	15678200
81	NC_000916	TTTTA	2	10	117459	117468	20 %	80 %	0 %	0 %	15678201
82	NC_000916	TCTCC	2	10	118392	118401	0 %	40 %	0 %	60 %	15678201
83	NC_000916	ACCTC	2	10	121578	121587	20 %	20 %	0 %	60 %	15678203
84	NC_000916	CCTGA	2	10	123030	123039	20 %	20 %	20 %	40 %	15678204
85	NC_000916	AGGCA	2	10	124400	124409	40 %	0 %	40 %	20 %	15678204
86	NC_000916	GCTGA	2	10	124826	124835	20 %	20 %	40 %	20 %	15678205
87	NC_000916	GCATG	2	10	127489	127498	20 %	20 %	40 %	20 %	15678208
88	NC_000916	ACATC	2	10	127977	127986	40 %	20 %	0 %	40 %	15678209
89	NC_000916	AGGGA	2	10	128076	128085	40 %	0 %	60 %	0 %	15678209
90	NC_000916	CCATG	2	10	129505	129514	20 %	20 %	20 %	40 %	15678211
91	NC_000916	AGAGA	2	10	132564	132573	60 %	0 %	40 %	0 %	15678214
92	NC_000916	GGTTC	2	10	135345	135354	0 %	40 %	40 %	20 %	15678219
93	NC_000916	GTCGG	2	10	139627	139636	0 %	20 %	60 %	20 %	15678223
94	NC_000916	ACCTT	2	10	140069	140078	20 %	40 %	0 %	40 %	15678223
95	NC_000916	GGGCA	2	10	140241	140250	20 %	0 %	60 %	20 %	15678223
96	NC_000916	AGGCC	2	10	140490	140499	20 %	0 %	40 %	40 %	15678223
97	NC_000916	TTCTT	2	10	141150	141159	0 %	80 %	0 %	20 %	15678224
98	NC_000916	TGGGC	2	10	141535	141544	0 %	20 %	60 %	20 %	15678224
99	NC_000916	CTTTT	2	10	143179	143188	0 %	80 %	0 %	20 %	15678227
100	NC_000916	TCCTT	2	10	144154	144163	0 %	60 %	0 %	40 %	15678228
101	NC_000916	GAAGG	2	10	149935	149944	40 %	0 %	60 %	0 %	15678236
102	NC_000916	GAAGG	2	10	149983	149992	40 %	0 %	60 %	0 %	15678236
103	NC_000916	CCAGC	2	10	152280	152289	20 %	0 %	20 %	60 %	15678238
104	NC_000916	CCTCT	2	10	154004	154013	0 %	40 %	0 %	60 %	15678240
105	NC_000916	AGATG	2	10	155484	155493	40 %	20 %	40 %	0 %	15678241
106	NC_000916	CCCTT	2	10	155891	155900	0 %	40 %	0 %	60 %	15678241
107	NC_000916	TTAGT	2	10	157126	157135	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000916	CTTCC	2	10	161478	161487	0 %	40 %	0 %	60 %	15678246
109	NC_000916	GAGAA	2	10	162898	162907	60 %	0 %	40 %	0 %	15678248
110	NC_000916	CATCA	2	10	165315	165324	40 %	20 %	0 %	40 %	15678251
111	NC_000916	GGTGT	2	10	165377	165386	0 %	40 %	60 %	0 %	15678251
112	NC_000916	TGATT	2	10	168664	168673	20 %	60 %	20 %	0 %	15678254
113	NC_000916	AGGCA	2	10	168929	168938	40 %	0 %	40 %	20 %	15678254
114	NC_000916	GCACT	2	10	169463	169472	20 %	20 %	20 %	40 %	15678254
115	NC_000916	TCCAC	2	10	170121	170130	20 %	20 %	0 %	60 %	15678255
116	NC_000916	TGTAT	2	10	172930	172939	20 %	60 %	20 %	0 %	15678258
117	NC_000916	GTGGG	2	10	173054	173063	0 %	20 %	80 %	0 %	15678258
118	NC_000916	AGATG	2	10	177060	177069	40 %	20 %	40 %	0 %	15678263
119	NC_000916	TCAAC	2	10	178140	178149	40 %	20 %	0 %	40 %	15678265
120	NC_000916	ACAGC	2	10	179898	179907	40 %	0 %	20 %	40 %	15678265
121	NC_000916	GTGAT	2	10	180459	180468	20 %	40 %	40 %	0 %	15678265
122	NC_000916	ACAAT	2	10	180657	180666	60 %	20 %	0 %	20 %	15678265
123	NC_000916	GGATC	2	10	185754	185763	20 %	20 %	40 %	20 %	15678269
124	NC_000916	TGGAC	2	10	186269	186278	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_000916	CAGGA	2	10	188586	188595	40 %	0 %	40 %	20 %	15678272
126	NC_000916	AATAT	2	10	189919	189928	60 %	40 %	0 %	0 %	15678274
127	NC_000916	GAGGG	2	10	194158	194167	20 %	0 %	80 %	0 %	15678278
128	NC_000916	GGGCT	3	15	196678	196692	0 %	20 %	60 %	20 %	15678281
129	NC_000916	AGGTA	2	10	198279	198288	40 %	20 %	40 %	0 %	15678283
130	NC_000916	AGATC	2	10	199471	199480	40 %	20 %	20 %	20 %	15678287
131	NC_000916	GAAGA	2	10	200814	200823	60 %	0 %	40 %	0 %	15678287
132	NC_000916	GGAGA	2	10	202507	202516	40 %	0 %	60 %	0 %	15678289
133	NC_000916	TACTC	2	10	203431	203440	20 %	40 %	0 %	40 %	15678291
134	NC_000916	CCACC	2	10	207833	207842	20 %	0 %	0 %	80 %	15678299
135	NC_000916	TGACC	2	10	212353	212362	20 %	20 %	20 %	40 %	15678305
136	NC_000916	AGTTC	2	10	214853	214862	20 %	40 %	20 %	20 %	15678308
137	NC_000916	TGGCA	2	10	215599	215608	20 %	20 %	40 %	20 %	15678308
138	NC_000916	AGTAT	2	10	216383	216392	40 %	40 %	20 %	0 %	15678309
139	NC_000916	GCGCC	2	10	216573	216582	0 %	0 %	40 %	60 %	15678309
140	NC_000916	CAGAG	2	10	219493	219502	40 %	0 %	40 %	20 %	15678312
141	NC_000916	AGAGG	2	10	220699	220708	40 %	0 %	60 %	0 %	15678312
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149	NC_000916	AGGGG	2	10	232568	232577	20 %	0 %	80 %	0 %	15678325
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155	NC_000916	GGGCT	2	10	236868	236877	0 %	20 %	60 %	20 %	15678331
156	NC_000916	TCCTG	2	10	237660	237669	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_000916	CTTTG	2	10	238588	238597	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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159	NC_000916	TGGGA	2	10	241574	241583	20 %	20 %	60 %	0 %	15678336
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165	NC_000916	ATTAT	2	10	251514	251523	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_000916	GCGCA	2	10	290541	290550	20 %	0 %	40 %	40 %	15678379
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239	NC_000916	AGGTG	2	10	353859	353868	20 %	20 %	60 %	0 %	15678445
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246	NC_000916	AACAT	2	10	367928	367937	60 %	20 %	0 %	20 %	15678459
247	NC_000916	CCATA	2	10	370083	370092	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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259	NC_000916	AAGGG	2	10	388122	388131	40 %	0 %	60 %	0 %	15678478
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265	NC_000916	TAATA	2	10	397155	397164	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_000916	TGTTT	2	10	402296	402305	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
267	NC_000916	ATGTC	2	10	402962	402971	20 %	40 %	20 %	20 %	15678490
268	NC_000916	GGTCA	2	10	403314	403323	20 %	20 %	40 %	20 %	15678490
269	NC_000916	CGAAC	2	10	404643	404652	40 %	0 %	20 %	40 %	15678492
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