MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H chromosome

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000916	TCCAG	2	10	10149	10158	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_000916	TAGCC	2	10	17480	17489	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_000916	TTTTA	2	10	21077	21086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000916	CAGCA	2	10	31375	31384	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_000916	AGAAA	2	10	36308	36317	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000916	ATGAT	2	10	40044	40053	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000916	TGCTG	2	10	43200	43209	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_000916	AACCA	2	10	53439	53448	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_000916	AGGGC	2	10	61955	61964	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000916	ACTAT	2	10	69666	69675	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_000916	ATTTA	2	10	70467	70476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000916	TTTTA	2	10	75944	75953	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000916	CAGGA	2	10	90783	90792	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_000916	GTGCT	2	10	92495	92504	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000916	TATCA	2	10	92522	92531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000916	ATTTT	2	10	95652	95661	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000916	TTAAA	2	10	95685	95694	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000916	TCAGA	2	10	106731	106740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_000916	TTAGT	2	10	157126	157135	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000916	TGGAC	2	10	186269	186278	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_000916	CTGTT	2	10	226705	226714	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_000916	TTATG	2	10	236456	236465	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000916	TCCTG	2	10	237660	237669	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_000916	CTTTG	2	10	238588	238597	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_000916	ATTAT	2	10	251514	251523	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000916	TGGCT	2	10	276784	276793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_000916	CAGTC	7	35	288313	288347	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_000916	ATCCT	2	10	288349	288358	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_000916	CACAT	2	10	297152	297161	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_000916	TTTCA	2	10	297169	297178	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_000916	CTGAT	2	10	303374	303383	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_000916	GATGG	2	10	309844	309853	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000916	ATTTT	2	10	312278	312287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000916	TTAAA	2	10	349704	349713	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000916	CCATA	2	10	370083	370092	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_000916	TAATA	2	10	397155	397164	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000916	TGTTT	2	10	402296	402305	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000916	TGTTT	2	10	414501	414510	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000916	TAAAG	2	10	459940	459949	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000916	GTACT	2	10	472704	472713	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_000916	CAGGG	2	10	472717	472726	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_000916	GGCAG	2	10	478858	478867	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_000916	TATTT	2	10	481364	481373	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000916	TTATT	2	10	512107	512116	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000916	TAGCA	2	10	512213	512222	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_000916	TCTTT	2	10	513339	513348	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_000916	GGAAA	2	10	538964	538973	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000916	TCATG	2	10	549161	549170	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_000916	AATTA	2	10	578979	578988	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000916	TTTTC	2	10	592420	592429	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_000916	TTAAA	2	10	592435	592444	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000916	AATTA	2	10	597686	597695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000916	AGGAG	2	10	612565	612574	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000916	ATTAT	2	10	651436	651445	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000916	TAAAA	2	10	661133	661142	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000916	TAATA	2	10	691064	691073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000916	CTTCA	2	10	698954	698963	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_000916	AAGTG	2	10	714230	714239	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000916	TAGTC	2	10	720034	720043	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_000916	CAGAA	2	10	727288	727297	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000916	AAGAA	2	10	740318	740327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000916	AAAGG	2	10	744829	744838	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000916	ATTAC	2	10	744851	744860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_000916	TATCA	2	10	768602	768611	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000916	AGTCA	2	10	768669	768678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_000916	AATAA	2	10	785866	785875	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000916	ATAAA	2	10	800135	800144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000916	TCAGG	2	10	813217	813226	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_000916	AGACA	2	10	817632	817641	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_000916	TACCC	2	10	830368	830377	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_000916	CAGTG	2	10	840126	840135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_000916	AGTGA	2	10	867052	867061	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000916	AATTT	2	10	876392	876401	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000916	CATCA	2	10	879139	879148	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_000916	ATCCC	2	10	882872	882881	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_000916	CTAAT	2	10	886223	886232	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_000916	ATCCA	2	10	886283	886292	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_000916	TCAAG	2	10	891983	891992	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_000916	TATAT	2	10	912696	912705	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000916	TTTTA	2	10	922525	922534	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000916	TCAAA	2	10	936258	936267	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_000916	CAAAA	2	10	940993	941002	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_000916	TAAGA	2	10	943386	943395	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000916	GAATT	2	10	950786	950795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000916	ATTTA	2	10	950830	950839	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000916	AATTT	2	10	951794	951803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000916	TAGCC	2	10	967984	967993	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_000916	CTGAA	2	10	968079	968088	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_000916	TAGCC	2	10	968109	968118	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_000916	TTTCA	2	10	984100	984109	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_000916	CGGGT	2	10	984478	984487	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000916	CGGGT	2	10	984495	984504	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_000916	TCAAA	2	10	988231	988240	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_000916	GTAAT	2	10	988613	988622	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000916	TTGTG	2	10	990940	990949	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000916	TCAAA	2	10	1014522	1014531	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_000916	TTAAT	2	10	1017120	1017129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000916	TATAA	2	10	1096593	1096602	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000916	ATGAA	2	10	1112213	1112222	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000916	ATAAA	2	10	1120591	1120600	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000916	ATTTA	2	10	1130600	1130609	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000916	CACAG	2	10	1147332	1147341	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_000916	AACAT	2	10	1154519	1154528	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_000916	ACCCC	2	10	1160095	1160104	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
105	NC_000916	ACTAC	2	10	1160313	1160322	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_000916	AGTAA	2	10	1165851	1165860	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000916	ACCCC	2	10	1174257	1174266	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
108	NC_000916	TAGCC	2	10	1181063	1181072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_000916	TAGCC	2	10	1181161	1181170	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_000916	CTTAC	2	10	1189292	1189301	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_000916	ATTTT	2	10	1199583	1199592	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000916	AATTT	2	10	1199692	1199701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_000916	TCTGC	2	10	1200370	1200379	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_000916	AGGAA	2	10	1200769	1200778	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000916	GACCA	2	10	1213934	1213943	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_000916	GTATA	2	10	1215537	1215546	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000916	CTCTT	2	10	1230685	1230694	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_000916	TAAAA	2	10	1303239	1303248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000916	GGGGA	2	10	1315151	1315160	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000916	ATTAA	2	10	1325441	1325450	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000916	TCTCT	2	10	1350388	1350397	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_000916	GAAAT	2	10	1351658	1351667	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000916	TCAGG	2	10	1354701	1354710	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_000916	CTTAT	2	10	1370483	1370492	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_000916	TTAAT	2	10	1377118	1377127	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000916	TTAAT	2	10	1377214	1377223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000916	TTATA	2	10	1399664	1399673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000916	TGAAT	2	10	1428402	1428411	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000916	GTACT	2	10	1434134	1434143	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_000916	AGTGG	2	10	1464448	1464457	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000916	ATGAC	2	10	1473286	1473295	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_000916	TCTTT	2	10	1475259	1475268	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_000916	AAATA	2	10	1475314	1475323	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000916	ATTTA	2	10	1505767	1505776	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000916	GACTG	2	10	1550139	1550148	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_000916	TTAAT	2	10	1555324	1555333	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000916	ATATA	2	10	1563520	1563529	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000916	GGCCC	2	10	1600287	1600296	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_000916	TTCAG	2	10	1600518	1600527	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_000916	TAAAA	2	10	1600583	1600592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000916	TTTAA	2	10	1601672	1601681	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000916	CCTTT	2	10	1601738	1601747	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_000916	ATTAT	2	10	1601883	1601892	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000916	AAACC	2	10	1604002	1604011	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_000916	TGGCT	2	10	1604038	1604047	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_000916	CTGAA	2	10	1604200	1604209	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_000916	GGTTG	2	10	1604352	1604361	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000916	CGGCA	2	10	1604599	1604608	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_000916	GTGTC	2	10	1604675	1604684	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_000916	CTGTG	2	10	1604786	1604795	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_000916	GTGAG	2	10	1605445	1605454	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
152	NC_000916	GGTGA	2	10	1643837	1643846	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
153	NC_000916	TTTCT	2	10	1649630	1649639	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_000916	TTCTG	2	10	1666510	1666519	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
155	NC_000916	TAAAA	2	10	1675159	1675168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_000916	CGGAT	2	10	1678190	1678199	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_000916	ATTGG	2	10	1698583	1698592	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
158	NC_000916	CTTAC	2	10	1718501	1718510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
159	NC_000916	AAACC	2	10	1720579	1720588	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_000916	TGGCT	2	10	1720615	1720624	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_000916	CTGAA	2	10	1720779	1720788	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_000916	GGTTG	2	10	1720934	1720943	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
163	NC_000916	CGGCA	2	10	1721181	1721190	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
164	NC_000916	GTGTC	2	10	1721257	1721266	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_000916	CTGTG	2	10	1721368	1721377	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NC_000916	GTGAG	2	10	1722027	1722036	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_000916	GCTAA	2	10	1738751	1738760	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_000916	AGGTG	2	10	1744866	1744875	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
169	NC_000916	TCATA	2	10	1744899	1744908	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.