MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii NGR234 plasmid pNGR234a

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000914	GAGTAC	2	12	746	757	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519683
2	NC_000914	CACGCG	2	12	2952	2963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519681
3	NC_000914	GGCGAT	2	12	6798	6809	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519679
4	NC_000914	GTTCCG	2	12	6869	6880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16519679
5	NC_000914	GGGGAG	2	12	9209	9220	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	16519678
6	NC_000914	GACGAG	2	12	12758	12769	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16519676
7	NC_000914	GGTGCT	2	12	13290	13301	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16519675
8	NC_000914	TTCTGC	2	12	19491	19502	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16519672
9	NC_000914	TGCCGG	2	12	22393	22404	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16519948
10	NC_000914	AGCGTC	2	12	23978	23989	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519669
11	NC_000914	ACGCTT	2	12	24897	24908	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519668
12	NC_000914	CGCGTC	2	12	27917	27928	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519666
13	NC_000914	AGGCCG	2	12	34666	34677	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519661
14	NC_000914	TCAACA	2	12	36762	36773	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16519901
15	NC_000914	GGCTTC	2	12	40581	40592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16519655
16	NC_000914	GTATCC	2	12	46262	46273	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519649
17	NC_000914	GATGCA	2	12	47293	47304	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519648
18	NC_000914	AGCGGC	2	12	53448	53459	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519644
19	NC_000914	CGTTGT	2	12	66200	66211	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16520053
20	NC_000914	CGATGG	2	12	66605	66616	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16520053
21	NC_000914	ATGACG	2	12	84159	84170	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16520037
22	NC_000914	GGCGCA	2	12	84905	84916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16520036
23	NC_000914	AGCGCC	2	12	89511	89522	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16520032
24	NC_000914	GGTTGG	2	12	96788	96799	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16520026
25	NC_000914	GCTCAA	2	12	102322	102333	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16520023
26	NC_000914	GTCCTC	2	12	103523	103534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16520022
27	NC_000914	TCGCAG	2	12	104261	104272	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16520020
28	NC_000914	CCTCGA	2	12	109001	109012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16520016
29	NC_000914	CTTGAC	2	12	115183	115194	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16520012
30	NC_000914	GGACAA	2	12	115572	115583	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16520012
31	NC_000914	CCGAAG	2	12	123077	123088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16520005
32	NC_000914	CGAAGC	2	12	133122	133133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16519998
33	NC_000914	GTCCTC	2	12	133525	133536	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16519997
34	NC_000914	GCGATC	2	12	134404	134415	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519996
35	NC_000914	CGCCGG	2	12	134487	134498	0 %	0 %	50 %	50 %	16519996
36	NC_000914	CCTCGA	2	12	140879	140890	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519992
37	NC_000914	TCGAAC	2	12	142410	142421	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16519991
38	NC_000914	CGAGCA	2	12	147142	147153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16519987
39	NC_000914	CGGCCT	2	12	147415	147426	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519987
40	NC_000914	GCAAGC	2	12	154855	154866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16519979
41	NC_000914	CGTCCT	2	12	156951	156962	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16519978
42	NC_000914	GTCGCA	2	12	157070	157081	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519978
43	NC_000914	AGCGGC	2	12	159008	159019	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519975
44	NC_000914	TGTCGA	2	12	166670	166681	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16519969
45	NC_000914	GCGGCA	2	12	169932	169943	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519967
46	NC_000914	GCGCTG	2	12	172932	172943	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16519965
47	NC_000914	CACGCC	2	12	174603	174614	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	16519963
48	NC_000914	GTCGAG	2	12	182047	182058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519957
49	NC_000914	GCTCAT	2	12	182276	182287	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519956
50	NC_000914	TCGACT	2	12	182698	182709	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519956
51	NC_000914	TCGATG	2	12	184141	184152	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16519955
52	NC_000914	TGACGC	2	12	190328	190339	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519819
53	NC_000914	CACCGG	2	12	191912	191923	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519670
54	NC_000914	CGTTGC	2	12	200081	200092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16519941
55	NC_000914	CTCCAT	2	12	200843	200854	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16519941
56	NC_000914	CTTCGA	2	12	201889	201900	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519941
57	NC_000914	CGATGC	2	12	210389	210400	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519938
58	NC_000914	GGCCGA	2	12	221145	221156	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519931
59	NC_000914	CTCGAC	2	12	222678	222689	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519928
60	NC_000914	TGGCAT	2	12	243253	243264	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16519914
61	NC_000914	GGCAAC	2	12	260540	260551	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16519907
62	NC_000914	AGGCCG	2	12	266536	266547	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519903
63	NC_000914	TCAACA	2	12	268632	268643	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16519659
64	NC_000914	CGATCG	2	12	276114	276125	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519895
65	NC_000914	CGGATG	2	12	277704	277715	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519894
66	NC_000914	GAGATT	2	12	278781	278792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16519894
67	NC_000914	TCGCCA	2	12	281509	281520	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519891
68	NC_000914	GAAGGC	2	12	285137	285148	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16519887
69	NC_000914	GAACAC	2	12	285302	285313	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	16519887
70	NC_000914	ATCAGC	2	12	286485	286496	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16519886
71	NC_000914	GATGCG	2	12	286796	286807	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519886
72	NC_000914	GGGCAG	2	12	294773	294784	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	16519880
73	NC_000914	GGGTTC	2	12	294915	294926	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16519880
74	NC_000914	CGCTCC	2	12	298321	298332	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	16519877
75	NC_000914	AGCTGC	2	12	298566	298577	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519877
76	NC_000914	GCGTCG	2	12	302582	302593	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16519874
77	NC_000914	CGATGC	2	12	310869	310880	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519791
78	NC_000914	GCAGCC	2	12	316563	316574	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519865
79	NC_000914	GATGGT	2	12	320551	320562	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16519863
80	NC_000914	CAGGGC	2	12	322209	322220	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519861
81	NC_000914	TTCTCG	2	12	328492	328503	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16519856
82	NC_000914	GCGGCA	2	12	329013	329024	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16519856
83	NC_000914	GAACTG	2	12	331128	331139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519854
84	NC_000914	GAGCGT	2	12	336083	336094	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519849
85	NC_000914	GGCTGC	2	12	341929	341940	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16519845
86	NC_000914	GACCTT	2	12	345414	345425	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519844
87	NC_000914	GGACAT	2	12	348984	348995	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519842
88	NC_000914	CTTCGT	2	12	354142	354153	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16519837
89	NC_000914	CGCAGC	2	12	355110	355121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519836
90	NC_000914	CCAGCC	2	12	358612	358623	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	16519835
91	NC_000914	CCGGCG	2	12	361286	361297	0 %	0 %	50 %	50 %	16519832
92	NC_000914	TGGCCA	2	12	361424	361435	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519832
93	NC_000914	GACCTG	2	12	361564	361575	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519832
94	NC_000914	TCAGCG	2	12	367869	367880	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519826
95	NC_000914	CTCAAG	2	12	371824	371835	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16519821
96	NC_000914	TGACGC	2	12	373390	373401	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519949
97	NC_000914	CACCGG	2	12	374974	374985	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519818
98	NC_000914	GTCGCA	2	12	376150	376161	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519816
99	NC_000914	CCGCGA	2	12	376706	376717	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519815
100	NC_000914	AGTGCC	2	12	379970	379981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519813
101	NC_000914	ATTCCG	2	12	380138	380149	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519813
102	NC_000914	GCCTCG	2	12	391522	391533	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519805
103	NC_000914	CTCGAT	2	12	402478	402489	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519792
104	NC_000914	CGATGC	2	12	404160	404171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519868
105	NC_000914	GCCGCT	2	12	408536	408547	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519787
106	NC_000914	CCGGCC	2	12	410186	410197	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16519785
107	NC_000914	GCATTC	2	12	412036	412047	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519784
108	NC_000914	TCACAA	2	12	412357	412368	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16519783
109	NC_000914	GGCCCA	2	12	413478	413489	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519783
110	NC_000914	AAGGCG	2	12	414199	414210	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16519782
111	NC_000914	TCGCCG	2	12	415253	415264	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519782
112	NC_000914	CGACCG	2	12	421742	421753	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519777
113	NC_000914	AAGTCG	2	12	425310	425321	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519774
114	NC_000914	GAATGG	2	12	426851	426862	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	16519772
115	NC_000914	ATCGCT	2	12	427798	427809	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16519771
116	NC_000914	CTGCTC	2	12	429138	429149	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16519769
117	NC_000914	ATGGAG	2	12	441661	441672	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	16519759
118	NC_000914	CCCTCT	2	12	443036	443047	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	16519758
119	NC_000914	AGCTCC	2	12	444057	444068	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519758
120	NC_000914	ACAAAG	2	12	450416	450427	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16519753
121	NC_000914	ACAAAA	2	12	457360	457371	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16519751
122	NC_000914	CCCGAT	2	12	465208	465219	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519744
123	NC_000914	TCGGCA	2	12	466741	466752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519742
124	NC_000914	CTCCAG	2	12	467895	467906	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16519742
125	NC_000914	CGCCTC	2	12	468159	468170	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	16519742
126	NC_000914	CGGCGC	2	12	469016	469027	0 %	0 %	50 %	50 %	16519741
127	NC_000914	GCATTT	2	12	470219	470230	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16519740
128	NC_000914	TCGAGG	2	12	472122	472133	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16519739
129	NC_000914	GCATCG	2	12	473228	473239	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519738
130	NC_000914	GCGCAA	2	12	473391	473402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16519738
131	NC_000914	CGATGC	2	12	495042	495053	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519721
132	NC_000914	ATTGGT	2	12	499815	499826	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16519718
133	NC_000914	CGAGCC	2	12	508832	508843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519713
134	NC_000914	CGCCGG	2	12	514245	514256	0 %	0 %	50 %	50 %	16519708
135	NC_000914	CAGAAA	2	12	515434	515445	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16519708
136	NC_000914	GGGATG	2	12	517305	517316	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	16519706
137	NC_000914	CGATGC	2	12	522243	522254	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16519701
138	NC_000914	CCGCTG	2	12	526159	526170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16519696
139	NC_000914	ACGATG	2	12	526499	526510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16519696
140	NC_000914	TGCCGT	2	12	526659	526670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16519695
141	NC_000914	CCTTGC	2	12	528019	528030	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16519693
142	NC_000914	TTGGCG	2	12	528638	528649	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16519692
143	NC_000914	CCAAGC	2	12	529160	529171	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16519692
144	NC_000914	TGAAGA	2	12	532688	532699	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16519689
145	NC_000914	GCCACG	2	12	534930	534941	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16519684

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.