MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii NGR234 plasmid pNGR234a

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000914	GAGGG	2	10	5403	5412	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000914	CGGAG	2	10	6207	6216	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000914	CGCAG	2	10	14722	14731	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_000914	GCTCA	2	10	28556	28565	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_000914	TTGTA	2	10	31091	31100	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000914	TCGCG	2	10	37644	37653	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_000914	TTCTT	2	10	43168	43177	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_000914	GACGG	2	10	44859	44868	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_000914	GTGCC	2	10	52525	52534	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_000914	ATCGA	2	10	52846	52855	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_000914	GCTTT	2	10	60668	60677	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000914	CGCAG	2	10	61808	61817	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_000914	TCGGC	2	10	62979	62988	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_000914	AGCTG	2	10	63003	63012	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000914	GCGAG	2	10	84258	84267	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000914	GCGAC	2	10	94473	94482	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_000914	GCGCC	2	10	96007	96016	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_000914	AAAGC	2	10	103450	103459	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_000914	CTGCG	2	10	109893	109902	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_000914	TTGTG	2	10	122499	122508	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000914	GGCGT	2	10	122563	122572	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_000914	CCGTT	2	10	124077	124086	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_000914	GATAT	2	10	126547	126556	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000914	TCAAG	2	10	130620	130629	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_000914	TGTTA	2	10	132701	132710	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000914	TCCGC	2	10	149926	149935	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_000914	GCGCC	2	10	159727	159736	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_000914	TCGCG	2	10	189326	189335	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_000914	CGATG	2	10	189528	189537	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_000914	CCGAA	2	10	203086	203095	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_000914	GATGG	2	10	220066	220075	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000914	CCGCT	2	10	236763	236772	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_000914	CTCGG	2	10	242955	242964	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_000914	CGGTG	2	10	250231	250240	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_000914	CAACA	2	10	250911	250920	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_000914	GCCCA	2	10	254395	254404	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_000914	GCTTC	2	10	254626	254635	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_000914	GGATG	2	10	256512	256521	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000914	TATGG	2	10	263054	263063	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000914	ATCCG	2	10	265311	265320	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_000914	TTACC	2	10	276948	276957	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_000914	GAATT	2	10	277123	277132	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000914	CATGA	2	10	288842	288851	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_000914	TAATT	2	10	289410	289419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000914	CGCTA	2	10	292135	292144	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_000914	GGCCG	2	10	292298	292307	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_000914	GCACT	2	10	294552	294561	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_000914	GCCGG	2	10	296685	296694	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_000914	CCGCT	2	10	316900	316909	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_000914	AAGGT	2	10	317082	317091	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000914	AGCGT	2	10	332105	332114	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_000914	CGGCG	2	10	332345	332354	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
53	NC_000914	GGACG	2	10	332407	332416	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_000914	TCCGA	2	10	335501	335510	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_000914	TTCGA	2	10	340620	340629	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_000914	CCCGC	2	10	344402	344411	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
57	NC_000914	CCACT	2	10	348509	348518	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_000914	TCGTC	2	10	352092	352101	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_000914	CGGCG	2	10	356981	356990	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_000914	GATCA	2	10	357091	357100	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000914	AGCGC	2	10	357634	357643	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_000914	TCCGA	2	10	367384	367393	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_000914	GCCAG	2	10	367759	367768	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_000914	TAGTC	2	10	368220	368229	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000914	CGGAT	2	10	380809	380818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_000914	GTAAA	2	10	381494	381503	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000914	ACGCG	2	10	390235	390244	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_000914	TCGCA	2	10	391772	391781	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_000914	TTTGC	2	10	391824	391833	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_000914	TCCCT	2	10	394181	394190	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_000914	GCAGC	2	10	399033	399042	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_000914	CGGAG	2	10	406164	406173	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_000914	CTGGC	2	10	407227	407236	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_000914	CGGCT	2	10	417146	417155	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_000914	CCCGC	2	10	419176	419185	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
76	NC_000914	CAGGA	2	10	419825	419834	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_000914	TGCGT	2	10	451112	451121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000914	AATTG	2	10	451205	451214	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000914	CCCAA	2	10	477692	477701	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_000914	TCGCG	2	10	479124	479133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_000914	ACCGA	2	10	480321	480330	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_000914	GGTCG	2	10	482633	482642	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_000914	TGGTG	2	10	482835	482844	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000914	CGGCT	2	10	490961	490970	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_000914	GCTCC	2	10	491402	491411	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_000914	GCCAT	2	10	491722	491731	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_000914	CGGCC	2	10	492053	492062	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_000914	CCGCT	2	10	498219	498228	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_000914	GCGTC	2	10	499217	499226	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_000914	CGGCG	2	10	506504	506513	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_000914	CGGAG	2	10	512828	512837	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000914	CGGTT	2	10	518770	518779	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_000914	GCACG	2	10	518978	518987	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_000914	CGGCG	2	10	519850	519859	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_000914	CAATG	2	10	522555	522564	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_000914	TGCCT	2	10	523864	523873	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_000914	AAATC	2	10	523942	523951	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_000914	GCGTC	2	10	535564	535573	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.