MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 chromosome

Total Repeats: 1063

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000909	CTGGAA	2	12	5742	5753	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15668176
2	NC_000909	ATAGAG	2	12	11830	11841	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668182
3	NC_000909	ATTAAA	2	12	13309	13320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668183
4	NC_000909	AACTCC	2	12	13652	13663	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_000909	TTCTTT	2	12	14820	14831	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668184
6	NC_000909	AGGAAA	2	12	19136	19147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15668189
7	NC_000909	TTCTTT	2	12	20214	20225	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668190
8	NC_000909	TTGAGA	2	12	24118	24129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668193
9	NC_000909	TAAAGC	2	12	24185	24196	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668193
10	NC_000909	GATATA	2	12	24222	24233	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15668193
11	NC_000909	CAATAA	2	12	27104	27115	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15668196
12	NC_000909	GCTGGA	2	12	31456	31467	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15668200
13	NC_000909	AAATAA	2	12	31562	31573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668200
14	NC_000909	TCCAAA	2	12	31590	31601	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668200
15	NC_000909	AGGATT	2	12	33275	33286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668202
16	NC_000909	CCTCAT	2	12	35478	35489	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668204
17	NC_000909	ATTTTA	2	12	36403	36414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000909	TTCTCT	2	12	41525	41536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15668211
19	NC_000909	GTAGAA	2	12	43581	43592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668213
20	NC_000909	ATATCA	2	12	48094	48105	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668217
21	NC_000909	GATAAA	2	12	48748	48759	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000909	TAACTC	2	12	50253	50264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668220
23	NC_000909	ATCTTC	2	12	51200	51211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15668221
24	NC_000909	GGGAAA	2	12	52385	52396	50 %	0 %	50 %	0 %	15668222
25	NC_000909	TAAATT	2	12	52692	52703	50 %	50 %	0 %	0 %	15668222
26	NC_000909	AAATAA	2	12	55054	55065	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000909	TAACAA	2	12	57349	57360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15668228
28	NC_000909	ATAAAA	2	12	58895	58906	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000909	CAAATT	2	12	58918	58929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_000909	GTAAGA	2	12	59276	59287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668230
31	NC_000909	TATTTT	2	12	59326	59337	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000909	ATTAAA	2	12	63322	63333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668236
33	NC_000909	CCAACA	2	12	64552	64563	50 %	0 %	0 %	50 %	15668237
34	NC_000909	GGAAAT	2	12	67831	67842	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668244
35	NC_000909	ATGCTT	2	12	68571	68582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15668245
36	NC_000909	TCTCCC	2	12	70297	70308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15668246
37	NC_000909	AATATA	2	12	72390	72401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668249
38	NC_000909	GTTGGT	2	12	74657	74668	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000909	GAGTTA	2	12	76270	76281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668253
40	NC_000909	TTTTAA	2	12	78526	78537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000909	TTAAAT	2	12	78717	78728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000909	TAGCTG	2	12	82165	82176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15668258
43	NC_000909	AGATTG	2	12	85353	85364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668261
44	NC_000909	TTTTAT	2	12	88606	88617	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668265
45	NC_000909	CTTTTT	2	12	89569	89580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668266
46	NC_000909	TGGGAT	2	12	93993	94004	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15668271
47	NC_000909	TCATAA	2	12	94814	94825	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668271
48	NC_000909	AAAAGT	2	12	99088	99099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668274
49	NC_000909	GATTGA	2	12	99314	99325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668275
50	NC_000909	TTTAAA	2	12	99404	99415	50 %	50 %	0 %	0 %	15668275
51	NC_000909	TGATGT	2	12	99593	99604	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15668275
52	NC_000909	ACATAG	2	12	100975	100986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668275
53	NC_000909	AGGAGA	2	12	103146	103157	50 %	0 %	50 %	0 %	15668278
54	NC_000909	CTTTAA	2	12	105999	106010	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668280
55	NC_000909	TCCTTT	2	12	106033	106044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15668280
56	NC_000909	TTTAAA	2	12	106441	106452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000909	ATTTTT	2	12	108463	108474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000909	TAATCT	2	12	110622	110633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668284
59	NC_000909	CTCAAT	2	12	111459	111470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668284
60	NC_000909	AGATTA	2	12	111549	111560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000909	TTATTT	2	12	113983	113994	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668288
62	NC_000909	CTTCAA	2	12	114422	114433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668289
63	NC_000909	AAATTT	2	12	115115	115126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000909	ATCTTT	2	12	121563	121574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	298575366
65	NC_000909	TTGCCT	2	12	122534	122545	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	298575366
66	NC_000909	ATGTCT	2	12	123548	123559	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15668297
67	NC_000909	TTTTTA	2	12	126039	126050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	298575369
68	NC_000909	TTATTT	2	12	126235	126246	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	298575369
69	NC_000909	TTATTT	2	12	127160	127171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668302
70	NC_000909	CTTCAT	2	12	128074	128085	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_000909	TAATTT	2	12	128563	128574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000909	ATTTAA	2	12	129012	129023	50 %	50 %	0 %	0 %	15668303
73	NC_000909	AACATC	2	12	129861	129872	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668304
74	NC_000909	TTCAAT	2	12	129933	129944	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668304
75	NC_000909	CTCATC	2	12	129945	129956	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668304
76	NC_000909	ATTTCA	2	12	130784	130795	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668305
77	NC_000909	TTCATT	2	12	133578	133589	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_000909	ATTTCT	2	12	135210	135221	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15668308
79	NC_000909	AATTGA	2	12	139096	139107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15668312
80	NC_000909	TGAAAA	2	12	139474	139485	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668312
81	NC_000909	GATGTT	2	12	139647	139658	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15668313
82	NC_000909	AATAAA	2	12	141380	141391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668315
83	NC_000909	ATTTTT	2	12	141748	141759	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668316
84	NC_000909	CTACAG	2	12	144937	144948	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15668320
85	NC_000909	GTTAAT	2	12	146968	146979	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15668323
86	NC_000909	GCTGGA	2	12	148034	148045	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15668324
87	NC_000909	GTTAAG	2	12	148160	148171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668324
88	NC_000909	GGATGA	2	12	150834	150845	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15668325
89	NC_000909	AAAGAT	2	12	151435	151446	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668325
90	NC_000909	ACTGCG	2	12	155777	155788	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_000909	TATAAC	2	12	161135	161146	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668330
92	NC_000909	GTCTGG	2	12	163711	163722	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15668332
93	NC_000909	TTAAAT	2	12	165901	165912	50 %	50 %	0 %	0 %	15668334
94	NC_000909	CAGATA	2	12	166027	166038	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668334
95	NC_000909	TAAAAT	2	12	168501	168512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668336
96	NC_000909	TCATTT	2	12	171075	171086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_000909	CTTTAA	2	12	172610	172621	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668342
98	NC_000909	AAAGCT	2	12	172702	172713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668342
99	NC_000909	TTTTGT	2	12	173079	173090	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15668342
100	NC_000909	AAATCT	2	12	173377	173388	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668343
101	NC_000909	TAATTT	2	12	174364	174375	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15668343
102	NC_000909	TCTTCA	2	12	185606	185617	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15668359
103	NC_000909	ACACAG	2	12	188188	188199	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15668362
104	NC_000909	AAAAGA	2	12	190138	190149	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668367
105	NC_000909	AATAAA	2	12	195623	195634	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668375
106	NC_000909	ATTGGA	2	12	195931	195942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668376
107	NC_000909	CTTCAA	2	12	198661	198672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668378
108	NC_000909	TATTGT	2	12	200330	200341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15668381
109	NC_000909	AAAAAG	2	12	202644	202655	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668383
110	NC_000909	AAATAA	2	12	202816	202827	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668384
111	NC_000909	AGCTAA	2	12	203356	203367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668384
112	NC_000909	GAGGAT	2	12	204176	204187	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15668386
113	NC_000909	TCAATG	2	12	204297	204308	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15668386
114	NC_000909	TTTTCA	2	12	205195	205206	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15668388
115	NC_000909	AATAAA	2	12	205673	205684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000909	CCCTAT	2	12	205925	205936	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668389
117	NC_000909	CAACTG	2	12	208419	208430	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15668390
118	NC_000909	CAACAG	2	12	210175	210186	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15668392
119	NC_000909	CATAAG	2	12	210343	210354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668392
120	NC_000909	GCTTCA	2	12	211150	211161	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15668393
121	NC_000909	TCAAAC	2	12	213445	213456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668395
122	NC_000909	ATAATT	2	12	215426	215437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000909	ATTTAT	2	12	217285	217296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15668400
124	NC_000909	ATCTTT	2	12	217593	217604	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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359	NC_000909	GCATCT	2	12	608884	608895	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15668863
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482	NC_000909	TTTTCA	2	12	821197	821208	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15669080
483	NC_000909	AATGCA	2	12	822213	822224	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15669081
484	NC_000909	TACAAT	2	12	823076	823087	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15669082
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