MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 chromosome

Total Repeats: 888

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000909	CTGGAA	2	12	5742	5753	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	15668176
2	NC_000909	ATAGAG	2	12	11830	11841	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668182
3	NC_000909	ATTAAA	2	12	13309	13320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668183
4	NC_000909	TTCTTT	2	12	14820	14831	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668184
5	NC_000909	AGGAAA	2	12	19136	19147	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15668189
6	NC_000909	TTCTTT	2	12	20214	20225	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668190
7	NC_000909	TTGAGA	2	12	24118	24129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668193
8	NC_000909	TAAAGC	2	12	24185	24196	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668193
9	NC_000909	GATATA	2	12	24222	24233	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15668193
10	NC_000909	CAATAA	2	12	27104	27115	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15668196
11	NC_000909	GCTGGA	2	12	31456	31467	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15668200
12	NC_000909	AAATAA	2	12	31562	31573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668200
13	NC_000909	TCCAAA	2	12	31590	31601	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668200
14	NC_000909	AGGATT	2	12	33275	33286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668202
15	NC_000909	CCTCAT	2	12	35478	35489	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668204
16	NC_000909	TTCTCT	2	12	41525	41536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15668211
17	NC_000909	GTAGAA	2	12	43581	43592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668213
18	NC_000909	ATATCA	2	12	48094	48105	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668217
19	NC_000909	TAACTC	2	12	50253	50264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668220
20	NC_000909	ATCTTC	2	12	51200	51211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15668221
21	NC_000909	GGGAAA	2	12	52385	52396	50 %	0 %	50 %	0 %	15668222
22	NC_000909	TAAATT	2	12	52692	52703	50 %	50 %	0 %	0 %	15668222
23	NC_000909	TAACAA	2	12	57349	57360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15668228
24	NC_000909	GTAAGA	2	12	59276	59287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668230
25	NC_000909	ATTAAA	2	12	63322	63333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668236
26	NC_000909	CCAACA	2	12	64552	64563	50 %	0 %	0 %	50 %	15668237
27	NC_000909	GGAAAT	2	12	67831	67842	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668244
28	NC_000909	ATGCTT	2	12	68571	68582	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15668245
29	NC_000909	TCTCCC	2	12	70297	70308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15668246
30	NC_000909	AATATA	2	12	72390	72401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668249
31	NC_000909	GAGTTA	2	12	76270	76281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668253
32	NC_000909	TAGCTG	2	12	82165	82176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	15668258
33	NC_000909	AGATTG	2	12	85353	85364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668261
34	NC_000909	TTTTAT	2	12	88606	88617	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668265
35	NC_000909	CTTTTT	2	12	89569	89580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	15668266
36	NC_000909	TGGGAT	2	12	93993	94004	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	15668271
37	NC_000909	TCATAA	2	12	94814	94825	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668271
38	NC_000909	AAAAGT	2	12	99088	99099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668274
39	NC_000909	GATTGA	2	12	99314	99325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668275
40	NC_000909	TTTAAA	2	12	99404	99415	50 %	50 %	0 %	0 %	15668275
41	NC_000909	TGATGT	2	12	99593	99604	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15668275
42	NC_000909	ACATAG	2	12	100975	100986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668275
43	NC_000909	AGGAGA	2	12	103146	103157	50 %	0 %	50 %	0 %	15668278
44	NC_000909	CTTTAA	2	12	105999	106010	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668280
45	NC_000909	TCCTTT	2	12	106033	106044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15668280
46	NC_000909	TAATCT	2	12	110622	110633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668284
47	NC_000909	CTCAAT	2	12	111459	111470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668284
48	NC_000909	TTATTT	2	12	113983	113994	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668288
49	NC_000909	CTTCAA	2	12	114422	114433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668289
50	NC_000909	ATCTTT	2	12	121563	121574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	298575366
51	NC_000909	TTGCCT	2	12	122534	122545	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	298575366
52	NC_000909	ATGTCT	2	12	123548	123559	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15668297
53	NC_000909	TTTTTA	2	12	126039	126050	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	298575369
54	NC_000909	TTATTT	2	12	126235	126246	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	298575369
55	NC_000909	TTATTT	2	12	127160	127171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668302
56	NC_000909	ATTTAA	2	12	129012	129023	50 %	50 %	0 %	0 %	15668303
57	NC_000909	AACATC	2	12	129861	129872	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668304
58	NC_000909	TTCAAT	2	12	129933	129944	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668304
59	NC_000909	CTCATC	2	12	129945	129956	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668304
60	NC_000909	ATTTCA	2	12	130784	130795	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668305
61	NC_000909	ATTTCT	2	12	135210	135221	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15668308
62	NC_000909	AATTGA	2	12	139096	139107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15668312
63	NC_000909	TGAAAA	2	12	139474	139485	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668312
64	NC_000909	GATGTT	2	12	139647	139658	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15668313
65	NC_000909	AATAAA	2	12	141380	141391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668315
66	NC_000909	ATTTTT	2	12	141748	141759	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	15668316
67	NC_000909	CTACAG	2	12	144937	144948	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15668320
68	NC_000909	GTTAAT	2	12	146968	146979	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15668323
69	NC_000909	GCTGGA	2	12	148034	148045	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	15668324
70	NC_000909	GTTAAG	2	12	148160	148171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668324
71	NC_000909	GGATGA	2	12	150834	150845	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15668325
72	NC_000909	AAAGAT	2	12	151435	151446	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668325
73	NC_000909	TATAAC	2	12	161135	161146	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668330
74	NC_000909	GTCTGG	2	12	163711	163722	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	15668332
75	NC_000909	TTAAAT	2	12	165901	165912	50 %	50 %	0 %	0 %	15668334
76	NC_000909	CAGATA	2	12	166027	166038	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668334
77	NC_000909	TAAAAT	2	12	168501	168512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15668336
78	NC_000909	CTTTAA	2	12	172610	172621	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668342
79	NC_000909	AAAGCT	2	12	172702	172713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668342
80	NC_000909	TTTTGT	2	12	173079	173090	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	15668342
81	NC_000909	AAATCT	2	12	173377	173388	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15668343
82	NC_000909	TAATTT	2	12	174364	174375	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15668343
83	NC_000909	TCTTCA	2	12	185606	185617	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	15668359
84	NC_000909	ACACAG	2	12	188188	188199	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15668362
85	NC_000909	AAAAGA	2	12	190138	190149	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668367
86	NC_000909	AATAAA	2	12	195623	195634	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668375
87	NC_000909	ATTGGA	2	12	195931	195942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668376
88	NC_000909	CTTCAA	2	12	198661	198672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668378
89	NC_000909	TATTGT	2	12	200330	200341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15668381
90	NC_000909	AAAAAG	2	12	202644	202655	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668383
91	NC_000909	AAATAA	2	12	202816	202827	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	15668384
92	NC_000909	AGCTAA	2	12	203356	203367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668384
93	NC_000909	GAGGAT	2	12	204176	204187	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	15668386
94	NC_000909	TCAATG	2	12	204297	204308	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15668386
95	NC_000909	TTTTCA	2	12	205195	205206	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	15668388
96	NC_000909	CCCTAT	2	12	205925	205936	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668389
97	NC_000909	CAACTG	2	12	208419	208430	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	15668390
98	NC_000909	CAACAG	2	12	210175	210186	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	15668392
99	NC_000909	CATAAG	2	12	210343	210354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668392
100	NC_000909	GCTTCA	2	12	211150	211161	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	15668393
101	NC_000909	TCAAAC	2	12	213445	213456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668395
102	NC_000909	ATTTAT	2	12	217285	217296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15668400
103	NC_000909	ACATAA	2	12	218021	218032	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15668401
104	NC_000909	TGTAGA	2	12	219421	219432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668403
105	NC_000909	GATAAA	2	12	219980	219991	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15668403
106	NC_000909	GAAAAA	2	12	220286	220297	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668403
107	NC_000909	AACTGT	2	12	220744	220755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15668403
108	NC_000909	TAACTC	2	12	222638	222649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15668406
109	NC_000909	CCTCAT	2	12	223480	223491	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	15668407
110	NC_000909	CTTTAA	2	12	224325	224336	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668408
111	NC_000909	AGAGGC	2	12	225161	225172	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	15668409
112	NC_000909	GATTTA	2	12	230611	230622	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	15668414
113	NC_000909	TTCTAA	2	12	231214	231225	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	15668415
114	NC_000909	GATTTG	2	12	232950	232961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	15668419
115	NC_000909	AGCTAA	2	12	234535	234546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15668422
116	NC_000909	GATAGA	2	12	238879	238890	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15668427
117	NC_000909	TTGATT	2	12	239694	239705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15668428
118	NC_000909	CAACAT	2	12	246187	246198	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	15668434
119	NC_000909	AAAAAG	2	12	248062	248073	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	15668436
120	NC_000909	GTTGAA	2	12	248867	248878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15668436
121	NC_000909	TTAAGA	2	12	250050	250061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15668436
122	NC_000909	TTGCAT	2	12	251927	251938	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	15668438
123	NC_000909	CATCAC	2	12	252917	252928	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	15668439
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126	NC_000909	CTCTGC	2	12	263146	263157	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	15668452
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235	NC_000909	AGTTTT	2	12	483459	483470	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	15668725
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240	NC_000909	TTTGCT	2	12	493592	493603	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	15668738
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