MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 chromosome

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000909	AATTT	2	10	84	93	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000909	AATAG	2	10	698	707	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000909	TTAAA	2	10	1334	1343	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000909	TTAAA	2	10	1614	1623	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000909	TAAAA	2	10	2196	2205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000909	ATTAT	2	10	4448	4457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000909	AAACA	2	10	4470	4479	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_000909	TTTAA	2	10	4571	4580	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000909	AAGAT	2	10	8766	8775	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000909	GCTTC	2	10	13558	13567	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_000909	GGTAT	2	10	14103	14112	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000909	AGCGA	2	10	16429	16438	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_000909	AAGTT	2	10	16764	16773	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000909	GTGAG	2	10	25272	25281	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000909	TATTT	2	10	25660	25669	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000909	AATAG	2	10	29859	29868	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000909	ACTAT	2	10	30371	30380	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_000909	TTAAA	2	10	31228	31237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000909	TATAA	2	10	32497	32506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000909	ATAAA	2	10	37366	37375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000909	TAATT	2	10	49349	49358	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000909	TACCC	2	10	50490	50499	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_000909	CTCTT	2	10	50678	50687	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_000909	TTTTA	2	10	60344	60353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000909	ATTTA	3	15	65481	65495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000909	TTATG	2	10	74275	74284	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000909	TCATA	2	10	79600	79609	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_000909	CGCTC	2	10	90857	90866	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_000909	ATATT	2	10	96442	96451	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000909	GTTAA	2	10	97073	97082	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000909	TAAAA	2	10	97150	97159	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000909	TAATT	2	10	102579	102588	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000909	AAATT	2	10	108536	108545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000909	TATTT	2	10	111634	111643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000909	ATTTT	2	10	124370	124379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000909	TAAAA	2	10	128196	128205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000909	AATTT	2	10	132629	132638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000909	TTAAA	2	10	133263	133272	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000909	AAACA	2	10	133777	133786	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000909	AATGG	2	10	138308	138317	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000909	AACTT	2	10	138813	138822	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_000909	TAATA	2	10	138866	138875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000909	ATTTT	2	10	154499	154508	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000909	ATAAA	2	10	154548	154557	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000909	CGAGC	2	10	157613	157622	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_000909	CTTAA	2	10	165448	165457	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_000909	AAATA	2	10	165500	165509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000909	TTTTA	2	10	167414	167423	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000909	AAAAT	2	10	173251	173260	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000909	AATAA	2	10	175141	175150	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000909	CTTTT	2	10	178140	178149	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_000909	ATAAA	2	10	181348	181357	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000909	TAGCC	2	10	186985	186994	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_000909	TCTTT	2	10	190552	190561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_000909	AATTA	2	10	191276	191285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000909	ATTTT	2	10	192266	192275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000909	AATAT	2	10	197164	197173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000909	TATAT	2	10	197320	197329	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000909	TTAAT	2	10	197394	197403	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000909	AAGGA	2	10	207172	207181	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000909	AAATT	2	10	211245	211254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000909	TCTAT	2	10	215186	215195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_000909	TCCCC	2	10	215281	215290	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
64	NC_000909	TAAAT	2	10	227988	227997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000909	AAAAT	2	10	232102	232111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000909	ATGTT	2	10	236539	236548	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000909	GTATC	2	10	236887	236896	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_000909	TATAA	2	10	241406	241415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000909	ATTAA	2	10	245081	245090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000909	AAATA	2	10	247115	247124	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000909	GATTT	2	10	256117	256126	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000909	TATTT	2	10	256520	256529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000909	TTTTG	2	10	256837	256846	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000909	AAAAT	2	10	260494	260503	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000909	TATAA	2	10	262789	262798	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000909	TATTT	2	10	271179	271188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000909	ACAGA	2	10	273776	273785	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000909	AAGTT	2	10	276182	276191	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000909	ATCAT	2	10	289182	289191	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_000909	AAAAT	2	10	292487	292496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000909	AAAAT	2	10	292544	292553	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000909	GATTA	2	10	295629	295638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000909	GTTAA	2	10	300876	300885	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000909	GTTCT	2	10	301057	301066	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_000909	AGCCA	2	10	303999	304008	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_000909	AATAT	2	10	313852	313861	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000909	AACAA	2	10	328609	328618	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_000909	AGATA	2	10	337671	337680	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000909	TATTT	2	10	337758	337767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000909	CTTTA	2	10	340821	340830	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_000909	AAATT	2	10	340942	340951	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000909	TAAAA	2	10	355759	355768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000909	TAGCC	2	10	358772	358781	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_000909	ATGAT	2	10	359053	359062	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000909	CTTAT	2	10	359080	359089	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_000909	ATATA	2	10	359942	359951	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000909	CTACC	2	10	360030	360039	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_000909	TAAAA	2	10	364090	364099	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000909	TGCAC	2	10	380746	380755	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_000909	TGTTT	2	10	391391	391400	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000909	TATTT	2	10	395418	395427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000909	ATAAA	2	10	397699	397708	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000909	ATTTA	2	10	398757	398766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000909	TAAAA	2	10	402868	402877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000909	TAAAT	2	10	416254	416263	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000909	TTTTA	2	10	419126	419135	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000909	TATTT	2	10	420237	420246	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000909	TAAAC	2	10	425497	425506	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_000909	TAAAA	2	10	427060	427069	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000909	TAACA	2	10	428599	428608	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_000909	TAATT	2	10	433685	433694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000909	CAACA	2	10	438352	438361	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_000909	ATTCT	2	10	450806	450815	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_000909	ATTTC	2	10	451056	451065	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_000909	AGCGA	2	10	461383	461392	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_000909	TTTTA	2	10	461526	461535	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000909	ATTAT	2	10	466227	466236	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000909	TTTTA	2	10	471770	471779	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000909	AAAAC	2	10	477533	477542	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_000909	TTTTA	2	10	481149	481158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000909	AGTTA	2	10	484458	484467	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000909	TTAAT	2	10	490654	490663	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000909	ATATT	2	10	496636	496645	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000909	ATTAA	2	10	498181	498190	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000909	TGATT	2	10	501217	501226	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000909	TATTT	2	10	510128	510137	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000909	TATTT	2	10	511874	511883	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000909	ATTTT	2	10	528030	528039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000909	AAACT	2	10	532124	532133	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_000909	AAAGC	2	10	545607	545616	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_000909	AATAT	2	10	549417	549426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000909	ACATA	2	10	549613	549622	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_000909	TTTTC	2	10	562398	562407	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_000909	TAAAT	2	10	562675	562684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000909	AATTA	2	10	570010	570019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000909	TAATA	2	10	575267	575276	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000909	AAGTT	2	10	580988	580997	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000909	TTAAC	2	10	581322	581331	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_000909	TGAGG	2	10	584128	584137	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000909	AATTT	2	10	589239	589248	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000909	AATTT	2	10	595824	595833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000909	CTTTA	2	10	599012	599021	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_000909	ACAAA	2	10	599113	599122	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_000909	TTTAT	2	10	605260	605269	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000909	TTATT	2	10	605270	605279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000909	TAGAT	2	10	624128	624137	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000909	TATAA	2	10	624339	624348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000909	TAATT	2	10	624484	624493	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_000909	AAATT	2	10	624534	624543	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_000909	CCCCT	2	10	1422378	1422387	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
294	NC_000909	AACTT	2	10	1436416	1436425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_000909	GAAGA	2	10	1472191	1472200	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
296	NC_000909	ATAAA	2	10	1481971	1481980	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_000909	ATTTT	2	10	1483581	1483590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_000909	AAATT	2	10	1483686	1483695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_000909	GGAGA	2	10	1500995	1501004	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
300	NC_000909	ACTAA	2	10	1527776	1527785	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
301	NC_000909	CTAAG	2	10	1528237	1528246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_000909	TAAAA	2	10	1536437	1536446	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_000909	TAATA	2	10	1546024	1546033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_000909	TGTAA	2	10	1546077	1546086	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_000909	AAATG	2	10	1563970	1563979	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
308	NC_000909	TAATT	2	10	1564135	1564144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_000909	ATGCT	2	10	1564165	1564174	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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321	NC_000909	AAAGC	2	10	1621712	1621721	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
322	NC_000909	GATTA	2	10	1627075	1627084	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
323	NC_000909	ATAAA	2	10	1632583	1632592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_000909	TTAAT	2	10	1648557	1648566	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_000909	TTATT	3	15	1653120	1653134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_000909	GTTTA	2	10	1659428	1659437	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.