MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haemophilus influenzae Rd KW20 chromosome

Total Repeats: 820

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000907	CTACAA	2	12	1003	1014	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16271977
2	NC_000907	TTTCCT	2	12	4613	4624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16271981
3	NC_000907	GTTCTG	2	12	6509	6520	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_000907	AAATAA	2	12	7374	7385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000907	AACTGG	2	12	8092	8103	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_000907	CACAAC	2	12	8423	8434	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_000907	TCTAGC	2	12	9568	9579	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16271982
8	NC_000907	GAAAAA	2	12	10409	10420	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000907	TGGCAA	2	12	14502	14513	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16271989
10	NC_000907	AAACCA	2	12	16855	16866	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16271991
11	NC_000907	CACGCT	2	12	17717	17728	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16271991
12	NC_000907	TACGTT	2	12	18188	18199	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16271992
13	NC_000907	AAGATG	2	12	25502	25513	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16271997
14	NC_000907	AAGCGA	2	12	26230	26241	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	30995348
15	NC_000907	ACCAAA	2	12	34136	34147	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16272007
16	NC_000907	TTTACT	2	12	41549	41560	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16272013
17	NC_000907	TACTTT	2	12	42076	42087	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16272013
18	NC_000907	CTTGTA	2	12	42449	42460	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272014
19	NC_000907	AAAGCA	2	12	45972	45983	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16272018
20	NC_000907	GCTTTT	2	12	49646	49657	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16272023
21	NC_000907	ACAATT	2	12	50834	50845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16273630
22	NC_000907	CAATAT	2	12	51027	51038	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16273630
23	NC_000907	TTTAAA	2	12	55180	55191	50 %	50 %	0 %	0 %	30995351
24	NC_000907	GTAAAA	2	12	55487	55498	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	30995351
25	NC_000907	AAAGCT	2	12	56980	56991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16272030
26	NC_000907	TGGCGT	2	12	57424	57435	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16272030
27	NC_000907	TGCCAA	2	12	63647	63658	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16272035
28	NC_000907	TTAGAT	2	12	68152	68163	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272038
29	NC_000907	CGATTG	2	12	68985	68996	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16272040
30	NC_000907	ATCAAG	2	12	73851	73862	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16272043
31	NC_000907	TGCGCC	2	12	75417	75428	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	16272043
32	NC_000907	AGAACA	2	12	78864	78875	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	30995352
33	NC_000907	CAAATT	2	12	80089	80100	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272048
34	NC_000907	TTTGGT	2	12	81411	81422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16272049
35	NC_000907	ATTAAA	2	12	86092	86103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16272053
36	NC_000907	TGGGCT	2	12	87333	87344	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16272055
37	NC_000907	CTTCAA	2	12	94766	94777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16272063
38	NC_000907	AGTTCA	2	12	94786	94797	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16272063
39	NC_000907	ACACGC	2	12	111947	111958	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16272078
40	NC_000907	CTTGAA	2	12	112474	112485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	30995356
41	NC_000907	AAATGA	2	12	114736	114747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000907	GCATCA	2	12	117668	117679	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_000907	ATTTCA	2	12	124675	124686	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_000907	CTTTCG	2	12	126434	126445	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_000907	GCCTTC	2	12	127983	127994	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_000907	GTAATC	2	12	132599	132610	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16273671
47	NC_000907	CAAATT	2	12	133437	133448	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272088
48	NC_000907	TGAAAA	2	12	133793	133804	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000907	GATCAT	2	12	134274	134285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16272089
50	NC_000907	GACCAT	2	12	134322	134333	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16272089
51	NC_000907	GATCAT	2	12	134334	134345	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16272089
52	NC_000907	CTAAAA	2	12	135033	135044	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16272090
53	NC_000907	ATATCA	2	12	137913	137924	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272092
54	NC_000907	CCCGTA	2	12	143587	143598	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	16272097
55	NC_000907	GCAATC	2	12	144400	144411	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16272097
56	NC_000907	ATAAAC	2	12	144943	144954	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16272097
57	NC_000907	GCTTGA	2	12	146152	146163	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16272098
58	NC_000907	TGCATC	2	12	146636	146647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16272099
59	NC_000907	AAAAAC	2	12	148253	148264	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16272101
60	NC_000907	CTTATA	2	12	149694	149705	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16272102
61	NC_000907	GGCGCA	2	12	150050	150061	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	16272102
62	NC_000907	ACGTTT	2	12	150315	150326	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272103
63	NC_000907	CAATAA	2	12	151628	151639	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16272103
64	NC_000907	AAAATT	2	12	153898	153909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000907	GAAAAA	2	12	155067	155078	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	16272106
66	NC_000907	CTTTTG	2	12	157842	157853	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16272109
67	NC_000907	CACCAA	2	12	162108	162119	50 %	0 %	0 %	50 %	16272113
68	NC_000907	GGCTGA	2	12	167318	167329	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16272119
69	NC_000907	TTCGTT	2	12	169853	169864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_000907	TAAAAA	2	12	170691	170702	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000907	AATATC	2	12	171896	171907	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272122
72	NC_000907	ACCTTT	2	12	171977	171988	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16272122
73	NC_000907	CAACTG	2	12	177116	177127	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16272128
74	NC_000907	GCATTA	2	12	179207	179218	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16272130
75	NC_000907	CAACCT	2	12	181846	181857	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	16272132
76	NC_000907	TTGGCA	2	12	181904	181915	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16272132
77	NC_000907	TTAGTG	2	12	184191	184202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16272136
78	NC_000907	TAAACG	3	18	189159	189176	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16272141
79	NC_000907	ATCTTT	2	12	192845	192856	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16272145
80	NC_000907	TTCAGT	2	12	193610	193621	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272145
81	NC_000907	ACGACC	2	12	193982	193993	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	16272145
82	NC_000907	AAATCT	2	12	194652	194663	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272146
83	NC_000907	CATAAT	2	12	194801	194812	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16272146
84	NC_000907	TAAAGT	2	12	195101	195112	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	16272146
85	NC_000907	GAATTT	2	12	197004	197015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272148
86	NC_000907	TGTACT	2	12	197958	197969	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272148
87	NC_000907	TTGCTT	2	12	202517	202528	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16272152
88	NC_000907	GCAAGT	2	12	203495	203506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16272153
89	NC_000907	TCTGGT	2	12	203991	204002	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16272153
90	NC_000907	CAGCAA	2	12	209447	209458	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	16272159
91	NC_000907	TTTAAA	2	12	210182	210193	50 %	50 %	0 %	0 %	16272159
92	NC_000907	CGCCAG	2	12	215736	215747	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	16272163
93	NC_000907	TTGGTA	2	12	216405	216416	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16273684
94	NC_000907	TTGTTC	2	12	217334	217345	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	18677785
95	NC_000907	TTTCAT	2	12	226074	226085	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16272173
96	NC_000907	TATGTC	2	12	229584	229595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_000907	AAAAAC	2	12	230603	230614	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	30995361
98	NC_000907	TTGCGC	2	12	233000	233011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_000907	ATCCCC	2	12	233885	233896	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	16272178
100	NC_000907	ATTTAA	2	12	238502	238513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000907	CAACAT	2	12	240145	240156	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16273674
102	NC_000907	ATTTCA	2	12	243501	243512	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_000907	CTTTCG	2	12	245260	245271	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_000907	GCCTTC	2	12	246809	246820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_000907	AGGTGC	2	12	249610	249621	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16272183
106	NC_000907	AATCCT	2	12	250535	250546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16272184
107	NC_000907	AATCCT	2	12	251136	251147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16272185
108	NC_000907	AACAAA	2	12	258786	258797	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16272192
109	NC_000907	TGAAGA	2	12	259129	259140	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16272192
110	NC_000907	TATTGA	2	12	262479	262490	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272194
111	NC_000907	CAAATG	2	12	263188	263199	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16272194
112	NC_000907	GCAATG	2	12	267553	267564	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16272199
113	NC_000907	TCAATT	2	12	267853	267864	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16272199
114	NC_000907	GTTGCC	2	12	269483	269494	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16272200
115	NC_000907	TAATTT	2	12	276337	276348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000907	AGTAAT	2	12	277441	277452	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000907	TTCCTT	2	12	277944	277955	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_000907	AGTTAA	2	12	278119	278130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000907	TACCAT	2	12	278436	278447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_000907	GAGAAA	2	12	280814	280825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16272207
121	NC_000907	CTTTTC	2	12	283575	283586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16272209
122	NC_000907	TTCTGG	2	12	283647	283658	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16272209
123	NC_000907	CTGGCT	4	24	283676	283699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16272209
124	NC_000907	ATTCCA	2	12	283818	283829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16272209
125	NC_000907	CTGTCA	2	12	284180	284191	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16272210
126	NC_000907	GATATT	2	12	286767	286778	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272214
127	NC_000907	ATCTTG	2	12	288741	288752	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272216
128	NC_000907	TGTTTG	2	12	290385	290396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16272218
129	NC_000907	AACGAT	2	12	290582	290593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16272218
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131	NC_000907	CAAGTG	2	12	293938	293949	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16272220
132	NC_000907	TAAAGA	2	12	294101	294112	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16272220
133	NC_000907	ATGGCA	3	18	296630	296647	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16272222
134	NC_000907	ACGGGT	2	12	297316	297327	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16272222
135	NC_000907	GATTTA	2	12	297928	297939	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272222
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137	NC_000907	AATGAA	2	12	303422	303433	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16272227
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139	NC_000907	TGCCAA	2	12	304176	304187	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16272228
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142	NC_000907	TTAGCT	2	12	310026	310037	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272233
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145	NC_000907	ACTTGA	2	12	322683	322694	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16272243
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149	NC_000907	TGGTTT	2	12	329202	329213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16272250
150	NC_000907	GGTTGT	2	12	333146	333157	0 %	50 %	50 %	0 %	16272253
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152	NC_000907	TTTATT	2	12	335041	335052	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_000907	CTTTAT	2	12	337766	337777	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	30995366
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158	NC_000907	TACGAG	2	12	356074	356085	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	161350014
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162	NC_000907	AAGGCT	2	12	367491	367502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16272291
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172	NC_000907	GGAATG	2	12	387373	387384	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
173	NC_000907	AAGGCG	2	12	393663	393674	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16272317
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187	NC_000907	CGCCCA	2	12	426279	426290	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	16272354
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215	NC_000907	TTTAGC	2	12	529532	529543	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272457
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227	NC_000907	AATTAA	2	12	549544	549555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
228	NC_000907	GCATTT	2	12	549971	549982	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16272470
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231	NC_000907	TTGAGG	2	12	552893	552904	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16272474
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234	NC_000907	CTTTTA	2	12	558208	558219	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
235	NC_000907	TAATTG	2	12	558759	558770	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16272478
236	NC_000907	ATAAAA	2	12	567696	567707	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_000907	ATCAAC	2	12	570925	570936	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	16272494
238	NC_000907	GATTTG	2	12	573585	573596	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16272497
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