MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae Rd KW20 chromosome

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000907	GTTCTG	2	12	6509	6520	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_000907	AAATAA	2	12	7374	7385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000907	AACTGG	2	12	8092	8103	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_000907	CACAAC	2	12	8423	8434	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_000907	GAAAAA	2	12	10409	10420	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000907	AAATGA	2	12	114736	114747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000907	GCATCA	2	12	117668	117679	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_000907	ATTTCA	2	12	124675	124686	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_000907	CTTTCG	2	12	126434	126445	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_000907	GCCTTC	2	12	127983	127994	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_000907	TGAAAA	2	12	133793	133804	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000907	AAAATT	2	12	153898	153909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000907	TTCGTT	2	12	169853	169864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_000907	TAAAAA	2	12	170691	170702	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000907	TATGTC	2	12	229584	229595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_000907	TTGCGC	2	12	233000	233011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_000907	ATTTAA	2	12	238502	238513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000907	ATTTCA	2	12	243501	243512	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_000907	CTTTCG	2	12	245260	245271	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_000907	GCCTTC	2	12	246809	246820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_000907	TAATTT	2	12	276337	276348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000907	AGTAAT	2	12	277441	277452	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000907	TTCCTT	2	12	277944	277955	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_000907	AGTTAA	2	12	278119	278130	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000907	TACCAT	2	12	278436	278447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_000907	TTACGT	2	12	309539	309550	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_000907	TAAGGT	2	12	328031	328042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000907	TTTATT	2	12	335041	335052	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000907	CTTTTT	2	12	358671	358682	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_000907	CGGTCA	2	12	372322	372333	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_000907	GGAATG	2	12	387373	387384	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000907	TGATTT	2	12	413519	413530	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000907	TTCTTT	2	12	413906	413917	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_000907	TTTTTC	2	12	421963	421974	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_000907	ATAAAA	2	12	528026	528037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000907	AATTAA	2	12	549544	549555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000907	CTTTTA	2	12	558208	558219	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_000907	ATAAAA	2	12	567696	567707	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000907	AATTTT	2	12	603635	603646	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000907	CAAAAC	2	12	615350	615361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_000907	TTAGAA	2	12	615388	615399	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000907	CGAAGG	2	12	624524	624535	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_000907	AGCGAA	2	12	626317	626328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_000907	TGAAAT	2	12	628078	628089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000907	GTTGCG	2	12	654912	654923	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_000907	CGAAGG	2	12	657802	657813	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_000907	AGCGAA	2	12	659350	659361	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_000907	TGAAAT	2	12	661111	661122	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000907	TAATTT	2	12	662465	662476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000907	TGAGCT	2	12	739166	739177	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_000907	CGAAGG	2	12	771902	771913	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_000907	AGCGAA	2	12	773695	773706	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_000907	TGAAAT	2	12	775456	775467	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000907	GTTTTT	2	12	776764	776775	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000907	TAACTA	2	12	825518	825529	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_000907	GATTGG	2	12	844030	844041	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000907	GAGGAT	2	12	844743	844754	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000907	TCTTTT	2	12	844844	844855	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_000907	GTTTCA	2	12	853672	853683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_000907	TTCTTT	2	12	857297	857308	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_000907	ATTTAA	2	12	868856	868867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000907	GCTAAA	2	12	871088	871099	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_000907	TCATTT	2	12	873412	873423	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_000907	CATGCT	2	12	891715	891726	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_000907	CATGTA	2	12	892174	892185	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_000907	TAACTT	2	12	901344	901355	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_000907	TGAAAT	2	12	902271	902282	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000907	TTTTTC	2	12	916477	916488	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_000907	AAAGAA	2	12	921944	921955	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000907	AAAAAT	2	12	955383	955394	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000907	CTTCTG	2	12	1021036	1021047	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_000907	AAAACT	2	12	1048357	1048368	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_000907	TTTATA	2	12	1067837	1067848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000907	GTTTTA	2	12	1081753	1081764	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000907	ACCTCG	2	12	1082226	1082237	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_000907	GAAAAA	2	12	1097201	1097212	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000907	CTTTAT	2	12	1120090	1120101	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_000907	TTCATT	2	12	1172674	1172685	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_000907	ATATCC	2	12	1173563	1173574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_000907	TACTTT	2	12	1194187	1194198	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_000907	CTTTTA	2	12	1241347	1241358	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_000907	CTTTTG	2	12	1248904	1248915	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_000907	ATTGGA	2	12	1257730	1257741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000907	TTGTAA	2	12	1276400	1276411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000907	ATTTTT	2	12	1324821	1324832	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000907	TTACTA	2	12	1358511	1358522	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_000907	AGCAAA	2	12	1450921	1450932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_000907	ACTTTT	2	12	1476331	1476342	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_000907	AAGTTC	2	12	1494516	1494527	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_000907	ATGAAA	2	12	1496002	1496013	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000907	CTAAAT	2	12	1496744	1496755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_000907	TTTTAT	2	12	1498750	1498761	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000907	TAAAAT	2	12	1518297	1518308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000907	TCAATA	2	12	1525492	1525503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_000907	AAATTG	2	12	1531710	1531721	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000907	TAAAAA	2	12	1537764	1537775	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000907	TTGAAA	2	12	1541779	1541790	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000907	AATTAA	2	12	1541791	1541802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000907	TTTCTG	2	12	1550245	1550256	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_000907	GTTAAT	2	12	1551877	1551888	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000907	TAAAAT	2	12	1554296	1554307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000907	ACCGCT	2	12	1566413	1566424	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_000907	ATTTTA	2	12	1569218	1569229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000907	ACCAAA	2	12	1587601	1587612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_000907	GAACAA	2	12	1608049	1608060	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_000907	GCACCT	2	12	1613924	1613935	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_000907	GACATG	2	12	1634383	1634394	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_000907	TAAATA	2	12	1646153	1646164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000907	GGAAGT	2	12	1648856	1648867	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000907	AATAAA	2	12	1653645	1653656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000907	TAATTC	2	12	1661724	1661735	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_000907	TTTCTG	2	12	1662533	1662544	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_000907	CTTAGG	2	12	1684727	1684738	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_000907	ATTTAA	2	12	1692699	1692710	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000907	TTTATA	2	12	1748477	1748488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000907	TAAGGT	2	12	1808524	1808535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000907	AGGTTT	2	12	1808989	1809000	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000907	ATTTCA	2	12	1817646	1817657	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_000907	CTTTCG	2	12	1819405	1819416	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_000907	GCCTTC	2	12	1821199	1821210	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_000907	TTTTGT	2	12	1829228	1829239	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.