MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Pyrococcus abyssi GE5 chromosome

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000868	TGAAAA	2	12	6163	6174	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000868	TTTAGA	2	12	16339	16350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000868	TTTTTA	2	12	29686	29697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000868	TAATTC	2	12	32740	32751	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_000868	GGTGAG	2	12	58912	58923	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000868	CTTTTT	2	12	115094	115105	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_000868	TTTTTA	2	12	134718	134729	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000868	ACTTTT	2	12	140571	140582	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_000868	ATAAAG	2	12	160750	160761	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000868	GCTTTA	2	12	171457	171468	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_000868	CCGTAG	2	12	207519	207530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_000868	GGGAAA	2	12	208327	208338	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000868	TTGGGC	2	12	209720	209731	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_000868	TTTTGG	2	12	269911	269922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000868	CCCGGC	2	12	296738	296749	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_000868	AACATC	2	12	315773	315784	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_000868	TCTTGG	2	12	337717	337728	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_000868	GGAACG	2	12	414993	415004	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_000868	CCCCGC	2	12	506362	506373	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
20	NC_000868	TTTAAC	2	12	539751	539762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_000868	AACTTC	2	12	578374	578385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_000868	AGAGCT	2	12	590574	590585	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_000868	TAAAAA	2	12	638719	638730	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000868	AAAGAA	2	12	727796	727807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000868	ATCCTA	2	12	761643	761654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_000868	AGGGCT	2	12	762731	762742	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_000868	CCCCGC	2	12	823269	823280	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
28	NC_000868	GTTTTT	2	12	836323	836334	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000868	AAGAAA	2	12	836698	836709	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000868	GGGGTT	2	12	877611	877622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000868	TAAGGT	2	12	878757	878768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000868	GAAGCT	2	12	881892	881903	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_000868	TCCCGG	2	12	894732	894743	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_000868	TCCCGG	2	12	894967	894978	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_000868	TCCTAA	2	12	922151	922162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_000868	GCGGGG	2	12	955116	955127	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_000868	AAAAAG	2	12	999919	999930	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000868	CGGAGG	2	12	1029980	1029991	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_000868	CTTTCC	2	12	1042333	1042344	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_000868	GTTTTC	2	12	1067697	1067708	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_000868	TTAAGG	2	12	1076451	1076462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000868	AGGGAT	2	12	1094767	1094778	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000868	AAGAAA	2	12	1122920	1122931	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000868	GTAATA	2	12	1136524	1136535	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000868	ATCTGG	2	12	1139349	1139360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_000868	AACGAT	2	12	1157708	1157719	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_000868	GTTAAT	2	12	1165798	1165809	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000868	AAAAAG	2	12	1204228	1204239	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000868	TTATTT	2	12	1213419	1213430	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000868	CTTAAG	2	12	1230584	1230595	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_000868	TTATAA	2	12	1235746	1235757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000868	ATTTTA	2	12	1302429	1302440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000868	GAAAAA	2	12	1316187	1316198	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000868	CAAGGT	2	12	1333802	1333813	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_000868	ATTTCC	2	12	1361442	1361453	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_000868	AGCTTA	2	12	1386390	1386401	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_000868	GCGGGG	2	12	1413213	1413224	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_000868	TAAAAC	2	12	1467696	1467707	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_000868	ACCTTC	2	12	1612157	1612168	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_000868	ATGAAT	2	12	1612854	1612865	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000868	TCAGGT	2	12	1613148	1613159	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_000868	TTTACA	2	12	1615764	1615775	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_000868	AGGGAA	2	12	1671329	1671340	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000868	AAATTT	2	12	1730739	1730750	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.