MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Pyrococcus abyssi GE5 chromosome

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000868	ATTTA	2	10	1306	1315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000868	GCGTA	2	10	3108	3117	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000868	TAAAT	2	10	3276	3285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000868	GAAAG	2	10	5499	5508	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000868	TTAAC	2	10	5626	5635	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_000868	TATTC	2	10	17257	17266	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_000868	TTTAA	2	10	32444	32453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000868	GGCAG	2	10	32662	32671	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_000868	TAAAC	2	10	34102	34111	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000868	AGAAA	2	10	49567	49576	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000868	TCAAA	2	10	57344	57353	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000868	AAAAG	2	10	59217	59226	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000868	AGAGG	2	10	65161	65170	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000868	GAAGT	2	10	123116	123125	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000868	ATTCT	2	10	123173	123182	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000868	TAATT	2	10	135987	135996	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000868	CCTAT	2	10	139502	139511	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_000868	ATTTT	2	10	147881	147890	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000868	ATTCT	2	10	147991	148000	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_000868	ACGAG	2	10	148827	148836	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_000868	TTTTG	2	10	162910	162919	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000868	GCTAA	2	10	201400	201409	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_000868	GTGCC	2	10	205451	205460	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_000868	GGTCG	2	10	206465	206474	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_000868	GGCTC	2	10	206835	206844	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_000868	GAGGG	2	10	207433	207442	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000868	CGGGT	2	10	209076	209085	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_000868	AACTT	2	10	211983	211992	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_000868	AGCAA	2	10	230493	230502	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_000868	GATTG	2	10	263005	263014	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000868	AACTT	2	10	266818	266827	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_000868	AAAGG	2	10	267025	267034	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000868	ACCAG	2	10	296840	296849	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_000868	GAAAA	2	10	303876	303885	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000868	TAAAA	2	10	325021	325030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000868	TAATT	2	10	346003	346012	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000868	TAATT	2	10	348571	348580	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000868	TTTTG	2	10	357959	357968	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000868	CTTTT	2	10	380618	380627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000868	TAAAA	2	10	386033	386042	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000868	AAAAG	2	10	386082	386091	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000868	TTTTC	2	10	392473	392482	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_000868	TGAAG	2	10	393387	393396	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000868	AGATG	2	10	394697	394706	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000868	CAAGT	2	10	415275	415284	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_000868	ACGGC	2	10	415994	416003	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_000868	CCCGG	2	10	416193	416202	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_000868	TGACA	2	10	468045	468054	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_000868	TGTAG	2	10	482200	482209	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000868	AGGGC	2	10	482706	482715	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_000868	AAATT	2	10	483015	483024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000868	GTAAA	2	10	483275	483284	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000868	AGGAA	2	10	498756	498765	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000868	GTCCC	2	10	506330	506339	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_000868	TGAGG	2	10	508022	508031	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000868	TTAAT	2	10	556016	556025	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000868	TTTTA	2	10	578063	578072	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000868	TAGCC	2	10	578146	578155	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_000868	GTTAA	2	10	594583	594592	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000868	TCTTT	2	10	606135	606144	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000868	TTTAA	2	10	620832	620841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000868	CCTTT	2	10	629684	629693	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_000868	CTTTT	2	10	631686	631695	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_000868	CTTCT	2	10	638212	638221	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_000868	TAGCC	2	10	638596	638605	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_000868	CCCCG	2	10	638660	638669	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_000868	GCCTC	2	10	644592	644601	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_000868	CGGGG	2	10	644651	644660	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
69	NC_000868	CTATT	2	10	672073	672082	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_000868	TAAAA	2	10	735943	735952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000868	TCCTT	2	10	756047	756056	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_000868	CAACT	2	10	757712	757721	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_000868	ATAAG	2	10	792805	792814	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000868	AAGAA	2	10	800798	800807	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000868	GTCCC	2	10	823237	823246	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_000868	AATTT	2	10	836614	836623	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000868	CATTG	2	10	849622	849631	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000868	ATTAA	2	10	852518	852527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000868	TTATC	2	10	856212	856221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_000868	TTTGG	2	10	860446	860455	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000868	GCCAA	2	10	862561	862570	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_000868	AATTA	2	10	867368	867377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000868	CTAAC	2	10	867380	867389	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_000868	TTGTT	2	10	889071	889080	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000868	TGAAC	2	10	892259	892268	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_000868	TAGCC	2	10	894679	894688	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_000868	TAGCC	2	10	894816	894825	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_000868	TCTTT	2	10	901914	901923	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_000868	TTAAA	2	10	932864	932873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000868	AGGCT	2	10	941789	941798	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_000868	ACGGG	2	10	955148	955157	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000868	AAAAG	2	10	960890	960899	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000868	TAATT	2	10	977518	977527	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000868	AAGGA	2	10	991515	991524	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000868	CCTTT	2	10	1008721	1008730	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_000868	AACGA	2	10	1018214	1018223	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_000868	ATTTC	2	10	1023645	1023654	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_000868	TTTGT	2	10	1029025	1029034	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000868	TTAAC	2	10	1051343	1051352	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_000868	TCCCC	2	10	1074514	1074523	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
101	NC_000868	GAGGG	2	10	1074558	1074567	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000868	TTGGC	2	10	1104056	1104065	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_000868	ATTCA	2	10	1117888	1117897	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_000868	ATGGA	2	10	1141002	1141011	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000868	GTTTT	2	10	1141123	1141132	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000868	AGTTC	2	10	1157292	1157301	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_000868	TCATG	2	10	1194536	1194545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_000868	CAAAG	2	10	1195773	1195782	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_000868	GAGAG	2	10	1198225	1198234	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000868	AACGC	2	10	1206267	1206276	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_000868	TTAAA	2	10	1213561	1213570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000868	CAAGG	2	10	1220985	1220994	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_000868	TTTAA	2	10	1234801	1234810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000868	GAAAA	2	10	1235443	1235452	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000868	TGCCT	2	10	1244801	1244810	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_000868	AGGCT	2	10	1251678	1251687	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_000868	TTTCC	2	10	1253190	1253199	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_000868	GGCTA	2	10	1261384	1261393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_000868	GCATT	2	10	1316062	1316071	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_000868	AAAAG	2	10	1332530	1332539	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000868	TAAAA	2	10	1333823	1333832	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000868	ATGAG	2	10	1341779	1341788	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000868	ACTAT	2	10	1352342	1352351	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_000868	GTTTT	2	10	1358462	1358471	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000868	TTTTA	2	10	1358479	1358488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000868	TAGCC	2	10	1376132	1376141	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_000868	CGGGC	2	10	1386029	1386038	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_000868	CTATT	2	10	1392800	1392809	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_000868	GCCAA	2	10	1417114	1417123	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_000868	AAATC	2	10	1420358	1420367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_000868	TTTTA	2	10	1443843	1443852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000868	ACTCT	2	10	1443940	1443949	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_000868	AATAA	2	10	1461359	1461368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000868	CTTTC	2	10	1467776	1467785	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_000868	ATTAA	2	10	1507452	1507461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000868	CCTTG	2	10	1522810	1522819	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_000868	ATAAA	2	10	1592785	1592794	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000868	AAAAC	2	10	1606820	1606829	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_000868	TTCTT	2	10	1611846	1611855	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_000868	TCCTC	2	10	1611948	1611957	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
141	NC_000868	CATAA	2	10	1612519	1612528	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_000868	CTTTA	2	10	1613589	1613598	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_000868	GCTTT	2	10	1614045	1614054	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_000868	TTTAA	2	10	1615660	1615669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000868	TGAAT	2	10	1620865	1620874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000868	TTAAG	2	10	1629518	1629527	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000868	GGTAG	2	10	1644966	1644975	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000868	CTTAT	2	10	1677497	1677506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_000868	TTTTC	2	10	1720899	1720908	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_000868	GAAAG	2	10	1720946	1720955	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000868	AAGAA	2	10	1727717	1727726	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_000868	TCTTA	2	10	1759639	1759648	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_000868	TCACC	2	10	1764509	1764518	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.