MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Aeropyrum pernix K1

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000854	TAATC	2	10	3835	3844	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_000854	AACAA	2	10	7930	7939	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000854	ACTAT	2	10	8032	8041	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_000854	ACTTC	2	10	11964	11973	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_000854	GGAGA	2	10	12322	12331	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000854	TCCAT	2	10	46468	46477	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_000854	GAAAG	3	15	58558	58572	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000854	ATATT	2	10	67937	67946	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000854	GGAGT	2	10	107038	107047	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000854	CTCCA	2	10	124311	124320	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_000854	GTAAT	2	10	127305	127314	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000854	TCCGG	2	10	150374	150383	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_000854	TAGAC	2	10	163804	163813	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_000854	CCTCA	2	10	172760	172769	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_000854	GGTTT	2	10	190393	190402	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000854	CCAAC	2	10	191289	191298	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_000854	AGGAG	2	10	192242	192251	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000854	GGTGT	2	10	196159	196168	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000854	ATAGG	2	10	199308	199317	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000854	TATGG	2	10	201673	201682	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000854	AATAT	2	10	203015	203024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000854	GCAAT	2	10	204249	204258	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_000854	TTAGT	2	10	213457	213466	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000854	CACCT	2	10	222952	222961	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_000854	GCTTT	2	10	223314	223323	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_000854	TAGTA	2	10	233294	233303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000854	GCCGG	2	10	233380	233389	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_000854	AGGAG	2	10	254555	254564	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000854	GGAGT	2	10	254565	254574	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000854	TAAAA	2	10	266932	266941	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000854	AGGGC	2	10	278699	278708	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_000854	GCTTA	2	10	295072	295081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000854	GGCCC	2	10	297038	297047	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_000854	GTGGG	2	10	298900	298909	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000854	GAACG	2	10	304952	304961	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_000854	GGGGT	2	10	306093	306102	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000854	AGCCT	2	10	319114	319123	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_000854	AGCCT	2	10	327051	327060	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_000854	AGCTG	2	10	339909	339918	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000854	GCCTC	2	10	340186	340195	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_000854	CCGGC	2	10	350815	350824	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_000854	ACTCA	2	10	368718	368727	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_000854	GTATG	2	10	369526	369535	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000854	TTAAG	2	10	400604	400613	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000854	GGGGA	2	10	402393	402402	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000854	TAAAG	2	10	411545	411554	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000854	TTTAA	2	10	411583	411592	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000854	AGTGT	2	10	425583	425592	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000854	CCACG	2	10	444957	444966	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_000854	GGCGC	2	10	455748	455757	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
51	NC_000854	GTGGG	2	10	482178	482187	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000854	GGGGT	2	10	482244	482253	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000854	GTCTA	2	10	484702	484711	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_000854	GGCTG	2	10	503644	503653	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_000854	CTCTC	2	10	514441	514450	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_000854	CCACA	2	10	518852	518861	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_000854	CAGCC	2	10	520475	520484	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_000854	AATCT	2	10	542305	542314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_000854	AGGGA	2	10	546876	546885	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000854	CCTGT	2	10	548427	548436	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_000854	GATAA	2	10	570538	570547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000854	TGTCT	2	10	580760	580769	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_000854	TGTGC	2	10	593097	593106	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_000854	TCCTA	2	10	593904	593913	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_000854	GGGTA	2	10	606682	606691	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000854	CCCCG	2	10	619265	619274	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_000854	GGGCG	2	10	625300	625309	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
68	NC_000854	AGCCT	2	10	631374	631383	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_000854	CCGAG	2	10	659908	659917	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_000854	GGGCT	2	10	680139	680148	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_000854	AGGGG	2	10	723024	723033	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000854	TATTT	2	10	729862	729871	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000854	ATTAC	2	10	729889	729898	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_000854	AAATT	2	10	729907	729916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000854	ATCTT	2	10	734328	734337	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_000854	ATATT	2	10	734366	734375	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000854	TAAAA	2	10	736163	736172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000854	GATAT	2	10	738064	738073	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000854	TAGAC	2	10	758291	758300	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_000854	TTTGC	2	10	758538	758547	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_000854	CTAGC	2	10	804486	804495	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_000854	GTATA	2	10	823229	823238	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000854	TTGTG	2	10	838393	838402	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000854	GATAA	2	10	838995	839004	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000854	ACCGC	2	10	858479	858488	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_000854	CTATC	2	10	862623	862632	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_000854	ATTAT	2	10	863423	863432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000854	TTAGA	2	10	869414	869423	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000854	CTCCC	2	10	920709	920718	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
90	NC_000854	TCTAG	2	10	922935	922944	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_000854	GCCGG	2	10	941981	941990	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_000854	TCCTC	2	10	944748	944757	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_000854	ATTGA	2	10	952334	952343	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000854	CGAGG	2	10	955152	955161	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_000854	GTAGG	2	10	961004	961013	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000854	CCCGC	2	10	963582	963591	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
97	NC_000854	AGCCA	2	10	983136	983145	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_000854	TTAAG	2	10	983338	983347	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000854	ATCTA	2	10	984733	984742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_000854	GTGCT	2	10	986211	986220	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_000854	TAGGG	2	10	1006039	1006048	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000854	GTATA	2	10	1016349	1016358	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000854	GGGTA	2	10	1026348	1026357	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000854	TATAC	2	10	1030927	1030936	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_000854	AAAAC	2	10	1119431	1119440	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_000854	GAAAA	2	10	1119506	1119515	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000854	TAACA	2	10	1119592	1119601	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_000854	AAATT	2	10	1123652	1123661	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000854	TGCGT	2	10	1128969	1128978	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_000854	TGTGT	2	10	1144139	1144148	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000854	TTGAG	2	10	1156249	1156258	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000854	CTGGC	2	10	1163755	1163764	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_000854	GTTAT	2	10	1164409	1164418	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000854	GCCGC	2	10	1188007	1188016	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_000854	CCCCA	2	10	1214377	1214386	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
116	NC_000854	CGGGG	2	10	1215204	1215213	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
117	NC_000854	CTACG	2	10	1215293	1215302	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_000854	CACCC	2	10	1216927	1216936	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_000854	TTGGC	2	10	1217174	1217183	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_000854	CGGCC	2	10	1217356	1217365	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_000854	CGAGC	2	10	1218323	1218332	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_000854	GAGGG	2	10	1221403	1221412	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000854	GCCTC	2	10	1235024	1235033	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_000854	CCCCT	2	10	1255340	1255349	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
125	NC_000854	CGTGA	2	10	1259443	1259452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_000854	ACATA	2	10	1260200	1260209	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_000854	GATTC	2	10	1278224	1278233	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_000854	GTGGA	2	10	1305930	1305939	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000854	AATAG	2	10	1331490	1331499	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000854	TGGGA	2	10	1334964	1334973	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000854	GTACA	2	10	1338414	1338423	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_000854	CTATA	2	10	1338507	1338516	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_000854	GTATT	2	10	1352493	1352502	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000854	GTGTA	2	10	1354453	1354462	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000854	AAACA	2	10	1419542	1419551	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_000854	CCGGG	2	10	1422728	1422737	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_000854	TTCTA	2	10	1462103	1462112	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_000854	GCGGT	2	10	1473665	1473674	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_000854	AGCCA	2	10	1486375	1486384	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_000854	GGGTT	2	10	1507944	1507953	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_000854	AAAAG	2	10	1527786	1527795	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000854	AGATG	2	10	1528348	1528357	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000854	GTGTT	2	10	1553552	1553561	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000854	TGGTG	2	10	1559743	1559752	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000854	ACCCT	2	10	1597897	1597906	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_000854	CAGAG	2	10	1608683	1608692	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_000854	CCTAC	2	10	1611165	1611174	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NC_000854	ACTAA	2	10	1612940	1612949	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_000854	GAAAA	2	10	1613192	1613201	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000854	TATCG	2	10	1667639	1667648	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_000854	TCAAT	2	10	1669476	1669485	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_000854	AAAGT	2	10	1669604	1669613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.