MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000117	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000117	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_000117	AAAAAT	2	12	60814	60825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000117	ATCTAG	2	12	76543	76554	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_000117	TTTTAG	2	12	115814	115825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000117	TAAAAA	2	12	120411	120422	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000117	AGAAAA	2	12	182034	182045	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000117	TATGAA	2	12	194847	194858	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000117	TTTTAC	2	12	220861	220872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_000117	AACCCT	2	12	254578	254589	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_000117	ATTTTT	2	12	255373	255384	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000117	AGGAGA	2	12	270475	270486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000117	ATATTA	2	12	279373	279384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000117	AAAAAG	2	12	323533	323544	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000117	AGAATA	2	12	361008	361019	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000117	TTTTAA	2	12	409054	409065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000117	TTCTCC	2	12	442932	442943	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_000117	TAACTA	2	12	502583	502594	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_000117	AAGAAA	2	12	502596	502607	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000117	AGAATA	2	12	508571	508582	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000117	AACTAA	2	12	514304	514315	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_000117	AAATAA	2	12	530821	530832	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000117	TCCCTC	2	12	548318	548329	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_000117	AAAAAT	2	12	566291	566302	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000117	TAGGGG	2	12	605458	605469	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000117	TCTTTT	2	12	617453	617464	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_000117	TTATTT	2	12	648661	648672	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000117	TATTTT	2	12	754591	754602	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000117	GAGAAA	2	12	802039	802050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000117	TTTTCT	2	12	804497	804508	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_000117	ATTTTT	2	12	808276	808287	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000117	TTTTTA	2	12	834714	834725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000117	TAAGGA	2	12	855677	855688	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000117	CCGGAG	2	12	856595	856606	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_000117	CCTCTA	2	12	869741	869752	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_000117	TAAGGA	2	12	877723	877734	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000117	CCGGAG	2	12	878641	878652	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_000117	AAACAA	2	12	922758	922769	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_000117	ATTTTT	2	12	1038253	1038264	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000117	TAAAAT	2	12	1041876	1041887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.