MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 755

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	15604721
2	NC_000117	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	15604722
3	NC_000117	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	15604722
4	NC_000117	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	15604722
5	NC_000117	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	15604722
6	NC_000117	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	15604723
7	NC_000117	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000117	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	15604725
9	NC_000117	CGAAA	2	10	9099	9108	60 %	0 %	20 %	20 %	15604726
10	NC_000117	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	15604727
11	NC_000117	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	15604728
12	NC_000117	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	15604728
13	NC_000117	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	15604729
14	NC_000117	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	15604730
15	NC_000117	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	15604730
16	NC_000117	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	15604732
17	NC_000117	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	15604733
18	NC_000117	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	15604733
19	NC_000117	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	15604733
20	NC_000117	GTTGT	2	10	20330	20339	0 %	60 %	40 %	0 %	15604736
21	NC_000117	AAGAT	2	10	21442	21451	60 %	20 %	20 %	0 %	15604737
22	NC_000117	TTTGC	2	10	22053	22062	0 %	60 %	20 %	20 %	15604737
23	NC_000117	GGAAA	2	10	23807	23816	60 %	0 %	40 %	0 %	15604737
24	NC_000117	AGAGG	2	10	25532	25541	40 %	0 %	60 %	0 %	15604738
25	NC_000117	GGAGA	2	10	27311	27320	40 %	0 %	60 %	0 %	15604739
26	NC_000117	GGATA	2	10	27337	27346	40 %	20 %	40 %	0 %	15604739
27	NC_000117	ATCCG	2	10	28062	28071	20 %	20 %	20 %	40 %	15604741
28	NC_000117	AGGGT	2	10	28580	28589	20 %	20 %	60 %	0 %	15604741
29	NC_000117	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	15604742
30	NC_000117	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	15604743
31	NC_000117	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	15604744
32	NC_000117	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000117	CTATT	2	10	36133	36142	20 %	60 %	0 %	20 %	15604750
34	NC_000117	TCCTA	2	10	36180	36189	20 %	40 %	0 %	40 %	15604750
35	NC_000117	ACGAT	2	10	38096	38105	40 %	20 %	20 %	20 %	15604751
36	NC_000117	TTTGA	2	10	38461	38470	20 %	60 %	20 %	0 %	15604751
37	NC_000117	AGCAA	2	10	42112	42121	60 %	0 %	20 %	20 %	15604754
38	NC_000117	CGATG	2	10	42169	42178	20 %	20 %	40 %	20 %	15604754
39	NC_000117	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	15604755
40	NC_000117	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	15604755
41	NC_000117	TTTAT	2	10	44243	44252	20 %	80 %	0 %	0 %	15604759
42	NC_000117	CTTTC	2	10	46339	46348	0 %	60 %	0 %	40 %	15604761
43	NC_000117	AGTTT	2	10	46878	46887	20 %	60 %	20 %	0 %	15604761
44	NC_000117	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000117	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_000117	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	15604764
47	NC_000117	CCGTA	2	10	53816	53825	20 %	20 %	20 %	40 %	15604767
48	NC_000117	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000117	TTATC	2	10	55219	55228	20 %	60 %	0 %	20 %	15604768
50	NC_000117	GAGCA	2	10	59665	59674	40 %	0 %	40 %	20 %	15604771
51	NC_000117	TGTGA	2	10	62114	62123	20 %	40 %	40 %	0 %	15604773
52	NC_000117	AGTGA	2	10	63641	63650	40 %	20 %	40 %	0 %	15604774
53	NC_000117	CCTTC	2	10	63915	63924	0 %	40 %	0 %	60 %	15604774
54	NC_000117	AGGAG	2	10	66143	66152	40 %	0 %	60 %	0 %	15604776
55	NC_000117	GTTAA	2	10	66273	66282	40 %	40 %	20 %	0 %	15604776
56	NC_000117	CAAGC	2	10	68651	68660	40 %	0 %	20 %	40 %	15604778
57	NC_000117	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000117	GCGAT	2	10	69711	69720	20 %	20 %	40 %	20 %	15604779
59	NC_000117	CTCTT	2	10	70065	70074	0 %	60 %	0 %	40 %	15604779
60	NC_000117	AGGGG	2	10	70711	70720	20 %	0 %	80 %	0 %	15604779
61	NC_000117	AAGAA	2	10	70753	70762	80 %	0 %	20 %	0 %	15604779
62	NC_000117	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_000117	ATTGG	2	10	72043	72052	20 %	40 %	40 %	0 %	15604781
64	NC_000117	GAAAA	2	10	73115	73124	80 %	0 %	20 %	0 %	15604781
65	NC_000117	TGGGA	2	10	73532	73541	20 %	20 %	60 %	0 %	15604782
66	NC_000117	TATTT	2	10	76059	76068	20 %	80 %	0 %	0 %	15604783
67	NC_000117	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000117	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_000117	TGTCT	2	10	79851	79860	0 %	60 %	20 %	20 %	15604786
70	NC_000117	TTACT	2	10	80358	80367	20 %	60 %	0 %	20 %	15604786
71	NC_000117	AGAAA	2	10	81748	81757	80 %	0 %	20 %	0 %	15604788
72	NC_000117	GGAAG	2	10	82261	82270	40 %	0 %	60 %	0 %	15604788
73	NC_000117	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000117	GATCC	2	10	85812	85821	20 %	20 %	20 %	40 %	15604791
75	NC_000117	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	15604792
76	NC_000117	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000117	TTTTC	2	10	90879	90888	0 %	80 %	0 %	20 %	15604795
78	NC_000117	GGATG	2	10	91139	91148	20 %	20 %	60 %	0 %	15604796
79	NC_000117	CAACA	2	10	92678	92687	60 %	0 %	0 %	40 %	15604797
80	NC_000117	ACAGC	2	10	93723	93732	40 %	0 %	20 %	40 %	15604799
81	NC_000117	CTTTT	2	10	94097	94106	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_000117	GGAAC	2	10	94435	94444	40 %	0 %	40 %	20 %	15604801
83	NC_000117	GGATT	2	10	95335	95344	20 %	40 %	40 %	0 %	15604801
84	NC_000117	AGCAT	2	10	95356	95365	40 %	20 %	20 %	20 %	15604801
85	NC_000117	CAATC	2	10	96437	96446	40 %	20 %	0 %	40 %	15604803
86	NC_000117	TTTGC	2	10	96571	96580	0 %	60 %	20 %	20 %	15604803
87	NC_000117	ATTCA	2	10	96835	96844	40 %	40 %	0 %	20 %	15604803
88	NC_000117	GATCC	2	10	97094	97103	20 %	20 %	20 %	40 %	15604803
89	NC_000117	GTTTT	2	10	97515	97524	0 %	80 %	20 %	0 %	15604803
90	NC_000117	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_000117	AAGCT	2	10	98718	98727	40 %	20 %	20 %	20 %	15604804
92	NC_000117	AGGGG	2	10	99077	99086	20 %	0 %	80 %	0 %	15604804
93	NC_000117	ATAGC	2	10	99776	99785	40 %	20 %	20 %	20 %	15604805
94	NC_000117	AGCGA	2	10	102704	102713	40 %	0 %	40 %	20 %	15604808
95	NC_000117	TTTCT	2	10	103062	103071	0 %	80 %	0 %	20 %	15604808
96	NC_000117	ATCAT	2	10	104268	104277	40 %	40 %	0 %	20 %	15604809
97	NC_000117	GGCAT	2	10	104976	104985	20 %	20 %	40 %	20 %	15604809
98	NC_000117	AAAGC	2	10	108702	108711	60 %	0 %	20 %	20 %	15604812
99	NC_000117	GCATT	2	10	109862	109871	20 %	40 %	20 %	20 %	15604814
100	NC_000117	GCTCT	2	10	113915	113924	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_000117	TGTTT	2	10	114539	114548	0 %	80 %	20 %	0 %	15604817
102	NC_000117	CATGT	2	10	114917	114926	20 %	40 %	20 %	20 %	15604817
103	NC_000117	TATCG	2	10	115621	115630	20 %	40 %	20 %	20 %	15604817
104	NC_000117	TTTCT	2	10	116137	116146	0 %	80 %	0 %	20 %	15604818
105	NC_000117	AAAGA	2	10	118383	118392	80 %	0 %	20 %	0 %	15604821
106	NC_000117	GCTTC	2	10	122373	122382	0 %	40 %	20 %	40 %	15604824
107	NC_000117	TACAA	2	10	126161	126170	60 %	20 %	0 %	20 %	15604828
108	NC_000117	ATCCA	2	10	128566	128575	40 %	20 %	0 %	40 %	15604831
109	NC_000117	GAAGA	2	10	130116	130125	60 %	0 %	40 %	0 %	15604831
110	NC_000117	AAAAG	2	10	132029	132038	80 %	0 %	20 %	0 %	15604832
111	NC_000117	GATTC	2	10	132360	132369	20 %	40 %	20 %	20 %	15604832
112	NC_000117	GGATA	2	10	134980	134989	40 %	20 %	40 %	0 %	15604834
113	NC_000117	ATTGG	2	10	135645	135654	20 %	40 %	40 %	0 %	15604835
114	NC_000117	ATTGT	2	10	135678	135687	20 %	60 %	20 %	0 %	15604835
115	NC_000117	TGTTT	2	10	136104	136113	0 %	80 %	20 %	0 %	15604836
116	NC_000117	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_000117	TCCAG	2	10	139849	139858	20 %	20 %	20 %	40 %	15604842
118	NC_000117	GTACA	2	10	140580	140589	40 %	20 %	20 %	20 %	15604843
119	NC_000117	TAGAT	2	10	140953	140962	40 %	40 %	20 %	0 %	15604843
120	NC_000117	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000117	AAAAC	2	10	141845	141854	80 %	0 %	0 %	20 %	15604844
122	NC_000117	TGCTA	2	10	142931	142940	20 %	40 %	20 %	20 %	15604846
123	NC_000117	GGAGC	2	10	142978	142987	20 %	0 %	60 %	20 %	15604846
124	NC_000117	CTGGG	2	10	144393	144402	0 %	20 %	60 %	20 %	15604848
125	NC_000117	GTTTT	2	10	145140	145149	0 %	80 %	20 %	0 %	15604849
126	NC_000117	GAACC	2	10	148874	148883	40 %	0 %	20 %	40 %	15604850
127	NC_000117	ATTCT	2	10	152370	152379	20 %	60 %	0 %	20 %	15604854
128	NC_000117	CTGTG	2	10	152574	152583	0 %	40 %	40 %	20 %	15604854
129	NC_000117	TTCTT	2	10	155047	155056	0 %	80 %	0 %	20 %	15604857
130	NC_000117	TTCTA	2	10	157152	157161	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_000117	AGGAA	2	10	159607	159616	60 %	0 %	40 %	0 %	15604861
132	NC_000117	CAAAA	2	10	161610	161619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_000117	AGAGA	2	10	162838	162847	60 %	0 %	40 %	0 %	15604864
134	NC_000117	AGCAA	2	10	163273	163282	60 %	0 %	20 %	20 %	15604864
135	NC_000117	CAAAA	2	10	166776	166785	80 %	0 %	0 %	20 %	15604866
136	NC_000117	AAGAG	2	10	167609	167618	60 %	0 %	40 %	0 %	15604866
137	NC_000117	GATTG	2	10	167954	167963	20 %	40 %	40 %	0 %	15604866
138	NC_000117	GTTTT	2	10	174433	174442	0 %	80 %	20 %	0 %	15604870
139	NC_000117	TATTG	2	10	174456	174465	20 %	60 %	20 %	0 %	15604870
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149	NC_000117	AGAAA	2	10	181971	181980	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_000117	ACGAT	2	10	190660	190669	40 %	20 %	20 %	20 %	15604886
158	NC_000117	TTGTA	2	10	191638	191647	20 %	60 %	20 %	0 %	15604886
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176	NC_000117	TTTCT	2	10	215331	215340	0 %	80 %	0 %	20 %	15604910
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252	NC_000117	CTTGT	2	10	333730	333739	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_000117	CCTTT	2	10	334186	334195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_000117	CTAAA	2	10	337289	337298	60 %	20 %	0 %	20 %	15605023
255	NC_000117	TCCAA	2	10	337924	337933	40 %	20 %	0 %	40 %	15605023
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259	NC_000117	CATTG	2	10	342203	342212	20 %	40 %	20 %	20 %	15605026
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263	NC_000117	ATCTC	2	10	351127	351136	20 %	40 %	0 %	40 %	15605035
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268	NC_000117	AAGGC	2	10	361941	361950	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
269	NC_000117	GCTTC	2	10	364051	364060	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
270	NC_000117	AGTAG	2	10	364128	364137	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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387	NC_000117	AGGAA	2	10	516137	516146	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
388	NC_000117	ATGAA	2	10	516161	516170	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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395	NC_000117	AATCA	2	10	530100	530109	60 %	20 %	0 %	20 %	15605182
396	NC_000117	AGGGT	2	10	530202	530211	20 %	20 %	60 %	0 %	15605182
397	NC_000117	ACACC	2	10	532553	532562	40 %	0 %	0 %	60 %	15605183
398	NC_000117	TCTCC	2	10	533093	533102	0 %	40 %	0 %	60 %	15605183
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403	NC_000117	TCTCT	2	10	537355	537364	0 %	60 %	0 %	40 %	15605188
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