MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000117	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000117	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000117	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_000117	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000117	AAAAG	2	10	68899	68908	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000117	CTTGC	2	10	71842	71851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_000117	AAAAG	2	10	76592	76601	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000117	ATCAA	2	10	78290	78299	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000117	TTTGT	2	10	85026	85035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000117	AATAA	2	10	88025	88034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000117	CTTTT	2	10	94097	94106	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_000117	ACAAA	2	10	97642	97651	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_000117	GCTCT	2	10	113915	113924	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_000117	TTGCA	2	10	136893	136902	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_000117	AAAAG	2	10	141365	141374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000117	TTCTA	2	10	157152	157161	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_000117	CAAAA	2	10	161610	161619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_000117	AGAAA	2	10	181971	181980	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000117	CGATA	2	10	187348	187357	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_000117	CTAAG	2	10	202478	202487	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_000117	ATTTC	2	10	221004	221013	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_000117	CAATA	2	10	224127	224136	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_000117	TACAA	2	10	247839	247848	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_000117	TTTCA	2	10	263950	263959	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_000117	AAAGC	2	10	298783	298792	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_000117	TGTTT	2	10	301662	301671	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000117	TCAAT	2	10	321725	321734	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_000117	GCAAC	2	10	333670	333679	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_000117	CTTGT	2	10	333730	333739	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_000117	CCTTT	2	10	334186	334195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_000117	AAGGC	2	10	361941	361950	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000117	GCTTC	2	10	364051	364060	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_000117	AGTAG	2	10	364128	364137	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000117	TCTCT	2	10	367595	367604	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_000117	AACAA	2	10	367978	367987	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_000117	AAAAC	2	10	368300	368309	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_000117	AAGCG	2	10	403809	403818	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_000117	TATCT	2	10	409337	409346	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_000117	GTATA	2	10	416058	416067	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_000117	AGCAA	2	10	416094	416103	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_000117	AAAAT	2	10	417943	417952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000117	CTCTT	2	10	428007	428016	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_000117	TAAAA	2	10	430550	430559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000117	AGAAA	2	10	436224	436233	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000117	CTCTT	2	10	436263	436272	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_000117	GAAGA	2	10	436273	436282	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000117	AAATT	2	10	436552	436561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000117	AATTT	2	10	436573	436582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000117	TAAAA	2	10	464785	464794	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000117	CAAAA	2	10	485186	485195	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_000117	AATCT	2	10	502528	502537	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_000117	CTTCT	2	10	502741	502750	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_000117	TTTCT	2	10	508128	508137	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_000117	CCTTT	2	10	509137	509146	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_000117	TAAAA	2	10	514153	514162	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000117	AGGAA	2	10	516137	516146	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000117	ATGAA	2	10	516161	516170	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000117	TTGGA	2	10	523602	523611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000117	CAAAA	2	10	524368	524377	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_000117	AAAAG	2	10	557649	557658	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000117	GAAAA	2	10	564833	564842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000117	ATTTT	2	10	566271	566280	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000117	ATACT	2	10	572343	572352	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000117	AAAGG	2	10	581298	581307	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000117	TTTCC	2	10	628916	628925	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_000117	ATTAA	2	10	636867	636876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000117	TCGTC	2	10	649765	649774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_000117	GCAAA	2	10	671331	671340	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_000117	TATCG	2	10	672553	672562	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_000117	TAAAA	2	10	685395	685404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000117	TTTAT	2	10	697348	697357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000117	TCATG	2	10	697543	697552	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_000117	AAAAC	2	10	701661	701670	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_000117	GAAAA	2	10	707010	707019	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000117	TTATT	2	10	714057	714066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000117	GAAGA	2	10	736950	736959	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000117	AGAAT	2	10	759755	759764	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000117	AGGGG	2	10	759986	759995	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000117	ATTTT	2	10	778723	778732	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000117	AAAAG	2	10	780544	780553	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000117	AGGTA	2	10	783943	783952	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000117	TCCTT	2	10	785126	785135	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_000117	CTCCA	2	10	785281	785290	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_000117	AAAAC	2	10	796322	796331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_000117	TTTCT	2	10	804543	804552	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_000117	AGAAA	2	10	813075	813084	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000117	CTTTT	2	10	859166	859175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_000117	AGAAA	2	10	863517	863526	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000117	GAAGA	2	10	875691	875700	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000117	CTTTT	2	10	881211	881220	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_000117	TAGAA	2	10	889681	889690	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000117	CTTTT	2	10	905721	905730	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_000117	TTTTA	2	10	906466	906475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000117	AGAGC	2	10	908754	908763	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_000117	TCGTT	2	10	936845	936854	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_000117	TTCTT	2	10	939802	939811	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_000117	CTTCA	2	10	961690	961699	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_000117	CTAGT	2	10	968547	968556	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_000117	TAAAA	2	10	984540	984549	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000117	CGGGG	2	10	1005983	1005992	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
102	NC_000117	TATTT	2	10	1008142	1008151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000117	TAGAA	2	10	1019570	1019579	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000117	TTTTC	2	10	1037944	1037953	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_000117	TTATT	2	10	1041842	1041851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000117	TTTTA	2	10	1041892	1041901	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.