MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 649

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	15604721
2	NC_000117	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	15604722
3	NC_000117	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	15604722
4	NC_000117	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	15604722
5	NC_000117	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	15604722
6	NC_000117	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	15604723
7	NC_000117	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	15604725
8	NC_000117	CGAAA	2	10	9099	9108	60 %	0 %	20 %	20 %	15604726
9	NC_000117	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	15604727
10	NC_000117	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	15604728
11	NC_000117	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	15604728
12	NC_000117	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	15604729
13	NC_000117	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	15604730
14	NC_000117	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	15604730
15	NC_000117	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	15604732
16	NC_000117	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	15604733
17	NC_000117	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	15604733
18	NC_000117	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	15604733
19	NC_000117	GTTGT	2	10	20330	20339	0 %	60 %	40 %	0 %	15604736
20	NC_000117	AAGAT	2	10	21442	21451	60 %	20 %	20 %	0 %	15604737
21	NC_000117	TTTGC	2	10	22053	22062	0 %	60 %	20 %	20 %	15604737
22	NC_000117	GGAAA	2	10	23807	23816	60 %	0 %	40 %	0 %	15604737
23	NC_000117	AGAGG	2	10	25532	25541	40 %	0 %	60 %	0 %	15604738
24	NC_000117	GGAGA	2	10	27311	27320	40 %	0 %	60 %	0 %	15604739
25	NC_000117	GGATA	2	10	27337	27346	40 %	20 %	40 %	0 %	15604739
26	NC_000117	ATCCG	2	10	28062	28071	20 %	20 %	20 %	40 %	15604741
27	NC_000117	AGGGT	2	10	28580	28589	20 %	20 %	60 %	0 %	15604741
28	NC_000117	CCTAT	2	10	29620	29629	20 %	40 %	0 %	40 %	15604742
29	NC_000117	GAAGG	2	10	30419	30428	40 %	0 %	60 %	0 %	15604743
30	NC_000117	GAGCT	2	10	31459	31468	20 %	20 %	40 %	20 %	15604744
31	NC_000117	CTATT	2	10	36133	36142	20 %	60 %	0 %	20 %	15604750
32	NC_000117	TCCTA	2	10	36180	36189	20 %	40 %	0 %	40 %	15604750
33	NC_000117	ACGAT	2	10	38096	38105	40 %	20 %	20 %	20 %	15604751
34	NC_000117	TTTGA	2	10	38461	38470	20 %	60 %	20 %	0 %	15604751
35	NC_000117	AGCAA	2	10	42112	42121	60 %	0 %	20 %	20 %	15604754
36	NC_000117	CGATG	2	10	42169	42178	20 %	20 %	40 %	20 %	15604754
37	NC_000117	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	15604755
38	NC_000117	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	15604755
39	NC_000117	TTTAT	2	10	44243	44252	20 %	80 %	0 %	0 %	15604759
40	NC_000117	CTTTC	2	10	46339	46348	0 %	60 %	0 %	40 %	15604761
41	NC_000117	AGTTT	2	10	46878	46887	20 %	60 %	20 %	0 %	15604761
42	NC_000117	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	15604764
43	NC_000117	CCGTA	2	10	53816	53825	20 %	20 %	20 %	40 %	15604767
44	NC_000117	TTATC	2	10	55219	55228	20 %	60 %	0 %	20 %	15604768
45	NC_000117	GAGCA	2	10	59665	59674	40 %	0 %	40 %	20 %	15604771
46	NC_000117	TGTGA	2	10	62114	62123	20 %	40 %	40 %	0 %	15604773
47	NC_000117	AGTGA	2	10	63641	63650	40 %	20 %	40 %	0 %	15604774
48	NC_000117	CCTTC	2	10	63915	63924	0 %	40 %	0 %	60 %	15604774
49	NC_000117	AGGAG	2	10	66143	66152	40 %	0 %	60 %	0 %	15604776
50	NC_000117	GTTAA	2	10	66273	66282	40 %	40 %	20 %	0 %	15604776
51	NC_000117	CAAGC	2	10	68651	68660	40 %	0 %	20 %	40 %	15604778
52	NC_000117	GCGAT	2	10	69711	69720	20 %	20 %	40 %	20 %	15604779
53	NC_000117	CTCTT	2	10	70065	70074	0 %	60 %	0 %	40 %	15604779
54	NC_000117	AGGGG	2	10	70711	70720	20 %	0 %	80 %	0 %	15604779
55	NC_000117	AAGAA	2	10	70753	70762	80 %	0 %	20 %	0 %	15604779
56	NC_000117	ATTGG	2	10	72043	72052	20 %	40 %	40 %	0 %	15604781
57	NC_000117	GAAAA	2	10	73115	73124	80 %	0 %	20 %	0 %	15604781
58	NC_000117	TGGGA	2	10	73532	73541	20 %	20 %	60 %	0 %	15604782
59	NC_000117	TATTT	2	10	76059	76068	20 %	80 %	0 %	0 %	15604783
60	NC_000117	TGTCT	2	10	79851	79860	0 %	60 %	20 %	20 %	15604786
61	NC_000117	TTACT	2	10	80358	80367	20 %	60 %	0 %	20 %	15604786
62	NC_000117	AGAAA	2	10	81748	81757	80 %	0 %	20 %	0 %	15604788
63	NC_000117	GGAAG	2	10	82261	82270	40 %	0 %	60 %	0 %	15604788
64	NC_000117	GATCC	2	10	85812	85821	20 %	20 %	20 %	40 %	15604791
65	NC_000117	AGAGC	2	10	87147	87156	40 %	0 %	40 %	20 %	15604792
66	NC_000117	TTTTC	2	10	90879	90888	0 %	80 %	0 %	20 %	15604795
67	NC_000117	GGATG	2	10	91139	91148	20 %	20 %	60 %	0 %	15604796
68	NC_000117	CAACA	2	10	92678	92687	60 %	0 %	0 %	40 %	15604797
69	NC_000117	ACAGC	2	10	93723	93732	40 %	0 %	20 %	40 %	15604799
70	NC_000117	GGAAC	2	10	94435	94444	40 %	0 %	40 %	20 %	15604801
71	NC_000117	GGATT	2	10	95335	95344	20 %	40 %	40 %	0 %	15604801
72	NC_000117	AGCAT	2	10	95356	95365	40 %	20 %	20 %	20 %	15604801
73	NC_000117	CAATC	2	10	96437	96446	40 %	20 %	0 %	40 %	15604803
74	NC_000117	TTTGC	2	10	96571	96580	0 %	60 %	20 %	20 %	15604803
75	NC_000117	ATTCA	2	10	96835	96844	40 %	40 %	0 %	20 %	15604803
76	NC_000117	GATCC	2	10	97094	97103	20 %	20 %	20 %	40 %	15604803
77	NC_000117	GTTTT	2	10	97515	97524	0 %	80 %	20 %	0 %	15604803
78	NC_000117	AAGCT	2	10	98718	98727	40 %	20 %	20 %	20 %	15604804
79	NC_000117	AGGGG	2	10	99077	99086	20 %	0 %	80 %	0 %	15604804
80	NC_000117	ATAGC	2	10	99776	99785	40 %	20 %	20 %	20 %	15604805
81	NC_000117	AGCGA	2	10	102704	102713	40 %	0 %	40 %	20 %	15604808
82	NC_000117	TTTCT	2	10	103062	103071	0 %	80 %	0 %	20 %	15604808
83	NC_000117	ATCAT	2	10	104268	104277	40 %	40 %	0 %	20 %	15604809
84	NC_000117	GGCAT	2	10	104976	104985	20 %	20 %	40 %	20 %	15604809
85	NC_000117	AAAGC	2	10	108702	108711	60 %	0 %	20 %	20 %	15604812
86	NC_000117	GCATT	2	10	109862	109871	20 %	40 %	20 %	20 %	15604814
87	NC_000117	TGTTT	2	10	114539	114548	0 %	80 %	20 %	0 %	15604817
88	NC_000117	CATGT	2	10	114917	114926	20 %	40 %	20 %	20 %	15604817
89	NC_000117	TATCG	2	10	115621	115630	20 %	40 %	20 %	20 %	15604817
90	NC_000117	TTTCT	2	10	116137	116146	0 %	80 %	0 %	20 %	15604818
91	NC_000117	AAAGA	2	10	118383	118392	80 %	0 %	20 %	0 %	15604821
92	NC_000117	GCTTC	2	10	122373	122382	0 %	40 %	20 %	40 %	15604824
93	NC_000117	TACAA	2	10	126161	126170	60 %	20 %	0 %	20 %	15604828
94	NC_000117	ATCCA	2	10	128566	128575	40 %	20 %	0 %	40 %	15604831
95	NC_000117	GAAGA	2	10	130116	130125	60 %	0 %	40 %	0 %	15604831
96	NC_000117	AAAAG	2	10	132029	132038	80 %	0 %	20 %	0 %	15604832
97	NC_000117	GATTC	2	10	132360	132369	20 %	40 %	20 %	20 %	15604832
98	NC_000117	GGATA	2	10	134980	134989	40 %	20 %	40 %	0 %	15604834
99	NC_000117	ATTGG	2	10	135645	135654	20 %	40 %	40 %	0 %	15604835
100	NC_000117	ATTGT	2	10	135678	135687	20 %	60 %	20 %	0 %	15604835
101	NC_000117	TGTTT	2	10	136104	136113	0 %	80 %	20 %	0 %	15604836
102	NC_000117	TCCAG	2	10	139849	139858	20 %	20 %	20 %	40 %	15604842
103	NC_000117	GTACA	2	10	140580	140589	40 %	20 %	20 %	20 %	15604843
104	NC_000117	TAGAT	2	10	140953	140962	40 %	40 %	20 %	0 %	15604843
105	NC_000117	AAAAC	2	10	141845	141854	80 %	0 %	0 %	20 %	15604844
106	NC_000117	TGCTA	2	10	142931	142940	20 %	40 %	20 %	20 %	15604846
107	NC_000117	GGAGC	2	10	142978	142987	20 %	0 %	60 %	20 %	15604846
108	NC_000117	CTGGG	2	10	144393	144402	0 %	20 %	60 %	20 %	15604848
109	NC_000117	GTTTT	2	10	145140	145149	0 %	80 %	20 %	0 %	15604849
110	NC_000117	GAACC	2	10	148874	148883	40 %	0 %	20 %	40 %	15604850
111	NC_000117	ATTCT	2	10	152370	152379	20 %	60 %	0 %	20 %	15604854
112	NC_000117	CTGTG	2	10	152574	152583	0 %	40 %	40 %	20 %	15604854
113	NC_000117	TTCTT	2	10	155047	155056	0 %	80 %	0 %	20 %	15604857
114	NC_000117	AGGAA	2	10	159607	159616	60 %	0 %	40 %	0 %	15604861
115	NC_000117	AGAGA	2	10	162838	162847	60 %	0 %	40 %	0 %	15604864
116	NC_000117	AGCAA	2	10	163273	163282	60 %	0 %	20 %	20 %	15604864
117	NC_000117	CAAAA	2	10	166776	166785	80 %	0 %	0 %	20 %	15604866
118	NC_000117	AAGAG	2	10	167609	167618	60 %	0 %	40 %	0 %	15604866
119	NC_000117	GATTG	2	10	167954	167963	20 %	40 %	40 %	0 %	15604866
120	NC_000117	GTTTT	2	10	174433	174442	0 %	80 %	20 %	0 %	15604870
121	NC_000117	TATTG	2	10	174456	174465	20 %	60 %	20 %	0 %	15604870
122	NC_000117	CAGCA	2	10	174815	174824	40 %	0 %	20 %	40 %	15604870
123	NC_000117	TAGGA	2	10	175122	175131	40 %	20 %	40 %	0 %	15604871
124	NC_000117	TGATT	2	10	177049	177058	20 %	60 %	20 %	0 %	15604872
125	NC_000117	TCAAT	2	10	177690	177699	40 %	40 %	0 %	20 %	15604872
126	NC_000117	TTTTC	2	10	177729	177738	0 %	80 %	0 %	20 %	15604872
127	NC_000117	GGAAT	2	10	179289	179298	40 %	20 %	40 %	0 %	15604873
128	NC_000117	AGAGT	2	10	180247	180256	40 %	20 %	40 %	0 %	15604874
129	NC_000117	TTGAA	2	10	180780	180789	40 %	40 %	20 %	0 %	15604876
130	NC_000117	AGGGG	2	10	181791	181800	20 %	0 %	80 %	0 %	15604876
131	NC_000117	TTGAG	2	10	182354	182363	20 %	40 %	40 %	0 %	532524891
132	NC_000117	GAATG	2	10	182379	182388	40 %	20 %	40 %	0 %	532524891
133	NC_000117	AGAGA	2	10	184464	184473	60 %	0 %	40 %	0 %	15604880
134	NC_000117	ACGAT	2	10	186536	186545	40 %	20 %	20 %	20 %	15604882
135	NC_000117	GGATC	2	10	189626	189635	20 %	20 %	40 %	20 %	15604885
136	NC_000117	CAGAT	2	10	189741	189750	40 %	20 %	20 %	20 %	15604885
137	NC_000117	ACGAT	2	10	190660	190669	40 %	20 %	20 %	20 %	15604886
138	NC_000117	TTGTA	2	10	191638	191647	20 %	60 %	20 %	0 %	15604886
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