MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pCD

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017263	CTGG	2	8	113	120	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017263	GTTC	2	8	152	159	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017263	GTCA	2	8	844	851	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017263	TAAG	2	8	1259	1266	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017263	AGCC	2	8	3035	3042	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017263	TAAA	2	8	4191	4198	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017263	AGAA	2	8	4320	4327	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017263	ACCA	2	8	4780	4787	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017263	TTCC	2	8	5033	5040	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017263	AAGC	2	8	5088	5095	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017263	AATT	2	8	5160	5167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017263	GTCA	2	8	5361	5368	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017263	TCCA	2	8	5422	5429	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017263	GACT	2	8	5434	5441	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017263	GACT	2	8	5676	5683	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017263	ATCA	2	8	5943	5950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017263	CCAT	2	8	5975	5982	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017263	TGGA	2	8	6115	6122	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017263	CTTT	2	8	6607	6614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017263	TCAG	2	8	6719	6726	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017263	CCCT	2	8	7411	7418	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_017263	CGAC	2	8	9322	9329	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017263	AACA	2	8	10011	10018	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017263	TATT	2	8	10077	10084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017263	GGCG	2	8	11141	11148	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017263	CCAA	2	8	11803	11810	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017263	TTTG	2	8	11817	11824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017263	TAAA	2	8	12904	12911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017263	ATAA	2	8	13281	13288	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017263	TTAT	2	8	13449	13456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017263	AATG	2	8	14230	14237	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017263	ATTT	2	8	14297	14304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017263	CAAA	2	8	15657	15664	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017263	ACAT	2	8	15666	15673	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017263	TTAT	2	8	15721	15728	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017263	ATAA	2	8	15776	15783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017263	CATT	2	8	16545	16552	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017263	TTAA	2	8	17523	17530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017263	GCTT	2	8	18689	18696	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017263	AGCC	2	8	19187	19194	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017263	CTTG	2	8	19227	19234	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017263	AAGC	2	8	19392	19399	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017263	TGGC	2	8	19511	19518	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017263	AGGA	2	8	20124	20131	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017263	GAGC	2	8	21622	21629	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017263	TAAT	2	8	22455	22462	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017263	CACG	2	8	22713	22720	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_017263	ATCA	2	8	22927	22934	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017263	CTTT	2	8	23507	23514	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017263	AACC	2	8	24330	24337	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017263	GACT	2	8	24476	24483	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017263	GCTT	2	8	24588	24595	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017263	ACTC	2	8	25113	25120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017263	ATCG	2	8	25150	25157	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017263	TCAC	2	8	25428	25435	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017263	GGTA	2	8	25639	25646	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017263	TCAC	2	8	25932	25939	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017263	GTAG	2	8	26488	26495	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017263	TTAC	2	8	26586	26593	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017263	GGGT	2	8	26735	26742	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017263	TGCT	2	8	26975	26982	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017263	GCTT	2	8	27831	27838	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017263	GCAG	2	8	27839	27846	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017263	TGCG	2	8	28425	28432	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017263	GGAA	2	8	28463	28470	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017263	AAAT	2	8	30216	30223	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017263	GTGA	2	8	30948	30955	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017263	AACC	2	8	31596	31603	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017263	ATTG	2	8	31667	31674	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017263	ACCC	2	8	32233	32240	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
71	NC_017263	TGTT	2	8	33608	33615	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017263	GAAA	2	8	33653	33660	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017263	CGCA	2	8	34293	34300	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017263	TTAT	2	8	35535	35542	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017263	TGGC	2	8	36419	36426	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017263	AGCG	2	8	36584	36591	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017263	TGAT	2	8	37008	37015	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017263	TGAT	2	8	37125	37132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017263	TCGC	2	8	37350	37357	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017263	TTCT	2	8	37931	37938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017263	TTCT	2	8	38207	38214	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017263	ACTA	2	8	39152	39159	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017263	AAAT	2	8	39732	39739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017263	TTAT	2	8	40283	40290	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017263	CACT	2	8	41857	41864	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017263	GGCT	2	8	41916	41923	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017263	CAGG	2	8	42505	42512	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017263	AGGT	2	8	42623	42630	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017263	ATAA	2	8	42893	42900	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017263	TGGA	2	8	44835	44842	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017263	TACA	2	8	44880	44887	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017263	TTTA	2	8	45348	45355	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017263	AATA	2	8	45364	45371	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017263	TTAA	2	8	46795	46802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017263	GGGA	2	8	47903	47910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017263	CTTT	2	8	48232	48239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017263	CAGG	2	8	48375	48382	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017263	AGAA	2	8	48417	48424	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017263	CATC	2	8	51281	51288	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017263	GGGC	2	8	54167	54174	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017263	TTAT	3	12	54213	54224	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017263	GCCA	2	8	55638	55645	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017263	CACT	2	8	55674	55681	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017263	CAGT	2	8	56124	56131	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017263	ATCC	2	8	56351	56358	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017263	CCTC	2	8	60552	60559	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_017263	CCTG	2	8	63426	63433	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017263	ATAA	2	8	64620	64627	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017263	ACAA	2	8	65086	65093	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017263	GGGA	2	8	66303	66310	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017263	GCCA	2	8	67718	67725	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017263	GCGG	2	8	68141	68148	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017263	CGCC	2	8	68536	68543	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.