MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Z176003 plasmid pCD1

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014017	GTCA	2	8	840	847	25 %	25 %	25 %	25 %	294496809
2	NC_014017	TAAG	2	8	1255	1262	50 %	25 %	25 %	0 %	294496810
3	NC_014017	AGCC	2	8	1805	1812	25 %	0 %	25 %	50 %	294496811
4	NC_014017	GCAG	2	8	2237	2244	25 %	0 %	50 %	25 %	294496811
5	NC_014017	AGAA	2	8	4317	4324	75 %	0 %	25 %	0 %	294496813
6	NC_014017	ACCA	2	8	4777	4784	50 %	0 %	0 %	50 %	294496813
7	NC_014017	TTCC	2	8	5030	5037	0 %	50 %	0 %	50 %	294496813
8	NC_014017	AAGC	2	8	5085	5092	50 %	0 %	25 %	25 %	294496813
9	NC_014017	AATT	2	8	5157	5164	50 %	50 %	0 %	0 %	294496813
10	NC_014017	GTCA	2	8	5358	5365	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
11	NC_014017	TCCA	2	8	5419	5426	25 %	25 %	0 %	50 %	294496814
12	NC_014017	GACT	2	8	5431	5438	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
13	NC_014017	GACT	2	8	5673	5680	25 %	25 %	25 %	25 %	294496814
14	NC_014017	ATCA	2	8	5940	5947	50 %	25 %	0 %	25 %	294496814
15	NC_014017	CCAT	2	8	5972	5979	25 %	25 %	0 %	50 %	294496814
16	NC_014017	TGGA	2	8	6112	6119	25 %	25 %	50 %	0 %	294496814
17	NC_014017	GCCA	2	8	7745	7752	25 %	0 %	25 %	50 %	294496815
18	NC_014017	CTGC	2	8	7994	8001	0 %	25 %	25 %	50 %	294496816
19	NC_014017	CCGG	2	8	8421	8428	0 %	0 %	50 %	50 %	294496817
20	NC_014017	TGTT	2	8	8489	8496	0 %	75 %	25 %	0 %	294496817
21	NC_014017	AACA	2	8	10008	10015	75 %	0 %	0 %	25 %	294496818
22	NC_014017	TATT	2	8	10074	10081	25 %	75 %	0 %	0 %	294496818
23	NC_014017	GGCG	2	8	11138	11145	0 %	0 %	75 %	25 %	294496819
24	NC_014017	CCAA	2	8	11800	11807	50 %	0 %	0 %	50 %	294496820
25	NC_014017	TTTG	2	8	11814	11821	0 %	75 %	25 %	0 %	294496820
26	NC_014017	TAAA	2	8	12901	12908	75 %	25 %	0 %	0 %	294496822
27	NC_014017	CAAA	2	8	15654	15661	75 %	0 %	0 %	25 %	294496823
28	NC_014017	ACAT	2	8	15663	15670	50 %	25 %	0 %	25 %	294496823
29	NC_014017	CATT	2	8	16542	16549	25 %	50 %	0 %	25 %	294496824
30	NC_014017	TCAA	2	8	17391	17398	50 %	25 %	0 %	25 %	294496825
31	NC_014017	CTGT	2	8	18231	18238	0 %	50 %	25 %	25 %	294496825
32	NC_014017	GCTT	2	8	18474	18481	0 %	50 %	25 %	25 %	294496826
33	NC_014017	AGCC	2	8	18972	18979	25 %	0 %	25 %	50 %	294496826
34	NC_014017	CTTG	2	8	19012	19019	0 %	50 %	25 %	25 %	294496826
35	NC_014017	AAGC	2	8	19177	19184	50 %	0 %	25 %	25 %	294496826
36	NC_014017	TGGC	2	8	19296	19303	0 %	25 %	50 %	25 %	294496826
37	NC_014017	AGGA	2	8	19909	19916	50 %	0 %	50 %	0 %	294496827
38	NC_014017	TGAA	2	8	20029	20036	50 %	25 %	25 %	0 %	294496828
39	NC_014017	GTTG	2	8	20678	20685	0 %	50 %	50 %	0 %	294496828
40	NC_014017	GAGC	2	8	21407	21414	25 %	0 %	50 %	25 %	294496829
41	NC_014017	TAAT	2	8	22240	22247	50 %	50 %	0 %	0 %	294496830
42	NC_014017	CACG	2	8	22498	22505	25 %	0 %	25 %	50 %	294496830
43	NC_014017	ATCA	2	8	22712	22719	50 %	25 %	0 %	25 %	294496830
44	NC_014017	CTTT	2	8	23292	23299	0 %	75 %	0 %	25 %	294496830
45	NC_014017	AACC	2	8	24115	24122	50 %	0 %	0 %	50 %	294496831
46	NC_014017	GACT	2	8	24261	24268	25 %	25 %	25 %	25 %	294496832
47	NC_014017	GCTT	2	8	24373	24380	0 %	50 %	25 %	25 %	294496832
48	NC_014017	ACTC	2	8	24898	24905	25 %	25 %	0 %	50 %	294496833
49	NC_014017	TCAC	2	8	25213	25220	25 %	25 %	0 %	50 %	294496834
50	NC_014017	GGTA	2	8	25424	25431	25 %	25 %	50 %	0 %	294496834
51	NC_014017	TCAC	2	8	25717	25724	25 %	25 %	0 %	50 %	294496834
52	NC_014017	TTAC	2	8	26371	26378	25 %	50 %	0 %	25 %	294496835
53	NC_014017	GGGT	2	8	26520	26527	0 %	25 %	75 %	0 %	294496835
54	NC_014017	TGCT	2	8	26760	26767	0 %	50 %	25 %	25 %	294496835
55	NC_014017	GCTT	2	8	27616	27623	0 %	50 %	25 %	25 %	294496836
56	NC_014017	GCAG	2	8	27624	27631	25 %	0 %	50 %	25 %	294496836
57	NC_014017	TGCG	2	8	28210	28217	0 %	25 %	50 %	25 %	294496837
58	NC_014017	GGAA	2	8	28248	28255	50 %	0 %	50 %	0 %	294496837
59	NC_014017	AAAT	2	8	30001	30008	75 %	25 %	0 %	0 %	294496838
60	NC_014017	GTGA	2	8	30733	30740	25 %	25 %	50 %	0 %	294496839
61	NC_014017	AACC	2	8	31381	31388	50 %	0 %	0 %	50 %	294496840
62	NC_014017	ATTG	2	8	31452	31459	25 %	50 %	25 %	0 %	294496840
63	NC_014017	ACCC	2	8	32018	32025	25 %	0 %	0 %	75 %	294496841
64	NC_014017	ACCT	2	8	33831	33838	25 %	25 %	0 %	50 %	294496842
65	NC_014017	TTGC	2	8	34583	34590	0 %	50 %	25 %	25 %	294496843
66	NC_014017	AGCG	2	8	34793	34800	25 %	0 %	50 %	25 %	294496843
67	NC_014017	AGTC	2	8	34880	34887	25 %	25 %	25 %	25 %	294496843
68	NC_014017	TGGC	2	8	36204	36211	0 %	25 %	50 %	25 %	294496845
69	NC_014017	AGCG	2	8	36369	36376	25 %	0 %	50 %	25 %	294496845
70	NC_014017	TGAT	2	8	36794	36801	25 %	50 %	25 %	0 %	294496845
71	NC_014017	TGAT	2	8	36911	36918	25 %	50 %	25 %	0 %	294496845
72	NC_014017	TCGC	2	8	37136	37143	0 %	25 %	25 %	50 %	294496845
73	NC_014017	TTCT	2	8	37717	37724	0 %	75 %	0 %	25 %	294496846
74	NC_014017	AAAT	2	8	39518	39525	75 %	25 %	0 %	0 %	294496848
75	NC_014017	TTAT	2	8	40069	40076	25 %	75 %	0 %	0 %	294496849
76	NC_014017	GCTG	2	8	40381	40388	0 %	25 %	50 %	25 %	294496850
77	NC_014017	GAAG	2	8	40615	40622	50 %	0 %	50 %	0 %	294496851
78	NC_014017	AGTG	2	8	41155	41162	25 %	25 %	50 %	0 %	294496851
79	NC_014017	CACT	2	8	41643	41650	25 %	25 %	0 %	50 %	294496852
80	NC_014017	GGCT	2	8	41702	41709	0 %	25 %	50 %	25 %	294496852
81	NC_014017	CAGG	2	8	42291	42298	25 %	0 %	50 %	25 %	294496853
82	NC_014017	AGGT	2	8	42409	42416	25 %	25 %	50 %	0 %	294496853
83	NC_014017	TGGA	2	8	44621	44628	25 %	25 %	50 %	0 %	294496856
84	NC_014017	TCAT	2	8	45309	45316	25 %	50 %	0 %	25 %	294496857
85	NC_014017	CATA	2	8	45421	45428	50 %	25 %	0 %	25 %	294496857
86	NC_014017	GTAA	2	8	45916	45923	50 %	25 %	25 %	0 %	294496857
87	NC_014017	GGTC	2	8	47283	47290	0 %	25 %	50 %	25 %	294496858
88	NC_014017	CAGA	2	8	47368	47375	50 %	0 %	25 %	25 %	294496858
89	NC_014017	ATCC	2	8	48993	49000	25 %	25 %	0 %	50 %	294496859
90	NC_014017	ATTT	2	8	49093	49100	25 %	75 %	0 %	0 %	294496859
91	NC_014017	ATTT	2	8	49118	49125	25 %	75 %	0 %	0 %	294496859
92	NC_014017	CATC	2	8	51068	51075	25 %	25 %	0 %	50 %	294496860
93	NC_014017	CATC	2	8	54612	54619	25 %	25 %	0 %	50 %	294496862
94	NC_014017	GGTA	2	8	54789	54796	25 %	25 %	50 %	0 %	294496862
95	NC_014017	GCCA	2	8	56783	56790	25 %	0 %	25 %	50 %	294496863
96	NC_014017	CTGC	2	8	57032	57039	0 %	25 %	25 %	50 %	294496864
97	NC_014017	TGAC	2	8	57763	57770	25 %	25 %	25 %	25 %	294496865
98	NC_014017	TTAC	2	8	58918	58925	25 %	50 %	0 %	25 %	294496866
99	NC_014017	TTTC	2	8	59150	59157	0 %	75 %	0 %	25 %	294496866
100	NC_014017	CTTA	2	8	59478	59485	25 %	50 %	0 %	25 %	294496866
101	NC_014017	ACGT	2	8	60881	60888	25 %	25 %	25 %	25 %	294496867
102	NC_014017	AGCC	2	8	61326	61333	25 %	0 %	25 %	50 %	294496868
103	NC_014017	TGTC	2	8	61607	61614	0 %	50 %	25 %	25 %	294496868
104	NC_014017	AATG	2	8	62636	62643	50 %	25 %	25 %	0 %	294496868
105	NC_014017	AGGG	2	8	63499	63506	25 %	0 %	75 %	0 %	294496869
106	NC_014017	GAAA	2	8	64228	64235	75 %	0 %	25 %	0 %	294496870
107	NC_014017	ATTT	2	8	64571	64578	25 %	75 %	0 %	0 %	294496871
108	NC_014017	GGCT	2	8	65448	65455	0 %	25 %	50 %	25 %	294496872
109	NC_014017	GCAC	2	8	65549	65556	25 %	0 %	25 %	50 %	294496872
110	NC_014017	GGTC	2	8	65684	65691	0 %	25 %	50 %	25 %	294496872
111	NC_014017	CAGA	2	8	65769	65776	50 %	0 %	25 %	25 %	294496872
112	NC_014017	TCTT	2	8	66259	66266	0 %	75 %	0 %	25 %	294496873
113	NC_014017	AAGA	2	8	66281	66288	75 %	0 %	25 %	0 %	294496873
114	NC_014017	CGAT	2	8	67171	67178	25 %	25 %	25 %	25 %	294496874

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.