MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pMT

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008120	GTTCG	2	10	428	437	0 %	40 %	40 %	20 %	108793533
2	NC_008120	AAGGT	2	10	777	786	40 %	20 %	40 %	0 %	108793533
3	NC_008120	AGCGC	2	10	1177	1186	20 %	0 %	40 %	40 %	108793534
4	NC_008120	TCAAA	2	10	1815	1824	60 %	20 %	0 %	20 %	108793534
5	NC_008120	CAGAG	2	10	7501	7510	40 %	0 %	40 %	20 %	108793538
6	NC_008120	TTGTC	2	10	7899	7908	0 %	60 %	20 %	20 %	108793538
7	NC_008120	TGCGC	2	10	13801	13810	0 %	20 %	40 %	40 %	108793543
8	NC_008120	GGATG	2	10	18773	18782	20 %	20 %	60 %	0 %	108793546
9	NC_008120	ACCAG	2	10	19130	19139	40 %	0 %	20 %	40 %	108793547
10	NC_008120	TGAAC	2	10	19341	19350	40 %	20 %	20 %	20 %	108793547
11	NC_008120	CGGTA	2	10	21234	21243	20 %	20 %	40 %	20 %	108793551
12	NC_008120	CGACA	2	10	21802	21811	40 %	0 %	20 %	40 %	108793551
13	NC_008120	CGGCA	2	10	23049	23058	20 %	0 %	40 %	40 %	108793553
14	NC_008120	AGTGC	2	10	27458	27467	20 %	20 %	40 %	20 %	108793557
15	NC_008120	CTTCG	2	10	28391	28400	0 %	40 %	20 %	40 %	108793558
16	NC_008120	CGGAA	2	10	29275	29284	40 %	0 %	40 %	20 %	108793560
17	NC_008120	AACGG	2	10	29483	29492	40 %	0 %	40 %	20 %	108793560
18	NC_008120	TGCCC	2	10	34656	34665	0 %	20 %	20 %	60 %	108793568
19	NC_008120	AAATT	2	10	35795	35804	60 %	40 %	0 %	0 %	108793569
20	NC_008120	GACTG	2	10	37361	37370	20 %	20 %	40 %	20 %	108793571
21	NC_008120	CATTG	2	10	38049	38058	20 %	40 %	20 %	20 %	108793623
22	NC_008120	ACGTA	2	10	43850	43859	40 %	20 %	20 %	20 %	108793575
23	NC_008120	ACTTA	2	10	45519	45528	40 %	40 %	0 %	20 %	108793576
24	NC_008120	CAGCG	2	10	47906	47915	20 %	0 %	40 %	40 %	108793580
25	NC_008120	GTTCG	2	10	48344	48353	0 %	40 %	40 %	20 %	108793581
26	NC_008120	AAGGT	2	10	48693	48702	40 %	20 %	40 %	0 %	108793581
27	NC_008120	TCAAA	2	10	49725	49734	60 %	20 %	0 %	20 %	108793582
28	NC_008120	CCATT	2	10	50461	50470	20 %	40 %	0 %	40 %	108793583
29	NC_008120	GCGAT	2	10	56090	56099	20 %	20 %	40 %	20 %	108793589
30	NC_008120	CGCAG	2	10	59181	59190	20 %	0 %	40 %	40 %	108793591
31	NC_008120	GAAGA	2	10	61423	61432	60 %	0 %	40 %	0 %	108793592
32	NC_008120	TGAAC	2	10	62767	62776	40 %	20 %	20 %	20 %	108793593
33	NC_008120	TTTGA	2	10	64063	64072	20 %	60 %	20 %	0 %	108793594
34	NC_008120	GCGCT	2	10	64701	64710	0 %	20 %	40 %	40 %	108793594
35	NC_008120	ACCTT	2	10	65101	65110	20 %	40 %	0 %	40 %	108793595
36	NC_008120	CGAAC	2	10	65450	65459	40 %	0 %	20 %	40 %	108793595
37	NC_008120	ATCAG	2	10	67337	67346	40 %	20 %	20 %	20 %	108793599
38	NC_008120	AATTG	2	10	70865	70874	40 %	40 %	20 %	0 %	108793601
39	NC_008120	TAAAA	2	10	71942	71951	80 %	20 %	0 %	0 %	108793601
40	NC_008120	AACAA	2	10	78937	78946	80 %	0 %	0 %	20 %	108793606
41	NC_008120	AAAGA	2	10	85618	85627	80 %	0 %	20 %	0 %	108793613
42	NC_008120	CGCTT	2	10	88297	88306	0 %	40 %	20 %	40 %	108793615
43	NC_008120	TGATT	2	10	88711	88720	20 %	60 %	20 %	0 %	108793615
44	NC_008120	GGAAT	2	10	91365	91374	40 %	20 %	40 %	0 %	108793618
45	NC_008120	CCTCG	2	10	94801	94810	0 %	20 %	20 %	60 %	108793622
46	NC_008120	ACGGC	2	10	95238	95247	20 %	0 %	40 %	40 %	108793622

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.