MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Nepal516 plasmid pMT

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008118	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	108793733
2	NC_008118	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	108793733
3	NC_008118	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	108793733
4	NC_008118	GA	3	6	2327	2332	50 %	0 %	50 %	0 %	108793735
5	NC_008118	AT	3	6	2557	2562	50 %	50 %	0 %	0 %	108793735
6	NC_008118	TG	3	6	3012	3017	0 %	50 %	50 %	0 %	108793736
7	NC_008118	TG	3	6	3194	3199	0 %	50 %	50 %	0 %	108793736
8	NC_008118	AC	3	6	3534	3539	50 %	0 %	0 %	50 %	108793736
9	NC_008118	AC	3	6	3570	3575	50 %	0 %	0 %	50 %	108793736
10	NC_008118	AT	3	6	3693	3698	50 %	50 %	0 %	0 %	108793736
11	NC_008118	GC	3	6	5333	5338	0 %	0 %	50 %	50 %	108793736
12	NC_008118	CA	3	6	5960	5965	50 %	0 %	0 %	50 %	108793737
13	NC_008118	TC	3	6	6684	6689	0 %	50 %	0 %	50 %	108793738
14	NC_008118	AT	3	6	6695	6700	50 %	50 %	0 %	0 %	108793738
15	NC_008118	CG	3	6	7422	7427	0 %	0 %	50 %	50 %	108793738
16	NC_008118	CT	3	6	8538	8543	0 %	50 %	0 %	50 %	108793738
17	NC_008118	CG	3	6	8726	8731	0 %	0 %	50 %	50 %	108793738
18	NC_008118	AG	3	6	8922	8927	50 %	0 %	50 %	0 %	108793738
19	NC_008118	TG	3	6	10328	10333	0 %	50 %	50 %	0 %	108793738
20	NC_008118	GT	3	6	11822	11827	0 %	50 %	50 %	0 %	108793740
21	NC_008118	AC	3	6	13102	13107	50 %	0 %	0 %	50 %	108793741
22	NC_008118	CG	3	6	13474	13479	0 %	0 %	50 %	50 %	108793742
23	NC_008118	GA	3	6	15222	15227	50 %	0 %	50 %	0 %	108793743
24	NC_008118	AG	3	6	15472	15477	50 %	0 %	50 %	0 %	108793743
25	NC_008118	GA	3	6	16905	16910	50 %	0 %	50 %	0 %	108793743
26	NC_008118	AC	3	6	17588	17593	50 %	0 %	0 %	50 %	108793743
27	NC_008118	CA	3	6	19176	19181	50 %	0 %	0 %	50 %	108793746
28	NC_008118	GA	3	6	19264	19269	50 %	0 %	50 %	0 %	108793746
29	NC_008118	CT	3	6	20314	20319	0 %	50 %	0 %	50 %	108793748
30	NC_008118	AG	3	6	23173	23178	50 %	0 %	50 %	0 %	108793753
31	NC_008118	AT	3	6	25011	25016	50 %	50 %	0 %	0 %	108793756
32	NC_008118	AG	3	6	25262	25267	50 %	0 %	50 %	0 %	108793756
33	NC_008118	CG	4	8	25974	25981	0 %	0 %	50 %	50 %	108793756
34	NC_008118	GC	4	8	26069	26076	0 %	0 %	50 %	50 %	108793756
35	NC_008118	AT	3	6	26844	26849	50 %	50 %	0 %	0 %	108793757
36	NC_008118	CA	3	6	26952	26957	50 %	0 %	0 %	50 %	108793757
37	NC_008118	CG	3	6	27667	27672	0 %	0 %	50 %	50 %	108793757
38	NC_008118	CA	3	6	27720	27725	50 %	0 %	0 %	50 %	108793757
39	NC_008118	GT	3	6	28364	28369	0 %	50 %	50 %	0 %	108793758
40	NC_008118	CG	3	6	32621	32626	0 %	0 %	50 %	50 %	108793765
41	NC_008118	AG	3	6	33686	33691	50 %	0 %	50 %	0 %	108793765
42	NC_008118	GA	3	6	34240	34245	50 %	0 %	50 %	0 %	108793767
43	NC_008118	CG	3	6	34511	34516	0 %	0 %	50 %	50 %	108793768
44	NC_008118	TC	3	6	34558	34563	0 %	50 %	0 %	50 %	108793768
45	NC_008118	CA	3	6	38365	38370	50 %	0 %	0 %	50 %	108793772
46	NC_008118	AG	3	6	40300	40305	50 %	0 %	50 %	0 %	108793774
47	NC_008118	TG	3	6	40520	40525	0 %	50 %	50 %	0 %	108793774
48	NC_008118	GT	3	6	41618	41623	0 %	50 %	50 %	0 %	108793774
49	NC_008118	AG	3	6	42962	42967	50 %	0 %	50 %	0 %	108793775
50	NC_008118	AC	3	6	43914	43919	50 %	0 %	0 %	50 %	108793776
51	NC_008118	TC	3	6	45309	45314	0 %	50 %	0 %	50 %	108793777
52	NC_008118	TG	3	6	48608	48613	0 %	50 %	50 %	0 %	108793779
53	NC_008118	GT	3	6	49369	49374	0 %	50 %	50 %	0 %	108793781
54	NC_008118	CG	4	8	51783	51790	0 %	0 %	50 %	50 %	108793784
55	NC_008118	AG	3	6	51895	51900	50 %	0 %	50 %	0 %	108793784
56	NC_008118	CG	3	6	53029	53034	0 %	0 %	50 %	50 %	108793786
57	NC_008118	GA	3	6	53202	53207	50 %	0 %	50 %	0 %	108793786
58	NC_008118	GT	4	8	53820	53827	0 %	50 %	50 %	0 %	108793787
59	NC_008118	CA	3	6	54390	54395	50 %	0 %	0 %	50 %	108793787
60	NC_008118	GA	3	6	54857	54862	50 %	0 %	50 %	0 %	108793788
61	NC_008118	TA	3	6	55223	55228	50 %	50 %	0 %	0 %	108793788
62	NC_008118	CT	3	6	55769	55774	0 %	50 %	0 %	50 %	108793789
63	NC_008118	CA	3	6	56177	56182	50 %	0 %	0 %	50 %	108793789
64	NC_008118	CG	3	6	58025	58030	0 %	0 %	50 %	50 %	108793791
65	NC_008118	CT	3	6	58539	58544	0 %	50 %	0 %	50 %	108793791
66	NC_008118	GT	3	6	59314	59319	0 %	50 %	50 %	0 %	108793791
67	NC_008118	TC	3	6	60050	60055	0 %	50 %	0 %	50 %	108793791
68	NC_008118	TC	3	6	60219	60224	0 %	50 %	0 %	50 %	108793791
69	NC_008118	AC	3	6	60958	60963	50 %	0 %	0 %	50 %	108793792
70	NC_008118	GT	3	6	61306	61311	0 %	50 %	50 %	0 %	108793792
71	NC_008118	GA	3	6	61516	61521	50 %	0 %	50 %	0 %	108793792
72	NC_008118	TG	3	6	63786	63791	0 %	50 %	50 %	0 %	108793793
73	NC_008118	CT	3	6	63892	63897	0 %	50 %	0 %	50 %	108793793
74	NC_008118	TC	3	6	64894	64899	0 %	50 %	0 %	50 %	108793796
75	NC_008118	CG	3	6	65808	65813	0 %	0 %	50 %	50 %	108793795
76	NC_008118	GA	3	6	67161	67166	50 %	0 %	50 %	0 %	108793832
77	NC_008118	AT	3	6	67520	67525	50 %	50 %	0 %	0 %	108793832
78	NC_008118	TC	3	6	67699	67704	0 %	50 %	0 %	50 %	108793797
79	NC_008118	TC	3	6	67988	67993	0 %	50 %	0 %	50 %	108793797
80	NC_008118	AC	3	6	68333	68338	50 %	0 %	0 %	50 %	108793797
81	NC_008118	GT	3	6	69104	69109	0 %	50 %	50 %	0 %	108793797
82	NC_008118	CT	3	6	69991	69996	0 %	50 %	0 %	50 %	108793797
83	NC_008118	CA	3	6	70076	70081	50 %	0 %	0 %	50 %	108793797
84	NC_008118	AT	3	6	70508	70513	50 %	50 %	0 %	0 %	108793798
85	NC_008118	CT	3	6	70558	70563	0 %	50 %	0 %	50 %	108793798
86	NC_008118	AT	3	6	71267	71272	50 %	50 %	0 %	0 %	108793833
87	NC_008118	AT	3	6	71390	71395	50 %	50 %	0 %	0 %	108793833
88	NC_008118	AG	3	6	71633	71638	50 %	0 %	50 %	0 %	108793833
89	NC_008118	GA	3	6	75738	75743	50 %	0 %	50 %	0 %	108793803
90	NC_008118	CG	3	6	75852	75857	0 %	0 %	50 %	50 %	108793803
91	NC_008118	GA	4	8	76079	76086	50 %	0 %	50 %	0 %	108793803
92	NC_008118	CG	3	6	76525	76530	0 %	0 %	50 %	50 %	108793804
93	NC_008118	CG	3	6	77769	77774	0 %	0 %	50 %	50 %	108793806
94	NC_008118	CG	3	6	77919	77924	0 %	0 %	50 %	50 %	108793806
95	NC_008118	TA	3	6	78742	78747	50 %	50 %	0 %	0 %	108793834
96	NC_008118	CA	3	6	79454	79459	50 %	0 %	0 %	50 %	108793807
97	NC_008118	TC	3	6	83442	83447	0 %	50 %	0 %	50 %	108793810
98	NC_008118	TG	3	6	85127	85132	0 %	50 %	50 %	0 %	108793811
99	NC_008118	TA	3	6	85622	85627	50 %	50 %	0 %	0 %	108793811
100	NC_008118	GA	3	6	86175	86180	50 %	0 %	50 %	0 %	108793812
101	NC_008118	AG	3	6	87620	87625	50 %	0 %	50 %	0 %	108793814
102	NC_008118	AT	4	8	90252	90259	50 %	50 %	0 %	0 %	108793817
103	NC_008118	AT	3	6	91159	91164	50 %	50 %	0 %	0 %	108793817
104	NC_008118	CG	3	6	91388	91393	0 %	0 %	50 %	50 %	108793818
105	NC_008118	TC	4	8	91692	91699	0 %	50 %	0 %	50 %	108793818
106	NC_008118	GA	3	6	91992	91997	50 %	0 %	50 %	0 %	108793818
107	NC_008118	CA	3	6	92734	92739	50 %	0 %	0 %	50 %	108793819
108	NC_008118	GC	3	6	94386	94391	0 %	0 %	50 %	50 %	108793836
109	NC_008118	CA	3	6	95269	95274	50 %	0 %	0 %	50 %	108793820
110	NC_008118	GC	3	6	95416	95421	0 %	0 %	50 %	50 %	108793820
111	NC_008118	TG	3	6	95525	95530	0 %	50 %	50 %	0 %	108793821
112	NC_008118	GC	3	6	96214	96219	0 %	0 %	50 %	50 %	108793823
113	NC_008118	GC	3	6	96586	96591	0 %	0 %	50 %	50 %	108793823
114	NC_008118	CG	3	6	96614	96619	0 %	0 %	50 %	50 %	108793823
115	NC_008118	GC	3	6	99273	99278	0 %	0 %	50 %	50 %	108793826

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.