MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 plasmid pPCP

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017264	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
2	NC_017264	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384412694
3	NC_017264	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412694
4	NC_017264	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
5	NC_017264	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412694
6	NC_017264	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412694
7	NC_017264	AGC	2	6	960	965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412694
8	NC_017264	TGA	2	6	1015	1020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412694
9	NC_017264	CAT	2	6	1052	1057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412695
10	NC_017264	TGA	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412695
11	NC_017264	GAA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
12	NC_017264	TCA	2	6	1260	1265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
13	NC_017264	CGG	2	6	1304	1309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412696
14	NC_017264	CAG	3	9	1508	1516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
15	NC_017264	ACG	2	6	1564	1569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
16	NC_017264	TCA	2	6	1601	1606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412696
17	NC_017264	TGA	2	6	1608	1613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412696
18	NC_017264	GAA	2	6	1639	1644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412696
19	NC_017264	TTC	2	6	1654	1659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412696
20	NC_017264	GCA	2	6	1750	1755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412696
21	NC_017264	TGG	2	6	1903	1908	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017264	CGT	2	6	1934	1939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017264	TGA	2	6	1948	1953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017264	CAG	2	6	2086	2091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017264	ACA	2	6	2106	2111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017264	GAT	2	6	2231	2236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017264	GTT	2	6	2371	2376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017264	GTC	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017264	TGT	2	6	2526	2531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017264	TAC	2	6	2711	2716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017264	AAT	2	6	2789	2794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017264	ACA	3	9	2923	2931	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412697
33	NC_017264	CGA	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412697
34	NC_017264	GGC	2	6	3016	3021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412697
35	NC_017264	GAA	2	6	3050	3055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412697
36	NC_017264	GCG	2	6	3398	3403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017264	GCA	2	6	3868	3873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017264	GCA	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017264	AAG	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017264	CAG	2	6	4145	4150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017264	ATG	2	6	4157	4162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017264	TGC	2	6	4178	4183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017264	ATT	2	6	4299	4304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017264	ATC	2	6	4383	4388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412699
45	NC_017264	GAT	2	6	4578	4583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
46	NC_017264	TAA	2	6	4646	4651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412699
47	NC_017264	TAG	2	6	4715	4720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412699
48	NC_017264	TAT	2	6	4759	4764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412699
49	NC_017264	ATT	2	6	4784	4789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017264	CAA	2	6	4879	4884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
51	NC_017264	TAT	2	6	4885	4890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
52	NC_017264	CCT	2	6	5161	5166	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384412700
53	NC_017264	ATA	2	6	5180	5185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412700
54	NC_017264	CTA	2	6	5304	5309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412700
55	NC_017264	CAA	2	6	5377	5382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412700
56	NC_017264	ACG	2	6	5393	5398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412700
57	NC_017264	TTA	2	6	5472	5477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412700
58	NC_017264	ACC	2	6	5843	5848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384412700
59	NC_017264	TAA	2	6	5958	5963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017264	CGC	2	6	5969	5974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_017264	AAT	2	6	5990	5995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017264	GCA	2	6	6054	6059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412701
63	NC_017264	CTG	2	6	6158	6163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412701
64	NC_017264	GAA	2	6	6188	6193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412701
65	NC_017264	GAC	2	6	6537	6542	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017264	ATT	2	6	6559	6564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017264	ATT	2	6	6580	6585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017264	ATA	2	6	6614	6619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017264	GAA	2	6	6657	6662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
70	NC_017264	GCA	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
71	NC_017264	GAA	2	6	6824	6829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384412702
72	NC_017264	CAG	2	6	7106	7111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412702
73	NC_017264	GGT	2	6	7147	7152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384412702
74	NC_017264	TAA	2	6	7164	7169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384412702
75	NC_017264	ATT	2	6	7290	7295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
76	NC_017264	ATG	2	6	7328	7333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412702
77	NC_017264	TTA	2	6	7383	7388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384412702
78	NC_017264	ATG	2	6	7463	7468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384412702
79	NC_017264	AGG	2	6	7476	7481	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384412702
80	NC_017264	TGC	2	6	7533	7538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412702
81	NC_017264	CGG	2	6	7568	7573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384412702
82	NC_017264	TCC	2	6	7621	7626	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017264	GGA	2	6	7635	7640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017264	AGG	2	6	7652	7657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017264	TGT	2	6	7727	7732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017264	GCT	2	6	7893	7898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412703
87	NC_017264	CTG	2	6	7911	7916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412703
88	NC_017264	TTC	2	6	7966	7971	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412703
89	NC_017264	CAT	2	6	7975	7980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412703
90	NC_017264	ATC	2	6	8000	8005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384412703
91	NC_017264	CGA	2	6	8194	8199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384412704
92	NC_017264	TCT	2	6	8371	8376	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384412704
93	NC_017264	GTC	2	6	8391	8396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384412704
94	NC_017264	CAC	2	6	8526	8531	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017264	CAA	2	6	8577	8582	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017264	CCG	2	6	8596	8601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017264	TGG	2	6	8707	8712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017264	CAA	2	6	8791	8796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384412705
99	NC_017264	CAG	2	6	8856	8861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017264	CAA	2	6	9011	9016	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017264	TGC	2	6	9062	9067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017264	AAT	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017264	CCT	2	6	9366	9371	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_017264	CCA	2	6	9396	9401	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_017264	AGG	2	6	9420	9425	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017264	ATA	2	6	9561	9566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.