MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pPCY1

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017156	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
2	NC_017156	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
3	NC_017156	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124300
4	NC_017156	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
5	NC_017156	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124300
6	NC_017156	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124300
7	NC_017156	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
8	NC_017156	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
9	NC_017156	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124300
10	NC_017156	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
11	NC_017156	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
12	NC_017156	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
13	NC_017156	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124301
14	NC_017156	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
15	NC_017156	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
16	NC_017156	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
17	NC_017156	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124301
18	NC_017156	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
19	NC_017156	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124301
20	NC_017156	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
21	NC_017156	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017156	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017156	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017156	CAG	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017156	ACA	2	6	2116	2121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017156	GAT	2	6	2241	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017156	GTT	2	6	2381	2386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017156	GTC	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017156	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017156	TAC	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017156	AAT	2	6	2799	2804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017156	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017156	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017156	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017156	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017156	GCG	2	6	3408	3413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017156	GCA	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017156	GCA	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017156	AAG	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017156	CAG	2	6	4155	4160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017156	ATG	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017156	TGC	2	6	4188	4193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017156	ATT	2	6	4309	4314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017156	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124303
45	NC_017156	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
46	NC_017156	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124303
47	NC_017156	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
48	NC_017156	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
49	NC_017156	ATT	2	6	4795	4800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
50	NC_017156	CAA	2	6	4890	4895	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
51	NC_017156	TAT	2	6	4896	4901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
52	NC_017156	CCT	2	6	5172	5177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124304
53	NC_017156	ATA	2	6	5191	5196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124304
54	NC_017156	CTA	2	6	5315	5320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124304
55	NC_017156	CAA	2	6	5388	5393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
56	NC_017156	ACG	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124304
57	NC_017156	TTA	2	6	5483	5488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
58	NC_017156	ACC	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124304
59	NC_017156	TAA	2	6	5969	5974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017156	CGC	2	6	5980	5985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_017156	AAT	2	6	6001	6006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017156	GCA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124305
63	NC_017156	CTG	2	6	6169	6174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124305
64	NC_017156	GAA	2	6	6199	6204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124305
65	NC_017156	GAC	2	6	6548	6553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017156	ATT	2	6	6570	6575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017156	ATT	2	6	6591	6596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017156	ATA	2	6	6625	6630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017156	GAA	2	6	6668	6673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
70	NC_017156	GCA	2	6	6723	6728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
71	NC_017156	GAA	2	6	6835	6840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
72	NC_017156	CAG	2	6	7117	7122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
73	NC_017156	GGT	2	6	7158	7163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124306
74	NC_017156	TAA	2	6	7175	7180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124306
75	NC_017156	ATT	2	6	7301	7306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
76	NC_017156	ATG	2	6	7339	7344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
77	NC_017156	TTA	2	6	7394	7399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
78	NC_017156	ATG	2	6	7474	7479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
79	NC_017156	AGG	2	6	7487	7492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384124306
80	NC_017156	TGC	2	6	7544	7549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124306
81	NC_017156	CGG	2	6	7579	7584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124306
82	NC_017156	TCC	2	6	7632	7637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017156	GGA	2	6	7646	7651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017156	AGG	2	6	7663	7668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017156	TGT	2	6	7738	7743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017156	GCT	2	6	7904	7909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
87	NC_017156	CTG	2	6	7922	7927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
88	NC_017156	TTC	2	6	7977	7982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124307
89	NC_017156	CAT	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
90	NC_017156	ATC	2	6	8011	8016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
91	NC_017156	CGA	2	6	8205	8210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124308
92	NC_017156	TCT	2	6	8382	8387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124308
93	NC_017156	GTC	2	6	8402	8407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124308
94	NC_017156	CAC	2	6	8537	8542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017156	CAA	2	6	8588	8593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017156	CCG	2	6	8607	8612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017156	TGG	2	6	8718	8723	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017156	CAA	2	6	8802	8807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017156	CAG	2	6	8867	8872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017156	CAA	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017156	TGC	2	6	9073	9078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017156	AAT	2	6	9190	9195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017156	CCT	2	6	9377	9382	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_017156	CCA	2	6	9407	9412	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_017156	AGG	2	6	9431	9436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017156	ATA	2	6	9572	9577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.