MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pMT1

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017155	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384124223
2	NC_017155	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384124223
3	NC_017155	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	384124224
4	NC_017155	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	384124224
5	NC_017155	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	384124228
6	NC_017155	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	384124228
7	NC_017155	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	384124233
8	NC_017155	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	384124234
9	NC_017155	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	384124235
10	NC_017155	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	384124235
11	NC_017155	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	384124239
12	NC_017155	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	384124239
13	NC_017155	CGGCA	2	10	23047	23056	20 %	0 %	40 %	40 %	384124241
14	NC_017155	AGTGC	2	10	27456	27465	20 %	20 %	40 %	20 %	384124245
15	NC_017155	CTTCG	2	10	28389	28398	0 %	40 %	20 %	40 %	384124246
16	NC_017155	CGGAA	2	10	29273	29282	40 %	0 %	40 %	20 %	384124247
17	NC_017155	AACGG	2	10	29481	29490	40 %	0 %	40 %	20 %	384124247
18	NC_017155	TGCCC	2	10	34654	34663	0 %	20 %	20 %	60 %	384124253
19	NC_017155	AAATT	2	10	35793	35802	60 %	40 %	0 %	0 %	384124254
20	NC_017155	ATTTT	2	10	36025	36034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017155	TGTCG	2	10	36496	36505	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017155	CCCCT	2	10	36905	36914	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_017155	TCCCC	2	10	37053	37062	0 %	20 %	0 %	80 %	384124255
24	NC_017155	GACTG	2	10	39057	39066	20 %	20 %	40 %	20 %	384124257
25	NC_017155	CATTG	2	10	39745	39754	20 %	40 %	20 %	20 %	384124258
26	NC_017155	CGTCA	2	10	43479	43488	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017155	ACGTA	2	10	45547	45556	40 %	20 %	20 %	20 %	384124262
28	NC_017155	ACTTA	2	10	47216	47225	40 %	40 %	0 %	20 %	384124263
29	NC_017155	CAGCG	2	10	49603	49612	20 %	0 %	40 %	40 %	384124265
30	NC_017155	CCATT	2	10	50205	50214	20 %	40 %	0 %	40 %	384124267
31	NC_017155	GGGGT	2	10	55283	55292	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017155	GCTGC	2	10	55524	55533	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017155	GCGAT	2	10	55832	55841	20 %	20 %	40 %	20 %	384124272
34	NC_017155	CGCAG	2	10	58923	58932	20 %	0 %	40 %	40 %	384124274
35	NC_017155	GAAGA	2	10	61165	61174	60 %	0 %	40 %	0 %	384124275
36	NC_017155	TGAAC	2	10	62509	62518	40 %	20 %	20 %	20 %	384124276
37	NC_017155	ATCAG	2	10	65115	65124	40 %	20 %	20 %	20 %	384124277
38	NC_017155	AATTG	2	10	68642	68651	40 %	40 %	20 %	0 %	384124280
39	NC_017155	TAAAA	2	10	69719	69728	80 %	20 %	0 %	0 %	384124280
40	NC_017155	GGAAT	2	10	72383	72392	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017155	AACAA	2	10	76714	76723	80 %	0 %	0 %	20 %	384124286
42	NC_017155	GGTAA	2	10	79722	79731	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017155	CCGTT	2	10	80283	80292	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017155	AAAGA	2	10	83394	83403	80 %	0 %	20 %	0 %	384124291
45	NC_017155	CGCTT	2	10	86073	86082	0 %	40 %	20 %	40 %	384124293
46	NC_017155	TGATT	2	10	86487	86496	20 %	60 %	20 %	0 %	384124293
47	NC_017155	CTGCG	2	10	88018	88027	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017155	GGAAT	2	10	89141	89150	40 %	20 %	40 %	0 %	384124295
49	NC_017155	CTCTA	2	10	90417	90426	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017155	TGTCG	2	10	90622	90631	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017155	CTGTC	2	10	91432	91441	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017155	CCTCG	2	10	92577	92586	0 %	20 %	20 %	60 %	384124298
53	NC_017155	ACGGC	2	10	93014	93023	20 %	0 %	40 %	40 %	384124298

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.