MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pCD1

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003131	AACG	2	8	5	12	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_003131	TCGC	2	8	329	336	0 %	25 %	25 %	50 %	16082692
3	NC_003131	CATT	2	8	383	390	25 %	50 %	0 %	25 %	16082692
4	NC_003131	GCTG	2	8	896	903	0 %	25 %	50 %	25 %	16082692
5	NC_003131	CTCA	2	8	1391	1398	25 %	25 %	0 %	50 %	16082693
6	NC_003131	TCAG	2	8	1642	1649	25 %	25 %	25 %	25 %	16082693
7	NC_003131	CAGA	2	8	1841	1848	50 %	0 %	25 %	25 %	16082693
8	NC_003131	CTGG	2	8	2068	2075	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_003131	GTTC	2	8	2107	2114	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_003131	GTCA	2	8	2799	2806	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_003131	TAAG	2	8	3214	3221	50 %	25 %	25 %	0 %	16082696
12	NC_003131	ATTT	2	8	3614	3621	25 %	75 %	0 %	0 %	16082697
13	NC_003131	AGCC	2	8	3764	3771	25 %	0 %	25 %	50 %	16082697
14	NC_003131	GCAG	2	8	4196	4203	25 %	0 %	50 %	25 %	16082697
15	NC_003131	AGCC	2	8	4990	4997	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_003131	GGAT	2	8	5503	5510	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003131	AGAT	2	8	5565	5572	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003131	TAAA	2	8	6146	6153	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003131	AGAA	2	8	6275	6282	75 %	0 %	25 %	0 %	16082702
20	NC_003131	ACCA	2	8	6735	6742	50 %	0 %	0 %	50 %	16082702
21	NC_003131	TTCC	2	8	6988	6995	0 %	50 %	0 %	50 %	16082702
22	NC_003131	AAGC	2	8	7043	7050	50 %	0 %	25 %	25 %	16082702
23	NC_003131	AATT	2	8	7115	7122	50 %	50 %	0 %	0 %	16082702
24	NC_003131	GTCA	2	8	7316	7323	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
25	NC_003131	TCCA	2	8	7377	7384	25 %	25 %	0 %	50 %	16082703
26	NC_003131	GACT	2	8	7389	7396	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
27	NC_003131	GACT	2	8	7631	7638	25 %	25 %	25 %	25 %	16082703
28	NC_003131	ATCA	2	8	7898	7905	50 %	25 %	0 %	25 %	16082703
29	NC_003131	CCAT	2	8	7930	7937	25 %	25 %	0 %	50 %	16082703
30	NC_003131	TGGA	2	8	8070	8077	25 %	25 %	50 %	0 %	16082703
31	NC_003131	CTTT	2	8	8562	8569	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_003131	TCAG	2	8	8674	8681	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_003131	CCCT	2	8	9366	9373	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
34	NC_003131	GCCA	2	8	9703	9710	25 %	0 %	25 %	50 %	16082705
35	NC_003131	CTGC	2	8	9952	9959	0 %	25 %	25 %	50 %	16082706
36	NC_003131	CCGG	2	8	10379	10386	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_003131	TGTT	2	8	10447	10454	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003131	CGAC	2	8	11277	11284	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_003131	AACA	2	8	11966	11973	75 %	0 %	0 %	25 %	16082708
40	NC_003131	TATT	2	8	12032	12039	25 %	75 %	0 %	0 %	16082708
41	NC_003131	GGCG	2	8	13096	13103	0 %	0 %	75 %	25 %	16082709
42	NC_003131	CCAA	2	8	13758	13765	50 %	0 %	0 %	50 %	16082710
43	NC_003131	TTTG	2	8	13772	13779	0 %	75 %	25 %	0 %	16082710
44	NC_003131	TAAA	2	8	14859	14866	75 %	25 %	0 %	0 %	16082712
45	NC_003131	ATAA	2	8	15236	15243	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003131	TTAT	2	8	15404	15411	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003131	AATG	2	8	16185	16192	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003131	ATTT	2	8	16252	16259	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003131	CAAA	2	8	17612	17619	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_003131	ACAT	2	8	17621	17628	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_003131	TTAT	2	8	17676	17683	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003131	ATAA	2	8	17731	17738	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003131	CATT	2	8	18500	18507	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_003131	TTAA	2	8	19266	19273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003131	TCAA	2	8	19349	19356	50 %	25 %	0 %	25 %	16082716
56	NC_003131	CTGT	2	8	20189	20196	0 %	50 %	25 %	25 %	16082716
57	NC_003131	GCTT	2	8	20432	20439	0 %	50 %	25 %	25 %	16082717
58	NC_003131	AGCC	2	8	20930	20937	25 %	0 %	25 %	50 %	16082717
59	NC_003131	CTTG	2	8	20970	20977	0 %	50 %	25 %	25 %	16082717
60	NC_003131	AAGC	2	8	21135	21142	50 %	0 %	25 %	25 %	16082717
61	NC_003131	TGGC	2	8	21254	21261	0 %	25 %	50 %	25 %	16082717
62	NC_003131	AGGA	2	8	21867	21874	50 %	0 %	50 %	0 %	16082718
63	NC_003131	TGAA	2	8	21987	21994	50 %	25 %	25 %	0 %	16082719
64	NC_003131	GTTG	2	8	22636	22643	0 %	50 %	50 %	0 %	16082719
65	NC_003131	GAGC	2	8	23365	23372	25 %	0 %	50 %	25 %	16082721
66	NC_003131	TAAT	2	8	24198	24205	50 %	50 %	0 %	0 %	16082722
67	NC_003131	CACG	2	8	24456	24463	25 %	0 %	25 %	50 %	16082722
68	NC_003131	ATCA	2	8	24670	24677	50 %	25 %	0 %	25 %	16082722
69	NC_003131	CTTT	2	8	25250	25257	0 %	75 %	0 %	25 %	16082722
70	NC_003131	AACC	2	8	26073	26080	50 %	0 %	0 %	50 %	16082723
71	NC_003131	GACT	2	8	26219	26226	25 %	25 %	25 %	25 %	16082724
72	NC_003131	GCTT	2	8	26331	26338	0 %	50 %	25 %	25 %	16082724
73	NC_003131	ACTC	2	8	26856	26863	25 %	25 %	0 %	50 %	16082725
74	NC_003131	ATCG	2	8	26893	26900	25 %	25 %	25 %	25 %	16082726
75	NC_003131	TCAC	2	8	27171	27178	25 %	25 %	0 %	50 %	16082727
76	NC_003131	GGTA	2	8	27382	27389	25 %	25 %	50 %	0 %	16082727
77	NC_003131	TCAC	2	8	27675	27682	25 %	25 %	0 %	50 %	16082727
78	NC_003131	GTAG	2	8	28231	28238	25 %	25 %	50 %	0 %	16082728
79	NC_003131	TTAC	2	8	28329	28336	25 %	50 %	0 %	25 %	16082728
80	NC_003131	GGGT	2	8	28478	28485	0 %	25 %	75 %	0 %	16082728
81	NC_003131	TGCT	2	8	28718	28725	0 %	50 %	25 %	25 %	16082728
82	NC_003131	GCTT	2	8	29574	29581	0 %	50 %	25 %	25 %	16082729
83	NC_003131	GCAG	2	8	29582	29589	25 %	0 %	50 %	25 %	16082729
84	NC_003131	TGCG	2	8	30168	30175	0 %	25 %	50 %	25 %	16082730
85	NC_003131	GGAA	2	8	30206	30213	50 %	0 %	50 %	0 %	16082730
86	NC_003131	AAAT	2	8	31959	31966	75 %	25 %	0 %	0 %	16082731
87	NC_003131	GTGA	2	8	32691	32698	25 %	25 %	50 %	0 %	16082732
88	NC_003131	AACC	2	8	33339	33346	50 %	0 %	0 %	50 %	16082734
89	NC_003131	ATTG	2	8	33410	33417	25 %	50 %	25 %	0 %	16082734
90	NC_003131	ACCC	2	8	33976	33983	25 %	0 %	0 %	75 %	16082735
91	NC_003131	TGTT	2	8	35351	35358	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003131	GAAA	2	8	35396	35403	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003131	AGGG	2	8	35579	35586	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003131	ACCT	2	8	35789	35796	25 %	25 %	0 %	50 %	16082736
95	NC_003131	CGCA	2	8	36036	36043	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_003131	TTGC	2	8	36541	36548	0 %	50 %	25 %	25 %	16082737
97	NC_003131	AGCG	2	8	36751	36758	25 %	0 %	50 %	25 %	16082737
98	NC_003131	AGTC	2	8	36838	36845	25 %	25 %	25 %	25 %	16082737
99	NC_003131	TTAT	2	8	37278	37285	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003131	TGGC	2	8	38162	38169	0 %	25 %	50 %	25 %	16082740
101	NC_003131	AGCG	2	8	38327	38334	25 %	0 %	50 %	25 %	16082740
102	NC_003131	TGAT	2	8	38752	38759	25 %	50 %	25 %	0 %	16082740
103	NC_003131	TGAT	2	8	38869	38876	25 %	50 %	25 %	0 %	16082740
104	NC_003131	TCGC	2	8	39094	39101	0 %	25 %	25 %	50 %	16082740
105	NC_003131	TTCT	2	8	39675	39682	0 %	75 %	0 %	25 %	16082741
106	NC_003131	TTCT	2	8	39951	39958	0 %	75 %	0 %	25 %	16082741
107	NC_003131	ACTA	2	8	40896	40903	50 %	25 %	0 %	25 %	16082742
108	NC_003131	AAAT	2	8	41020	41027	75 %	25 %	0 %	0 %	16082742
109	NC_003131	CAAA	2	8	41114	41121	75 %	0 %	0 %	25 %	16082743
110	NC_003131	AAAT	2	8	41476	41483	75 %	25 %	0 %	0 %	16082744
111	NC_003131	TTAT	2	8	42027	42034	25 %	75 %	0 %	0 %	16082745
112	NC_003131	GCTG	2	8	42339	42346	0 %	25 %	50 %	25 %	16082746
113	NC_003131	GAAG	2	8	42573	42580	50 %	0 %	50 %	0 %	16082747
114	NC_003131	AGTG	2	8	43113	43120	25 %	25 %	50 %	0 %	16082747
115	NC_003131	CACT	2	8	43601	43608	25 %	25 %	0 %	50 %	16082748
116	NC_003131	GGCT	2	8	43660	43667	0 %	25 %	50 %	25 %	16082748
117	NC_003131	CAGG	2	8	44249	44256	25 %	0 %	50 %	25 %	16082749
118	NC_003131	AGGT	2	8	44367	44374	25 %	25 %	50 %	0 %	16082749
119	NC_003131	ATAA	2	8	44637	44644	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003131	TGTC	2	8	45658	45665	0 %	50 %	25 %	25 %	16082751
121	NC_003131	TGGA	2	8	46579	46586	25 %	25 %	50 %	0 %	16082753
122	NC_003131	TACA	2	8	46624	46631	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_003131	GACG	2	8	46760	46767	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_003131	TTAT	2	8	46783	46790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003131	TTTA	2	8	47092	47099	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003131	AATA	2	8	47108	47115	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003131	TCAT	2	8	47267	47274	25 %	50 %	0 %	25 %	16082755
128	NC_003131	CATA	2	8	47379	47386	50 %	25 %	0 %	25 %	16082755
129	NC_003131	GTAA	2	8	47874	47881	50 %	25 %	25 %	0 %	16082755
130	NC_003131	TTAA	2	8	48539	48546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003131	GCTG	2	8	48852	48859	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_003131	CGGA	2	8	49018	49025	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_003131	GGTC	2	8	49241	49248	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_003131	CAGA	2	8	49326	49333	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_003131	GGGA	2	8	49647	49654	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003131	CTTT	2	8	49976	49983	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_003131	CAGG	2	8	50119	50126	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_003131	AGAA	2	8	50161	50168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003131	ATCC	2	8	50951	50958	25 %	25 %	0 %	50 %	16082759
140	NC_003131	ATTT	2	8	51051	51058	25 %	75 %	0 %	0 %	16082759
141	NC_003131	ATTT	2	8	51076	51083	25 %	75 %	0 %	0 %	16082759
142	NC_003131	CATC	2	8	53026	53033	25 %	25 %	0 %	50 %	16082760
143	NC_003131	CCCT	2	8	54667	54674	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
144	NC_003131	GGGC	2	8	55917	55924	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
145	NC_003131	TTAT	3	12	55963	55974	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003131	CATC	2	8	56575	56582	25 %	25 %	0 %	50 %	16082764
147	NC_003131	GGTA	2	8	56752	56759	25 %	25 %	50 %	0 %	16082764
148	NC_003131	GCCA	2	8	57388	57395	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_003131	CACT	2	8	57424	57431	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_003131	TCTG	2	8	57521	57528	0 %	50 %	25 %	25 %	16082766
151	NC_003131	TGAA	2	8	57581	57588	50 %	25 %	25 %	0 %	16082766
152	NC_003131	CAGT	2	8	57874	57881	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_003131	ATCC	2	8	58101	58108	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_003131	GCCA	2	8	58746	58753	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
155	NC_003131	CTGC	2	8	58995	59002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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157	NC_003131	GCAG	2	8	60191	60198	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NC_003131	TTAC	2	8	60881	60888	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_003131	TTTC	2	8	61113	61120	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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165	NC_003131	AATG	2	8	64599	64606	50 %	25 %	25 %	0 %	16082773
166	NC_003131	CCTG	2	8	65176	65183	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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171	NC_003131	ACAA	2	8	66836	66843	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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176	NC_003131	GGGA	2	8	68053	68060	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_003131	CGAT	2	8	69134	69141	25 %	25 %	25 %	25 %	16082779
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182	NC_003131	CGCC	2	8	70285	70292	0 %	0 %	25 %	75 %	16082780

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.