MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Xylella fastidiosa 9a5c chromosome

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002488	GCCTTT	2	12	7879	7890	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_002488	CATCAG	2	12	23138	23149	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_002488	TGCAAT	2	12	34439	34450	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_002488	AAATAA	2	12	50463	50474	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002488	TTTTGA	2	12	65022	65033	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002488	ATGTGC	2	12	65702	65713	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_002488	ACACTG	2	12	67304	67315	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_002488	TGAAAT	2	12	70558	70569	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_002488	TTTATT	2	12	90001	90012	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002488	TTCTGG	2	12	98244	98255	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_002488	AAATTT	2	12	116171	116182	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002488	AGAACA	2	12	154517	154528	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_002488	ACACTG	2	12	173020	173031	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_002488	TGAAAT	2	12	176274	176285	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002488	ATTTTT	2	12	189754	189765	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002488	TGTGTA	2	12	191587	191598	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002488	GCAAGT	2	12	201641	201652	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_002488	TGCTTG	2	12	204324	204335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_002488	GTCATC	2	12	213970	213981	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_002488	CCGTTG	2	12	217524	217535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_002488	CTTTGC	2	12	227165	227176	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_002488	TGTGGG	2	12	283879	283890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002488	GATAGG	2	12	300745	300756	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002488	GCAGTG	2	12	304759	304770	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_002488	ACACGT	2	12	311245	311256	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_002488	GGAGCC	2	12	314172	314183	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_002488	GCCGTC	2	12	315267	315278	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_002488	CGCATT	2	12	342336	342347	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_002488	CAAAGC	2	12	342653	342664	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_002488	ATATTG	2	12	344004	344015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002488	GCGATA	2	12	373099	373110	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_002488	CTGATT	2	12	403606	403617	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_002488	GAGTCA	2	12	405796	405807	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_002488	AAAGTA	2	12	450784	450795	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002488	ATTTTT	2	12	455510	455521	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002488	GAGTGG	2	12	456485	456496	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002488	GTGAGA	2	12	465693	465704	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002488	GTATTG	2	12	465949	465960	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002488	GCAGGC	2	12	486396	486407	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_002488	TGCATT	2	12	545656	545667	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_002488	ATGGAA	2	12	554775	554786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002488	AGCAAT	2	12	603714	603725	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_002488	GCTGGT	2	12	658936	658947	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_002488	CAGCGG	2	12	661269	661280	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_002488	CCTGCC	2	12	661547	661558	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_002488	CAATTG	2	12	669453	669464	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_002488	ATCACC	2	12	682644	682655	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_002488	TTTGTG	2	12	694838	694849	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002488	TTCGTG	2	12	725127	725138	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_002488	ATATCT	2	12	738687	738698	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_002488	TTGATG	2	12	867425	867436	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002488	GCCAAG	2	12	869221	869232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_002488	ATCTTA	2	12	933060	933071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_002488	CTGCAA	2	12	962316	962327	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_002488	AGGGGG	2	12	972956	972967	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002488	CCTATG	2	12	980365	980376	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_002488	AGGGGG	2	12	987326	987337	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002488	TTGGTG	2	12	1000035	1000046	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002488	TGGTTG	2	12	1012360	1012371	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002488	AACTGC	2	12	1051892	1051903	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_002488	GGGTCA	2	12	1108372	1108383	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_002488	ATAGAG	2	12	1128351	1128362	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002488	TATAGG	2	12	1131320	1131331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002488	AGCTAT	2	12	1135105	1135116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_002488	TGTTCA	2	12	1142382	1142393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_002488	TATGGG	2	12	1153641	1153652	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002488	TTACTT	2	12	1164497	1164508	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_002488	CTGTTT	2	12	1182468	1182479	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_002488	GCCAGG	2	12	1182688	1182699	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_002488	CTTTTT	2	12	1257824	1257835	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_002488	TGCTTT	2	12	1258072	1258083	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002488	TAGACA	2	12	1283147	1283158	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_002488	GATGCA	2	12	1327513	1327524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_002488	CATTGG	2	12	1347329	1347340	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_002488	TATCAA	2	12	1365046	1365057	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_002488	GTGTTG	2	12	1371588	1371599	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002488	TTCACT	4	24	1381766	1381789	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_002488	GACTAT	2	12	1404076	1404087	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_002488	TCAGTT	2	12	1438296	1438307	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_002488	AATATA	2	12	1501801	1501812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002488	TTCTTG	2	12	1505369	1505380	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_002488	TCGGAC	4	24	1557912	1557935	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_002488	CGTTGC	2	12	1561316	1561327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_002488	TTTCTA	2	12	1570722	1570733	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_002488	GTTTGT	2	12	1575791	1575802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002488	TCTGAC	2	12	1575859	1575870	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_002488	ATTCAA	2	12	1579105	1579116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_002488	GCAGCC	2	12	1648989	1649000	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_002488	GCTTGA	2	12	1681452	1681463	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_002488	CGGTAG	2	12	1705789	1705800	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_002488	CGCTGG	2	12	1713861	1713872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_002488	ATTTGA	2	12	1730756	1730767	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002488	TAATGA	2	12	1748139	1748150	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002488	TAGGGG	2	12	1759167	1759178	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002488	GCTGGT	2	12	1769403	1769414	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_002488	AACGCC	2	12	1776576	1776587	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_002488	CAAAAA	2	12	1790244	1790255	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_002488	GCAGAT	2	12	1816803	1816814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_002488	TAACTT	2	12	1826954	1826965	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_002488	CATCGC	2	12	1830888	1830899	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_002488	ATCGGC	2	12	1831198	1831209	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_002488	CTGTGG	2	12	1831988	1831999	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_002488	CGCCAA	2	12	1834678	1834689	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_002488	TGTACG	2	12	1844552	1844563	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_002488	GGCATA	2	12	1866507	1866518	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_002488	CAACAC	2	12	1874047	1874058	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_002488	GACGCT	2	12	1881758	1881769	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_002488	TCACTT	2	12	1883311	1883322	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_002488	TTATCG	2	12	1895032	1895043	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_002488	GAAGCA	2	12	1913258	1913269	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_002488	GTCCGA	2	12	1913945	1913956	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_002488	TCAAAT	2	12	1914630	1914641	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_002488	CGTGAC	2	12	1956469	1956480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_002488	CTTGCG	2	12	1965637	1965648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_002488	TTATTT	2	12	2006586	2006597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_002488	GGCAAT	2	12	2013545	2013556	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_002488	GTTTGG	2	12	2024430	2024441	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002488	TTACTG	2	12	2039568	2039579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_002488	AAATTA	2	12	2042419	2042430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002488	AATTAA	2	12	2042496	2042507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_002488	TCATAT	2	12	2051910	2051921	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_002488	AAAAGC	2	12	2059742	2059753	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_002488	CAGCAA	2	12	2113988	2113999	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_002488	ACAGGC	2	12	2114203	2114214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_002488	GAAACA	2	12	2139039	2139050	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_002488	AGATAT	2	12	2161150	2161161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002488	TGTTGA	2	12	2168480	2168491	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002488	TTAGTT	2	12	2192877	2192888	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002488	TCATCG	2	12	2205535	2205546	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_002488	ATGCAA	2	12	2208472	2208483	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_002488	CAAAAT	2	12	2229692	2229703	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_002488	AAAGGA	2	12	2271501	2271512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_002488	GCTTTT	2	12	2309931	2309942	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_002488	CACCGA	9	54	2348578	2348631	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
135	NC_002488	ATTGCG	2	12	2352309	2352320	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_002488	TGTTGG	2	12	2352582	2352593	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_002488	ACACCC	2	12	2392244	2392255	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_002488	AAAGAG	2	12	2414566	2414577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002488	CACCGG	2	12	2423669	2423680	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
140	NC_002488	ACCACG	2	12	2435450	2435461	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
141	NC_002488	CAAAAA	2	12	2501808	2501819	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_002488	GCGAAA	2	12	2577309	2577320	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_002488	TCACAA	2	12	2579350	2579361	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_002488	ATGCCC	2	12	2597777	2597788	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
145	NC_002488	CCTTGC	2	12	2613898	2613909	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
146	NC_002488	CCCTCC	2	12	2624669	2624680	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
147	NC_002488	GGTGGC	2	12	2660440	2660451	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.