MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa GB514 plasmid unnamed

Total Repeats: 371

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017561	CCG	2	6	827	832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085389
2	NC_017561	CCA	2	6	902	907	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085389
3	NC_017561	CGC	2	6	924	929	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085389
4	NC_017561	GAC	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085389
5	NC_017561	C	6	6	991	996	0 %	0 %	0 %	100 %	386085389
6	NC_017561	ACC	2	6	1024	1029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085389
7	NC_017561	ACGA	2	8	1135	1142	50 %	0 %	25 %	25 %	386085389
8	NC_017561	TGCT	2	8	1209	1216	0 %	50 %	25 %	25 %	386085389
9	NC_017561	AGGGG	2	10	1245	1254	20 %	0 %	80 %	0 %	386085389
10	NC_017561	G	6	6	1251	1256	0 %	0 %	100 %	0 %	386085389
11	NC_017561	TGA	2	6	1391	1396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085389
12	NC_017561	CTT	2	6	1424	1429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085389
13	NC_017561	ATC	2	6	1534	1539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085389
14	NC_017561	CAT	2	6	1556	1561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085389
15	NC_017561	CGT	2	6	1562	1567	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085389
16	NC_017561	G	6	6	1571	1576	0 %	0 %	100 %	0 %	386085389
17	NC_017561	TCG	2	6	1627	1632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085389
18	NC_017561	CAG	2	6	1674	1679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085389
19	NC_017561	TGT	2	6	1688	1693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085389
20	NC_017561	ATG	2	6	1723	1728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085389
21	NC_017561	TCA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085389
22	NC_017561	AGC	2	6	1759	1764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085389
23	NC_017561	AAG	2	6	1824	1829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085389
24	NC_017561	CTG	2	6	1830	1835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085389
25	NC_017561	A	8	8	1836	1843	100 %	0 %	0 %	0 %	386085389
26	NC_017561	CGAA	2	8	1994	2001	50 %	0 %	25 %	25 %	386085389
27	NC_017561	GCT	2	6	2178	2183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085389
28	NC_017561	ATG	2	6	2203	2208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085389
29	NC_017561	TCA	2	6	2257	2262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085389
30	NC_017561	CAG	2	6	2347	2352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085389
31	NC_017561	CCT	2	6	2393	2398	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386085389
32	NC_017561	ACC	2	6	2461	2466	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085389
33	NC_017561	GAA	2	6	2559	2564	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085389
34	NC_017561	A	6	6	2566	2571	100 %	0 %	0 %	0 %	386085389
35	NC_017561	ATGG	2	8	2596	2603	25 %	25 %	50 %	0 %	386085389
36	NC_017561	ATC	2	6	2610	2615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085389
37	NC_017561	GTA	2	6	2630	2635	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085389
38	NC_017561	CGC	2	6	2656	2661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085389
39	NC_017561	GCA	2	6	2710	2715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085389
40	NC_017561	ATG	2	6	2722	2727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085389
41	NC_017561	CAGG	2	8	2741	2748	25 %	0 %	50 %	25 %	386085389
42	NC_017561	CTT	2	6	2790	2795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085389
43	NC_017561	GCG	2	6	2834	2839	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386085389
44	NC_017561	T	6	6	2990	2995	0 %	100 %	0 %	0 %	386085390
45	NC_017561	T	6	6	3028	3033	0 %	100 %	0 %	0 %	386085390
46	NC_017561	GAA	2	6	3035	3040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085390
47	NC_017561	AAC	2	6	3041	3046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085390
48	NC_017561	GTC	2	6	3057	3062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085390
49	NC_017561	ATG	2	6	3075	3080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085390
50	NC_017561	TGGA	2	8	3165	3172	25 %	25 %	50 %	0 %	386085390
51	NC_017561	TCA	2	6	3225	3230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085390
52	NC_017561	A	7	7	3315	3321	100 %	0 %	0 %	0 %	386085390
53	NC_017561	ATCA	2	8	3404	3411	50 %	25 %	0 %	25 %	386085390
54	NC_017561	CGT	2	6	3425	3430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085390
55	NC_017561	GCC	2	6	3446	3451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085390
56	NC_017561	A	6	6	3491	3496	100 %	0 %	0 %	0 %	386085390
57	NC_017561	TCA	2	6	3555	3560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085390
58	NC_017561	GCAG	2	8	3668	3675	25 %	0 %	50 %	25 %	386085390
59	NC_017561	GCA	2	6	3679	3684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085390
60	NC_017561	CTT	2	6	3746	3751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085390
61	NC_017561	GA	3	6	3793	3798	50 %	0 %	50 %	0 %	386085390
62	NC_017561	GCCTG	2	10	3857	3866	0 %	20 %	40 %	40 %	386085390
63	NC_017561	CAT	2	6	3979	3984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085390
64	NC_017561	CAA	2	6	3986	3991	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085390
65	NC_017561	TCACG	2	10	4013	4022	20 %	20 %	20 %	40 %	386085391
66	NC_017561	CCA	2	6	4025	4030	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085391
67	NC_017561	ACC	2	6	4057	4062	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085391
68	NC_017561	GGGA	2	8	4068	4075	25 %	0 %	75 %	0 %	386085391
69	NC_017561	TTGA	2	8	4143	4150	25 %	50 %	25 %	0 %	386085391
70	NC_017561	ATG	2	6	4225	4230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085391
71	NC_017561	CA	3	6	4354	4359	50 %	0 %	0 %	50 %	386085391
72	NC_017561	TCAA	2	8	4426	4433	50 %	25 %	0 %	25 %	386085391
73	NC_017561	GTT	2	6	4461	4466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085391
74	NC_017561	CGT	2	6	4497	4502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085391
75	NC_017561	GCT	2	6	4658	4663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085391
76	NC_017561	GCC	2	6	4690	4695	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085391
77	NC_017561	TGC	3	9	4717	4725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085391
78	NC_017561	GAA	2	6	4735	4740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085391
79	NC_017561	GTG	2	6	4841	4846	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386085391
80	NC_017561	TGC	3	9	4858	4866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085391
81	NC_017561	GCA	2	6	4897	4902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085391
82	NC_017561	GCA	2	6	4906	4911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085391
83	NC_017561	CTT	2	6	4949	4954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085391
84	NC_017561	TTC	2	6	4977	4982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085391
85	NC_017561	CTT	3	9	4989	4997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085391
86	NC_017561	TCAA	2	8	5017	5024	50 %	25 %	0 %	25 %	386085391
87	NC_017561	ATT	2	6	5043	5048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386085391
88	NC_017561	GATG	2	8	5098	5105	25 %	25 %	50 %	0 %	386085391
89	NC_017561	CCA	2	6	5141	5146	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085391
90	NC_017561	ACCAA	2	10	5167	5176	60 %	0 %	0 %	40 %	386085391
91	NC_017561	AATC	2	8	5282	5289	50 %	25 %	0 %	25 %	386085391
92	NC_017561	GC	3	6	5411	5416	0 %	0 %	50 %	50 %	386085392
93	NC_017561	GTTT	2	8	5451	5458	0 %	75 %	25 %	0 %	386085392
94	NC_017561	CAA	2	6	5483	5488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085392
95	NC_017561	GAA	2	6	5506	5511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085392
96	NC_017561	GAA	2	6	5516	5521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085392
97	NC_017561	TCG	2	6	5571	5576	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085392
98	NC_017561	GCG	2	6	5580	5585	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386085392
99	NC_017561	CAC	2	6	5608	5613	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085392
100	NC_017561	T	6	6	5641	5646	0 %	100 %	0 %	0 %	386085392
101	NC_017561	GCA	2	6	5658	5663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085392
102	NC_017561	GTTT	2	8	5788	5795	0 %	75 %	25 %	0 %	386085392
103	NC_017561	TCT	2	6	5824	5829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085392
104	NC_017561	TGT	2	6	5848	5853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085392
105	NC_017561	CAA	2	6	5897	5902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085392
106	NC_017561	GT	3	6	5970	5975	0 %	50 %	50 %	0 %	386085392
107	NC_017561	AGA	2	6	5987	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085392
108	NC_017561	TTG	2	6	5994	5999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085392
109	NC_017561	T	6	6	6074	6079	0 %	100 %	0 %	0 %	386085392
110	NC_017561	TGC	2	6	6146	6151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085393
111	NC_017561	TCA	2	6	6156	6161	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085393
112	NC_017561	TTGAA	2	10	6170	6179	40 %	40 %	20 %	0 %	386085393
113	NC_017561	AGT	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085393
114	NC_017561	ATTGA	2	10	6412	6421	40 %	40 %	20 %	0 %	386085393
115	NC_017561	CCAA	2	8	6471	6478	50 %	0 %	0 %	50 %	386085393
116	NC_017561	TTG	2	6	6482	6487	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085393
117	NC_017561	ACT	2	6	6488	6493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085393
118	NC_017561	AGT	2	6	6535	6540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085393
119	NC_017561	CCA	2	6	6603	6608	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085393
120	NC_017561	GCT	2	6	6719	6724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085393
121	NC_017561	TGCT	2	8	6769	6776	0 %	50 %	25 %	25 %	386085393
122	NC_017561	TGT	2	6	7806	7811	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085394
123	NC_017561	CAA	2	6	8016	8021	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085394
124	NC_017561	GAT	2	6	8028	8033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085394
125	NC_017561	TAG	2	6	8189	8194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085395
126	NC_017561	CTG	2	6	8218	8223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085395
127	NC_017561	TGA	2	6	8375	8380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085395
128	NC_017561	AAC	2	6	8401	8406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085396
129	NC_017561	CTC	2	6	8435	8440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386085396
130	NC_017561	CGG	2	6	8443	8448	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386085396
131	NC_017561	GCC	2	6	8565	8570	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085396
132	NC_017561	AATC	2	8	8584	8591	50 %	25 %	0 %	25 %	386085396
133	NC_017561	TGC	2	6	8725	8730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085396
134	NC_017561	TTC	2	6	8754	8759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085396
135	NC_017561	TGC	2	6	8883	8888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085396
136	NC_017561	CTG	2	6	8903	8908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085396
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249	NC_017561	AAGC	2	8	18153	18160	50 %	0 %	25 %	25 %	386085409
250	NC_017561	AG	3	6	18194	18199	50 %	0 %	50 %	0 %	386085409
251	NC_017561	CG	3	6	18207	18212	0 %	0 %	50 %	50 %	386085409
252	NC_017561	GC	3	6	18263	18268	0 %	0 %	50 %	50 %	386085409
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256	NC_017561	GGA	2	6	18926	18931	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386085410
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260	NC_017561	TGG	2	6	19240	19245	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386085411
261	NC_017561	GTA	2	6	19275	19280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085411
262	NC_017561	TGG	2	6	19312	19317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386085411
263	NC_017561	GTT	2	6	19327	19332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085411
264	NC_017561	CCA	2	6	19550	19555	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085412
265	NC_017561	GATGTA	2	12	19602	19613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085412
266	NC_017561	T	6	6	19635	19640	0 %	100 %	0 %	0 %	386085412
267	NC_017561	CGAAA	2	10	19712	19721	60 %	0 %	20 %	20 %	386085412
268	NC_017561	TGC	2	6	19763	19768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085412
269	NC_017561	GTT	2	6	19774	19779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085412
270	NC_017561	CAT	2	6	19808	19813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085412
271	NC_017561	GCA	2	6	19884	19889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085412
272	NC_017561	GCT	2	6	19966	19971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085413
273	NC_017561	T	6	6	20022	20027	0 %	100 %	0 %	0 %	386085413
274	NC_017561	AAT	2	6	20075	20080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386085413
275	NC_017561	ACC	2	6	20255	20260	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085413
276	NC_017561	AC	3	6	20266	20271	50 %	0 %	0 %	50 %	386085413
277	NC_017561	AATA	2	8	20276	20283	75 %	25 %	0 %	0 %	386085413
278	NC_017561	TTCC	2	8	20286	20293	0 %	50 %	0 %	50 %	386085413
279	NC_017561	CAA	2	6	20371	20376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386085413
280	NC_017561	TTCC	2	8	20383	20390	0 %	50 %	0 %	50 %	386085413
281	NC_017561	TCA	2	6	20395	20400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085413
282	NC_017561	TTTC	2	8	20424	20431	0 %	75 %	0 %	25 %	386085413
283	NC_017561	ATTT	2	8	20432	20439	25 %	75 %	0 %	0 %	386085413
284	NC_017561	TCT	2	6	20799	20804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085414
285	NC_017561	T	6	6	20811	20816	0 %	100 %	0 %	0 %	386085414
286	NC_017561	TTC	2	6	20836	20841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085414
287	NC_017561	T	6	6	20846	20851	0 %	100 %	0 %	0 %	386085414
288	NC_017561	GCA	2	6	20852	20857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085414
289	NC_017561	CGT	2	6	20899	20904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085414
290	NC_017561	CCT	2	6	20940	20945	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386085414
291	NC_017561	TTC	2	6	20968	20973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085414
292	NC_017561	ACC	2	6	21391	21396	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386085415
293	NC_017561	AAG	2	6	21417	21422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386085415
294	NC_017561	GA	3	6	21581	21586	50 %	0 %	50 %	0 %	386085415
295	NC_017561	TGA	2	6	21601	21606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085415
296	NC_017561	TTC	2	6	21613	21618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386085415
297	NC_017561	TAC	2	6	21626	21631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085415
298	NC_017561	GCG	2	6	21783	21788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386085415
299	NC_017561	A	8	8	21808	21815	100 %	0 %	0 %	0 %	386085415
300	NC_017561	CGC	2	6	21827	21832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386085415
301	NC_017561	AAAT	2	8	21929	21936	75 %	25 %	0 %	0 %	386085415
302	NC_017561	CAT	2	6	21949	21954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085416
303	NC_017561	GCCA	2	8	22023	22030	25 %	0 %	25 %	50 %	386085416
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306	NC_017561	TAC	2	6	22267	22272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085417
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308	NC_017561	GTGG	2	8	22324	22331	0 %	25 %	75 %	0 %	386085417
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311	NC_017561	TGG	2	6	22493	22498	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386085417
312	NC_017561	TTG	2	6	22538	22543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085417
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320	NC_017561	CAT	2	6	22967	22972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085417
321	NC_017561	GAC	2	6	23014	23019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085417
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356	NC_017561	TTG	2	6	24774	24779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386085420
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362	NC_017561	TAC	2	6	25232	25237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085421
363	NC_017561	TGC	2	6	25247	25252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386085421
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365	NC_017561	TCA	2	6	25296	25301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386085421
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367	NC_017561	TGA	2	6	25354	25359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386085421
368	NC_017561	CA	3	6	25363	25368	50 %	0 %	0 %	50 %	386085421
369	NC_017561	CGA	2	6	25375	25380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386085421
370	NC_017561	TTCT	2	8	25462	25469	0 %	75 %	0 %	25 %	386085421
371	NC_017561	T	6	6	25480	25485	0 %	100 %	0 %	0 %	386085421

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.