MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A chromosome

Total Repeats: 4324

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010717	ACCAC	2	10	1267	1276	40 %	0 %	0 %	60 %	188574271
2	NC_010717	TGGAA	2	10	4218	4227	40 %	20 %	40 %	0 %	188574273
3	NC_010717	CAAGC	2	10	4838	4847	40 %	0 %	20 %	40 %	188574273
4	NC_010717	AGCGA	2	10	4896	4905	40 %	0 %	40 %	20 %	188574273
5	NC_010717	GGCGC	2	10	5813	5822	0 %	0 %	60 %	40 %	188574274
6	NC_010717	CCGCG	2	10	6110	6119	0 %	0 %	40 %	60 %	188574274
7	NC_010717	CGGTG	2	10	7714	7723	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010717	CAAGC	2	10	9529	9538	40 %	0 %	20 %	40 %	188574276
9	NC_010717	CACTG	2	10	11295	11304	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010717	CGCGC	2	10	12932	12941	0 %	0 %	40 %	60 %	188574280
11	NC_010717	CAACA	2	10	13614	13623	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_010717	ACGGT	2	10	14978	14987	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010717	GCGCC	2	10	14997	15006	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_010717	CAGCG	2	10	15978	15987	20 %	0 %	40 %	40 %	188574284
15	NC_010717	CAGCG	2	10	20669	20678	20 %	0 %	40 %	40 %	188574287
16	NC_010717	GCACC	2	10	20854	20863	20 %	0 %	20 %	60 %	188574287
17	NC_010717	CAGCG	2	10	22879	22888	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_010717	CCAGA	2	10	26027	26036	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010717	GCCCG	2	10	26581	26590	0 %	0 %	40 %	60 %	188574293
20	NC_010717	GGCAC	2	10	27325	27334	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010717	GGCGG	2	10	27335	27344	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010717	TGGCC	2	10	27704	27713	0 %	20 %	40 %	40 %	188574295
23	NC_010717	ACCGC	2	10	28291	28300	20 %	0 %	20 %	60 %	188574295
24	NC_010717	GGGAG	2	10	30680	30689	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010717	GCATC	2	10	31260	31269	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_010717	TGCAA	2	10	35343	35352	40 %	20 %	20 %	20 %	188574302
27	NC_010717	CCGCA	2	10	35807	35816	20 %	0 %	20 %	60 %	188574303
28	NC_010717	GCAGC	2	10	39486	39495	20 %	0 %	40 %	40 %	188574308
29	NC_010717	TGGCC	2	10	39587	39596	0 %	20 %	40 %	40 %	188574308
30	NC_010717	GCCCG	2	10	40797	40806	0 %	0 %	40 %	60 %	188574309
31	NC_010717	GGTCG	2	10	41001	41010	0 %	20 %	60 %	20 %	188574310
32	NC_010717	GGCCG	2	10	41133	41142	0 %	0 %	60 %	40 %	188574310
33	NC_010717	GTGCT	2	10	41388	41397	0 %	40 %	40 %	20 %	188574311
34	NC_010717	AGCGC	2	10	42018	42027	20 %	0 %	40 %	40 %	188574311
35	NC_010717	AGGCA	2	10	42308	42317	40 %	0 %	40 %	20 %	188574312
36	NC_010717	CCGCG	2	10	43127	43136	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_010717	CAGGT	2	10	46976	46985	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010717	TTCAT	2	10	47213	47222	20 %	60 %	0 %	20 %	188574319
39	NC_010717	CCCGC	2	10	48537	48546	0 %	0 %	20 %	80 %	188574322
40	NC_010717	GCTTG	2	10	49600	49609	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010717	GTCAG	2	10	49727	49736	20 %	20 %	40 %	20 %	188574324
42	NC_010717	CCGCC	2	10	50370	50379	0 %	0 %	20 %	80 %	188574324
43	NC_010717	CTGCG	2	10	50513	50522	0 %	20 %	40 %	40 %	188574324
44	NC_010717	CCGTC	2	10	50987	50996	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_010717	CGATC	2	10	52986	52995	20 %	20 %	20 %	40 %	188574327
46	NC_010717	TGCGC	2	10	53250	53259	0 %	20 %	40 %	40 %	188574327
47	NC_010717	GGGCT	2	10	53356	53365	0 %	20 %	60 %	20 %	188574327
48	NC_010717	GGCCT	2	10	54831	54840	0 %	20 %	40 %	40 %	188574329
49	NC_010717	TGCGC	2	10	55788	55797	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010717	CGCAG	2	10	56975	56984	20 %	0 %	40 %	40 %	188574331
51	NC_010717	TGCGA	2	10	58071	58080	20 %	20 %	40 %	20 %	188574332
52	NC_010717	CGCAA	2	10	58267	58276	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_010717	TCCAG	2	10	59156	59165	20 %	20 %	20 %	40 %	188574334
54	NC_010717	CGTGT	2	10	63490	63499	0 %	40 %	40 %	20 %	188574337
55	NC_010717	GCACT	2	10	65383	65392	20 %	20 %	20 %	40 %	188574338
56	NC_010717	CAGCG	2	10	69016	69025	20 %	0 %	40 %	40 %	188574344
57	NC_010717	GAAGC	2	10	70901	70910	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010717	CTGCG	2	10	70996	71005	0 %	20 %	40 %	40 %	188574347
59	NC_010717	GAGCA	2	10	72238	72247	40 %	0 %	40 %	20 %	188574348
60	NC_010717	GCAGC	2	10	75415	75424	20 %	0 %	40 %	40 %	188574351
61	NC_010717	CGCAC	2	10	75712	75721	20 %	0 %	20 %	60 %	188574352
62	NC_010717	GCGGA	2	10	76101	76110	20 %	0 %	60 %	20 %	188574352
63	NC_010717	TTGGC	2	10	76406	76415	0 %	40 %	40 %	20 %	188574353
64	NC_010717	AGCGC	2	10	77142	77151	20 %	0 %	40 %	40 %	188574354
65	NC_010717	GCGCG	2	10	77411	77420	0 %	0 %	60 %	40 %	188574354
66	NC_010717	ACGCG	2	10	79356	79365	20 %	0 %	40 %	40 %	188574356
67	NC_010717	AATCC	2	10	81287	81296	40 %	20 %	0 %	40 %	188574359
68	NC_010717	CGAAC	2	10	83245	83254	40 %	0 %	20 %	40 %	188574360
69	NC_010717	CGTGC	2	10	84485	84494	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_010717	CTGAG	2	10	84515	84524	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010717	CAGCG	2	10	85757	85766	20 %	0 %	40 %	40 %	188574364
72	NC_010717	ATTGC	2	10	87101	87110	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010717	CAGAT	2	10	88487	88496	40 %	20 %	20 %	20 %	188574369
74	NC_010717	CCGGT	2	10	89746	89755	0 %	20 %	40 %	40 %	188574370
75	NC_010717	AGCCA	2	10	93577	93586	40 %	0 %	20 %	40 %	188574374
76	NC_010717	GCGAC	2	10	96624	96633	20 %	0 %	40 %	40 %	188574377
77	NC_010717	GGACT	2	10	96987	96996	20 %	20 %	40 %	20 %	188574377
78	NC_010717	CGGCG	2	10	97208	97217	0 %	0 %	60 %	40 %	188574378
79	NC_010717	CGCTG	2	10	97550	97559	0 %	20 %	40 %	40 %	188574378
80	NC_010717	GCTGC	2	10	98277	98286	0 %	20 %	40 %	40 %	188574378
81	NC_010717	TTCGC	2	10	99204	99213	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010717	GGGCT	2	10	99782	99791	0 %	20 %	60 %	20 %	188574380
83	NC_010717	CCGGC	2	10	100062	100071	0 %	0 %	40 %	60 %	188574380
84	NC_010717	CCCGA	2	10	104466	104475	20 %	0 %	20 %	60 %	188574382
85	NC_010717	ACGCA	2	10	104518	104527	40 %	0 %	20 %	40 %	188574382
86	NC_010717	TGGCG	2	10	104597	104606	0 %	20 %	60 %	20 %	188574382
87	NC_010717	CGGCG	2	10	105691	105700	0 %	0 %	60 %	40 %	188574383
88	NC_010717	GCGTC	2	10	106735	106744	0 %	20 %	40 %	40 %	188574383
89	NC_010717	CGACC	2	10	106932	106941	20 %	0 %	20 %	60 %	188574384
90	NC_010717	TGGAA	2	10	110916	110925	40 %	20 %	40 %	0 %	188574386
91	NC_010717	CGACC	2	10	111199	111208	20 %	0 %	20 %	60 %	188574386
92	NC_010717	CCAAG	2	10	112514	112523	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_010717	GCATG	2	10	113734	113743	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010717	CGACC	2	10	120598	120607	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_010717	GCCGT	2	10	121857	121866	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_010717	AGTGC	2	10	121880	121889	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010717	GATTG	2	10	122020	122029	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010717	GGCCT	2	10	122047	122056	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_010717	CTGGC	2	10	122583	122592	0 %	20 %	40 %	40 %	188574395
100	NC_010717	CGCGG	2	10	123591	123600	0 %	0 %	60 %	40 %	188574396
101	NC_010717	TGCGC	2	10	123754	123763	0 %	20 %	40 %	40 %	188574396
102	NC_010717	AGCGC	2	10	124605	124614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_010717	CGCAT	2	10	125811	125820	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_010717	TCGCC	2	10	126426	126435	0 %	20 %	20 %	60 %	188574399
105	NC_010717	GGCGT	2	10	126821	126830	0 %	20 %	60 %	20 %	188574399
106	NC_010717	GCGCA	2	10	127024	127033	20 %	0 %	40 %	40 %	188574399
107	NC_010717	TCCGG	2	10	128495	128504	0 %	20 %	40 %	40 %	188574401
108	NC_010717	GTTGG	2	10	129428	129437	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010717	GGCGT	2	10	130292	130301	0 %	20 %	60 %	20 %	188574404
110	NC_010717	CCTGC	2	10	132222	132231	0 %	20 %	20 %	60 %	188574407
111	NC_010717	TGCAC	2	10	134281	134290	20 %	20 %	20 %	40 %	188574408
112	NC_010717	CTTAT	2	10	135577	135586	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_010717	CACGC	2	10	138261	138270	20 %	0 %	20 %	60 %	188574411
114	NC_010717	TGCGC	2	10	138494	138503	0 %	20 %	40 %	40 %	188574411
115	NC_010717	TCAGG	2	10	138697	138706	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010717	CGATC	2	10	140690	140699	20 %	20 %	20 %	40 %	188574415
117	NC_010717	TGCGC	2	10	140876	140885	0 %	20 %	40 %	40 %	188574415
118	NC_010717	ATCGC	2	10	142737	142746	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_010717	GCAGC	2	10	143159	143168	20 %	0 %	40 %	40 %	188574417
120	NC_010717	CAGCG	2	10	145427	145436	20 %	0 %	40 %	40 %	188574419
121	NC_010717	CCTGC	2	10	145937	145946	0 %	20 %	20 %	60 %	188574419
122	NC_010717	GCTTG	2	10	148170	148179	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010717	ACGCC	2	10	149411	149420	20 %	0 %	20 %	60 %	188574425
124	NC_010717	CGGCG	2	10	149894	149903	0 %	0 %	60 %	40 %	188574425
125	NC_010717	GCGCG	2	10	155736	155745	0 %	0 %	60 %	40 %	188574429
126	NC_010717	TGGTC	2	10	155991	156000	0 %	40 %	40 %	20 %	188574429
127	NC_010717	CTTGC	2	10	156796	156805	0 %	40 %	20 %	40 %	188574429
128	NC_010717	CGGCG	2	10	156939	156948	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_010717	TTAAT	2	10	158479	158488	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010717	GGCCT	2	10	158619	158628	0 %	20 %	40 %	40 %	188574432
131	NC_010717	GGCGC	2	10	159676	159685	0 %	0 %	60 %	40 %	188574432
132	NC_010717	GCCGC	2	10	160517	160526	0 %	0 %	40 %	60 %	188574432
133	NC_010717	CCTGG	2	10	160919	160928	0 %	20 %	40 %	40 %	188574432
134	NC_010717	CGTGC	2	10	163069	163078	0 %	20 %	40 %	40 %	188574434
135	NC_010717	ACCTG	2	10	163802	163811	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_010717	GGCTC	2	10	164270	164279	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_010717	GTTGT	2	10	164622	164631	0 %	60 %	40 %	0 %	188574437
138	NC_010717	GCGTC	2	10	165989	165998	0 %	20 %	40 %	40 %	188574438
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265	NC_010717	CCGCG	2	10	312028	312037	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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