MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xanthobacter autotrophicus Py2 plasmid pXAUT01

Total Repeats: 268

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009717	TGATC	2	10	1109	1118	20 %	40 %	20 %	20 %	154243669
2	NC_009717	CCTTG	2	10	4494	4503	0 %	40 %	20 %	40 %	154243672
3	NC_009717	CGGGG	2	10	4856	4865	0 %	0 %	80 %	20 %	154243672
4	NC_009717	CCGCG	2	10	4929	4938	0 %	0 %	40 %	60 %	154243672
5	NC_009717	AGGGG	2	10	5215	5224	20 %	0 %	80 %	0 %	154243672
6	NC_009717	GTCGC	2	10	6485	6494	0 %	20 %	40 %	40 %	154243674
7	NC_009717	GCGCC	2	10	6963	6972	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_009717	GGGAG	2	10	8611	8620	20 %	0 %	80 %	0 %	154243675
9	NC_009717	CCTGG	2	10	10206	10215	0 %	20 %	40 %	40 %	154243678
10	NC_009717	GGGCG	2	10	10380	10389	0 %	0 %	80 %	20 %	154243678
11	NC_009717	TCGGC	2	10	10933	10942	0 %	20 %	40 %	40 %	154243679
12	NC_009717	TGACC	2	10	11515	11524	20 %	20 %	20 %	40 %	154243680
13	NC_009717	CCGTT	2	10	14115	14124	0 %	40 %	20 %	40 %	154243682
14	NC_009717	CACGG	2	10	15608	15617	20 %	0 %	40 %	40 %	154243683
15	NC_009717	ACGAC	2	10	16284	16293	40 %	0 %	20 %	40 %	154243683
16	NC_009717	TGTCC	2	10	16324	16333	0 %	40 %	20 %	40 %	154243683
17	NC_009717	TCGCC	2	10	20624	20633	0 %	20 %	20 %	60 %	154243686
18	NC_009717	GAACG	2	10	20634	20643	40 %	0 %	40 %	20 %	154243686
19	NC_009717	TTTCG	2	10	20661	20670	0 %	60 %	20 %	20 %	154243686
20	NC_009717	CGGGA	2	10	20926	20935	20 %	0 %	60 %	20 %	154243687
21	NC_009717	CGGCG	2	10	21879	21888	0 %	0 %	60 %	40 %	154243688
22	NC_009717	CGGGA	2	10	22925	22934	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009717	CTCCA	2	10	27133	27142	20 %	20 %	0 %	60 %	154243693
24	NC_009717	GACGA	2	10	27189	27198	40 %	0 %	40 %	20 %	154243693
25	NC_009717	CCGGA	2	10	27274	27283	20 %	0 %	40 %	40 %	154243693
26	NC_009717	TGTTC	2	10	30727	30736	0 %	60 %	20 %	20 %	154243699
27	NC_009717	TGGTG	2	10	31676	31685	0 %	40 %	60 %	0 %	154243700
28	NC_009717	CAGGC	2	10	31778	31787	20 %	0 %	40 %	40 %	154243700
29	NC_009717	GGATG	2	10	31850	31859	20 %	20 %	60 %	0 %	154243700
30	NC_009717	CGTGC	2	10	33378	33387	0 %	20 %	40 %	40 %	154243701
31	NC_009717	TCGGC	2	10	36340	36349	0 %	20 %	40 %	40 %	154243702
32	NC_009717	CGAGG	2	10	38413	38422	20 %	0 %	60 %	20 %	154243704
33	NC_009717	CATGC	2	10	39173	39182	20 %	20 %	20 %	40 %	154243705
34	NC_009717	CGCGG	2	10	39590	39599	0 %	0 %	60 %	40 %	154243706
35	NC_009717	GCCGT	2	10	39915	39924	0 %	20 %	40 %	40 %	154243706
36	NC_009717	CAGCG	2	10	40388	40397	20 %	0 %	40 %	40 %	154243707
37	NC_009717	GGCGG	2	10	43128	43137	0 %	0 %	80 %	20 %	154243708
38	NC_009717	TGGGG	2	10	44546	44555	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009717	GTTCC	2	10	46138	46147	0 %	40 %	20 %	40 %	154243709
40	NC_009717	GCGCC	2	10	47505	47514	0 %	0 %	40 %	60 %	154243709
41	NC_009717	CGCGG	2	10	47840	47849	0 %	0 %	60 %	40 %	154243710
42	NC_009717	CCGGC	2	10	49573	49582	0 %	0 %	40 %	60 %	154243713
43	NC_009717	CGCCC	2	10	50594	50603	0 %	0 %	20 %	80 %	154243713
44	NC_009717	TCCAT	2	10	51700	51709	20 %	40 %	0 %	40 %	154243714
45	NC_009717	TCGGC	2	10	51986	51995	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009717	AGTGG	2	10	52522	52531	20 %	20 %	60 %	0 %	154243715
47	NC_009717	TGGCA	2	10	53360	53369	20 %	20 %	40 %	20 %	154243715
48	NC_009717	GCGCG	2	10	53819	53828	0 %	0 %	60 %	40 %	154243715
49	NC_009717	TCAGG	2	10	54043	54052	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009717	CATCA	2	10	54915	54924	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_009717	GCCGC	2	10	55661	55670	0 %	0 %	40 %	60 %	154243718
52	NC_009717	TGCGC	2	10	56021	56030	0 %	20 %	40 %	40 %	154243718
53	NC_009717	CGTCG	2	10	57690	57699	0 %	20 %	40 %	40 %	154243719
54	NC_009717	AAATA	2	10	58033	58042	80 %	20 %	0 %	0 %	154243719
55	NC_009717	GCGTG	2	10	64329	64338	0 %	20 %	60 %	20 %	154243722
56	NC_009717	AGCGA	2	10	64374	64383	40 %	0 %	40 %	20 %	154243722
57	NC_009717	TGCTC	2	10	65327	65336	0 %	40 %	20 %	40 %	154243723
58	NC_009717	GCCGC	2	10	65563	65572	0 %	0 %	40 %	60 %	154243723
59	NC_009717	GCCGT	2	10	65817	65826	0 %	20 %	40 %	40 %	154243723
60	NC_009717	GGACG	2	10	66467	66476	20 %	0 %	60 %	20 %	154243724
61	NC_009717	AGCGC	2	10	66896	66905	20 %	0 %	40 %	40 %	154243724
62	NC_009717	TAGGA	2	10	67417	67426	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009717	CAAGA	2	10	67542	67551	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009717	CGGAT	2	10	68697	68706	20 %	20 %	40 %	20 %	154243726
65	NC_009717	AGGCG	2	10	69780	69789	20 %	0 %	60 %	20 %	154243727
66	NC_009717	CACGC	2	10	70576	70585	20 %	0 %	20 %	60 %	154243727
67	NC_009717	GGTGG	2	10	71065	71074	0 %	20 %	80 %	0 %	154243728
68	NC_009717	GCCTC	2	10	71634	71643	0 %	20 %	20 %	60 %	154243728
69	NC_009717	GATCG	2	10	73653	73662	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009717	GCGCG	2	10	77998	78007	0 %	0 %	60 %	40 %	154243736
71	NC_009717	TCCTG	2	10	78782	78791	0 %	40 %	20 %	40 %	154243737
72	NC_009717	CCGCC	2	10	82475	82484	0 %	0 %	20 %	80 %	154243740
73	NC_009717	TCGGC	2	10	82771	82780	0 %	20 %	40 %	40 %	154243741
74	NC_009717	CCTCG	2	10	85310	85319	0 %	20 %	20 %	60 %	154243743
75	NC_009717	CCGGC	2	10	85719	85728	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_009717	GCCCG	2	10	87876	87885	0 %	0 %	40 %	60 %	154243745
77	NC_009717	CGGCT	2	10	88346	88355	0 %	20 %	40 %	40 %	154243745
78	NC_009717	CGGCG	2	10	89124	89133	0 %	0 %	60 %	40 %	154243745
79	NC_009717	TCGCC	2	10	91350	91359	0 %	20 %	20 %	60 %	154243747
80	NC_009717	TCGAA	2	10	93195	93204	40 %	20 %	20 %	20 %	154243749
81	NC_009717	CGCTG	2	10	94883	94892	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_009717	ACAAG	2	10	95105	95114	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009717	ATCGC	2	10	95966	95975	20 %	20 %	20 %	40 %	154243751
84	NC_009717	TGACC	2	10	96626	96635	20 %	20 %	20 %	40 %	154243751
85	NC_009717	GCCAA	2	10	98437	98446	40 %	0 %	20 %	40 %	154243755
86	NC_009717	GTGCC	2	10	98919	98928	0 %	20 %	40 %	40 %	154243756
87	NC_009717	GGCTC	2	10	99299	99308	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_009717	TGTCG	2	10	99490	99499	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009717	GAAGA	2	10	104222	104231	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009717	CGGAC	2	10	104598	104607	20 %	0 %	40 %	40 %	154243762
91	NC_009717	CCGGG	2	10	105597	105606	0 %	0 %	60 %	40 %	154243764
92	NC_009717	GCCCG	2	10	107213	107222	0 %	0 %	40 %	60 %	154243764
93	NC_009717	CGGCG	2	10	111326	111335	0 %	0 %	60 %	40 %	154243765
94	NC_009717	GCCGG	2	10	113258	113267	0 %	0 %	60 %	40 %	154243766
95	NC_009717	GGGGC	2	10	114792	114801	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
96	NC_009717	TCGCG	2	10	114893	114902	0 %	20 %	40 %	40 %	154243768
97	NC_009717	GCCGA	2	10	116664	116673	20 %	0 %	40 %	40 %	154243768
98	NC_009717	GCGCC	2	10	117563	117572	0 %	0 %	40 %	60 %	154243768
99	NC_009717	TGCCA	2	10	121557	121566	20 %	20 %	20 %	40 %	154243773
100	NC_009717	AGCGA	2	10	123881	123890	40 %	0 %	40 %	20 %	154243775
101	NC_009717	TCGCC	2	10	124409	124418	0 %	20 %	20 %	60 %	154243776
102	NC_009717	TGTCC	2	10	124920	124929	0 %	40 %	20 %	40 %	154243777
103	NC_009717	GCGCC	2	10	125363	125372	0 %	0 %	40 %	60 %	154243777
104	NC_009717	GCCGC	2	10	126644	126653	0 %	0 %	40 %	60 %	154243777
105	NC_009717	CCGCC	2	10	128607	128616	0 %	0 %	20 %	80 %	154243781
106	NC_009717	TGCCG	2	10	128796	128805	0 %	20 %	40 %	40 %	154243781
107	NC_009717	GCGTG	2	10	128999	129008	0 %	20 %	60 %	20 %	154243781
108	NC_009717	CGTCC	2	10	131061	131070	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_009717	TGAGG	2	10	131348	131357	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009717	CAGAG	2	10	131559	131568	40 %	0 %	40 %	20 %	154243782
111	NC_009717	AGGCG	2	10	131764	131773	20 %	0 %	60 %	20 %	154243782
112	NC_009717	CGGCG	2	10	131923	131932	0 %	0 %	60 %	40 %	154243782
113	NC_009717	ACGAC	2	10	133173	133182	40 %	0 %	20 %	40 %	154243782
114	NC_009717	CGGCG	2	10	133693	133702	0 %	0 %	60 %	40 %	154243782
115	NC_009717	CAAGG	2	10	134214	134223	40 %	0 %	40 %	20 %	154243783
116	NC_009717	GCCTT	2	10	136768	136777	0 %	40 %	20 %	40 %	154243784
117	NC_009717	CGGCC	2	10	137402	137411	0 %	0 %	40 %	60 %	154243784
118	NC_009717	CGCGG	2	10	138500	138509	0 %	0 %	60 %	40 %	154243785
119	NC_009717	ATCGG	2	10	139577	139586	20 %	20 %	40 %	20 %	154243787
120	NC_009717	GGCGG	2	10	140129	140138	0 %	0 %	80 %	20 %	154243787
121	NC_009717	GCACC	2	10	140304	140313	20 %	0 %	20 %	60 %	154243788
122	NC_009717	GAGGC	2	10	143588	143597	20 %	0 %	60 %	20 %	154243789
123	NC_009717	TCGCC	2	10	144132	144141	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_009717	CAAGC	2	10	144749	144758	40 %	0 %	20 %	40 %	154243790
125	NC_009717	ACGAA	2	10	144795	144804	60 %	0 %	20 %	20 %	154243790
126	NC_009717	GCGAC	2	10	146919	146928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_009717	GAGCT	2	10	148360	148369	20 %	20 %	40 %	20 %	154243794
128	NC_009717	TCGGC	2	10	148980	148989	0 %	20 %	40 %	40 %	154243794
129	NC_009717	GTTTC	2	10	150083	150092	0 %	60 %	20 %	20 %	154243795
130	NC_009717	GCCCG	2	10	153338	153347	0 %	0 %	40 %	60 %	154243796
131	NC_009717	GCCGG	2	10	153879	153888	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_009717	GCTGA	2	10	157589	157598	20 %	20 %	40 %	20 %	154243800
133	NC_009717	CGCCT	2	10	158399	158408	0 %	20 %	20 %	60 %	154243800
134	NC_009717	CGGCG	2	10	158578	158587	0 %	0 %	60 %	40 %	154243800
135	NC_009717	GCCGC	2	10	159298	159307	0 %	0 %	40 %	60 %	154243801
136	NC_009717	CCGGT	2	10	159948	159957	0 %	20 %	40 %	40 %	154243801
137	NC_009717	GCGCG	2	10	163484	163493	0 %	0 %	60 %	40 %	154243805
138	NC_009717	CCGAC	2	10	166267	166276	20 %	0 %	20 %	60 %	154243809
139	NC_009717	AGCGG	2	10	169137	169146	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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141	NC_009717	CTGTC	2	10	169894	169903	0 %	40 %	20 %	40 %	154243814
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176	NC_009717	TCGGC	2	10	210023	210032	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
177	NC_009717	TCGCT	2	10	210903	210912	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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181	NC_009717	CGCGG	2	10	216446	216455	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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252	NC_009717	TCGAC	2	10	294926	294935	20 %	20 %	20 %	40 %	154243932
253	NC_009717	AAATT	2	10	299364	299373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_009717	CGCTC	2	10	301164	301173	0 %	20 %	20 %	60 %	154243939
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256	NC_009717	CCCCT	2	10	302057	302066	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
257	NC_009717	CCGGC	2	10	302422	302431	0 %	0 %	40 %	60 %	154243940
258	NC_009717	GCCCG	2	10	302784	302793	0 %	0 %	40 %	60 %	154243940
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260	NC_009717	TCCCC	2	10	306194	306203	0 %	20 %	0 %	80 %	154243945
261	NC_009717	CTGGT	2	10	306585	306594	0 %	40 %	40 %	20 %	154243946
262	NC_009717	GGCGA	2	10	307286	307295	20 %	0 %	60 %	20 %	154243947
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264	NC_009717	CTCGG	2	10	308741	308750	0 %	20 %	40 %	40 %	154243947
265	NC_009717	CCTCT	7	35	311771	311805	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
266	NC_009717	CGGCA	2	10	312029	312038	20 %	0 %	40 %	40 %	154243953
267	NC_009717	GCCAC	2	10	313544	313553	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
268	NC_009717	CTGCG	2	10	314476	314485	0 %	20 %	40 %	40 %	154243955

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.