MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 chromosome

Total Repeats: 4094

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007705	ACCAC	2	10	1263	1272	40 %	0 %	0 %	60 %	84621658
2	NC_007705	TGGAA	2	10	4213	4222	40 %	20 %	40 %	0 %	84621660
3	NC_007705	CAAGC	2	10	4833	4842	40 %	0 %	20 %	40 %	84621660
4	NC_007705	AGCGA	2	10	4891	4900	40 %	0 %	40 %	20 %	84621660
5	NC_007705	GGCGC	2	10	5806	5815	0 %	0 %	60 %	40 %	84621661
6	NC_007705	CCGCG	2	10	6103	6112	0 %	0 %	40 %	60 %	84621661
7	NC_007705	CGGTG	2	10	7707	7716	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007705	CAAGC	2	10	9522	9531	40 %	0 %	20 %	40 %	84621663
9	NC_007705	CACTG	2	10	11288	11297	20 %	20 %	20 %	40 %	84621665
10	NC_007705	CGCGC	2	10	12925	12934	0 %	0 %	40 %	60 %	84621667
11	NC_007705	CAACA	2	10	13607	13616	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_007705	ACGGT	2	10	14971	14980	20 %	20 %	40 %	20 %	84621670
13	NC_007705	GCGCC	2	10	14990	14999	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_007705	CAGCG	2	10	15971	15980	20 %	0 %	40 %	40 %	84621671
15	NC_007705	CAGCG	2	10	20662	20671	20 %	0 %	40 %	40 %	84621675
16	NC_007705	GCACC	2	10	20847	20856	20 %	0 %	20 %	60 %	84621675
17	NC_007705	CAGCG	2	10	22872	22881	20 %	0 %	40 %	40 %	84621677
18	NC_007705	CCAGA	2	10	26022	26031	40 %	0 %	20 %	40 %	84621680
19	NC_007705	GCCCG	2	10	26573	26582	0 %	0 %	40 %	60 %	84621681
20	NC_007705	GGCAC	2	10	27317	27326	20 %	0 %	40 %	40 %	84621682
21	NC_007705	GGCGG	2	10	27327	27336	0 %	0 %	80 %	20 %	84621682
22	NC_007705	TGGCC	2	10	27696	27705	0 %	20 %	40 %	40 %	84621683
23	NC_007705	ACCGC	2	10	28283	28292	20 %	0 %	20 %	60 %	84621683
24	NC_007705	GGGAG	2	10	30670	30679	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007705	GTGCA	2	10	31792	31801	20 %	20 %	40 %	20 %	84621686
26	NC_007705	ATAAG	2	10	33965	33974	60 %	20 %	20 %	0 %	84621688
27	NC_007705	GTGCA	2	10	35261	35270	20 %	20 %	40 %	20 %	84621689
28	NC_007705	GCAGG	2	10	37320	37329	20 %	0 %	60 %	20 %	84621690
29	NC_007705	ACGCC	2	10	39250	39259	20 %	0 %	20 %	60 %	84621693
30	NC_007705	CCAAC	2	10	40114	40123	40 %	0 %	0 %	60 %	84621694
31	NC_007705	TGCGC	2	10	42518	42527	0 %	20 %	40 %	40 %	84621697
32	NC_007705	ACGCC	2	10	42721	42730	20 %	0 %	20 %	60 %	84621697
33	NC_007705	ATGCG	2	10	43731	43740	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007705	GCGCA	2	10	45788	45797	20 %	0 %	40 %	40 %	84621701
35	NC_007705	GCCGC	2	10	46456	46465	0 %	0 %	40 %	60 %	84621701
36	NC_007705	GCCAG	2	10	46948	46957	20 %	0 %	40 %	40 %	84621702
37	NC_007705	CCAGG	3	15	47482	47496	20 %	0 %	40 %	40 %	84621703
38	NC_007705	CAATC	2	10	47516	47525	40 %	20 %	0 %	40 %	84621703
39	NC_007705	GCACT	2	10	47656	47665	20 %	20 %	20 %	40 %	84621703
40	NC_007705	ACGGC	2	10	47679	47688	20 %	0 %	40 %	40 %	84621703
41	NC_007705	GGTCG	2	10	48938	48947	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007705	GTTGC	2	10	49828	49837	0 %	40 %	40 %	20 %	84621706
43	NC_007705	CATGC	2	10	57036	57045	20 %	20 %	20 %	40 %	84621714
44	NC_007705	CTTGG	2	10	58256	58265	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007705	GGTCG	2	10	59571	59580	0 %	20 %	60 %	20 %	84621717
46	NC_007705	TTCCA	2	10	59854	59863	20 %	40 %	0 %	40 %	84621717
47	NC_007705	GGTCG	2	10	63832	63841	0 %	20 %	60 %	20 %	84621719
48	NC_007705	CGCGA	2	10	64026	64035	20 %	0 %	40 %	40 %	84621720
49	NC_007705	GCGCC	2	10	65072	65081	0 %	0 %	40 %	60 %	84621720
50	NC_007705	TGCGT	2	10	66246	66255	0 %	40 %	40 %	20 %	84621721
51	NC_007705	TCGGG	2	10	66298	66307	0 %	20 %	60 %	20 %	84621721
52	NC_007705	GGGCC	2	10	70700	70709	0 %	0 %	60 %	40 %	84621723
53	NC_007705	CCAGC	2	10	70980	70989	20 %	0 %	20 %	60 %	84621723
54	NC_007705	GCGAA	2	10	71560	71569	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007705	AAATA	2	10	71660	71669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007705	GCAGC	2	10	72487	72496	20 %	0 %	40 %	40 %	84621724
57	NC_007705	ATGGC	2	10	72891	72900	20 %	20 %	40 %	20 %	84621724
58	NC_007705	CAGCG	2	10	73214	73223	20 %	0 %	40 %	40 %	84621724
59	NC_007705	CAGTC	2	10	73776	73785	20 %	20 %	20 %	40 %	84621725
60	NC_007705	GTCGC	2	10	74140	74149	0 %	20 %	40 %	40 %	84621725
61	NC_007705	ACCGG	2	10	81018	81027	20 %	0 %	40 %	40 %	84621731
62	NC_007705	CCGCC	2	10	82252	82261	0 %	0 %	20 %	80 %	84621732
63	NC_007705	TGATC	2	10	82275	82284	20 %	40 %	20 %	20 %	84621732
64	NC_007705	GCGCT	2	10	85008	85017	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_007705	GCACG	2	10	86281	86290	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_007705	GTTCG	2	10	87521	87530	0 %	40 %	40 %	20 %	84621738
67	NC_007705	GGATT	2	10	89479	89488	20 %	40 %	40 %	0 %	84621739
68	NC_007705	CGTGT	2	10	89821	89830	0 %	40 %	40 %	20 %	84621739
69	NC_007705	CGCGT	2	10	91410	91419	0 %	20 %	40 %	40 %	84621741
70	NC_007705	TGCGC	2	10	93623	93632	0 %	20 %	40 %	40 %	84621743
71	NC_007705	GCCAA	2	10	94360	94369	40 %	0 %	20 %	40 %	84621744
72	NC_007705	CTCCG	2	10	94664	94673	0 %	20 %	20 %	60 %	84621745
73	NC_007705	GTGCG	2	10	95054	95063	0 %	20 %	60 %	20 %	84621745
74	NC_007705	AGGCG	2	10	98450	98459	20 %	0 %	60 %	20 %	84621749
75	NC_007705	GCGCA	2	10	99769	99778	20 %	0 %	40 %	40 %	84621750
76	NC_007705	TCGCT	2	10	99863	99872	0 %	40 %	20 %	40 %	84621750
77	NC_007705	CGCTG	2	10	101750	101759	0 %	20 %	40 %	40 %	84621753
78	NC_007705	GCAGT	2	10	105380	105389	20 %	20 %	40 %	20 %	84621760
79	NC_007705	GCACG	2	10	105617	105626	20 %	0 %	40 %	40 %	84621760
80	NC_007705	ACACG	2	10	107275	107284	40 %	0 %	20 %	40 %	84621761
81	NC_007705	GTGCA	2	10	109945	109954	20 %	20 %	40 %	20 %	84621763
82	NC_007705	CCCGC	2	10	112631	112640	0 %	0 %	20 %	80 %	84621765
83	NC_007705	CTGGA	2	10	115572	115581	20 %	20 %	40 %	20 %	84621766
84	NC_007705	TTGCG	2	10	116425	116434	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007705	TCGCA	2	10	116621	116630	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007705	TGCGC	2	10	117713	117722	0 %	20 %	40 %	40 %	84621767
87	NC_007705	CAGGC	2	10	119860	119869	20 %	0 %	40 %	40 %	84621770
88	NC_007705	AGCCC	2	10	121336	121345	20 %	0 %	20 %	60 %	84621772
89	NC_007705	GGATC	2	10	121705	121714	20 %	20 %	40 %	20 %	84621772
90	NC_007705	AGCGC	2	10	122760	122769	20 %	0 %	40 %	40 %	84621773
91	NC_007705	GACGG	2	10	123705	123714	20 %	0 %	60 %	20 %	84621775
92	NC_007705	GGCGG	2	10	124322	124331	0 %	0 %	80 %	20 %	84621776
93	NC_007705	CTGAC	2	10	124965	124974	20 %	20 %	20 %	40 %	84621776
94	NC_007705	CAAGC	2	10	125092	125101	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_007705	GCGGG	2	10	126155	126164	0 %	0 %	80 %	20 %	84621778
96	NC_007705	CATGC	2	10	127174	127183	20 %	20 %	20 %	40 %	84621779
97	NC_007705	ATGAA	2	10	127479	127488	60 %	20 %	20 %	0 %	84621780
98	NC_007705	CGGCG	2	10	131574	131583	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_007705	TGCCT	2	10	132396	132405	0 %	40 %	20 %	40 %	84621786
100	NC_007705	AGCAC	2	10	133316	133325	40 %	0 %	20 %	40 %	84621787
101	NC_007705	CCGAC	2	10	133702	133711	20 %	0 %	20 %	60 %	84621788
102	NC_007705	CGGGC	2	10	133907	133916	0 %	0 %	60 %	40 %	84621789
103	NC_007705	GACCT	2	10	134591	134600	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007705	CGATC	2	10	136583	136592	20 %	20 %	20 %	40 %	84621791
105	NC_007705	TGCGC	2	10	136769	136778	0 %	20 %	40 %	40 %	84621791
106	NC_007705	ATCGC	2	10	138624	138633	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_007705	GCAGC	2	10	139046	139055	20 %	0 %	40 %	40 %	84621793
108	NC_007705	CAGCG	2	10	141314	141323	20 %	0 %	40 %	40 %	84621795
109	NC_007705	CCTGC	2	10	141824	141833	0 %	20 %	20 %	60 %	84621795
110	NC_007705	GCTTG	2	10	144057	144066	0 %	40 %	40 %	20 %	84621798
111	NC_007705	ACGCC	2	10	145298	145307	20 %	0 %	20 %	60 %	84621801
112	NC_007705	CGGCG	2	10	145781	145790	0 %	0 %	60 %	40 %	84621801
113	NC_007705	GCGCG	2	10	151623	151632	0 %	0 %	60 %	40 %	84621805
114	NC_007705	TGGTC	2	10	151878	151887	0 %	40 %	40 %	20 %	84621805
115	NC_007705	CTTGC	2	10	152683	152692	0 %	40 %	20 %	40 %	84621805
116	NC_007705	CGGCG	2	10	152826	152835	0 %	0 %	60 %	40 %	84621805
117	NC_007705	TTAAT	2	10	154366	154375	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007705	GGCCT	2	10	154506	154515	0 %	20 %	40 %	40 %	84621807
119	NC_007705	GGCGC	2	10	155563	155572	0 %	0 %	60 %	40 %	84621807
120	NC_007705	GCCGC	2	10	156404	156413	0 %	0 %	40 %	60 %	84621807
121	NC_007705	CCTGG	2	10	156806	156815	0 %	20 %	40 %	40 %	84621807
122	NC_007705	CGTGC	2	10	158956	158965	0 %	20 %	40 %	40 %	84621809
123	NC_007705	ACCTG	2	10	159689	159698	20 %	20 %	20 %	40 %	84621810
124	NC_007705	GGCTC	2	10	160157	160166	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007705	GTTGT	2	10	160509	160518	0 %	60 %	40 %	0 %	84621811
126	NC_007705	GCGTC	2	10	161904	161913	0 %	20 %	40 %	40 %	84621812
127	NC_007705	CAACG	2	10	162293	162302	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_007705	GGTGT	2	10	163252	163261	0 %	40 %	60 %	0 %	84621814
129	NC_007705	GCAGC	2	10	163608	163617	20 %	0 %	40 %	40 %	84621814
130	NC_007705	CGGCC	2	10	164001	164010	0 %	0 %	40 %	60 %	84621814
131	NC_007705	CGGTG	2	10	164808	164817	0 %	20 %	60 %	20 %	84621814
132	NC_007705	CGGTG	2	10	164883	164892	0 %	20 %	60 %	20 %	84621814
133	NC_007705	CGCTG	2	10	167876	167885	0 %	20 %	40 %	40 %	84621815
134	NC_007705	CCGGC	2	10	168094	168103	0 %	0 %	40 %	60 %	84621815
135	NC_007705	ACCAG	2	10	168958	168967	40 %	0 %	20 %	40 %	84621815
136	NC_007705	CGAAC	2	10	169201	169210	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_007705	GCAAT	2	10	172239	172248	40 %	20 %	20 %	20 %	84621820
138	NC_007705	GTGCA	2	10	173932	173941	20 %	20 %	40 %	20 %	84621823
139	NC_007705	GCACG	2	10	174841	174850	20 %	0 %	40 %	40 %	84621823
140	NC_007705	GGTGG	2	10	177367	177376	0 %	20 %	80 %	0 %	84621826
141	NC_007705	TGGCG	2	10	178191	178200	0 %	20 %	60 %	20 %	84621827
142	NC_007705	GCGCG	2	10	180753	180762	0 %	0 %	60 %	40 %	84621830
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146	NC_007705	CGGCG	2	10	182353	182362	0 %	0 %	60 %	40 %	84621831
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151	NC_007705	GACGC	2	10	199432	199441	20 %	0 %	40 %	40 %	84621846
152	NC_007705	GCCGC	2	10	201077	201086	0 %	0 %	40 %	60 %	84621846
153	NC_007705	GTGCC	2	10	201710	201719	0 %	20 %	40 %	40 %	84621847
154	NC_007705	ATTTT	2	10	201950	201959	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007705	TGTCG	2	10	202017	202026	0 %	40 %	40 %	20 %	84621848
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173	NC_007705	AGCCC	2	10	220799	220808	20 %	0 %	20 %	60 %	84621860
174	NC_007705	GCGCT	2	10	221564	221573	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
175	NC_007705	CAGCG	2	10	222050	222059	20 %	0 %	40 %	40 %	84621861
176	NC_007705	CGTGG	2	10	222877	222886	0 %	20 %	60 %	20 %	84621861
177	NC_007705	TGCGA	2	10	223406	223415	20 %	20 %	40 %	20 %	84621861
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179	NC_007705	CGGCG	2	10	226756	226765	0 %	0 %	60 %	40 %	84621864
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194	NC_007705	GAAGC	2	10	241325	241334	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_007705	AGCCG	2	10	243262	243271	20 %	0 %	40 %	40 %	84621878
198	NC_007705	CGGCA	2	10	243451	243460	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
199	NC_007705	TCCTG	2	10	245768	245777	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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212	NC_007705	GCCTT	2	10	257390	257399	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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246	NC_007705	TCGTG	2	10	294701	294710	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
247	NC_007705	ACCGT	2	10	297248	297257	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
248	NC_007705	ATCCC	2	10	298755	298764	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
249	NC_007705	AGCGC	2	10	299671	299680	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
250	NC_007705	GGTGT	2	10	301705	301714	0 %	40 %	60 %	0 %	84621927
251	NC_007705	GCAGC	2	10	302130	302139	20 %	0 %	40 %	40 %	84621928
252	NC_007705	TGGCC	2	10	302231	302240	0 %	20 %	40 %	40 %	84621928
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254	NC_007705	TGCAC	2	10	305262	305271	20 %	20 %	20 %	40 %	84621932
255	NC_007705	GAAAA	2	10	305644	305653	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_007705	CGGGC	2	10	306294	306303	0 %	0 %	60 %	40 %	84621933
257	NC_007705	CGCCA	2	10	306341	306350	20 %	0 %	20 %	60 %	84621933
258	NC_007705	GGGTC	2	10	307251	307260	0 %	20 %	60 %	20 %	84621935
259	NC_007705	ATCGA	2	10	308020	308029	40 %	20 %	20 %	20 %	84621936
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262	NC_007705	GTGCC	2	10	310075	310084	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
263	NC_007705	ACGCA	2	10	310981	310990	40 %	0 %	20 %	40 %	84621940
264	NC_007705	GACCT	2	10	312858	312867	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
265	NC_007705	GGCGT	2	10	313294	313303	0 %	20 %	60 %	20 %	84621943
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267	NC_007705	GACGT	2	10	318697	318706	20 %	20 %	40 %	20 %	84621952
268	NC_007705	AGCGC	2	10	319933	319942	20 %	0 %	40 %	40 %	84621953
269	NC_007705	CCGCA	2	10	321844	321853	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
270	NC_007705	CGGCA	2	10	322572	322581	20 %	0 %	40 %	40 %	84621958
271	NC_007705	GAAGG	2	10	323529	323538	40 %	0 %	60 %	0 %	84621958
272	NC_007705	TGCAG	2	10	325503	325512	20 %	20 %	40 %	20 %	84621961
273	NC_007705	CGCAT	2	10	325854	325863	20 %	20 %	20 %	40 %	84621961
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282	NC_007705	GCGTG	2	10	344565	344574	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_007705	TCGGA	2	10	347516	347525	20 %	20 %	40 %	20 %	84621973
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288	NC_007705	TTGGT	2	10	350531	350540	0 %	60 %	40 %	0 %	84621975
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385	NC_007705	GCGCC	2	10	472611	472620	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
386	NC_007705	GCCGT	2	10	473177	473186	0 %	20 %	40 %	40 %	84622092
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389	NC_007705	CGGCG	2	10	475906	475915	0 %	0 %	60 %	40 %	84622094
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392	NC_007705	GAGAA	2	10	484445	484454	60 %	0 %	40 %	0 %	84622099
393	NC_007705	TGCGG	2	10	484459	484468	0 %	20 %	60 %	20 %	84622099
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397	NC_007705	CATCC	2	10	489723	489732	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
398	NC_007705	ATGCA	2	10	489845	489854	40 %	20 %	20 %	20 %	84622108
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401	NC_007705	GTGCG	2	10	494763	494772	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
402	NC_007705	CACGC	2	10	495232	495241	20 %	0 %	20 %	60 %	84622113
403	NC_007705	TGCAG	2	10	495829	495838	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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