MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019955	CAAAAA	2	12	2336	2347	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_019955	GATAAA	2	12	4213	4224	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019955	TGCTTT	2	12	13956	13967	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_019955	TATTCT	2	12	30328	30339	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019955	TGAAAT	2	12	37832	37843	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019955	GGATCC	2	12	53970	53981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_019955	TGCAGA	2	12	78841	78852	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019955	GAGTTG	2	12	83751	83762	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019955	TGAGTG	2	12	110496	110507	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019955	CAGCGT	2	12	188526	188537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_019955	GCTTAA	2	12	242820	242831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_019955	GACTTT	2	12	275738	275749	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_019955	TTACAT	2	12	328542	328553	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019955	TTTCGA	2	12	363558	363569	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_019955	TGACGT	2	12	448382	448393	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_019955	GTGGGA	2	12	495579	495590	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019955	ATTCTT	2	12	513005	513016	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019955	ACAAAA	2	12	513144	513155	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_019955	TTTTTC	2	12	516563	516574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_019955	GCAAAA	2	12	525610	525621	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_019955	ATTTTG	2	12	527441	527452	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019955	ATTGAG	2	12	555769	555780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019955	TGAAAT	2	12	582047	582058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019955	ATACAA	2	12	603545	603556	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_019955	TATTAG	2	12	604466	604477	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019955	TATTTT	2	12	663487	663498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019955	CAAATA	2	12	666884	666895	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_019955	ATTGAA	2	12	676457	676468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019955	CTTTAC	2	12	702896	702907	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019955	GCTAAT	2	12	705004	705015	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_019955	AAAGCG	2	12	708929	708940	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_019955	AATCGG	2	12	788475	788486	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_019955	ATTTAT	2	12	799906	799917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019955	GAGATG	2	12	806775	806786	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019955	GGTGTT	2	12	833004	833015	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019955	CGAAGT	2	12	842864	842875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019955	TTTTTG	2	12	862721	862732	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019955	CGTTTC	2	12	911308	911319	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019955	AATCAT	2	12	976678	976689	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019955	ACCTTG	2	12	1003429	1003440	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019955	TGTGAT	2	12	1006012	1006023	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019955	CCATAT	2	12	1010908	1010919	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_019955	AAGGCT	2	12	1017603	1017614	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_019955	ACGTCG	2	12	1045766	1045777	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_019955	ATTCTT	2	12	1056316	1056327	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019955	CTTTTT	2	12	1115945	1115956	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_019955	AGAGCA	2	12	1116114	1116125	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_019955	TTCAAT	2	12	1120555	1120566	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019955	ACATAG	2	12	1239990	1240001	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_019955	TAAGTA	2	12	1246796	1246807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019955	TTGTTA	2	12	1249737	1249748	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019955	TTTTTG	2	12	1275444	1275455	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019955	GATGTT	2	12	1290732	1290743	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019955	CAATAC	2	12	1298462	1298473	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_019955	TGCGAA	2	12	1309429	1309440	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_019955	CAAAAA	2	12	1316628	1316639	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_019955	GATATT	2	12	1322696	1322707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019955	TGAAAA	2	12	1362864	1362875	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019955	GAAAGT	2	12	1378095	1378106	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019955	ATGTGT	2	12	1422003	1422014	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019955	ATAAAA	2	12	1436337	1436348	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019955	TGTGAT	2	12	1454260	1454271	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019955	AATGAA	2	12	1473788	1473799	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019955	TAATAT	2	12	1488257	1488268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019955	CTAACA	2	12	1507355	1507366	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_019955	TGAGAA	2	12	1539284	1539295	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019955	TTTGTT	2	12	1571912	1571923	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019955	ACCTTT	2	12	1610207	1610218	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019955	GAAGGA	2	12	1639142	1639153	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019955	AATGAA	2	12	1641014	1641025	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019955	TTGCTA	2	12	1667071	1667082	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_019955	TCCTTT	2	12	1722084	1722095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019955	TTTCTA	2	12	1758624	1758635	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_019955	AATTCT	2	12	1759195	1759206	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_019955	ACTAAT	2	12	1765151	1765162	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019955	AAATAC	2	12	1773429	1773440	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_019955	TTTTTA	2	12	1811592	1811603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019955	AAAAGC	2	12	1846737	1846748	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019955	CATTTA	2	12	1861333	1861344	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_019955	CTTCAA	2	12	1896420	1896431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019955	AAACCA	2	12	1909581	1909592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_019955	TTCTAT	2	12	1980105	1980116	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_019955	TATTTT	2	12	1988645	1988656	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019955	TTAACC	2	12	2010416	2010427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_019955	TTCAAG	2	12	2022399	2022410	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_019955	TTATCA	2	12	2077871	2077882	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_019955	AAGTTA	2	12	2080447	2080458	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019955	CTTTCA	2	12	2121554	2121565	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019955	GTTGAA	2	12	2206483	2206494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019955	AAGGTA	2	12	2249817	2249828	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019955	TAAGAA	2	12	2253584	2253595	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019955	TATCTA	2	12	2253621	2253632	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019955	AAAGAG	2	12	2281996	2282007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019955	CAAAAA	2	12	2326901	2326912	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_019955	TATCAA	2	12	2372385	2372396	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_019955	AAAATT	2	12	2396141	2396152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019955	CATCAA	2	12	2433952	2433963	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_019955	CAAAAA	2	12	2479588	2479599	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_019955	CGCTGC	2	12	2479651	2479662	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_019955	CGATTA	2	12	2506366	2506377	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_019955	TACATG	2	12	2519162	2519173	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_019955	AGTTAT	2	12	2531229	2531240	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019955	TTCTCT	2	12	2634676	2634687	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_019955	TTTATT	2	12	2718914	2718925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019955	ATTTCA	2	12	2742810	2742821	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_019955	ATATTT	2	12	2753743	2753754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019955	ATTTAC	2	12	2754273	2754284	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019955	ATTTCA	2	12	2848987	2848998	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_019955	TTAAAC	2	12	2889217	2889228	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_019955	GTATCA	2	12	2901281	2901292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_019955	GAAGCC	2	12	2937317	2937328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_019955	GCATAG	2	12	2940915	2940926	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_019955	GATCGA	2	12	2971715	2971726	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019955	TGGAAA	2	12	3005418	3005429	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019955	ATTATC	2	12	3038943	3038954	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_019955	ATTTCA	2	12	3062265	3062276	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_019955	ATTTCA	2	12	3067940	3067951	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_019955	AGAGAT	11	66	3076668	3076733	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019955	ATTTCA	2	12	3112269	3112280	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_019955	ATTTCA	2	12	3117514	3117525	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_019955	TAAAAA	2	12	3147330	3147341	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019955	ATTTCA	2	12	3177193	3177204	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_019955	TTTTTC	2	12	3199027	3199038	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_019955	TCAAAC	5	30	3199080	3199109	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019955	ATGAAA	2	12	3216171	3216182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019955	ATTTCA	2	12	3218383	3218394	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_019955	TTAATG	2	12	3257300	3257311	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019955	TGCAAT	2	12	3257791	3257802	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_019955	CTTTAG	2	12	3265603	3265614	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.